基于生物信息的未知二进制协议聚类方法

协议聚类是协议逆向工程技术中非常重要的一步，针对二进制协议更加透明且满足的协议种类更加广泛的特点，提出了一种基于基因和蛋白质生物信息的二进制协议聚类方法，能够从原始序列角度对大量协议直接进行聚类.本文方法首先将原始二进制报文转化成四进制基因形式，使用快速聚类方法计算碱基两两组合的k-seed值生成距离矩阵，并用UPGMA计算最小距离生成树得到初始分簇；其次，将每一簇四进制协议报文转化成十六进制蛋白质链，得到序列更有语义的方式并采用基于改进mBed算法的聚类方法将其进行高精度聚类.通过对已知和未知协议单纯和混合场景下的测试表明，该方法能够对二进制协议实现高效并且高准确率的聚类，具有较高的应用价值.     

基于.NET的小鼠资源二级生物信息数据库的初构

目的为实现网络上小鼠品系资源的共享,构建小鼠品系资源二级生物信息数据库;方法利用服务器端脚本技术（ASP.NET）,对网络上的有关小鼠的资源进行搜集整理,设计了小鼠资源的二级生物信息数据库;结果初步构建了小鼠品系二级生物信息资源数据库,并对系统的实现技术、实现方案、安全设计进行了详细的阐述和讨论;结论基于ASP.NET的设计方法,能够有效的提高系统的安全性和可扩展性。     

利用生物信息学数据及工具合成表达链霉亲和素基因

目的:人工合成表达链霉亲和素基因,制备链霉亲和素磁珠复合物用于核酸分离.方法:利用NCBI、BCM等提供的生物信息及软件工具,将链霉亲和素蛋白的基因进行密码子优化,并分割成互为重叠的小片段寡聚核苷酸链,采用化学和酶促合成相结合的方法合成编码链霉亲和素蛋白基因.将纯化的链霉亲和素通过偶联剂与带羧基的磁粒共价结合,用于快速...     

棉花半胱氨酸蛋白酶抑制剂基因的克隆、表达与活性研究

通过从已构建好的突变体湘棉-18的cDNA文库中筛选分离出一个半胱氨酸蛋白酶抑制剂基因的全长cDNA序列,经测序和序列分析,发现该片段包含一个完整的开放阅读框,长378个碱基,编码125个氨基酸,氨基酸序列中包含了一个半胱氨酸蛋白酶抑制剂家族的保守区段Gln-Val-Val-Ala-Gly;信号肽预测发现该序列包含一个N端信号肽,保守区分析该基因编码的氨基酸包含一个半胱氨酸蛋白酶抑制剂相似区域.半胱氨酸蛋白酶抑制剂在大肠杆菌中表达重组蛋白,在条件为30℃,IPTG 5mmol/L,时间24～36h时,CPI实现最优表达,Western Blotting分析表明表达的蛋白正确.通过木瓜蛋白酶活性抑制实验,结果表明该重组CPI具有一定的酶活抑制作用.     

质心法:受类别驱动的RNA二级结构预测方法

RNA二级结构预测问题是计算分子生物学中的一个重要问题.目前的RNA二级结构预测模型和算法都是把待测结构RNA的一级序列作为输入,仅根据输入的序列预测其二级结构.这样做丢失了待测RNA的类别信息,进而无法利用同类别RNA二级结构的保守性.在实际的生物学研究中,对于关心二级结构的RNA,其类别往往是已知的.本文提出一种新的RNA二级结构预测思路:结合类别信息、根据已知的近似形状细化RNA的二级结构.这种方法尤其适用于长度较短、保守性好的非编码RNA.该方法的一个关键问题是如何将一个序列按照近似的形状进行折叠.为此本文首次提出了茎区的"质心"和"质心距"的概念,并且给出了一个结合了Hopfield网络和类别信息的RNA二级结构预测算法.实验表明本文提出的方法在所测试ncRNA分子上效果好于目前的方法.     

Sequence similarity analysis of non-self CTL epitopes and mouse proteins using sequence alignment

This research analyzed amino acid sequence similarity between non-self T cell epitopes recognized by mouse antibodies and mouse proteins. Using sequence alignment,we found that only 8 of 1 108 epitopes are highly similar to mouse protein sequences. The result shows that non-self T cell epitopes are not similar or have little similarity to mouse protein sequences. Furthermore,reviewing the related literature,we also found that the eight epitopes would trigger immune responses in some particular environment,which are ignored by T cells in normal condition. The result suggests that no or low-similarity peptide vaccines can reduce the chance of collateral cross-reactions and enhance the antigen-specific immune response to vaccine.     

水稻组蛋白脱乙酰化酶HD2 HDACs蛋白质的生物信息学分析

HD2 HDACs家族成员是植物特异性的组蛋白脱乙酰化酶并参与基因的转录调控.本研究利用生物信息学方法对水稻组蛋白脱乙酰化酶HD2 HDACs家族成员（HDT701、HDT702、HDT2201和HDT2202）的生物学功能进行研究.结果表明,HD2 HDACs家族成员位于不同的染色体上,分布于细胞的不同部位;它们编码的蛋白均含有依赖于cAMP-和cGMP的蛋白激酶、蛋白激酶C、酪蛋白激酶II与酰胺化4个相同的位点;它们均无跨膜区,都为不稳定的亲水性蛋白质,都无信号肽.多序列比对发现粳稻与籼稻HD2 HDACs的同源性非常高;水稻HD2 HDACs蛋白质的结构域比较特殊;这些蛋白可能参与植物的基因复制、信号传导、转录过程和免疫应答等过程.     

基于公共sRNAs库的病毒检测分析研究

以公共的small RNAs(sRNAs)新一代测序数据为材料,通过生物信息学的分析方法检测生物实验系统样品中存在的病毒,讨论病毒与宿主间的关系,病毒的种属特性,进而指导生物实验设计.从GEO Datasets数据库下载917个已发表的sRNAs高通量测序数据,通过生物信息学分析共检测出来自334个样品库的2,107条高度同源的病毒序列和2,930条疑似的病毒序列.这些病毒主要是正链RNA病毒、反转录病毒和双链DNA病毒,集中在花椰菜花叶病毒科、反转录病毒科、杆状病毒科和芜菁黄花叶病毒目.     

Comparative and statistical analysis of nAChR sequences: An <Emphasis Type="Italic">ab initio</Emphasis> approach to the origin of molecular discrimination

Compared with traditional structure-based approaches for the identification of species-specific ligands, the ab initio approach, based on large-scale protein sequences from different species, has been used to locate specific sites that may be important to the molecular selectivity of species. Statistically significant differences in the distribution of residues in different species and differences in the physicochemical properties of residue-specific sites may largely account for species selectivity. The nicotinic acetylcholine receptor (nAChR), an important neuro-receptor with significantly different ligand selectivity in different species, was used to test our method. Because of the lack of nAChR structural information, the mechanism of ligand discrimination is unclear which hinders attempts at novel molecular design. In this study, the specific site residues 186 and 189 in the principal subunits and residues 34, 55, 56, 57, 106 and 112 in complementary subunits of nAChR were identified by applying our method with stringent statistical cutoffs. These sites were predicted to contribute to ligand selectivity and this result coincides well with the known experimental data.