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通过Ⅲ型、Ⅳ型、Ⅵ型分泌系统,革兰氏阴性菌可将效应蛋白直接注入宿主体内,并导致宿主感染各种疾病.由于Ⅲ型、Ⅳ型分泌效应蛋白均属非经典分泌蛋白,且它们可能具有相似的序列模体或进化保守性,故两者之间难于区分.基于支持向量机和伪位置特异性得分矩阵,本文提出了一种可快速准确识别革兰氏阴性菌Ⅲ型、Ⅳ型效应蛋白的计算方法.测试集实验结果表明,本方法对Ⅲ型、Ⅳ型效应蛋白具有较好的分类效果,可作为辅助工具用于分泌效应蛋白的进一步研究. 相似文献
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通过Ⅲ型、Ⅳ型、Ⅵ型分泌系统,革兰氏阴性菌可将效应蛋白直接注入宿主体内,并导致宿主感染各种疾病.由于Ⅲ型、Ⅳ型分泌效应蛋白均属非经典分泌蛋白,且它们可能具有相似的序列模体或进化保守性,故两者之间难于区分.基于支持向量机和伪位置特异性得分矩阵,本文提出了一种可快速准确识别革兰氏阴性菌Ⅲ型、Ⅳ型效应蛋白的计算方法.测试集实验结果表明,本方法对Ⅲ型、Ⅳ型效应蛋白具有较好的分类效果,可作为辅助工具用于分泌效应蛋白的进一步研究. 相似文献
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基于支持向量机算法,本文提出了一种能快速准确区分癌细胞经典分泌蛋白与非经典分泌蛋白的方法.通过严格的特征筛选,氨基酸组成、位置特异性得分矩阵和信号肽组成了最优特征集.测试集检测结果表明,本方法对癌细胞经典分泌蛋白与非经典分泌蛋白具有较强的区分能力,可为寻找到不同种类癌症间通用的生物标志物提供理论参考. 相似文献
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本文提出了一种基于SVM快速识别革兰氏阴性菌分泌系统蛋白的方法.该方法以氨基酸组成和位置特异性得分矩阵为最优特征集,充分考虑了蛋白质的序列信息及进化信息.实验结果表明,本文提出的方法对革兰氏阴性菌分泌系统蛋白具有较好的预测性能,可作为细菌分泌系统研究的有益补充. 相似文献
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