4种提取水稻基因级DNA方法的比较

对于含有大量硅质及多糖如酚、酯、萜等其它次生代谢产物的水稻,要从其组织中提取高质量的基因组DNA,一般比较困难,作者以水稻叶片为材料,分别采取了简易提取法,CTAB法,QIAGEN公司Dneasy Plant Mini Kits法,Shanghai Sangon公司Genomic DNA Isolation Kits法4种方法提取水稻基因组DNA;并通过质量分数为0．8％琼脂糖凝胶电泳和PCR扩增的方法所提取的DNA样品进行检测,将它们在DNA的产量、质量和耗费等方面进行简要比较,并根据分子生物学研究工作的实际特点,确定了CTAB沉淀法为最佳方法。     

从针叶树营养体组织中提取高纯度DNA的方法

ＤＮＡ提取质量是影响ＤＮＡ分析实验结果的关键因素之一,保持不同样本间ＤＮＡ质量的一致性对实验结果的可靠性至关重要,这要求在材料选择和提取方法两个方面都要加以考虑。介绍了从针叶树营养体组织中提取高纯度ＤＮＡ的方法,提取的关键是选择合适的材料,不同于通常采用针叶进行ＤＮＡ提取,本实验选用尚未木质化的针叶树嫩梢进行ＤＮＡ提取,可以在较为简单的实验条件和实验程序下提取高质量ＤＮＡ。按照作者提供的提取方法,     

非损伤性取样的蚕类DNA提取及检测

对家蚕和蓖麻蚕的蚕蜕和蛾翅分别采用SDS裂解法和动物组织基因组试剂盒提取法提取DNS，并与常规方法以蚕蛹提取的DNA一起进行RAPD扩增图谱比较、分析，结果表明用非损伤性方法提取的DNA的RAPD图谱和常规方法提取的DNA的RAPD图谱基本一致。     

稀有植物蒜头果基因组DNA提取方法的研究

 分别用改进的CTAB法、SDS法和高盐低pH法从蒜头果种仁中提取基因组DNA,通过琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度法检测所提取基因组DNA的纯度.结果表明:用改进的CTAB法、SDS法和高盐低pH法所提取的蒜头果基因组DNA的OD₂₆₀/OD₂₈₀值在1.8~2.0之间,带型清晰无拖尾,说明所提取的DNA保持完好.其中改进的CTAB法所提取的基因组DNA质量最好、纯度也最高,为蒜头果分子生物学研究及下游操作奠定了基础.     

酒精和冷冻处理对肌肉组织基因组DNA提取的影响

提取基因组DNA的质量对于后续的基因扩增、酶切以及测序等分子生物学研究具有关键的影响,对肌肉组织进行不同的酒精和冷冻处理会显著影响提取DNA的质量。经过-80℃超低温冷冻数日的黄鳝样品解冻,取肌肉组织放入75%酒精处理后提取的基因组DNA完整性差、降解厉害;经过-80℃超低温冷冻数日的黄鳝样品直接取肌肉组织提取的基因组DNA比较完整、降解程度低;活体采取的黄鳝新鲜肌肉组织样品经过75%酒精处理,在-80℃超低温冷冻数日然后提取的基因组DNA质量也较好,电泳条带明晰而锐利,弥散降解带较少。后两种处理方法对黄鳝肌肉组织中DNA酶活性降低显著,因此提取的肌肉组织基因组DNA质量较高,可以有力支持后续的酶切、PCR扩增等分子生物学实验。     

黑线鳕鱼核酸标准样品的研制

 为推进鱼类物种鉴定,填补黑线鳕鱼核酸标准样品国内空白,本研究制备了黑线鳕鱼核酸标准样品。研究采用8家单位合作定值的方法,确定了该标准品的DNA质量为（2.02±0.07）μg,k=2;DNA纯度为（1.82±0.08）,k=2。并对该标准品的均匀性、稳定性进行了测试,结果表明该样品均匀性与稳定性均达到国家标准样品的技术要求,可用于黑线鳕鱼物种鉴定中方法验证和质量控制。     

DNA typing from single hairs

The characterization of genetic variation at the DNA level has generated significant advances in gene and disease mapping, and in the forensic identification of individuals. The most common method of DNA analysis, that of restriction fragment length polymorphism (RFLP), requires microgram amounts of relatively undegraded DNA for multi-locus typing, and hundreds of nanograms for single-locus comparisons. Such DNA frequently cannot be obtained from forensic samples such as single hairs and blood stains, or from anthropological, genetic or zoological samples collected in the field. To detect polymorphic DNA sequences from single human hairs, we have used the polymerase chain reaction (PCR), in which specific short regions of a gene can be greatly amplified in vitro from as little as a single molecule of DNA. We have detected genetically variable mitochondrial and nuclear DNA sequences from the root region of shed, as well as freshly-plucked, single hairs; mitochondrial DNA (mtDNA) sequences have been detected in a sample from a single hair shaft. We have used three different means of DNA typing on these samples: the determination of amplified DNA fragment length differences, hybridization with allele-specific oligonucleotide probes, and direct DNA sequencing.     

菊叶香藜（Chenopodium foetidum）基因组DNA的提取方法研究

文章通过传统CTAB法、改良CTAB法、SDS法、高盐低pH法和试剂盒法等5种方法,对菊叶香藜进行基因组DNA提取,旨在筛选一种菊叶香藜基因组DNA的适宜提取方法。同时用紫外分光光度法和琼脂糖凝胶电泳对5种方法所提DNA进行检测,并对改良CTAB法提取的DNA进行RAPD-PCR扩增检测。结果表明：改良CTAB法提取速度较快,便于操作,提取的DNA质量较好,进行的RAPD-PCR扩增条带清晰,能满足分子标记的要求。因此,改良CTAB法为菊叶香藜基因组DNA可靠并合适的提取方法。     

碱性强弱染色非变性聚丙烯酰胺凝胶对微卫星DNA检测效果的影响

非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳常用于分离不同分子质量和空间构象的DNA或RNA等生物大分子，由于分辨率可以达到2个碱基对，因此非变性聚丙烯酰胺凝胶对于微卫星DNA有很好的检测效果。利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对黄牛微卫星DNA的检测表明：碱性强弱的控制对于染色的效果和效率有显著的影响。弱碱性环境下，具有背景浅、条带明显和检测...     

克隆植物珠芽蓼基因组DNA的提取及RAPD鉴定

高原植物体内所含有的酚类、多糖、色素等次生代谢物质严重影响提取其基因组DNA的得率和纯度,是导致后续分子操作失败的主要原因.运用一种新改进的CTAB法对变色硅胶保存的高原植物珠芽蓼(Polygonumviviparum)叶片进行基因组DNA的提取,采取常温下沉淀DNA,增加洗涤沉淀的体积分数为70%乙醇用量和洗涤时间等措施,有效地去除了酚类、多糖、色素等物质的干扰,减少了褐化现象的发生.样品检测所得DNA片段均在48 kb左右,电泳谱带呈线状,无拖尾现象;紫外分光光度计检测,A260nm/A280nm值在1.7~1.9之间.RAPD扩增结果表明,此方法提取的DNA无论在质量和纯度上都较理想.     

运用RAPD技术鉴定澳大利亚油橄榄品种的研究

由于早期引种记录的丢失、栽培品种的错命名和重命名、品种间的杂交等原因，澳洲现有的油橄榄品种形态变化较大，同名异物和同物异名现象比较普遍，使品种间的鉴定十分困难．运用随机扩增多态DNA技术，在筛选引物的基础上，分别对2种待鉴定样品和9个已知油橄榄品种的RAPD指纹进行比较分析，经UPG—MA聚类分析，在鉴定待测样品上取得了理想效果．     

一种适用于昆虫微量DNA模板制备的方法

随着分子生物学在昆虫领域中运用 ,昆虫 DNA的提取是有技术运用的前提 ,具有其重要的地位。但是由于一些昆虫体形较小 ,采用传统的酚 :氯仿抽提法不适用于微量 DNA模板的制备 ,而某些生物公司的试剂合相对而言价格较高。本文介绍一种适用于普通昆虫实验室贮藏及运用的微量 DNA模板制备方法。     

中国少数民族全基因组DNA高通量提取及其样本库建立

为保存中国不同民族基因组遗传资源,建立中国少数民族全基因组DNA样本库.按照临床采血标准,遵守知情同意原则,采集不同民族志愿者外周血2 mL,采用全自动核酸提取设备高通量提取DNA,经质量控制后编号入库,建立了包含545例样本的中国少数民族全基因组DNA样本库.本研究将为研究人类起源、环境与遗传背景相互作用提供物质基础,为探索疾病病因、诊断技术和治疗策略提供资源保障.     

不同保存方式下金龟甲虫DNA提取方法及28S rDNA序列分析

通过电泳检测和PCR扩增28SrDNA核基因序列的结果,比较了无水乙醇、75%乙醇、针插干制3种金龟甲虫标本的保存方式和SDS-蛋白酶K法、CTAB法、饱和NaCl法3种提取DNA方法.结果显示,SDS-蛋白酶K法、CTAB法提取3种保存方式的标本时,可成功提取DNA并有效扩增目的基因;饱和NaCl法仅能提取无水乙醇保存标本的DNA并扩增目的基因,而75%乙醇保存标本和干制标本的DNA提取和基因扩增均不理想.     

A DNA sequence alignment algorithm using quality information and a fuzzy inference method

DNA sequence alignment algorithms in computational molecular biology have been improved by diverse methods. In this paper, we propose a DNA sequence alignment that uses quality information and a fuzzy inference method developed based on the characteristics of DNA fragments and a fuzzy logic system in order to improve conventional DNA sequence alignment methods that uses DNA sequence quality information. In conventional algorithms, DNA sequence alignment scores are calculated by the global sequence alignment algo- rithm proposed by Needleman-Wunsch, which is established by using quality information of each DNA fragment. However, there may be errors in the process of calculating DNA sequence alignment scores when the quality of DNA fragment tips is low, because only the overall DNA sequence quality information are used. In our proposed method, an exact DNA sequence alignment can be achieved in spite of the low quality of DNA fragment tips by improvement of conventional algorithms using quality information. Mapping score param- eters used to calculate DNA sequence alignment scores are dynamically adjusted by the fuzzy logic system utilizing lengths of DNA fragments and frequencies of low quality DNA bases in the fragments. From the experiments by applying real genome data of National Center for Biotechnology Information, we could see that the proposed method is more efficient than conventional algorithms.     

A DNA sequence alignment algorithm using quality information and a fuzzy inference method

DNA sequence alignment algorithms in computational molecular biology have been improved by diverse methods. In this paper, we propose a DNA sequence alignment that uses quality information and a fuzzy inference method developed based on characteristics of DNA fragments and a fuzzy logic system in order to improve conventional DNA sequence alignment methods that uses DNA sequence quality information. In conventional algorithms, DNA sequence alignment scores are calculated by the global sequence alignment algorithm proposed by Needleman-Wunsch, which is established by using quality information of each DNA fragment. However, there may be errors in the process of calculating DNA sequence alignment scores when the quality of DNA fragment tips is low, because only overall DNA sequence quality information are used. In our proposed method, an exact DNA sequence alignment can be achieved in spite of low quality of DNA fragment tips by improvement of conventional algorithms using quality information. Mapping score parameters used to calculate DNA sequence alignment scores are dynamically adjusted by the fuzzy logic system utilizing lengths of DNA fragments and frequencies of low quality DNA bases in the fragments. From the experiments by applying real genome data of National Center for Biotechnology Information, we could see that the proposed method is more efficient than conventional algorithms.     

中国漠王族干标本DNA提取及部分类群发育关系

为了降低昆虫分子系统学研究中的成本,提高资源利用率,本实验利用干制标本提取基因组DNA.通过对河北大学馆藏30年的漠甲亚科不同保存期干标本与液浸标本DNA的提取和特定基因片段PCR(聚合酶链式反应)扩增,获得一致效果.通过细胞色素B(Cytb)基因片段序列信息构建系统树并与传统分类学做比较,探讨了漠王族部分种类的系统进化关系,研究结果支持Reitter(1893)建立的Platyopini和Pimeliini是2个独立族的观点,而不同意Beutle等(2005)将它们合并为1个族的观点.研究结果为利用鞘翅目昆虫干标本进行分子系统学研究提供了借鉴.     

用STM证实质粒pUC18DNA分子新构象的存在

用清高妥液法从大肠杆菌ＢＨ１０１细胞制备出的多拷贝质粒ＰＵＣ１８ＤＮＡ分子的构象具有复杂的多样性，我们在对其进行ＳＴＭ研究计，证实了一种不同于已知构象的新构象的存在。     

酒醅微生物DNA提取预处理方法研究

浓香型白酒的酒醅中含有大量的单糖、寡糖、多糖、色素、有机酸和腐殖酸等有机杂质,严重影响对酒醅中微生物进行相关分子生物学研究。如何通过预处理方法降低杂质的影响,快速成功提取高质量的DNA直接影响整个分子生物学实验的准确性。实验采用无菌水、TENP缓冲液、PBS缓冲液分别对酒醅样品进行预处理。通过对样品浓度、纯度、DGGE丰度等指标的比较,确定了PBS预处理法为最佳预处理方法。     

适于AFLP分析的蚕豆DNA提取

描述了一种可从蚕豆嫩叶中快速提取DNA的方法。经AFLP分析实验证实,该方法提取的DNA质量好,AFLP分析条带清晰稳定,完全适合于蚕豆分子标记鉴定所需。