基于位点特异性打分矩阵的卷积神经网络预测SARS-CoV-2核衣壳蛋白的蛋白质二级结构

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)有4种关键的结构蛋白,而核衣壳蛋白就是其中的1种.本实验从公开数据库NCBI上选取的SARS-CoV-2核衣壳蛋白质序列数据,分析SARS-CoV-2核衣壳蛋白与SARS-CoV核衣壳蛋白的序列相似性,对SARS-CoV-2核衣壳蛋白的理化性质和疏水性进行分析;在此基础上提出基于位点特异性打分矩阵的卷积神经网络,预测SARS-CoV-2核衣壳蛋白的8类蛋白质二级结构.研究结果表明,核衣壳蛋白的二级结构主要为无规卷曲,此结果可为抗病毒药物的研发与新型冠状病毒肺炎的诊断提供参考.     

CKMM基因A/G多态性与耐力、力量速度、混合型运动能力关联性的Meta分析

为探索肌型肌酸激酶(muscle-specific creatine kinase,CKMM)基因A/G单核苷酸多态性与耐力、力量速度、混合型运动能力的关联性,通过检索超星医学在线、万方数据库、维普数据库、中国生物医学文献服务系统、中国知网(CNKI)、中国科学引文数据库(CSCD)、EBSCO数据库、PubMed、Science Direct及Web of Science中CKMM基因A/G多态性与耐力、力量速度、混合型运动能力关联性的相关研究,采用Review Manager 5.3对纳入研究进行荟萃分析(Meta-analysis).结果表明:耐力运动员CKMM基因多态性与耐力运动能力、速度力量及混合型项目运动能力不存在显著关联(P>0.05).根据人种进行亚组分析发现,亚洲及欧洲人群CKMM基因A/G多态性等位基因、显性基因及杂合子模型与耐力运动能力均存在显著关联(P<0.05);亚洲优秀耐力运动员表现为G等位基因增加,欧洲优秀耐力运动员表现为A等位基因增加.由此可见,CKMM基因A/G多态性可作为亚洲及欧洲耐力运动员选拔指标,但应考虑不同种族人群A:G等位基因差异.     

稻瘟菌毒素胁迫下水稻根部生理变化及相关基因表达研究

以丽江新团黑谷和谷梅二号为研究对象,利用稻瘟菌粗毒素分别对两者的幼苗根部处理0、6、12、24、48h,并进行地上部和地下部生理指标和相关基因表达分析研究.结果表明,毒素处理后,除SOD外,POD和CAT的活性均升高,MDA含量也升高.与水杨酸和茉莉酸途径相关的8个基因与本底水平相比都表现出上调或下调的趋势,可见这两个途径都得到了表达.特别是48h时,PAL、JIOsPR10、PR1b和PR4在稻瘟病抗性品种谷梅二号的根或叶中的表达量远高于敏感品种丽江新团黑谷,说明这4个基因的表达在调节谷梅二号抗稻瘟菌毒素中具有重要作用.     

科学家研发出新型糖荧光分子探针

源性气体信号分子硫化氢可广泛参与调控机体多种生理病理过程,被认为是继一氧化氮、一氧化碳后第三种重要的气体信号分子。肝脏是产生硫化氢的主要组织,研究表明后者可能与肝损伤、肝炎、肝纤维化及肝硬化等病程发展直接相关。于是,发展可特异性检测肝细胞内硫化氢的分子探针,无论是对细胞生物学研究还是疾病诊断均有重要意义。基于荧光化学探针领域的前期工作基础     

一种利用微波炉加热快速提取细菌DNA用于PCR扩增的方法

利用微波加热原理,探索一种快速、简单、高效提取细菌DNA用于常规PCR快速检测的方法。在微波炉额定功率800 W条件下分别对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、单增李斯特氏菌、副溶血弧菌、沙门氏菌以及志贺氏菌6种常见食源性病原菌进行微波处理,离心取上清,获取细菌DNA,将样本DNA进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳进行验证。并进一步采用微波加热方法针对6种病原菌最低检出浓度和混合提取6种病原菌DNA的PCR检测进行分析。6种病原菌在微波炉中加热40-130 s的上清DNA样本均能用于常规PCR扩增。针对检出浓度的分析表明,副溶血弧菌的最低检出浓度为103 cfu/ml,金黄色葡萄球菌为104 cfu/ml,肠出血性大肠杆菌为105 cfu/ml,肠炎沙门氏菌和福氏志贺氏菌的最低检出浓度为106 cfu/ml,针对单核细胞增生李斯特氏杆菌的的最低检出浓度为107 cfu/ml。进行6种混合菌微波共提取时,其中5种病原菌的特异性基因都能扩出,并且条带很亮。该微波提取方法具有快速,简单,高效的特点,能满足大部分食源性病原菌的常规PCR检测需求,大大节约了时间和成本,具有广泛的适用性,为细菌快速分子检测提供了简便手段。     

多氯联苯胁迫下红树蚬荧光定量PCR内参基因的筛选

【目的】筛选出多氯联苯(PCBs)胁迫下红树蚬(Polymesoda erosa)的实时荧光定量PCR(qRT-PCR)最适内参基因,为进一步开展分子毒理学研究奠定基础。【方法】以β?actin、18S rRNA、GAPDH和#?tubulin为候选内参基因,qRT-PCR测定PCBs胁迫下4个候选内参基因在红树蚬外套膜、鳃、闭壳肌和肝胰腺组织中的表达水平,应用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件分析其表达稳定性。【结果】geNorm软件分析表明β?actin表达最稳定;NormFinder软件分析发现,外套膜、鳃和肝胰腺组织中β?actin的稳定性最好,闭壳肌组织中β?actin(0.454)表达稳定性略微低于#?tubulin(0.425),排第2位;BestKeeper软件分析表明,外套膜和鳃组织中β?actin最稳定,肝胰腺和闭壳肌组织中GAPDH最稳定,β?actin排位第2位。【结论】筛选β?actin为红树蚬在PCBs胁迫下的qRT-PCR最适内参基因。     

辣椒脉斑驳病毒侵染性克隆构建的简易方法

本文介绍了一种构建辣椒脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus , ChiVMV)侵染性克隆的简易方法. 基于辣椒脉斑驳病毒的全长确定序列, 根据基因内部的单一限制性酶切位点, 设计引物, 将ChiVMV分成KL1,KL2, KL3三个片段通过RT PCR和TA克隆的方法将3个片段构建到PMD19 T载体上. 通过双酶切将ChiVMV前面7000bp的片段构建到载体上, 从而将全部的ChiVMV cDNA分段构建到两个重组质粒中, 成功地避免了全长病毒序列在大肠杆菌中不稳定的现象. 进行体外转录时, 先通过PCR扩增出两个彼此有一定重叠的平末端片段, 再利用两个重叠片段为模板用重叠PCR的方法扩增出全长带T7启动子的ChiVMV cDNA, 并通过T7 RNA聚合酶成功转录出ChiVMV的病毒RNA.     

多重PCR检测病死鸡中沙门氏菌方法的研究

为了建立能够同时检测病死鸡样品中的沙门氏菌、鸡白痢沙门氏菌和肠炎沙门氏菌的多重PCR 方法.采用煮沸法提取 DNA 做为模板,选择分别针对沙门氏菌属、鸡白痢沙门氏菌和肠炎沙门氏菌的特异性基因(invA、fliC、sdfⅠ)设计引物,优化反应体系和反应参数,建立多重PCR检测方法.应用该方法对国内17家鸡场369份病死鸡样品进行沙门氏菌的检测,检测结果与传统细菌培养法的结果进行比较.结果表明,优化过的多重 PCR 可同时对沙门氏菌种、属进行鉴定,灵敏度为4.6×102 CFU/mL;多重 PCR 方法共检测出沙门氏菌34株,其中鸡白痢沙门氏菌21株、肠炎沙门氏菌5株,与传统细菌培养法检测结果的符合率分别为91.2%、90.5%和80.0%.     

牛肉及其制品中肉类掺假的荧光PCR鉴别体系优化

根据可能用于牛肉及其制品掺假的肉类原料(猪肉、鸡肉和鸭肉),设计了4对引物和探针.经过测试其具有良好的特异性后,对影响各自聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增的5个影响因素包括Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶活、dNTPs浓度、引物和探针浓度以及模板DNA用量等进行了优化,确定了最佳的PCR扩增体系.同时,根据优化后的结果,对特异性进行进一步的测试,并使用建立的优化荧光PCR鉴别体系对混合样品和市售样品进行检测,确定整体检出限为0.1%(质量分数),并证明该鉴别体系的实际应用价值.     

甘肃地区女性宫颈HPV感染的现状研究

目的:了解甘肃地区女性人乳头瘤病毒(HPV)感染的基因亚型、年龄及地区分布等.方法:采用凯普医用核酸分子快速导流杂交基因芯片技术,对7318名兰州女性进行生殖道21种HPV感染基因亚型筛查.结果:甘肃地区女性HPV感染率为19.9%(1 452/7 318),其中高危型HPV感染率14.78%(1 082/7 318),低危型HPV感染率3.38%(247/7 318),高危型中HPV16为主要致病亚型,占28.59%(415/1 452),低危型中HPV6占6.30%(98/1 452).1452例感染HPV的标本中,单一感染1 188例,占81.82%(1 188/1 452),多重感染264例,占18.18%(264/1 452).按年龄分组中≥50岁组HPV感染率最高,占24.24%.按地区分析,陇南地区HPV感染率最高,达到30.97%(83/268).结论:甘肃地区为宫颈癌高发区,其中HPV16是感染最多的型别,对该地区女性进行子宫颈癌的筛查和防治已成为当务之急.