次要等位基因频率筛选阈值对人类单体型图精度的影响: 基于中国汉族与藏族人群测序数据的比较

基因组变异是个体间疾病易感性和药物反应等表型多样性的遗传基础. 国际人类单体型图(International HapMap)旨在为复杂疾病相关遗传变异的研究提供路线图. 单核苷酸多态性(SNPs)是HapMap的基本要素. SNPs等位基因频率影响连锁不平衡结构、单体型的构建、标签SNPs的筛选, 是影响HapMap精度的主要因素之一. 因此, 次要等位基因频率筛选阈值的选择对图谱精度有深远影响. 迄今大多数研究者选用自定的阈值, 且鲜有针对次要等位基因频率筛选阈值对HapMap精度影响的研究. 为探讨次要等位基因频率筛选阈值对相应HapMap精度的影响, 本研究用中国汉、藏族人群15号染色体中心粒区域基因的测序结果按不同次要等位基因频率筛选阈值(≥0.01, ≥0.05, ≥0.10)将以往的数据分成了3组, 即0.01组、0.05组以及0.10组, 分别构建了3组数据的HapMap, 并比较了各组HapMap精度、关联分析的研究效能及节约/总成本比值. 结果显示, 0.01组有最高的关联分析研究效能(相比0.05组: 汉族, P = 0.019; 藏族, P = 0.029), 并捕获了最多的人群特异性单体型(相比0.05组, P = 0.012). 在所检区域内, 与0.10阈值相比, 0.05阈值并没有显著提高关联分析的研究效能(汉族, P = 0.191; 藏族, P = 1.000)及人群特异性单体型的捕获(P = 0.592). 同时, 在藏族人群中, 0.05与0.10组产生了相同数据的标签SNPs效率、连锁不平衡结构域的数目和平均长度、关联分析研究效能及节约/总成本比值. 结果提示, 较低的次要等位基因频率筛选阈值更适合着重于人群特异性单体型的研究; 不同人群最佳次要等位基因频率筛选阈值可能不尽相同. 由于本研究检测基因数目有限, 这一重要议题仍需更多深入的探讨.     

世界濒危物种黑颈鹤的越冬栖息地保护与当地农业活动的关系

国家人事部资助项目开始的野外工作,是于2009年的2月和3月在西藏拉萨市的林周、墨竹工卡和曲水进行的。所用的主要研究方法为路线统计法和访问法。在每月的月初、月中和月底在各地进行了一次统计。黑颈鹤在拉萨河谷2月份的总数平均为810．3只,其中上、中、下旬三个时间段相比较时,鹤的数量化幅度不大。3月份拉萨河谷黑颈鹤总数平均为816．3只,但中旬以后鹤的数量逐渐下降。分析其集群大小,以1-10个个体为一组的占多数,但3月下旬时大群的出现频率有所增加。多数群体活动在离公路50-493m的范围内。在彭波河谷未秋翻地、冬小麦地和沼泽为选择强度最高的三种栖息地类型,但避开人工林和秋翻地。研究地内的大小家畜总数为152248头（只）,其中绵羊的数量最大,占家畜总数的39．44％,黄牛和犏牛的数量居第二位,占家畜总数的27．05％。如果秋翻地的面积能够控制在目前的水平,当地农业活动对黑颈鹤的生存不会造成大的威胁。人工林面积的迅速扩大和沼泽面积的逐年下降,才是真正的威胁源。     

采用高斯几何矩的图像复制粘贴篡改盲检测

针对图像盲检测中一种常见的简单的篡改方式复制粘贴,提出了采用高斯几何矩的图像篡改检测方法.首先将图像进行重叠分块,其中所分块的大小相同,然后提取每个图像块的高斯几何矩作为对应的特征向量,通过字典排序之后,计算图像块间的欧式距离,最后根据图像块的相似性确定篡改区域.实验结果表明,该方法能够有效地检测与定位图像的篡改区域,与不变矩相比有较强的抗噪性,能够成功地检测出带有噪音的篡改图像,同时具有很好的鲁棒性.     

数值预报对藏东地区冬春季降雪的检验

【目的】通过对昌都11个城镇2018—2020年冬春季24小时观测降雪的晴雨、各量级进行检验分析,以期为数值模式降水预报产品进行订正提供参考。【方法】根据中国气象局下发的《中短期天气预报质量检验办法》,对EC、CMA-GFS细网格模式对昌都冬春季降水的预报效果进行晴雨、24小时降水量级检验和TS累积降水量评分。【结果】(1)EC细网格对昌都11个站点的晴雨预报准确率高于CMA-GFS模式预报准确率。(2)EC细网格对卡若区、类乌齐、丁青的24 h,48 h,72 h的预报准确率>空报率>漏报率,其余各站空报率>准确率>漏报率。CMA-GFS模式24 h,48 h,72 h的晴雨预报检验都为空报率>准确率>漏报率。【结论】两种模式对卡若区、丁青、类乌齐的小雪量级模式预报能力上均具有一定的参考。中雪量级模式预报能力上,EC细网格模式具有一定的参考,CMA-GFS模式基本没有预报能力。