支持向量机方法预测七鳃鳗miRNA前体

将七鳃鳗miRNA前体(pre-miRNA)序列的结构特征作为支持向量机工具Lib-SVM的输入向量,经Grid程序优化参数后,开发序列预测程序Lj-miRSVM,通过10倍交叉法验证,平均敏感性和特异性分别为95%和95.9%,准确率为95.8%,接收者操作特征曲线(ROC)下的面积比约为98.9%。用Lj-miRSVM预测其他20个物种的pre-miRNA,平均正确率为78.5%。     

雷氏七鳃鳗（Lampetra reissneri）消化系统组成及消化液主要组分的鉴定分析

雷氏七鳃鳗（Lampetra reissneri）隶属于圆口纲（Cycolostomata）,是最原始的无颌类脊椎动物.这种特殊的进化地位使其具有独特的形态和结构.对幼体雷氏七鳃鳗的消化系统的组成及分泌物进行了研究.解剖学分析表明,其消化系统由口、食道、肝脏、胆囊和肠组成,胃退化.对胆汁进行SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳及蛋白质谱分析表明,其主要成分为烯醇酶,能够调节糖酵解,促进其对糖的消化.雷氏七鳃鳗消化系统的这些特点与其特殊的进化地位和生活习性密切相关.这些发现将为研究脊椎动物的起源与进化提供理论基础.     

日本七鳃鳗Lampetra japonica(Martens)脊髓组织结构的研究

本文对五条日本七鳃鳗脊髓组织结构进行了观察。结果表明:日本七鳃鳗脊髓扁薄呈带形,可分为灰质、白质和中央管三部分。灰质内有感觉神经元、中间神经元和运动神经元。神经元胞质中尼氏体呈网状。白质内由神经网构成,主要传导束有缪勒氏(M(u|¨)ller s fiber)纤维。脊髓内有血管。此外,将七鳃鳗脊髓的组织结构同文昌鱼、鲤鱼的脊髓作了比较与分析。     

基于基因表达谱芯片杂交分析Lamprey-PHB2转染前后Chang liver细胞的基因表达差异

选取了10个物种与本课题组前期克隆得到的东北七鳃鳗抗增殖蛋白2(Lm-PHB2)进行氨基酸序列相似性对比,检测PHB2基因进化水平,结果表明各物种的PHB2氨基酸序列在PHB结构域处高度保守,但在N-端和C-端氨基酸序列保守性较低.将重组质粒pEGFP-N1-Lm-PHB2瞬时转染入张氏肝(CHL)细胞后,利用基因表达谱芯片技术分析基因的表达差异.结果显示CHL细胞中共有270条显著差异表达基因,其中显著上调基因共141条,显著下调基因共129条,涉及细胞信号转导、细胞周期调节、细胞增殖、细胞代谢和细胞凋亡等多个方面.通过实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)对基因表达谱芯片分析结果进行验证,结果显示转染pEGFP-N1-Lm-PHB2质粒后,细胞周期基因CDC25C、氧化应激相关基因(CAT,SOD,GST)和抗细胞凋亡基因HAX1均有显著性差异.     

日本七鳃鳗Lampetra Japonica(Martens)肠管的组织学结构

本文对两条日本七鳃鳗肠管的形态结构进行了比较详细的组织学观察。从七鳃鳗肠管形态结构特点可以看出,七鳃鳗是低等的脊椎动物,是处于由低等向高等脊椎动物过度的阶段。此外,我们还看到七鳃鳗的肠上皮存在纤毛柱状细胞与假复层纤毛柱状细胞交错分布的现象。     

七鳃鳗(Lampetra japonica)白细胞cDNA文库构建及生物信息学分析

以复合免疫日本七鳃鳗(Lampetra japonica)外周血中分离的单个核白细胞为材料,构建库容量为4.5×106pfu.mL-1的cDNA文库,随机挑选单克隆菌落测序共得到10 500条有效ESTs(expressed sequence tags)序列.经PHRAP软件对序列拼接组装后得到3 382个转录本,其中有1 080个重叠群和2 302个单一序列,有59.08%的转本录在NCBI数据库中搜索到同源序列.运用Blast2GO软件进行Gene Ontology注释,分别有27.47%、25.20%和10.01%的转录本参与细胞生理、代谢和生物调节等生物学途径;分别有48.43%、22.10%和10.69%的转录本起到结合、催化和结构分子活性等分子功能.统计数据显示,与细胞自身基因转录、蛋白质合成及转运等生命过程密切相关的基因如真核转录延长因子、反转录酶、核糖体蛋白、腺苷酸转运体、细胞色素C氧化酶和热休克蛋白等在血液白细胞群中大量表达.另外,与固有免疫密切相关的白细胞衍生趋化因子、抵抗素、颗粒体蛋白等表达量相对较高,说明固有免疫系统在七鳃鳗感染初期的免疫防卫方面起着主要作用.     

日本七鳃鳗口腔腺分泌蛋白BGSP-2的序列进化分析、基因克隆及诱导表达

从实验构建的七鳃鳗口腔腺cDNA文库中获取BGSP-2(buccal gland secretion protein)基因片段,并对其进行生物信息学分析.RT-PCR扩增,已获得日本七鳃鳗口腔腺BGSP-2蛋白的全序列cDNA,将目的基因与pET23b载体连接,进一步转化至Rosetta表达菌株中,筛选阳性克隆,对包涵体进行变性、复性与纯化.结果显示已成功获得成分均一的活性蛋白.     

日本七鳃鳗Lampetra japonica(Martens)腮囊组织结构的研究

本文对五条日本七鳃鳗腮囊的形态结构进行了比较详细的观察。其结果表明:日本七鳃鳗的腮囊有七对,囊壁向内折叠形成腮叶及次级腮叶。在显微镜下观察,腮叶及次级腮叶是上皮组织、结缔组织和毛细血管构成的。其中主要细胞有单层扁平细胞、支持细胞和氯化物细胞三种。     

日本七鳃鳗Lampetra Japonica(Martens)肾脏组织结构的研究

本文对五条日本七鳃缦肾脏的组织结构进行了观察,结果表明:日七本鳃鳗具有一对狭长的肾,由腹膜(?)着于体腔背壁。光镜下观察七鳃鳗肾脏的横切面,可见肾小管几乎布满正个切面,一个体积较大的肾小球位于切面内侧中部,位于切面腹侧的腔是输尿管(图1)。根据肾小管管壁细胞形态的不同将它们分为五个基本段。即颈段、近球管段、中间连接段、远球管段和集合管。