占领生命科学制高点——我市启动基因芯片专项研究

基因芯片是九十年代初发展起来的一项新技术,是生物学和电子学交叉领域中的一个新概念.基因芯片技术是基因组学发展的产物,与基因组学、生物信息学存在着相互依赖、相辅相成的关系.     

基因芯片的信息挖掘

基因芯片是一项急速发展的新技术，该技术大致包含芯片设计、芯片制作和数据分析三个主要环节．该文综合介绍了在基因芯片的数据分析中所采用的信息挖掘方法，特别是一些行之有效的数学模型和算法．当前，基因芯片的信息挖掘已成为生物信息学研究的热点之一，而数学技术的应用将促使基因芯片技术日趋完善．     

新生物技术在现代疫苗研究中的应用

生物信息学、基因芯片技术、蛋白质组学等新生物技术的出现使得现代疫苗学的研究取得了质的飞跃,以前无法获得的疫苗现在成为可能.     

T检验识别阿尔茨海默病候选致病基因及基因生物分析

医学研究表明阿尔茨海默病(AD)的致病机制与基因有关,过高或过低的基因表达水平异常都会让人体失去平衡,产生病变.利用T检验法对基因芯片公共数据库GEO中的4种AD样本的基因芯片数据进行分析,提取出具有重要意义的显著差异表达基因,再通过这些差异基因的生物信息学分析其在AD发病机制中的作用,为AD致病机制的探询、预防、早期诊断与治疗等提供有益的途径和方法.通过该算法的筛选、结合AD发病机制的假说及基因生物学分析,最终识别出30个AD候选致病基因,其中有5个已经被确定为与AD有关,10个被AD致病基因筛选算法识别.     

全球招聘新闻

Bioinformatics scientists[中国台湾]Academia Sinica,Taiwan中国台湾中央研究院植物与微生物生态研究所招聘数名生物信息学科学家,从事数据挖掘、数据集成和生物信息学培训工作,级别为助理教授或副教授。要求应聘者具有生物化学或分子生物学或生物信息学领域的PhD学位,2年生物信息学研究经验,掌握最新的生物信息学分析工具、序列数据库和结构分     

拟南芥atfes1a突变体种子的热敏感性分析

根据基因芯片数据等生物信息学资料,我们锁定一些未知的且被高温诱导的基因,并获得了一个推测编码蛋白含armadillo/beta-catenin repeat(简称ARM)结构域的突变体salk-021784,该突变体缺失AtFes1A基因,该基因编码一种受高温诱导的ARM 蛋白.利用抗体检测了在拟南芥种子发育过程中AtFes1A的热诱导表达特征, 通过表型分析发现,热处理后的突变体种子萌发率明显低于热处理后的野生型,表明AtFes1A蛋白与拟南芥耐热有关.     

生物信息学的现状和前景

生物信息学是当前生物学领域的研究热点,预计在未来的若干年它将变得越来越重要、越来越引起人们的重视,无论是我国还是西方发达国家从事生物信息学工作的专业人才极为短缺,为此了解生物信息学的现状和前景是十分有意的。     

专家系统在基因芯片疾病诊断系统中的应用

基因芯片疾病诊断系统在医疗卫生、生物医学工程、生命科学研究等领域有着广阔的应用前景。对专家系统在基因芯片疾病诊断系统中的应用进行了初步的探讨,提出了一种用于基因芯片疾病诊断的基于产生式规则的专家系统框架,实现了利用基因芯片对特定疾病诊断的功能要求。     

信号转导通路与异常黑胆质证NEI网络功能紊乱的关系

 为探讨信号转导通路与异常黑胆质证神经-内分泌-免疫(NEI)网络功能紊乱的关系,采用基因芯片技术检测异常黑胆质证与非异常黑胆质(异常血液质、异常黏液质、异常胆液质)证白细胞结构基因表达水平,筛选差异表达基因,利用生物信息学技术分析差异表达基因参与的相关信号转导通路。芯片结果提示,与非异常黑胆质证相比,异常黑胆质证白细胞中有75个结构基因表达上调,生物信息学分析显示差异表达基因中富集到信号转导生物学过程的基因有12个,这些基因主要涉及MAPK、Toll样受体和Wnt信号转导通路等。由此可见,MAPK、Toll样受体、Wnt信号转导通路在异常黑胆质证患者体内存在异常激活现象,这可能与异常黑胆质证神经-内分泌-免疫网络功能紊乱密切相关。     

基因芯片设计及数据分析软件系统

基因芯片是提取生物分子信息的一种新技术,该技术是分子生物学与电子信息科学交叉的产物。基因芯片在基因型分析、基因表达监控和疾病检测方面有着重要的应用。本论分析基因芯片中的信息处理问题,介绍一个高密度基因芯片设计及数据分析软件系统,该系统包括基因芯片探针设计、芯片优化、杂交图像处理和检测结果分析等功能。     

计算机辅助基因克隆的Oracle数据库系统

计算机辅助基因克隆的Oracle数据库系统利用SwissProt数据库获取已知的基因, 用 Blast程序从人类基因组序列中搜索与该基因同源的染色体DNA片段, 并将Blast返回的结果 存储于Oracle数据库. 使用者选择所感兴趣的Blast结果, 用本文所提供的算法及前端程序 合成这些DNA片段, 从而实现计算机辅助克隆新基因.     

基于动态时间规划的基因芯片数据识别

研究了动态时间规划(DP)在基因芯片数据识别中的应用,提出了基因芯片数据的全局最大自相似度的定义以及基于最大自相似度和高维局部片段校对的基因芯片数据自动识别方法。讨论了基于最大相似度建立模板的方法与基于最大相似度的基因沿校对路径平均的建立模板方法对基因识别和分类的影响。对肿瘤基因的识别实验结果表明：基于最大相似度的DP算法(DP-MS)能够达到100%的识别率,本方法可以应用于基因芯片数据的识别、分类和基因疾病推断。     

小鼠胰岛素样生长因子1(IGF1)基因启动子的生物信息学分析

生物信息学的发展为在线分析软件预测基因启动子的相关信息提供了众多有重要价值的参考信息.采用进化足迹法,结合生物信息学工具,运用在线软件进行分析,分析了小鼠IGF1基因的启动子结构.分析结果表明,在小鼠IGF1基因的启动子保守区内预测出6个转录因子结合部位,为探讨该基因的表达调控机制提供了重要参考.     

热诱导表达的水稻OsBBX30基因克隆和表达分析

生物信息学分析表明:OsBBX30基因启动子含有与逆境相关的作用元件HSE.为进一步了解OsBBX30基因在生物体内受热诱导,通过OsBBX30基因克隆构建原核表达和实时定量PCR分析,证实OsBBX30基因表达受热胁迫诱导,能增强大肠杆菌的耐热能力,为深入了解该家族基因和挖掘水稻耐热基因奠定基础.     

种植密度对基因芯片表面应力的影响

利用能量法分析无标记生物检测中基因芯片的纳米力学行为.首先,考虑微悬臂梁机械能、基因层静电能、水合能和构型熵,建立基因芯片能量模型;其次,利用能量最小原理,得到芯片稳态弯曲的曲率半径与表面应力之间的关系;最后,预测种植密度对芯片表面应力的影响,同时将预测结果与有关实验数据进行比较,证明该方法的可靠性.     

紫花苜蓿转录因子MsDREB1基因表达产物的亚细胞定位

利用生物信息学方法对紫花苜蓿MsDREBl进行了生物信息学分析．结果表明,该序列舍有AP2典型结构域,在N端存在核定位信号．为进一步验证该基因功能,构建MsDREBl与绿色荧光蛋白（GreenFluorescentProtein,GFP）基因融合的植物表达载体pCAMBIAl302-MsDREBl,再利用基因枪将其转入洋葱表皮细胞,在共聚焦扫描显微镜下观察MsDREBl基因表达产物在洋葱表皮细胞中的亚细胞定位．结果表明,MsDREBl基因表达产物定位于细胞核中,符合DREB家族转录因子特性．     

基于.NET的小鼠资源二级生物信息数据库的初构

目的为实现网络上小鼠品系资源的共享,构建小鼠品系资源二级生物信息数据库;方法利用服务器端脚本技术（ASP.NET）,对网络上的有关小鼠的资源进行搜集整理,设计了小鼠资源的二级生物信息数据库;结果初步构建了小鼠品系二级生物信息资源数据库,并对系统的实现技术、实现方案、安全设计进行了详细的阐述和讨论;结论基于ASP.NET的设计方法,能够有效的提高系统的安全性和可扩展性。     

基因芯片及其在抗癌药物研究中的应用

基因芯片技术和抗癌药物的筛选是现代生命科学诸多发展方向的两个重要方面.在抗癌药 物的研究中,由于合成药物在治疗中伴随明显的副作用,天然药物越来越受到人们的重视和青睐, 在中药中筛选有效且毒副作用小的抗肿瘤药物已成为近年来中草药研究领域的热点之一.结合基 因芯片筛选抗癌药物,在国内已成为筛选抗癌中药的一个新的发展方向.     

CFD-ACE＋软件对PCR微芯片传热过程的数值模拟和分析

针对基于MEMS技术的PCR微芯片温度控制难的问题，通过对该芯片的传热过程进行简化并建立物理模型和数学模型，对芯片内部的热传导和温度变化过程进行了理论推导分析。利用CFD-ACE＋软件对芯片的热传导过程进行了数值模拟。模拟结果表明，该芯片具有较高的升、降温速度。芯片在自行构建的温度控制系统下进行了热循环反应，对GUS基因成功实现了扩增。