麻黄属rbcL基因的适应性进化检测与结构模建

采用PAML程序检测麻黄属14种及其他9种裸子植物rbcL基因的适应性进化.以"分支"模型检测到该属植物RbcL蛋白催化活性区先后经历了3次大范围的选择;以"分支-位点"模型检测出在该基因第365位密码子位点存在正选择的物种;计算机三维结构模建进一步显示该位点引起RbcL蛋白βG折叠、βH折叠和βE折叠的空间结构变化,这些变化可能与麻黄属该蛋白对环境的适应有关.     

基因组比较数据可视化的快速实现

Circos软件是一款功能强大的用于基因组比较分析数据可视化的图形生成软件,但是该软件需要使用者自己编程提取所需数据,因此如何将基因组注释和比较分析结果与该软件衔接是个非常实际的问题.这里,我们开发了一个能够将基因组数据快速与Circos~([1])软件衔接的工具一Geno2Cir.这个工具可以处理对位排列好的基因组数据,进行物种间序列差异的比较,得到能够直接用于生成Circos图像的文件.本工具不仅可以进行基因组之间的两两比较,也可以进行多个基因组之间的同时比较.前者利用窗口步移法进行序列之间的直接比较,后者利用K2P(Kimura-2-parameter)方法先计算两两序列之间的距离,然后得到所有序列之间的距离矩阵之后再计算总体的差异.这一工具可以应用于裸子植物松属物种的叶绿体基因组,以及亲缘关系较远但是序列差异较小的凤蝶总科线粒体基因组的比较.