Ⅱ型抗癌晶体蛋白的芳香族氨基酸及其与抗肝癌活性间的关系

利用氨基酸序列比对,蛋白质间相互作用位点预测和蛋白质与蛋白质对接,研究Ⅱ型抗癌晶体蛋白的氨基酸组成与其抗肝癌活性之间关系.结果表明:Ⅱ型抗癌晶体蛋白分子上位点49,51,52,55～60,194和205～212的氨基酸残基,特别是芳香族氨基酸在配体和受体蛋白质间的相互作用中起着重要作用;在Hex的蛋白质与蛋白质对接中,配体P11和P32与受体甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)的结合能量最低,表明P11和P32更容易与GAPDH结合.     

江西高校体育教学与高中新课程改革对接现状及对策研究

采用文献资料法、问卷调查法、数理统计法、专家访谈等多种研究方法对普通高校公共体育教学与高中新课程改革对接现状、存在问题和解决对策进行研究,就教学思想与理念对接、方法与内容对接、设施完善对接、政策落实对接等提出可行性建议。研究结果为普通高校体育教学与高中新课程改革的成功对接有着重要现实指导意义。     

基于蚁群算法骨性关节炎中药分子的分子对接研究

对治疗骨性关节炎的中药分子进行计算机分子对接研究,并对实验结果进行分析.对接过程中使用DOCK的评分函数进行能量计算,用蚁群算法改进对接的构象搜索过程并用均匀设计法确定蚁群算法的合适实验参数.实验数据来源于治疗骨性关节炎中药中的药物分子,选择5个分子与相应的靶标分子进行对接,实验结果与改进前使用单纯形方法的结果进行对比,时间及精度性能指标上都有所改善,显示蚁群算法用于优化对接过程中的构象搜索是有效的.     

α-synuclein蛋白与A-β肽和β-synuclein蛋白相互作用位点的预测

α-synuclein蛋白的异常聚集是引起帕金森病的重要因素.实验研究发现,α-synuclein蛋白能与多个蛋白相互作用.在相互作用的蛋白质中,有的可以促进α-synuclein的异常聚集,如A-β肽;有的可以抑制α-synuclein的异常聚集,如β-synuclein蛋白,但促进或抑制α-synuclein异常聚集的机理并不明确.利用SYBYL和AUTODOK软件模拟α-synuclein蛋白与A-β肽和β-synuclein的相互作用,找到其相互作用位点,为进一步研究α-synuclein蛋白的异常聚集提供理论依据.     

异柠檬酸裂解酶肽类抑制剂的优化筛选

利用噬菌体肽库筛选与计算机模拟分子对接技术, 优化异柠檬酸裂解酶肽类抑制剂的筛选. 先通过噬菌体肽库筛选出与异柠檬酸裂解酶（ICL）具有高亲和力的结合肽, 再利用Discovery Studio 2.1模拟多肽与ICL蛋白晶体（1F8I）的分子对接, 最后用Fmoc固相合成法合成多肽, 并对其生物活性进行检测. 实验结果表明, 通过噬菌体肽库筛选得到了29条七肽序列, 其中12条可与ICL蛋白晶体成功对接. 体外生物活性检测结果显示, 得到的12条七肽均对ICL的活性有明显抑制作用（抑制率均超过50%）.     

黄酮类化合物与雌激素受体作用的三维定量构效关系

黄酮类化合物是一种普遍存在于食物和植物中的内分泌干扰物. 选取20个典型的黄酮类化合物, 采用基于分子对接(docking)的比较分子场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数(CoMSIA)方法, 研究它们与雌激素受体(ER?)的相互作用, 建立了这些黄酮类化合物和雌激素受体之间的三维定量构效关系(QSAR)模型, 得到CoMFA模型的最佳交互验证相关系数Q²_LOO为0.845, 非交互验证相关系数R²为0.988, 相应的CoMSIA模型的交互验证相关系数Q²_LOO为0.670, 非交互验证相关系数R²为0.990, 说明模型具有很强的稳定性和预测能力. 此外, 分子对接结果揭示了受体腔中的关键残基及其与黄酮类化合物作用的具体方式.     

Docking and molecular dynamics studies on CYP2D6

Drug-metabolizing enzymes, also known as cytochrome P450s, are a superfamily of hemoglobin responsible for metabolizing more than 90% clinical drugs. Cytochrome P450 2D6 (CYP2D6) is a significant member of cytochrome P450s for the reason of metabolizing about 20% clinical drugs. In this paper, molecular docking and molecular dynamic simulations are used to investi- gate the active site of CYP2D6, roles of essential amino acids within the active site and time-dependent protein energy changes. The results suggest that amino acids Glu216, Asp301, Ser304 and Ala305 in the active site are likely to form hydrogen bonding interac-tions with substrates; the benzene ring of Phe120 and aromatic ring in the substrates form ∏-∏ interactions. In addition, molecular dynamics simulations prove that the catalytic conformation of CYP2D6 without ligands can be obtained by their own atomic fluctuations. The impact of ligands on protein system energy and large conformational shift is not very large. Cytochrome P450s is known for their genetic polymorphisms, which will result in severe adverse drug reactions. Ideally, we hope to use mo- lecular modeling to investigate the differences between the substrates of wild-type and mutants while they are bonded with drugs, and predict the drug metabolizing ability of mutants. Reduce the possibility for people taking drugs that they can not metabolize, therefore reduce the rate of adverse drug reactions, and eventually establish a platform of personalized drugs to largely benefit human health.     

基于射频课群体系无缝对接创新培养模式的研究

提出基于射频课群体系的无缝对接创新培养方案,从构建射频课群体系、完善实验实践教学、应用网络教学手段、加强创新能力培养等方面实施教学改革,实现"学习——实践——应用——创新"的无缝对接人才培养目标.     

嗜酸氧化亚铁硫杆菌的核糖-5-磷酸异构酶的同源建模研究

采用同源建模技术和分子动力学模拟方法,构建了嗜酸氧化亚铁硫杆菌Acidithiobacillus ferrooxidans(A.f)的核糖-5-磷酸异构酶(rpiA)基因编码的蛋白质三维分子结构模型。将结构模型进行绑定位点搜索并与底物核糖-5-磷酸(R5P)进行柔性分子对接,结果显示,R5P被招募到A.ferrooxidans的RpiA的活性位点并随后被激活;残基Asp81,Thr31,Lys121,Ser30,Glu103,Asp84,Lys94,Asp118,Lys7,Gly97,Gly29,Gly95,Thr28和H2O对底物绑定或催化起重要作用,其中,Gly97,Gly29,Gly95和Thr28是新识别的残基,它们在其他生物体的RpiA中相当保守但未被发现。     

综采工作面对接与转向技术实践研究

介绍了荆矿公司综采工作面对接与转向技术的实践,从工作面设计,回采期间的技术管理两个方面进行了研究。实施该项技术,有效解决了矿井不规则形状区域开采的难题,提高了资源回收率。对煤矿开采、特别是资源枯竭型矿井的储量挖潜具有一定的借鉴意义。