基因组医学:过去、现在和将来

在全球大量研究人员的努力驱动下,基因组医学这个本来就很热门的领域一直在持续地扩张之中。为了庆祝《基因组医学》杂志创办两周年,该杂志邀请了杂志各个栏目的编辑,就他们认为的在这两年中各自负责的领域内最为激动人心的突破和基因组医学的未来分别进行了评述——     

浅议高校生物信息学教学改革

生物信息学是起步于20世纪90年代的一门新兴学科,是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一。本文结合教学实践,针对高校生物信息学教学中出现的问题,从教学大纲、教学内容、教学策略、实验教学及师资力量方面提出改革建议,旨在提高本课程教学质量。     

蛋白质组学核心技术研究进展

人类基因组计划的完成标志着生命科学已进入后基因组时代,蛋白质组学的研究被提升到了前所未有的高度.对蛋白质组学研究中的三大核心技术——双向电泳、生物质谱、生物信息学技术的进展及其应用进行了概述,重点介绍了双向电泳技术和生物质谱技术.     

基于质谱技术的计算蛋白质组学研究

蛋白质组是继人类基因组计划完成之后又一新兴的生命科学研究对象，蛋白质组学研究细胞或组织内所有表达的蛋白质．生物质谱技术已为蛋白质组学研究产生了大规模的质谱数据；而如何从这些数据中提取和发现有关蛋白质组的重要生物学知识为计算蛋白质组学的研究提出了重大需求，如蛋白质鉴定、翻译后修饰、定量分析，以及疾病模式的发现等．本文研究了如何应用计算技术来解决蛋白质组学研究中质谱信息处理的这几个关键问题．     

甲胎蛋白分子演化的生物信息学分析

甲胎蛋白（AFP）是类白蛋白家族成员蛋白之一，在生物个体发育以及肝癌发生发展中起重要作用. 为了研究AFP的系统发生，并以此探讨系统发育与个体发育的关系，运用生物信息学手段，分析了不同物种中类白蛋白家族成员的进化关系，并对各分子的白蛋白结构域进行了进化归类.同时，对不同物种的白蛋白（ALB）和AFP之间包含启动子、抑制子和增强子在内的约14?kb的核苷酸序列进行了比较分析. 研究从系统发育的角度阐释了AFP分子及其基因调控机制的演化方式，为更好的认识AFP在机体生理和病理状态的作用建立了理论分析的基础.     

基于文献计量的我国生物信息学研究发展动态

目的：认识我国生物信息的发展的概况。方法：采用科学计量学、统计学方法，对CBMdisk生物医学文献数据库、中国期刊网2002年以前国内正式发表的生物信息学文献和首届中国生物信息学会议论文进行了统计分析。结果：生物信息学文献呈上升趋势，1994年开始有生物信息学文献刊载、1998年开始快速增长，2000年开始大幅度增长；文献主要分布于生物科学和医药的基础学科和生物医学工程领域：《生物化这与生物物理学报》、《生物化学与生物物理学进展》、《生物工程进展》等期刊是我国内生物信息学研究文献的主要期刊：北京、上海、湖南等地的研究处于领先地位。结论：物信息学在国内研究的水平呈逐年上升趋势，国内对该学科的认识不断提高，但对该学科发展的认识仍需加强，并提出一些建设性观点。     

中华绒螯蟹卵巢新基因EJO6的全长cDNA克隆和序列分析

利用RACE技术从中华绒螫蟹卵巢获得了新基因EJO6(Eriocheir japonica ovary gene 6,EJO6)的全长cDNA序列(GenBarnk 检索号：AYl85922)。该cDNA序列长度为1250bp,开放阅读框为690bp,编码229个氨基酸。根据氨基酸序列计算的相对分子质量和等电点分别为24270和11．9。同时用生物信息学的方法对该基因的结构和功能进行了初步分析。     

代谢网络的蝴蝶结结构特征及其功能意义

研究全基因组代谢网络的结构拓扑对于了解结构与功能间的联系是必不可少的. 而可视化有助于获取网络组织结构的直观信息. 从网络拓扑的角度考察了75个物种的全基因组代谢网络. 提出了一个展开蝴蝶结模型, 实现了对代谢网络的蝴蝶结结构的清晰的可视化. 展开蝴蝶结所揭示的代谢网络的结构特征, 有助于我们设计高效的且更能反应代谢网络自身特点的网络算法. 同时, 这个粗粒化的网络模型还可实现对网络中脆弱连接的可视化, 因此对于疾病研究和药靶发现都有潜在意义. 通过对蝴蝶结中心部分的双向连接及主核的研究表明, 代谢网络的蝴蝶结结构有其内在的、有意义的拓扑特征, 而这些特征是随机网络所不具备的.     

新版“生物信息学工具箱”发布

美国MathWorks公司近日发布了新版的Bioinformatics Toolbox for MATLAB（MATLAB生物信息学工具箱），新版“工具箱”将更好地帮助科学家从事药物、遗传工程、基因组学、蛋白质组学等研究。     

Bow-tie topological features of metabolic networks and the functional significance

Exploring the structural topology of genome-based large-scale metabolic network is essential for in- vestigating possible relations between structure and functionality.Visualization would be helpful for obtaining immediate information about structural organization.In this work,metabolic networks of 75 organisms were investigated from a topological point of view.A spread bow-tie model was proposed to give a clear visualization of the bow-tie structure for metabolic networks.The revealed topological pattern helps to design more efficient algorithm specifically for metabolic networks.This coarse- grained graph also visualizes the vulnerable connections in the network,and thus could have important implication for disease studies and drug target identifications.In addition,analysis on the reciprocal links and main cores in the GSC part of bow-tie also reveals that the bow-tie structure of metabolic networks has its own intrinsic and significant features which are significantly different from those of random networks.