欧洲山杨bHLH转录因子家族全基因组分析

为了研究欧洲山杨中bHLH转录因子家族成员的分类和进化,分析其在干旱胁迫应激中可能行使的功能,本研究利用多种生物信息学手段从全基因组水平鉴定和解析欧洲山杨bHLH转录因子,并对干旱胁迫下的欧洲山杨根部转录组进行分析.结果显示,欧洲山杨的基因组中有167个bHLH转录因子家族蛋白.通过与拟南芥bHLH蛋白序列进行系统发育分析将其分为15个亚家族,并推测出39个PtbHLH的功能,这些功能表明bHLH转录因子家族涉及到欧洲山杨生长发育的多个生理过程.基因结构和motif分析显示,同一亚家族中几乎所有的PtbHLH都有相似的外显子/内含子排布和蛋白质motif结构.此外,利用RNA-seq数据分析干旱胁迫处理下PtbHLH基因的表达情况,筛选出4个潜在的bHLH抗旱蛋白.     

昂首迈进医药科技新世纪：——记暨南大学医药生物技术研究开发中心

去年深圳高交会期间,暨南大学的站位被围得水泄不通,前来咨询的、索取资料的、交换名片的、购买展品的令人应接不暇,成为展区一道亮丽的风景线,连任仲夷、朱森林、王岐山、卢钟鹤等省市领导也兴致勃勃地前来观看。 是什么原因吸引了如此众多的热切目光?     

Linux平台下EST序列分析系统的构建应用实例

利用抑制削减杂交和基因芯片技术获得一批黄孢原毛平革菌特异表达的SET序列，使用Phrap、EMBOSS、B1ast、GENSCAN、MZEF软件，基于Linux操作系统，构建EST序列分析系统，完成了从EST和基因组Blast数据库的构建，载体序列的去除，EST序列的分类和组装，EST序列在基因组上的定位，外显子和内含子的识别以及基因预测，并通过使用perl语言结合bioperl模块写的脚本程序使分析过程自动化，从而可以快速地对大批EST序列进行分析，为克隆相关基因及研究黄孢原毛平革菌功能基因组学提供有用的信息。     

水稻蛋白质相互作用网络的预测与分析

通过同源映射的方法,利用6个模式物种的蛋白质相互作用数据预测水稻的蛋白质相互作用网络.预测到水稻中有4483个蛋白质参与了24942个蛋白质相互作用.通过GO注释,结构域相互作用,基因共表达等3个证据评估预测网络的质量,并对网络进行了拓扑属性分析.结果表明水稻的蛋白质相互作用网络符合scale-free属性.通过对网络中功能模块的分析,可以预测蛋白质的功能和亚细胞定位信息.     

短小芽孢杆菌BA06的比较基因组分析

将短小芽孢杆菌BA06与其他18个短小芽孢杆菌菌株进行全基因组比较,鉴定出BA06基因组中有包括抗性岛、毒力岛、共生岛在内的12个基因组岛或噬菌体序列.基因家族分析鉴定出BA06有3个特异性基因家族,9个基因家族发生扩张,3个基因家族有所收缩.表明BA06在短小芽孢杆菌这一菌种中具有突出的抗药性与运动能力,并具有除皮革脱毛外更多的生物学特性.     

簸箕柳AP2/ERF家族基因的全基因组分析

为了研究簸箕柳AP2/ERF转录因子家族的成员和分类,及后续深入探究其在簸箕柳生长发育过程中的功能,本文基于簸箕柳基因组数据,利用生物信息学技术和方法,对簸箕柳的AP2/ERF家族基因进行鉴定、分类及染色体定位,并对其理化性质、基因结构、保守结构域、表达模式等进行分析.结果表明,簸箕柳含有178个AP2/ERF家族基因,并根据AP2/ERF保守域的数量与拟南芥AP2/ERF家族基因的进化关系将其划分成AP2、ERF、RAV和Soloist亚家族4类.此外组织表达模式分析结果显示,簸箕柳AP2/ERF家族基因的表达具有明显的组织特异性,且在leaf、root、shoot、flower中表达较强,在其他组织中表达较弱.     

利用比较基因组学方法预测短小芽孢杆菌转录调控网络

为探讨短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)的基因调控关系,通过在其亲缘关系最近的模式菌——枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)中寻找同源转录因子及其调控基因的方式,预测出B.pumilus的候选转录调控网络;并利用转录因子绑定位点的位置权重矩阵(Positional Weight Matrix)在B.pumilus全基因组的基因上游区域扫描motif的方式来验证候选转录调控网络;最后再整合其他B.pumilus专属的调控数据,最终形成一个较完备的B.pumilus基因转录调控网络（包含195个转录因子和1201个受控基因）.上述结果表明,在细菌中,利用比较基因组学的方法,以一个被广泛研究的模式生物所积累的基因转录调控关系数据为基础,推测出亲缘关系较近的其他物种的基因调控网络,其结果是可靠的,为探索一些尚不具备大规模基因表达芯片数据的物种的基因调控网络提供了一种可行的方法.     

基于格子玻尔兹曼方法的室内颗粒运动模拟

为了研究颗粒直径和密度对其室内运动和沉积的影响,该文基于格子玻尔兹曼方法的标准k-ε模型对二维室内湍流空气进行数值模拟,使用拉格朗日方法对颗粒运动进行模拟。结果表明,当颗粒密度一定时,底部的颗粒沉积数随颗粒直径的增大而增加,而顶部的颗粒沉积数随颗粒直径的增大而减少。大直径颗粒密度的变化对颗粒的沉积影响较大,密度大的颗粒易在房间底部沉积,密度小的颗粒更易在房间顶部沉积。当直径较小时(0.05μm),颗粒密度的变化对颗粒沉积基本没有影响。     

酿酒酵母线粒体蛋白转运系统在立克次体中的同源分析

进化分析表明,与线粒体亲缘关系最近的原核生物是立克次体(Rickettsia prowazekii).搜索酿酒酵母(Saccharom ycescerevisia)线粒体蛋白转运系统的35个亚基在立克次体中的同源蛋白质,仅发现了5个同源蛋白,且它们只属于转运系统在线粒体外膜和基质上的模块,没有发现转运系统在膜间隙和内膜...     

基于Dempster-Shafer证据理论的组合基因预测

使用Dempster-Shafer证据推理理论组合多个基因预测程序可以组合来自多个信息源的基因预测信息,多个基因预测程序组合后的预测效果明显好于单个基因预测程序的效果.