基于网络方法的疾病基因预测算法分析

目的 分析基于各类生物网络的复杂疾病致病基因预测算法,总结其优势及不足之处,提出改进思路及未来的研究方向。方法 深入分析当前基于网络的疾病基因预测算法原理,包括不同生物网络的构建、算法原理的基本假设、3个代表性算法及基于其发展出的最新方法。结果与结论 分析发现当前算法存在的3个不足并指出解决此不足的2种思路。     

G蛋白偶联受体及其生物信息学研究

G蛋白偶联受体(G-protein-coupled receptor, GPCR)是一类具有7个跨膜螺旋的跨膜蛋白受体. GPCR的结构特征和在信号传导中的重要作用决定了其可以作为很好的药物靶标. 目前世界药物市场上有三分之一的小分子药物是GPCR的激活剂(agonist)或拮抗剂(antagonist), 这说明该类受体和它们的配基在药物开发和设计中占有极其重要的地位. 以公开数据库中已有的基因组序列和EST序列作数据源, 利用生物信息学手段寻找新的GPCR编码基因(新的药物靶标), 并构建GPCR分子生物学数据库, 一直是GPCR研究领域中的热点. 综合利用生物信息学和高通量配基筛选方法, 寻找可以用作新的药物靶标的GPCR, 进而鉴定出它们的特异性或非特异性配基, 是GPCR研究和药物开发的一个重要方向.     

盐生杜氏藻和衣藻双结构域NAD+-GPD基因的生物信息学分析

盐生杜氏藻（Dunaliella salina）是极端耐盐的单细胞真核绿藻,依赖于NAD的3－磷酸甘油脱氢酶（NAD+-GPD）是盐生杜氏藻调渗物质——甘油合成的关键酶.盐生杜氏藻NAD+-GPD基因是第一个被发现含双结构域（SerB和GPD）的GPD基因.而双结构域可能是盐生杜氏藻具有极强耐盐性和快速合成甘油的关键.通过与莱茵衣藻基因组数据库比对,发现莱茵衣藻（Chlamydomonas reinhardtii）中也存在具有SerB和GPD结构域的NAD+-GPD基因序列.在对两个物种NAD+-GPD基因的基因结构、mRNA组成成分、编码蛋白及其理化性质和编码蛋白结构的分析中,发现二者具有较高的相似性.针对目前仅在盐藻和衣藻中发现含SerB和GPD结构域的NAD+-GPD基因这一现象,分别对SerB和GPD结构域同源基因的系统进化进行了分析.     

《基因组研究手册》——基因组学、蛋白质组学、代谢组学、生物信息学、伦理和法律问题(翻译版)

著者:〔加拿大〕C.W.森森译者:谢东出版:科学出版社2009年3月定价:95.00本书旨在为读者引入"组学"的各种基本概念,了解其基本内容,介绍各种常用的"组学"技术,并结合对实例的引用和阐述,展示"组学"的应用及前景.同时,就"组学"的迅猛发展所带来的社会伦理问题,进行了开放性的讨论.基于上述目的,本书分为4个部分:第一部分,关键的     

Subtyping of type A influenza by sequencing the variable regions of HA gene specifically amplified with RT-PCR

The outbreak of a novel influenza A （H1N1） virus across the globe poses a threat to human health. It is of paramount importance to develop a rapid, reliable and inexpensive diagnostic procedure. Based on the bioinformatic information from public database, primers specific for influenza A virus surface protein haemagglutinin （HA） of several subtypes （including H1, H2, H3, H5, H7 and H9） were designed. Primer-specific PCR products were subiected to sequencing for accurately distinguishing H1 and H3 subtypes from others. This sequencing-based detection method will not only be applied to rapid detection and simultaneous subtype identification of new influenza A virus H1N1, but also provide the strategies to monitor other new types of influenza virus with explosive potential.     

水稻组蛋白脱乙酰化酶HD2 HDACs蛋白质的生物信息学分析

HD2 HDACs家族成员是植物特异性的组蛋白脱乙酰化酶并参与基因的转录调控.本研究利用生物信息学方法对水稻组蛋白脱乙酰化酶HD2 HDACs家族成员（HDT701、HDT702、HDT2201和HDT2202）的生物学功能进行研究.结果表明,HD2 HDACs家族成员位于不同的染色体上,分布于细胞的不同部位;它们编码的蛋白均含有依赖于cAMP-和cGMP的蛋白激酶、蛋白激酶C、酪蛋白激酶II与酰胺化4个相同的位点;它们均无跨膜区,都为不稳定的亲水性蛋白质,都无信号肽.多序列比对发现粳稻与籼稻HD2 HDACs的同源性非常高;水稻HD2 HDACs蛋白质的结构域比较特殊;这些蛋白可能参与植物的基因复制、信号传导、转录过程和免疫应答等过程.     

牛病毒性腹泻病毒牦牛株E0基因生物信息学分析及原核表达与抗原性检测

为研究牦牛BVDV E0蛋白的生物信息学及抗原性, 本研究对本实验室克隆并测序的牦牛病毒性腹泻病毒E0基因进行了生物信息学分析;同时用含有酶切位点、起始密码子、终止密码子的引物重新扩增E0基因, 并连接PMD18-T载体, 经BamHⅠ和HindⅢ双酶切后, 将获得的E0片段克隆至PET-28A原核表达载体, 构建重组质粒并转入JM109.酶切、质粒PCR鉴定正确后转入rosetta(DE3)菌进行诱导表达.经SDS-PAGE检测结果显示目的基因获得了较高的表达, 表达的融合蛋白约33ku, 经western-blotting检测表明目的蛋白具良好的有抗原性.     

独立学院生物信息学课程教学中存在的问题及对策

本文针对目前独立学院生物信息学教学现状,从教学大纲、内容、手段和课程考核等几方面来思考针对学生的培养,重点做到上课生动,提高学生的学习兴趣,加强实践教学环节。     

水稻组蛋白脱乙酰化酶HD2 HDACs蛋白质的生物信息学分析

HD2 HDACs家族成员是植物特异性的组蛋白脱乙酰化酶并参与基因的转录调控.本研究利用生物信息学方法对水稻组蛋白脱乙酰化酶HD2 HDACs家族成员(HDT701、HDT702、HDT2201和HDT2202)的生物学功能进行研究.结果表明,HD2 HDACs家族成员位于不同的染色体上,分布于细胞的不同部位;它们编码的蛋白均含有依赖于cAMP-和cGMP的蛋白激酶、蛋白激酶C、酪蛋白激酶II与酰胺化4个相同的位点;它们均无跨膜区,都为不稳定的亲水性蛋白质,都无信号肽.多序列比对发现粳稻与籼稻HD2 HDACs的同源性非常高;水稻HD2 HDACs蛋白质的结构域比较特殊;这些蛋白可能参与植物的基因复制、信号传导、转录过程和免疫应答等过程.     

生物信息学

生物信息学 (Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ)是一门生物学与信息学交叉而成的年轻学科 ,旨在研究生物系统与生物过程的信息量与信息流 ,以便支持人口与健康、农业生产、创新材料和资源环境等领域的研发计划。其中基因组信息学 (ｇｅｎｏｍｅｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ)、结构生物信息学 (Ｓｔｒｕｃ ｔｕｒａｌＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ)和神经信息学 (Ｎｅｕｒｏｉｎｆｏｒ ｍａｔｉｃｓ)是较热门的分支。生物信息学由数据库、应用软件和因特网三大要素组成。2 0世纪 6 0年代 ,蛋白质氨基酸序列和蛋白质三维晶体结构测定成功后 ,出现存储…