不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析

在传统的Chou-Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息,计算了200个蛋白(49种全α结构蛋白,69种全β结构蛋白,38种仅α β结构蛋白,44种α/β结构蛋白)中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构(α：螺旋,β：折叠,C：卷曲)的偏向性参数．通过对这些密码子对应氨基酸二级结构偏向性的分析,得到了氨基酸二级结构偏向性分析中所忽略的同义密码子的蛋白结构信息．这些新的信息量对于指导蛋白质设计以及提高蛋白质二级结构预测的准确率有着一定的作用．     

大肠杆菌的同义密码子使用偏性对蛋白质折叠速率的影响

考虑到同义密码子使用偏性的物种差异性,选取大肠杆菌的54条核蛋白为研究对象,将每条核蛋白按二级结构截取出α螺旋片段、β折叠片段和无规卷曲(α-β混合)片段,然后找到每个片段相关的核酸序列信息,计算其同义密码子使用度和相应肽链的折叠速率.在此基础上,分析了同义密码子使用偏性和相应肽链折叠速率之间的相关性,发现对于不同二级结构类的肽链片段,都有部分密码子的使用偏性与其对应的肽链折叠速率显著相关.因此,在蛋白质折叠中,同义密码子的使用偏性起着重要作用.     

哺乳动物MHC密码子使用概率的聚类分析

利用系统聚类分析方法对随机选取的3种哺乳动物的60个主要组织相容性复合体（MHCⅠ类和Ⅱ类）基因的mRNA序列进行了同义密码子使用概率偏性研究。结果发现，不同物种的MHC基因群中类型相同的基因具有相近的同义密码子使用偏性，而对于同一类型的基因由物种引起的同义密码子使用偏性的差异较小。即功能和类型决定密码子使用模式的大的分类，而物种决定该大类中进一步的差异。基因密码子偏向性的研究对于大幅度增加目标蛋白的产量具有重要的意义。该结果也为基因分类和基因功能的预测提供了新的生物信息学方法。     

蛋白质结构域折叠类型的离散量理论预测

根据最近的SCOP库,依据2616个蛋白质结构域折叠类型的分类和PDB库中这些蛋白质的主二级结构序列,计算了这些蛋白质中α螺旋、β折叠和βαβ片段单元的数目,并以此为主要参数构成信息离散源,用离散量方法预测了这些蛋白结构域的折叠类型.结果表明,运用各种不同标准集和检验集,得到α类、β类、α/β类和α β类蛋白质结构域的预测成功率均在99%,92%,89%和87%以上.对标准集总的平均预测成功率为93.82%,对检验集总的平均预测成功率为94.35%.     

hNDR2、mNDR2基因及其蛋白质结构分析研究

基于Internet服务器上的工具软件包对hNDR2和mNDR2两个基因结构进行了分析 ,并对其蛋白质结构进行了预测。结果表明 :hNDR2和mNDR2氨基酸序列具有 91.9%的相似性 ,hNDR2蛋白质二级结构有 9个α螺旋和 11个 β叠片 ,属于α/β折叠类蛋白 ;mNDR2蛋白质二级结构有 9个α螺旋和 12个 β叠片 ,属于α/β折叠类蛋白 ;两者都有一个跨膜螺旋结构     

蛋白质α螺旋和β折叠连接多肽的分类

α螺旋和β折叠连接多肽在蛋白结构中起着十分重要的作用。本文对２４０个分辨率在０．２５ｎｍ以上较高精度结构的蛋白中α螺旋和β折叠的连接多肽进行了分类研究。在杂乱无序的连接多肽中识别出普遍发生的类型，并对它们的特征进行了系统研究，分析了它们的结构作用。本文的结果，对蛋白质结构预测和结构比较模型有一定价值，对蛋白质工程定位诱变区规律的探索有一定意义。     

绵羊ERβ基因的生物信息学分析

目的:深入探明绵羊ERβ基因结构及其他结构与功能。方法:基于GenBank数据库中绵羊ERβ基因蛋白质编码区(CDS)区序列,利用ORFfinder、ProtParam、BioEdit、SignalP、PSORT Ⅱ、PredictProtein和SWISS MODEL等工具分析预测ERβ基因编码蛋白的结构、性质、功能及信号通路等,应用NCBI-BLAST、MEGA-X进行基因序列比对,并构建系统进化树。结果:绵羊ERβ基因CDS区共编码527个氨基酸,ERβ基因编码的产物呈疏水性,无信号肽与跨膜结构域。二级结构以α螺旋和无规卷曲为主,三级结构以α-螺旋结构单元为主。ERβ基因主要在细胞核和细胞质发挥生物学作用,这与G蛋白偶联受体活性有密切相关作用。结论:ERβ基因参与多个生殖和肿瘤相关的信号通路。     

Prediction of Topological Structure of Protein from Its Secondary Structure Sequence

提出由蛋白质二级结构序列预测拓扑结构的方案，对全α全β和α／β型蛋白质制定了预测规则．预测成功率为８５％～９０％．     

13种哺乳动物OTR密码子使用偏性及其聚类分析

目的研究13种哺乳动物催产素受体基因(OTR)密码子使用偏性,并探讨其影响因素;通过对偏性情况进行聚类分析,研究其与系统发育的关系.方法计算RSCU,CBI,ENC等密码子偏性指标,与可能的几种影响因素做相关性分析,采用SPASS 15.0软件,以相对同义密码子使用度为变量对偏性情况进行聚类分析.结果与结论 1)CUG,GUG,GCC,UUC,AUC,CGC为哺乳动物OTR使用频率较高的密码子;2)密码子第3位碱基的GC含量是影响哺乳动物OTR密码子偏性的主要因素,基因的GC含量次之,而芳香族氨基酸的含量和蛋白疏水水平对其密码子使用偏性的影响不大;3)对于功能相同的基因,亲缘关系相近的物种密码子使用偏性指标较接近,但某些物种仍有一定差异.     

人类朊蛋白稳定性的流体分子动力学研究（英文）

朊蛋白病,被称为传染性海绵状脑病(TSE),或者致死性神经退行传染病,在人和动物中发病,与α-螺旋构型部分向β-折叠构型转变有关.本文使用分子动力学模拟和流体分子动力学模拟相结合的方法对野生型人类朊蛋白和R200K突变型人类朊蛋白的结构稳定性进行了研究.研究发现,α-螺旋柱交叉形成的防护墙是维持朊蛋白结构稳定的关键因素,而β-折叠活性较高.流体动力干扰在一定程度上可以不改变折叠路径并能够有效加速蛋白质的解折叠过程.     

酵母双杂交筛选与视黄醇结合蛋白有相互作用的蛋白质

为了研究视黄醇结合蛋白(RBP)在维生素A代谢调控中的作用和与相关疾病发生、发展的关系，以RBP作为诱饵基因构建了融合表达载体pGBKT7-RBP；在排除自身转录激活活性的基础上，与人肾脏cDNA预转库融合筛选(Pretransformed MATCHMAKER Lbraries)，经营养缺陷型和X-α-gal显色鉴定，从中筛选出三种与RBP有相互作用的新蛋白质，并从人睾丸cDNA库中克隆了这三个基因的全长序列。     

蛋白质及其水解物的分析应用

蛋白质是重要的生物高分子,具有催化、传输、运动、防御和调节等重要生理功能.本文介绍了蛋白质的功能特性、蛋白水解物的研究应用现状,展望蛋白质改性的应用前景.     

基于网络拓扑和多种生物信息融合的关键蛋白质识别算法

关键蛋白质的识别有助于了解细胞存活的基本需求,并为疾病治疗找到新方法,但是蛋白质自身携带着复杂的生物特性,仅依赖网络拓扑特性不能精准地判断其关键性.因此,提出一种新方法来提高识别关键蛋白质的准确率.首先,考虑网络拓扑特性以及蛋白质在不同亚细胞中的重要程度,定义了SNC方法;其次,利用蛋白质在亚细胞与复合物信息中的特性定义了SIDC方法;最后,通过融合网络拓扑结构和多源生物信息,提出了关键蛋白质识别算法CTB.在YDIP、YMIPS和Krogan数据集上利用精准率-查全率等多种评估方法进行实验,结果表明CTB算法提高了识别关键蛋白质的性能.     

测定饲料蛋白质含量的一种新方法

本文介绍一种测定各种饲料蛋白质含量的新方法—蛋白质水解茚三酮法。将标准蛋白和几种饲料样品加3％H_2SO_4,直接加热6小时,通过蛋白质水解产生的氨基酸与茚三酮反应的光吸收值,计算总蛋白量;与未水解的标样及饲料样品的甲醇提取液的茚三酮反应吸收值之差计算去游离氨基酸的纯蛋白质量。本法与凯氏氮素定量法无显著差异,与DAVID L·MARKKS报导的密封水解24小时的效果相同。     

Expressions of Two Rice Mip Genes under Water Stres,Salt Stress and Exogenous ABA

ＥｘｐｒｅｓｉｏｎｓｏｆＴｗｏＲｉｃｅＭｉｐＧｅｎｅｓｕｎｄｅｒＷａｔｅｒＳｔｒｅｓ，ＳａｌｔＳｔｒｅｓａｎｄＥｘｏｇｅｎｏｕｓＡＢＡ＊ＺｈｏｕＺｈｉｑｉ（周志琦），ＬｉｕＱｉａｎｇ（刘强），ＫａｚｕｋｏＹａｍａｇｕｃｈｉＳｈｉｎｏｚａｋｉ＋，Ｈｉｒ...     

G蛋白信号转导调节因子的研究

G蛋白信号转导调节因子（Regulator of Gprotein signaling，RGS）是G蛋白的信号转导系统的负性调节因子，大部分RGS蛋白通过GTP酶激活蛋白方式发挥作用．本文概述了G蛋白信号转导调节因子的结构、功能、意义及国际最新的研究趋势．对RGS的深入研究有利于对信号转导调节的了解．     

生物化学实验"蛋白质沉淀反应与盐析作用"解析

该文针对生物化学实验蛋白质沉淀反应与盐析作用中一些学生不能科学解释的实验现象进行了详细分析.为学生更深刻地理解理论知识做了必要的铺垫,也为今后的教学提供了宝贵的参考资料.     

苜蓿叶蛋白提取效果及叶蛋白氨基酸组成的研究

采用不同浓度的硫酸铵和不同组合的酸化、碱化方法,提取苜蓿叶蛋白研究发现:采用加热,加醇复合处理效果比单一酸碱处理效果好;优化处理组分析表明采用30%硫酸铵提取苜蓿叶蛋白效果最好;苜蓿叶中蛋白氨基酸种类齐全,含量高,比例协调,是一种蛋白含量高的植物蛋白.     

病毒诱导的植物抗性机制及其应用的研究

病毒的多种基因产物可引起植物的病源诱导抗性，如外壳蛋白、复制酶、运动蛋白缺陷的干涉RNA和DNA以及非翻译RNA等。对植物病源诱导抗性的研究有助于阐明病毒的致病机理并对植物抗病的应用具有重要的理论和应用价值。     

BIA技术及其在蛋白质科学研究中的应用

生物大分子相互作用分析(BIA)技术可以实时观察分子问相互作用．本文简要阐述了该技术的基本原理及系统组成，以及在蛋白质科学研究中的应用．包括配体垂钓，蛋白质相互作用，蛋白质功能鉴定等．