E.coli和Yeast基因起始与终止密码子邻近序列碱基保守性、关联性的对比研究

计算E.coli和Yeast基因起始与终止密码子邻近序列单碱基、相邻双碱基、相邻三碱基的碱基出现概率得出的M1(l)、M2(l)、M3(l)值,很好地体现了原核生物E.coli和真核生物Yeast翻译起始区域的显著差异;矩阵P的本征值之和,可作为衡量不同生物基因碱基保守性、关联性强弱程度的一个指标.     

预测酵母(Yeast)基因转录因子结合位点

基于在转录因子结合位点各碱基出现的概率不相同,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守程度为参量,分别计算每种转录因子结合位点在每一位置的碱基保守指数Mi.通过构建每种转录因子结合位点位置权重矩阵(PWM),利用位置权重矩阵打分函数对酵母四种转录因子结合位点进行预测.利用se lf-cons istency和cross-va lidation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率.结果显示四种转录因子结合位点的预测成功率均超过80%,且同时获得多个试验未测定的转录因子结合位点,对实验有指导意义.     

热滞蛋白活性的化学动力学的进一步研究

根据热滞蛋白溶液中抗冻分子与冰晶表面相互作用特点，提出了热滞蛋白在冰晶表面吸附的动力学理论，导出了热滞蛋白活性的表达式．计算了各种热滞蛋白溶液的热滞值，得到了与实验结果符合较好的结论，并讨论了热滞蛋白分子在冰晶表面吸附反应过程中的协同效应     

革兰氏阴性菌中蛋白质亚细胞定位预测

根据革兰氏阴性菌蛋白不同亚细胞位置、其一级结构中氨基酸含量、氨基酸的关联性及亲疏水性的不同，利用最小离散增量的方法，分别以20个氨基酸组份、400个氨基酸二联体组份及氨基酸亲疏水性在蛋白质上的分布为参数构成离散源，对革兰氏阴性菌蛋白的5类亚细胞定位进行预测，分别用self—consistency方法和Jack-knife方法预测，均取得了较高的预测成功率．     

锥体虫,果蝇基因编码区的密码子使用,碱基间关联与基…

用自洽信息聚类方法预测了锥体虫（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａｂｒｕｃｅｉ）（８１个基因）和果蝇（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）（１２４个基因）的基因表达水平，高表达基因同义密码子的使用规律，求出描述基因表达水平的参数ＩＥ值和ＣＡＩ值，在此基础上，用我们提出的基因表达增强网络（ＥＥＮ）理论研究了基因编码区的碱基构成，密码子内和密码子之间的碱基关联与基因表达水平的关系，结果表明，其增强网络位点数目比Ｅ．ｃｏｌｉ和Ｙ     

基于PCWM扫描模型的植物启动子分析及识别

启动子是基因转录调控机制中最重要的调控区域,启动子区域内转录元件的识别是揭示基因表达调控的重要基础.快速,可靠的启动子预测算法对于广范围内启动子元件的识别能够提供很大的帮助,目前的启动子识别算法及预测软件普遍存在假阳率高的缺点.因此改进识别算法的泛化能力显得尤为重要.本文利用从PlanPromDB数据库上下载的启动子数据,在深入分析启动子GC-Skew偏好、特异性位点保守性及TSS-TIS距离分布的基础上,通过改进原有位置权重矩阵(PWM)模型,构建出能够同时考虑位点保守性和关联性的位置关联性权重矩阵(PCWM)扫描模型,在此基础上利用标准化打分函数对植物TATA启动子进行预测,获得了较好的结果.     

第一类抗冻蛋白与冰晶相互作用能的简单计算

第一类抗冻蛋白分子上的苏氨酸或缬氨酸对其在冰晶表面的吸附起主要作用,在此观点的基础上,认为抗冻蛋白分子在冰晶表面的吸附依赖于这些氨基酸上的甲基与冰晶的van der Waals相互作用,从理论上计算了第一类抗冻蛋白分子与冰晶的相互作用能,给出了几种第一类抗冻蛋白分子与冰晶的相互作用能.计算结果与实验结果符合较好.     

E.coli和Yeast基因起始与终止密码子邻近序列碱基保 …

计算Ｅ．ｃｏｌｉ和Ｙｅａｓｔ基因起始与终止密码子邻近序列单碱基、相邻双碱基、相邻三碱基的碱基出现概率得出的Ｍ１（ｌ）、Ｍ２（ｌ）、Ｍ２（ｌ）值,很好地体现了原核生物Ｅ．ｃｏｌｉ和真核生物Ｙｅａｓｔ翻译起始区域的显著差异;矩阵Ｐ的本征值之和,可作为衡量不同生物基因碱基保守性,关联性强弱强度的一个指标。     

预测蛋白质结构型的新方法

以二级结构含量和其它二级结构参数为基础,提出用作Ｍａｈａｌａｎｏｂｉｓ距离和建立数学模型相结合的方法来预测α型,β型,α＋β型和α＋β型四种蛋白质结构型的新方法。     

别构酶活性调节的异位效应模型

考虑调节剂结合别构酶的异位效应,讨论了与别构部位结合的活性剂分子和抑制剂分子对别要酶和底物结合过程的影响以及它们对协同性效应和抗协同性效应的影响。