编码理论在双序列比对中的应用

序列比对是生物信息学的基础,通过序列比对获得的大量的序列信息可以用来推断基因的结构、功能和进化关系,因此序列比对方法研究已成为生物信息学领域中一个非常重要的研究课题.基于核苷酸二联体的一种编码规则,利用异或操作的结果,给出了一种上序列比对方法,该方法简单有效.     

一种基于核苷酸二联体的DNA序列编码规则

序列比较的基本任务有:(1)对于两条长度相近的序列相似,找出序列的差别;(2)判断一条序列的前缀与另一条序列的后缀相似;(3)判断一条序列是否是另一条序列的子序列;(4)判断两条序列中是否有非常相似的子序列.对核苷酸二联体给出DNA序列一种编码规则,利用异或操作进行序列比较.     

一类q超几何级数Φn0[a1,a2,…,an;z]

给出了q超几何级数Φn0[a1,a2,…,an;z]的几个性质及关系式,并用扩展的GSN对定义证明了一个特殊的恒等式.     

基于4D表示的DNA序列分析方法

基于DNA序列4种核苷酸的物理化学性质,考虑相邻两个碱基组合形式,提出一种新的DNA序列4D表示.基于这种表示,可以把DNA序列简化成4D空间的一系列点,根据点坐标抽取序列数值特征,再根据数值特征给出方法对DNA序列进行相似性分析.以10个不同物种的a-球蛋白基因的第一个外显子碱基序列的为例子,说明基于4D表示的DNA序列分析方法是有效的.     

一类q超几何级数"非汉字符号"[a_1,a_2,…,a_n;z]

给出了q超几何级数Φn0[a1,a2,…,an;z]的几个性质及关系式,并用扩展的GSN对定义证明了一个特殊的恒等式.     

RNA二级结构自动绘图系统的构建

给出了带假结的RNA二级结构自动绘画系统以及自由能的处理．用软件实现此方法可以把以碱基匹配表示的RNA分子二级结构自动转化为图形表示．