致病钩端螺旋体特异消减片段的序列测定与分析

对24个已鉴定的赖型致病钩端螺旋体特异消减片段进行DNA序列测定和生物信息学分析.结果显示,片段两端皆含有AluⅠ酶切位点,片段大小为149～1506bp,平均480bp,GC含量平均为36 63%.其中6个序列无任何同源匹配序列,提示可能来自新基因;18个同源序列可分为两类:与外膜蛋白或假想蛋白相关,与生化代谢修饰相关的酶.在Genbank中登记其中20个序列,序列号分别为AF300873-AF300877,AF325807-AF325821.这些基于生物信息学的功能预测,将有助于在此基础上进行相关的基因克隆鉴定、表达分析及功能验证.     

小鼠胰岛素样生长因子1(IGF1)基因启动子的生物信息学分析

生物信息学的发展为在线分析软件预测基因启动子的相关信息提供了众多有重要价值的参考信息.采用进化足迹法,结合生物信息学工具,运用在线软件进行分析,分析了小鼠IGF1基因的启动子结构.分析结果表明,在小鼠IGF1基因的启动子保守区内预测出6个转录因子结合部位,为探讨该基因的表达调控机制提供了重要参考.     

RNA生物信息相关软件概述

随着功能性RNA在分子生物学研究的不断深入,出现了很多实用的RNA分析软件,他们功能各异,各具特色,为功能性RNA分子的结构研究提供了许多帮助。本文依据他们的功能介绍了几款较常用的RNA分析软件。     

基因组医学:过去、现在和将来

在全球大量研究人员的努力驱动下,基因组医学这个本来就很热门的领域一直在持续地扩张之中。为了庆祝《基因组医学》杂志创办两周年,该杂志邀请了杂志各个栏目的编辑,就他们认为的在这两年中各自负责的领域内最为激动人心的突破和基因组医学的未来分别进行了评述——     

利用NCBI相关资源电子定位基因的方法和实践

介绍了在NCBI上与电子定位基因有关的主要生物信息学资源，以人胰核糖核酸酶基因为例，探讨了运用生物信息学在NCBI中电子定位基因的几种方法。     

细菌脂多糖中GDP-colitose糖合成基因的预测、克隆及表达鉴定

colitose糖存在Salmonella enterica O50、S.enterica O35、E.coli O111、E.coli O55和Vibrio choleraeO139等少数几种细菌的O-抗原中.GDP-colitose糖的合成酶基因分别为wbdJ、wbdK和gmd.用PCR的方法扩增出三种基因的片断,克隆到表达载体pCAL-c中,从而构建了表达质粒pLW1、pLW4、pLW7,转化到大肠杆菌BL21-Gold中,获得工程菌株B10,B11,B12.IPTG诱导表达,纯化得到三种电泳纯的表达产物,分子量分别约为35kD,44kD,42kD,与预测结果相似.     

生物大数据可视化的现状及挑战

在过去的10年中,以基因组学、医学遗传学和神经信息学等为代表的生命科学各研究领域,以前所未有的增长趋势,积累了海量的数据信息.这些数据类型复杂、数量庞大,其中蕴含的价值更是不可估量.通过传统的处理手段,难以理清海量原始数据中错综复杂的关联信息.而针对生物大数据的可视化研究,将有利于科研人员对复杂数据进行多角度观察并获取有效信息.生物数据量越大,复杂性越高,可视化在生物有效信息挖掘方面发挥的作用就越大.本文通过例举若干生物机构中心现存的数据规模和数据增长速率,说明生物研究领域已进入大数据时代,然后由生物数据的组成特征及可视化的特点引出生物大数据可视化的重要性和必要性.本文总结了生命科学研究领域中不同类型生物大数据的可视化研究进展,最后讨论了目前生物大数据可视化所面临的挑战,并提出可能的解决方案.     

深圳华大基因研究院：科研与服务并重 打造基因产业“黄埔军校”

2007年,南下深圳的华大基因,在抓住第二代测序技术突破的机遇和深圳市政府的支持下,成立了致力于科学研究和应用开发的事业单位——深圳华大基因研究院。七年来,华大基因坚持＂以技术创新带动科研发现,带动产业发展＂的创新发展之路,逐渐成为世界上最大的基因组学研究平台,使我国跻身生物信息学与基因组学研究和应用领域最具影响力的国家之一。