环境因子对大石鸡种群遗传多样性的影响

分别以mtDNA的非编码基因D-loop和编码基因Cytb为分子标记,研究了大石鸡分布区内12个种群遗传多样性与环境因子之间的相关性.173个样本的D-loop部分序列(1127 bp)中共发现了34个多态位点,定义了44种单倍型;230个样本的Cytb部分序列(807 bp)中共发现了13个多态位点,定义了14种单倍型.基于D-loop和Cytb的单倍型多样性和核苷酸多样性与样本量之间均无显著相关性.所有的种群遗传多样性与环境因子相关性检验中,基于D-loop的核苷酸多样性与降水量的负相关、基于Cytb的单倍型多样性与纬度和相对湿度变异系数的负相关以及基于Cytb的核苷酸多样性与相对湿度变异系数的负相关达到了显著水平,说明纬度、降水和相对湿度变异系数是影响大石鸡遗传多样性的主导因子,低纬度、干旱以及气候稳定的环境下,大石鸡的遗传多样性更高.     

河北省黄骅市旧金山卤虫种群遗传多样性研究

旧金山卤虫（Artemia franciscana）于1991年被引入中国渤海湾地区后广泛传播。为探讨旧金山卤虫引入至河北省黄骅市后种群遗传多样性及种群遗传结构状况，本研究通过采集33个旧金山卤虫卵样品进行COⅠ基因扩增与测序，并与美国国立生物技术信息中心（NCBI）储存的两个旧金山卤虫美洲本土种群（大盐湖种群：29个样本；旧金山湾种群：37个样本）进行遗传多样性及种群遗传结构对比分析。结果表明，黄骅种群的核苷酸多样性（0.000 87）明显低于大盐湖种群（0.002 78）和旧金山湾种群（0.003 20），黄骅种群的平均核苷酸差异数（0.523）也明显低于大盐湖种群（1.680）和旧金山湾种群（1.946）。在单倍型分析中共产生9个单倍型类型，黄骅种群的单倍型多样性为0.324，明显低于大盐湖种群（0.475）和旧金山湾种群（0.480），且3个种群的主要单倍型类型并不相同。在3个种群的总遗传变异中，有61.04%的遗传变异来源于3个种群间的遗传变异，而仅有38.96%的遗传变异来源于各种群内个体间的遗传变异。因此本研究认为相对于旧金山卤虫大盐湖种群和旧金山湾种群，黄骅种群的遗传多样性相对较低，黄骅种群与大盐湖种群、旧金山湾种群存在显著的遗传分化，黄骅种群并非直接从大盐湖种群和旧金山湾种群引种、繁衍而成。     

野生杏遗传多样性研究

采用DNA测序技术对原产于我国新疆伊犁河谷地区的杏(Armenica vulgaris Lamarck)进行了群体样本测序.对所获得的野生杏单拷贝核基因Adh1序列进行了分析.结果表明:不同野杏居群的核苷酸多态性和单倍型多态性没有显著差异.Gapdh基因序列的分析显示,各野生杏居群的核苷酸多态性和单倍型多态性相对较低,特别是巩留县核桃沟的野生杏居群,其核苷酸多态性和单倍型多态性均为0.此外,AMOVA分析结果表明,遗传变异主要发生在居群内,而居群之间没有明显的遗传分化.研究结果不仅揭示了野生杏居群的遗传多样性,而且为杏的遗传资源研究保护提供了科学依据.     

基于MHC-DRB部分序列对不同地区中缅树鼩遗传多样性的研究

基于中缅树鼩的主要组织相容性复合体基因,探讨中缅树鼩的遗传多样性.结果显示:中缅树鼩MHC-DRB内含子4基因扩增出的序列大小为168bp,其中河口种群的核苷酸多样性(π)和平均核苷酸变异数(K)最高,海南种群的单倍型多样性(Hd)最大.核苷酸多样性、平均核苷酸变异数最低的是兴义种群,单倍型多样性最低的是勐腊种群.中缅树鼩MHC-DRB外显子2基因的实验结果表明多态位点数最大值和最小值分别是兴义种群(87)、乐业种群(44);核苷酸多样性最大值和最小值是兴义种群(0.086 68)和乐业种群(0.219 86).非同义突变/同义突变(dN/dS)的结果表明总体样本经历了正选择.说明中缅树鼩MHC-DRB基因具有很高的遗传多样性,中缅树鼩的MHC-DRB基因在历史进程中经历了正选择.     

基于线粒体基因的杂色山雀中国大陆种群遗传多样性研究

杂色山雀(P arus varius)为东亚特有鸟类、分布呈片段化.为了深入了解杂色山雀中国大陆各地理种群遗传水平现状,分析了杂色山雀8个地方种群49个样本的线粒体Cytb基因全序列(1143bp)和部分ND5基因序列(957 bp),所测样品全长共2.1 kb.结果显示:T、C、A、G碱基的平均含量分别为21.5％、37.4％、28.9％、12.2％,A+T含量(50.4％)略高于G+C含量(49.6％);发现17个变异位点,其中单变异位点为7个,简约信息位点数为10个;检测到14个单倍型,8个地方种群共享一个单倍型(Hap-1),说明这个单倍型是个较古老的单倍型,也反映了这几个群体间的分化是不显著的.5个种群的单倍型多样性为0.822 39,核苷酸多样性为0.000 82,平均核苷酸差异数为4.663 83,总体上看,杂色山雀具有较低的单倍型多样性和核苷酸多样性.五个种群的Nm值为5.282 21～17.33645,Fst值为0.002 07～0.086 47,构建的系统发生树和TCS网络图进一步分析表明杂色山雀遗传多样性较低、基因交流非常频繁、种群间的分化不显著.中性检验显示偏离中性期望值,表明种群在进化的过程中出现过群体急速扩张事件.     

基于mtDNA COI基因序列的盐肤木种群遗传变异

基于mtDNA COI基因序列对贵州、湖北和四川的盐肤木(Rhus chinensis Mill.)种群进行遗传变异分析.研究共测得盐肤木9个种群50个个体的mtDNA COI基因长度为1.37kb的序列,在测得的序列中有3个核苷酸位点存在变异(占所测核苷酸序列的0.22%),T、C、A、G 4种核苷酸的组成分别为34.1%、21.8%、22.5%、21.6%,其中A+T含量(56.6%)高于G+C含量(43.4%).共检测到3个单倍型(HapA、HapB和HapC),HapA出现在所有种群中,是出现频率最高的单倍型,占所测序列的90%,该单倍型可能是祖先单倍型;HapB由安县的1个个体和竹山的3个个体共享,而HapC只存在于榕江的1个个体.分析表明盐肤木种群具低水平单倍型多样性(0.000 2)和核苷酸多样性(0.187 0),基于该基因序列的盐肤木种群间遗传多样性和遗传分化均较小.     

东北粗皮蛙线粒体DNA遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性(H)为0.704,核苷酸多样性(π)为0.001,平均核苷酸差异数为1.438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析(AMOVA)结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98.13%,群体间没有遗传分化(FST=0.0187),因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

中国大陆杂色山雀遗传多样性

使用线粒体控制区(529bp)和核基因(9个微卫星位点)作为分子标记对杂色山雀(Parus varius)在中国大陆8个分布地的70个体进行遗传多样性研究.在所有样本线粒体控制区序列中共识别出10个单倍型,整体核苷酸多样性(Pi)为0.00176;单倍型多样性(Hd)为0.533;平均核苷酸差异数(k)为0.892.在线粒体水平上,杂色山雀中国大陆种群处于线粒体DNA多态性较低的范围内,遗传多样性较低.微卫星数据显示,70个样本在9个微卫星位点上的多态信息含量(PIC)为0.305～0.863,平均多态信息含量为0.755±0.1720;8个分布地样本各自平均等位基因个数(K)在1.4±0.53～9.4±2.46之间,平均期望杂合度(He)在0.444±0.5270～0.808±0.1929之间,平均多态信息含量在0.167±0.1976～0.738±0.1634之间.在核基因水平上,杂色山雀中国大陆种群遗传信息丰富,遗传多样性较高.基于线粒体控制区序列构建的系统进化树显示中国大陆地区杂色山雀指名亚种8个分布地样本混杂在一起;样本间的遗传分化指数Fst为0.0119,基因交流值为3.82.样本中的大部分变异是来自种群内且这种变异达到遗传分化的显著性水平,显示了中国大陆杂色山雀指名亚种8个分布地样本为一个地理种群.错配分布图以及中性检验结果显示中国大陆杂色山雀在过去的发展历程中发生过扩张事件.对于中国大陆地区杂色山雀的保护,应该将其作为一个进化显著单元进行保护.     

基于线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COI)基因的两种枝吻纽虫系统发育关系分析

为了探讨纽虫之间的遗传差异及亲缘关系,对取自北海和湛江的中华枝吻纽虫(Dendrorhynchus sinensis)26个样本和湛江枝吻纽虫(Dendrorhynchus zhanjiangensis)3个样本的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COI)基因部分片段进行序列测定,并结合从GenBank下载的其它纽虫序列,分析它们之间的系统发育关系。结果显示,中华枝吻纽虫26个个体共检测17个单倍型,湛江枝吻纽虫3个个体共检测到2个单倍型,其长度均为615bp;枝吻纽虫个体核苷酸序列A、T、G、C的含量相近,碱基组成均表现出A+T含量偏倚,即A+T含量明显高于G+C含量。中华枝吻纽虫的17个单倍型以及湛江枝吻纽虫的2个单倍型之间的遗传距离分别为0.002~0.013和0.008;而两种枝吻纽虫COI基因序列的遗传差异很大,彼此之间的遗传距离都在0.194以上,加之分子系统树(NJ)的拓扑结构也显示,作为同属的两种枝吻纽虫没有聚成1支,而是各自成支,这些表像都支持两种枝吻纽虫分别为独立有效物种的观点。中华枝吻纽虫的17个单倍型聚为1支后,与Cerebratulus marginatus,C.lacteus聚为1大支,而湛江枝吻纽虫的2个单倍型聚为1支后,与Lineus ruber和L.longissimus聚为1大支,表明枝吻纽虫属(Dendrorhynchus)并非单系。     

北美五倍子蚜mtDNA COI基因序列遗传分化

通过测定北美五倍子蚜(Melaphis rhois)3个种群共32个个体的mtDNACOI基因部分序列,分析北美倍蚜种群的遗传结构和变异。在测得的683bp COI基因序列中有75个变异位点(占所测核苷酸序列的11.0%),4种核苷酸T、C、A、G的组成分别为40.2%、15.0%、32.5%和12.3%,具有较高的A+T含量72.7%。M.rhois 32个个体的COI基因序列共产生10个单倍型,其中两个单倍型为主体单倍型,除阿肯色的一个个体与新泽西的6个个体共享一个单倍型外,其余单倍型单独或由同一种群的个体共享。AMOVA分析显示,五倍子蚜种群内核苷酸多样度低,种群间的遗传变异较高,分化显著。TCS网络图和聚类关系显示,五倍子蚜不同单倍型按地理分布形成明显的簇群,其中俄亥俄种群的单倍型单独构成一个分支,与其余两个种群关系较远;俄亥俄种群与其他两种群间的遗传距离也比较大,该种群可能属于五倍子蚜的一个亚种或新种。     

东北粗皮蛙线粒体 DNA 遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。 PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性（H）为0．704,核苷酸多样性（π）为0．001,平均核苷酸差异数为1．438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析（AMOVA）结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98．13％,群体间没有遗传分化（FST ＝0．0187）,因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

河南董寨国家级自然保护区赤腹鹰种群遗传多样性的研究

遗传多样性是评判物种能否长期生存的依据之一,与物种的适应能力、生存能力和进化潜力密切相关.为了了解河南董寨保护区赤腹鹰种群的遗传多样性水平,对该种群48个样本线粒体DNA控制区429bp序列进行了对比分析.结果显示:T、C、A、G的平均含量分别为27.0%、17.5%、32.1%、23.4%,其中A含量最高,C含量最低,A+T含量(59.1%)明显高于C+G(40.9%);共发现变异位点8个,其中单变异位点7个,简约信息位点1个;检测到8个单倍型,平均遗传距离0.005,系统发生树未表现出单倍型之间有明显的遗传分化;种群的单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为(0.620±0.046)SD、(0.001 84±0.001 51)SD、(0.788±0.582)SD,在猛禽中处于中等水平,且明显低于常见鸟类;错配分布及中性检验结果表明该种群符合急速扩张模型,历史上可能发生过一定程度的扩张事件.     

黑线仓鼠与大仓鼠线粒体DNA控制区全序列SNPs分析

以华北地区大仓鼠和黑线仓鼠为研究对象,运用第三代DNA分子标记SNPs(single nucleotide polymorphisms)技术,研究了其线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)全序列的单核苷酸多态性.结果表明:在黑线仓鼠和大仓鼠种群中共检测到11个单倍型,22个多态位点,其中只有2个是颠换,其余都是转换.不同种群的核苷酸多态性不同,种群内的核苷酸多态性小于种群间的核苷酸多态性.线粒体DNA D-loop全序列适合作黑线仓鼠和大仓鼠的核苷酸多态性和遗传进化关系的分析.     

基于MHCⅡ类B基因的凹耳臭蛙(Odorrana tormota)种群遗传分化模式

利用II类MHC基因单基因座位Odto-A作为分子标记,对皖南山区凹耳臭蛙6个种群的遗传多样性和遗传分化进行研究.结果显示,皖南凹耳臭蛙总的基因多样性为0.812,核苷酸多样性为0.018.局域种群单倍型多样性变化范围为0.531-0.864,香溪种群单倍型多样性最高,最低的是漳河种群.与线粒体cyt b基因所揭示的单倍型多样性差别不大,但B基因的核苷酸多样性较之线粒体cyt b基因的高达一个数量级.暗示MHC基因丰富的核苷酸多态性可能与其病原体抗性多样性密切相关.分子变异分析结果显示,皖南山区凹耳臭蛙种群MHC II类B基因遗传变异主要来源于种群内,种群间发生了显著的遗传分化(Fst=0.05644,P=0.00391).成对种群间的遗传分化分析结果显示,直线距离最近的浮溪和香溪种群间也发生了显著的遗传分化,暗示这两个种群经历了不同的选择压力.受平衡选择的作用,MHC基因与基于中性分子标记所揭示的遗传格局不同,基于MHC基因的种群遗传分化与水系和直线地理距离均没有明显的相关性,而与种群所经历的选择压力密切相关.结果表明皖南凹耳臭蛙不同局域种群所经历的环境病原体的选择压力存在时空变异.     

灰尖巴蜗牛的遗传多样性研究

以线粒体COI基因为分子遗传标记,通过分子生物学方法分析曲靖地区灰尖巴蜗牛5个种群的COI基因DNA序列,从分子水平探讨该物种群体和种群遗传多样性.研究结果表明,该物种群体COI基因序列有变异位点47个,包括简约信息位点43个(转换与颠换)和单突变位点4个;核苷酸A、C、T、G所占比例分别为32.50%、29.43%、27.54%和10.53%,并确定了14种单倍型.在5个种群中,单倍型多样性(H)最高的是P1和P3,最低的是P4;核苷酸多样性(Pi)最高的是P2,最低的是P4;核苷酸成对差异比较明显的是P1.上述结果表明曲靖灰尖巴蜗牛整个群体的COI遗传多样性偏低,这为针对该物种综合防治措施的制定提供了重要参考依据.     

基于cytb基因分析建昌马和安宁果下马的遗传多样性和起源进化

为探索建昌马和安宁果下马的遗传多样性和亲缘关系,试验从建昌马(n=40)和安宁果下马(n=4)的抗凝全血中提取基因组DNA,用PCR扩增线粒体DNA cytb基因全序列并直接测序.结果显示,在44匹马中检测到cytb基因的45个变异位点并鉴定出20种单倍型,其中H1为优势单倍型;建昌马的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸变异数(K)分别为0.894±0.038、0.00499±0.00064和5.691.对23个马品种的遗传距离分析显示,建昌马与柴达木马的遗传距离最小(0.0036),与安宁果下马的遗传距离为0.0043,网络聚类图显示建昌马在7个(A-G)单倍群中,与单倍型系统进化树结果一致.结果表明,建昌马和安宁果下马的cytb基因具有丰富的遗传多样性,且均有多个母系起源,建昌马与柴达木马的亲缘关系最近,与安宁果下马的亲缘关系较近.     

基于mtDNA COI序列的福建B型烟粉虱田间种群分析

本研究对福建B型烟粉虱10个田间种群的线粒体DNA COI基因(mtDNA COI)进行测序,并通过与NCBI数据库上埃及、湖北、武汉3个B型烟粉虱地理种群的mtDNA COI的序列进行比对分析,结果表明在核苷酸多样性、单倍型数、单倍型多样度上,不同地理种群都不一样,但是福建种群这些遗传特征数据显著高于其它地理种群.结合近年来我省田间烟粉虱种群抗药性水平迅速提高这一结果分析,可以推测,在不同杀虫剂压力选择下,不同抗性基因得以在我省不同地理群体中流动,种群内呈现比较明显的抗性遗传分化趋势,群体遗传多样性也更为丰富,表现出烟粉虱对不利环境较强的适应能力.     

基于线粒体D-loop基因的珠江翘嘴鲌遗传多样性与遗传分化研究

为探明分布于珠江流域的野生翘嘴鲌种群遗传多样性与遗传分化状况,实验在珠江流域广东省(肇庆和韶关)、广西省(梧州、昭平、平乐、柳城、桂平、平果、田阳、龙州和扶绥)自然河流内采集野生翘嘴鲌种群。研究采用线粒体分子标记技术(D-loop基因)对珠江流域翘嘴鲌种群的遗传多样性做一个多方面的分析。利用PCR技术,得到D-loop全基因序列856 bp,通过分析发现,176个个体中合计41个单倍型;其单倍型多样性指数(Hd=0.875 06)和核苷酸多样性指数(π=0.007 00)显示种群具有较高的遗传多样性。11个野生地理群体翘嘴鲌遗传分化指数(FST)为0.188 28,显示珠江流域翘嘴鲌作为一个大种群已产生了中度分化,种群分化时间经计算推断为5万年前左右。其中,梧州和桂平,梧州和肇庆,昭平和平乐,田阳和平果,扶绥和大部分种群(柳城、桂平、田阳、韶关)的遗传分化程度都较低(FST0.05),基因流Nm5;其他种群两两之间达中度遗传分化(FST0.05),基因流Nm5。分子系统树和单倍型网络关系显示:单倍型Hap1和Hap2可能为单倍型先祖,其余单倍型由其进化而来。但遗传距离与地理距离并没有显著相关性,种群扩散规律需要进一步探索,说明珠江流域野生翘嘴鲌并未地理因素产生种属分化。     

DNA条形码在海洋动物种类鉴别中的应用:以马鲅为例

根据采自浙江舟山群岛、宁波和温州沿海海域的20个马鲅个体的线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因的DNA序列信息,对比Gen Bank上其它马鲅COI同源序列。通过Kimura双参数(K-2-P)遗传距离,邻接法(NJ)和Bayesian聚类关系分析,得到四指马鲅COI的单倍型多样性(h)为0.525,核苷酸多态性(π)为0.0018;六指马鲅种内单倍型多样性(h)为0.800;核苷酸多态性(π)为0.0202。两种马鲅间的平均K-2-P距离为0.225,这个值在马鲅属间的距离范围内,为种内的平均距离0.021的11倍。结果表明,所采集的这些马鲅隶属于2种,即四指马鲅和六指马鲅,这个结果与形态学鉴定相吻合。     

拉氏鱥mtDNA COI区段的遗传多样性分析

为了检测拉氏鱥的遗传多样性以及不同体质量的个体间是否存在遗传差异,选取同时间人工繁殖、同池养殖的体质量不同的40尾拉氏鱥,对其线粒体DNA COI区段进行PCR扩增,测序后获得碱基顺序排列清晰的1 551～1 552 bp DNA片段. 40尾拉氏鱥可分为23种单倍型,共有128个位点存在碱基差异.依据单倍型间Kimura 2-parameter遗传距,可将23种单倍型分为类型1和类型2.类型1中37尾拉氏鱥含20种单倍型(Ⅰ～XX),Kimura 2-parameter遗传距范围为0.000 00～0.005 84;类型2中3尾拉氏鱥含3种单倍型(XXⅠ～XXⅢ),遗传距范围为0.001 29～0.003 23;类型1各单倍型和类型2各单倍型间的遗传距范围为0.073 75～0.080 48. 2种类型间的遗传差异明显,可以初步认为其亲本来自2个不同的物种.类型1中的大、中、小不同体质量的拉氏鱥组内、组间遗传距在0.001 23～0.001 97之间,不同体质量的个体间未见明显的遗传差异.类型1拉氏鱥的单倍型多样性指数(Hd)、核苷酸多样性指数(Pi)及平均核苷酸差异性(k)分别为0.862、0.001 71和2.646,类型2拉氏鱥的H_d、P_i和k分别为1.000、0.002 58和4.000.类型2拉氏鱥的遗传多样性略高于类型1的多样性.