多巴胺D3R蛋白同源模建及其应用

以分辨率为2.2的牛视紫红质蛋白的晶体结构为模板,采用同源模建方法,建立D3R模蛋白。对接D3R模蛋白与刺桐属配体分子,在对接的D3R蛋白的结合腔中选定一个以药物分子为质心,以半径为6的空间范围,计算此空间范围内的所有氨基酸残基与配体分子的作用能量,即残基/配体的结合能或排斥能,据此得到配体分子与受体蛋白的活性结合位点。     

Design and optimization of a linker for fusion protein construction

Bivalent, bispecific single-chain antibody fusion protein construction appears to be a promising tool for tumor therapy. One of its drawbacks is that the function and activity of the fusion proteins have varied affinity and/or anti-tumor activity compared with the original molecules from which they are derived. A more optimized linker for fusion proteins would confer more favorable biological activities upon bispecific single-chain antibodies. Thus, it is critical to design and optimize an inter-peptide linker. With different functional domains and optimized linkers, fusion proteins provide a solid base for targeted immune therapy for malignancies. In this paper, we review the inter-peptide linker studies and the design of an optimized linker using genetic algorithms. The spatial structure of the fusion protein can be predicted by using genetic and bioinformatics research. Based on current research, the future focus will be on different correlation models to perform simulations of spatial structures and drug molecule design.     

范畴_R~M_S~M的复形及同调模

本文讨论了范畴RMSM中的复形与同调模,证明了下列结果:设OMM′→LL′→KK′→O是一个短正合列,则对任何RS一模AA′有长正合列O→HR(A,M)Hs(A′,M′)→HR(A,L)Hs(A′,L′)→H_R(A,K)Hs(A′,K′)→Ext′(AA′,LL′)→…→Ext~n(AA′,MM′),Ext~n(AA′,L)L′)→Ext~n(AA′,KK′)→…同时给出了AA′是投射RS-模的几个等价命题。     

基于EBIR算法和遗传算法的图像信息检索

虽然我们批判经验论,但人的很多判断依赖于经验,所以我们不得不承认经验在日常生活中的作用.有些时候(如医学诊断),我们需要存储大量的图片,同时也需要借鉴以往的经验.这样,从大量的图片库中寻找与待处理图片相似的信息就显得尤为重要了.利用遗传算法的全局寻优的优势,选取适当的适应度函数,利用从图像中提取主特征值的方法存储并检索图像数据库,取得了比较理想的效果.     

一种基于语词的分词方法

提出了一种基于语词的分词系统 ,设计了相应的分词词典 .该分词词典支持词条首字Hash查找和标准的不限词条长度的二分查找算法 ,并应用于全文检索中 .结果分析表明 ,此分词系统无论是在检索速度上 ,还是在歧义处理上都有很大的改进     

带非精确线搜索的改进Dixon方法的下降性质及其全局收敛性

在推广Ｄｉｘｏｎ公式的基础上,对于无约束最优化问题,提出了一类改进的Ｄｉｘｏｎ共轭下降算法,其中搜索方向迭代公式ｄｋ＋１＝－ｇｋ＋１βｋｄｋ中的参数βｋ可以取负值并结合一类非精确线搜索,证明了新算法的全局收敛性。最后给出了改进的Ｄｉｘｏｎ公式的一个重要应用－自校正近似重新开始共轭下降算法。     

同源建模方法预测蛋白质突变结构的适用性分析

通过从Protein Data Bank(PDB)结构数据库中提取单氨基酸突变的晶体结构,构建了一组无冗余的测试数据集,对目前应用最广泛的两款同源建模预测软件(SWISS-MODEL和MODELLER)进行了测试分析,发现它们对蛋白质的整体结构预测效果良好,均方根偏差小于0.5埃(RMSD0.5),但在突变导致结构显著变化(RMSD1.5)的情况下却均不能得到准确结果.分类统计显示,发生在蛋白质结构内部和极性氨基酸之间的突变结构变化小,两款软件预测效果较好(RMSD1.0).突变导致结构显著变化的可能性不高(5%),但它对蛋白质功能的影响不可忽视,因此应用同源建模方法对于蛋白质突变的模拟并不完全适用,还需要开发新方法来提高准确性.     

一类新共轭梯度法在几种非精确线搜索下的收敛性

讨论在三种非精确线搜索下，NCG法的收敛性质。     

小麦高分子量麦谷蛋白亚基1By15N端区同源建模与分子动力学模拟

通过二级结构预测、折叠识别、同源建模和分子动力学模拟的方法,获得三个小麦高分子量麦谷蛋白亚基1By15 N端区的三维结构模型.模型分析发现,y 型高分子量麦谷蛋白亚基N端的5个半胱氨酸具有两种成键模式,一种是Cys22和Cys44之间形成一个链内二硫键,N端剩余的三个半胱氨酸Cys10,45和55都是自由半胱氨酸用于形成链间二硫键;另一种是Cys22和Cys44,Cys10和Cys55之间形成两对链内二硫键,剩余一个Cys45作为自由半胱氨酸用于形成链间二硫键.     

谱序列及其对偶

本文讨论了利用通常的滤系所确定的双复形M的全复形的谱序列同它的对偶谱序列之间的同构关系。对Künneth谱序列与Grothendieck谱序列考虑了类似的情况。并利用这些关系来计算同调群。