枯草芽孢杆菌XF-1的碳水化合物活性酶类(CAZymes)蛋白预测与遗传关系分析

枯草芽孢杆菌XF-1对多种植物病原菌具有较好的抑制作用,是农业生产上非常重要的生防菌之一.碳水化合物活性酶类蛋白(CAZymes)作为植物病原真菌、细菌中重要的蛋白,在其生长和发育过程中发挥着重要作用.基于前期获得的枯草芽孢杆菌XF-1中104个分泌蛋白基本序列信息,利用CAT预测程序对该菌中的CAZymes蛋白进行预测分析,明确其含有CAZymes蛋白的数量是58个,上述蛋白可以分为主要类别和复合类别两大类,前者包括26个GHs、21个CBMs以及2个CEs、3个PLs、2个GTs;后者则包括4个复合蛋白类型GH/CBM.该研究有效地实现了枯草芽孢杆菌XF-1中CAZymes的预测,为进一步开展其功能研究打下坚实的理论基础.     

自发光转录激活子样效应因子的功能分析

目的:对转录激活子样效应因子(TALE)蛋白进行特异性标记.方法:通过分子生物学技术,在TALE蛋白的C-端融合了一种具有优异光学性能的萤光素酶.结果:融合蛋白不仅可对目的 DNA进行特异性识别,还可产生萤光素酶的特征光谱.结论:萤光素酶的融合不影响TALE蛋白的正常功能,其光谱信息有望成为分析TALE蛋白与DNA相互作用的特异性检测信号.     

基于Attention Bi-LSTM模型构建蛋白质诱饵序列库

利用计算机技术在海量质谱数据中鉴定蛋白质序列是蛋白质组学研究最基本且重要的任务之一，诱饵序列库构建的好坏是蛋白质鉴定质量控制成功的关键之一。发展了基于注意力机制-双向长短期记忆神经网络(Attention Bi-LSTM)的诱饵序列构建方法，整体研究基于编码-解码框架，采用双向长短期记忆神经网络在解决传统循环神经网络梯度消失问题的同时，可以捕获前向后向更多依赖信息对处理序列数据更加有优势；引入注意力机制提高模型对目标序列库和诱饵序列库相关程度的关注度；并与目前常用的随机和反转算法进行比较。结果显示，基于Attention Bi-LSTM模型构建的诱饵序列库能满足理想诱饵序列库的各项特征要求；在不同大小实验数据集以及谱图、肽段、蛋白3个层面对比分析，显示构建的诱饵序列库与其他方法比具有更好的灵敏性。因此，Attention Bi-LSTM是一种很有潜力的诱饵序列库构建方法。     

Curcin和curcin C与腺嘌呤互作位点的比较分析

麻疯树核糖体失活蛋白curcin和curcin C均具有抗肿瘤活性，但后者的活性水平显著高于前者，为了探索造成这一差异的结构基础，本文采用在线的同源建模预测软件SWISSMODEL，对两种麻疯树核糖体失活蛋白curcin、curcin C的三维结构模型进行预测，采用SYBYL对预测模型进行能量最小化优化，采用PROCHECK、VERIFY 3D和ERRAT软件对优化前后的模型进行质量评估，随后采用AutoDock软件将预测的模型与腺嘌呤进行分子对接分析.结果显示，两种蛋白采用与Ricin A类似的方式与腺嘌呤相互作用，但在相互作用的氨基酸残基种类、数量以及形成的氢键和疏水相互作用上还是存在差异，其中，curcin C与腺嘌呤具有最强的结合能力，curcin则最低.     

响应面法优化谷氨酰胺转氨酶交联大豆分离蛋白的工艺

研究了关于谷氨酰胺转氨酶(TGase)对于大豆分离蛋白(SPI)交联的影响;以凝胶强度为考察指标,采用响应曲面法(RSM)考察TGase含量,酶反应时间,酶作用温度对SPI凝胶性能影响规律,并优化得到最佳工艺参数;实验结果表明,酶的加入量,温度对大豆分离蛋白的凝胶强度有显著影响(p0. 05),得到蛋白凝胶性能最佳的工艺,在酶含量3. 63%,酶作用温度38. 15℃,酶反应时间2. 04 h时蛋白凝胶的凝胶强度达到极值301. 8;研究表明:TGase能够促进大豆分离蛋白形成良好的凝胶。     

大米蛋白水解条件的响应面法优化

运用响应面法优化大米蛋白酶法水解条件,提高大米蛋白水解度和提取率。本研究首先应用单因素实验法分析酶添加量、温度、pH值以及酶解时间对大米蛋白水解的影响;然后在单因素实验基础上,进一步采用Box-Behnken法进行实验设计,考察上述4个因素对大米蛋白水解度和蛋白质提取率的影响。研究结果表明最佳酶解条件为温度62℃,酶添加量2.5%,pH值8.2,酶解时间10.5h,此时大米蛋白的水解度可达到41.5%,蛋白质提取率可达93.1%。研究成果可为酶解制备可溶性大米蛋白肽的工业化应用提供参考。     

沼液和香蕉秆压榨汁生产单细胞蛋白菌株的筛选

由于全球蛋白质缺乏,单细胞蛋白(Single cell protein,SCP)作为一种安全的食品添加剂和饲料,越来越受到人们的重视。尽管SCP大规模生产历史已有近百年,但是对各种优良生产菌株、潜在底物以及最优发酵条件的研究仍然是世界各国研究的热点。基于此,本研究以沼液和香蕉秆压榨汁为研究对象,对能利用其生长的菌株进行筛选,为进一步的单细胞蛋白生产提供参考。实验结果表明:酵母菌、芽孢杆菌都能利用沼液和香蕉秆压榨汁生长,但香蕉秆压榨汁不易保存,因此不宜作为发酵底物;热带假丝酵母Candida tropicalis在沼液中的生长能力强于酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae Y49和毕赤酵母Pichia pastoris GS115;芽孢杆菌在沼液中的生长无规律,且易染杂菌,不适合实际生产应用。因此,沼液作为热带假丝酵母单细胞蛋白生产的培养基,不仅能为单细胞蛋白的生产提供原料,也有利于沼液的妥善处理,实现经济效益和环境效益的双赢。     

圆苞车前子壳粉的添加对肉饼品质的影响

为探究圆苞车前子壳粉的添加对肉饼品质的影响,以猪肉为原料,研究了壳粉的不同添加量对肉饼蒸煮损失、保水保油性及感官品质的影响及原因。结果表明:圆苞车前子壳粉的添加可以明显改善肉糜的保水性,当添加量(质量分数)为0.5%~1.0%时,可以同时促进肉糜中油水乳化稳定性,改善肉饼的保油性;相对于对照组,壳粉添加1.0%时肉饼蒸煮损失由19.05%降低至4.30%,且具有更高的亮度值,此时圆苞车前子壳粉主要成分可以均匀分布在体系中,起到填充作用,并可改善肉糜制品的质构特性。当圆苞车前子壳粉添加量增加至2.0%~3.0%时,由于圆苞车前子壳粉具有的强吸水性,阻碍了油水乳化,导致肉饼保油性降低,蒸煮损失增加;同时膳食纤维的过度填充使凝胶体系出现了明显的相分离,阻断了肌原纤维蛋白凝胶三维网络的连续性,造成肉饼质构特性下降。圆苞车前子壳粉中的车前子多糖(胶体成分)可使肉饼的黏性增加,使肉制品易于成型。希望本研究为圆苞车前子壳粉在肉糜制品中的应用提供理论依据。     

对虾白斑病毒多抗原决定簇重组蛋白的抗原性分析

为研究重组多表位蛋白制备疫苗的方法的可行性,研究通过利用目前有研究证实与对虾白斑综合征病毒(WSSV)感染与致病力相关的重要决定因子囊膜蛋白VP28、VP19和被膜蛋白VP26,从这三种蛋白基因中筛选表位基因,将这些筛选到的抗原表位通过最优化的方式组合以及密码子优化,组成新的表位基因序列,命名为Y1798G,长度为509 bp。将该基因克隆到p ET-32a原核表达载体,生产抗原表位蛋白。将纯化的抗原蛋白注射到小白鼠体内,获得抗体;并通过蛋白免疫印迹(western blot)实验验证获得的抗体能否识别结合WSSV。结果表明所构建的抗原表位重组蛋白对WSSV具有特异抗原性,可见此种制备对虾白斑病毒疫苗的策略具有可行性。     

文蛤蛋白水解制备抗氧化活性肽的研究

以文蛤蛋白为原料,通过蛋白酶水解制备抗氧化活性肽.利用体外清除DPPH活性评价酶解产物的抗氧化活性,采用超滤、葡聚糖凝胶柱层析和HPLC对相应的活性肽进行分离纯化,通过HPLC-MS进行结构鉴定.结果表明:木瓜蛋白酶水解产物的DPPH清除活性明显高于碱性蛋白酶、风味蛋白酶、中性蛋白酶和复合蛋白酶,产物质量浓度为1 mg·mL-1时,DPPH清除率为55.74%;以DPPH清除率为筛选指标,对木瓜蛋白酶酶解产物进行逐级分离,得到4个具有抗氧化活性的目的肽段,氨基酸序列分别为LNFNLEKSR(1120.3 u)、SWLRPR(814.4 u)、RIGNIISQY(1063.3 u)和LNFNLEK(877.2 u).