低能N^＋离子注入对超氧化物歧化酶分子二级结构及其活性的影响

超氧化物歧化酶经低能N 离子注入,应用圆二色光谱分析不同剂量低能N 离子注入对超氧化物歧化酶二级结构的影响,并分析了酶蛋白的二级结构变化对酶活性的影响.结果表明,在1×1015～10×1015ions/cm2范围,N 离子注入对超氧化物歧化酶二级结构产生影响,且不同剂量N 离子注入对超氧化物歧化酶的α-螺旋、β-折叠、β-转角及无规卷曲二级结构单元相对含量的影响程度不同.低能N 离子注入使超氧化物歧化酶的活性增加,酶活性增加与其α-螺旋结构的变化具有较好的关联性.     

虎纹捕鸟蛛神经毒素Huwentoxin-Ⅰ的二级结构研究

Huwentoxin-Ⅰ是一种小分子量的多肽类毒素,它能阻断脊椎动物的神经肌肉接头传递。该毒素分子内含33个氨基酸残基,有三对二硫键。本文报道用圆二色性光谱分析法对该毒素二级结构的测定和分析,并用Creenfield等介绍的方法计算其二级结构中各种成分的含量。结果表明,此多肽分子中,α螺旋约占22—28％,β折叠约占22—35％,而β转角和无规卷曲约占41—49％。实验还表明,此毒素在不同pH条件下的二级结构均比较稳定,将它加热到80℃保温20分钟后再测定其CD光谱,其二级结构成分变化不大。用各种不同的方法对其二级结构进行了预测,结果表明该分子一级结构序列N-末端有一小段β折叠,C-末端有一段α螺旋,分子中部的大部分残基为β转角和无规卷曲构象。     

挤压膨化对玉米醇溶蛋白结构特性的影响

以玉米蛋白粉为原料,采用DS32-Ⅱ型双螺杆挤压膨化机进行挤压膨化,以处理后的蛋白粉为原料提取玉米醇溶蛋白,研究挤压膨化对玉米醇溶蛋白结构及物理性质的影响.结果表明,挤压膨化工艺可使玉米醇溶蛋白的结构特性发生改变,微观结构中蛋白聚集体发生融合,FT-IR光谱中蛋白酰胺带出峰位置与强度发生变化,二级结构中α螺旋和β转角转化为β折叠和无规卷曲,热学性质中蛋白变性温度减小.蛋白的物性研究结果表明,挤压膨化的玉米醇溶蛋白物性得到改善,持水力、吸油性和黏度均有不同程度的增加.     

新型Vip3-like蛋白的从头预测建模及其结构域分析

Vip3-like蛋白对小菜蛾等鳞翅目昆虫有杀虫活性,是苏云金芽孢杆菌营养期杀虫蛋白Vip3的同源蛋白.为建立Vip3-like三维结构的理论模型并对其结构域进行生物信息学分析,选择从头预测的方法对Vip3-like蛋白三维结构的理论模型进行预测分析.分析结果表明,Vip3-like蛋白由1个Vip3A-N超家族结构域和3个糖类结合结构域组成.与模式蛋白Vip3Aa相比,Vip3-like是一种分子量更大的蛋白质,且2种蛋白的表面静电势分布也存在差异.其Vip3A-N结构域仅由α螺旋和无规则卷曲组成,没有发现β折叠.3个糖类结合结构域主要由无规则卷曲和β折叠组成,仅存在1个α螺旋结构.结构域分析预示无规则卷曲和β折叠可能在Vip3-like和受体结合的过程中扮演着重要角色.通过比较分析,发现Vip3Aa和Vip3-like蛋白在三级结构上存在较大差异,仅仅在局部结构存在一定的相似性,Vip3-like可能并不属于Vip3Aa类蛋白家族而属于一种全新的Bt营养期杀虫蛋白质.     

藏鸡PPARα基因克隆与生物信息学分析

为阐明藏鸡PPARα基因的结构及功能,利用RT-PCR方法对PPARα基因进行克隆,并进行生物信息学分析.结果表明:克隆获得包括完整开放阅读框的藏鸡PPARα基因序列1430 bp,开放阅读框1404 bp,编码468个氨基酸;藏鸡PPARα蛋白分子量为52.23 ku,等电点为5.85,为不稳定酸性蛋白,存在27个磷酸化位点和4个糖基化位点,无信号肽和跨膜螺旋结构.预测其二级结构中α-螺旋占37.61%,β-折叠占16.67%,无规则卷曲比例占45.73%.该研究结果为揭示PPARα在藏鸡脂代谢中的作用奠定了基础.     

用圆二色谱分析工频电场对辣根过氧化物酶结构的影响

辣根过氧化物酶经不同强度工频电场处理,用圆二色光谱研究不同强度工频电场对辣根过氧化物酶二级结构的影响,并分析酶的二级结构与酶活性的关系.结果表明,在0.5～5.5 kV/cm范围内,不同强度的工频电场对辣根过氧化物酶的α-螺旋、β-折叠、β-转角及无规卷曲的质量分数的影响程度不同.与对照组相比,处理组的α-螺旋的质量分数在场强为1.0,2.0,3.0,4.0,4.5 kV/cm时有不同程度的降低,降低幅度为3.3%～9.4%,其余场强时均有不同程度的增加,增幅范围为0.9～10.0%;β-折叠的质量分数在场强为0.5,1.5,3.5,5.0,5.5 kV/cm时有不同程度的降低,降幅为0.8%～20.0%,其余场强时均有不同程度的增加,增幅为0.8%～32.8%;β-转角的质量分数在场强为1.0和3.5kV/cm时,分别增加2.4%和0.5%,其余场强时均有不同程度的降低,降低幅度为0.5%～2.9%;无规卷曲的质量分数在电场强度为1.5,3.0,4.0,5.0kV/cm时增加,增幅分别为2.1%,0.5%,0.8%,1.1%,其他处理组的无规卷曲的质量分数均有降低,降幅为0.5%～4.0%.工频电场具有使辣根过氧化物酶的二级结构各单元之间转化的作用.辣根过氧化物酶的活性变化与蛋白酶二级结构单元中的α-螺旋变化有一定的相关性.     

鸡主要组织相容性复合体Ⅰ(BF2和β2m)二级结构与同源模建

为了推进鸡主要组织相容性复合体(MHC)Ⅰ类分子(BF2,β2m)空间结构的研究,克隆、表达了鸡BF2和β2m基因,采用圆二色谱(CD)测定了其重组蛋白的二级结构,并同源模建了其三级结构.首先,将BF2和β2m基因分别插入原核表达载体进行了可溶性表达.对表达的融合蛋白进行纯化、蛋白酶切割并对切割后的蛋白进行分离和纯化,获得了麦芽糖结合蛋白(MBP)-BF2,β2m蛋白以及MBP单体.随后,测定了BF2和β2m的CD值.CD表明BF2蛋白呈典型的α螺旋;其中,α螺旋、β折叠、转角和随机蜷曲分别为72,102,70和90个氨基酸.β2m重组蛋白呈典型的β折叠,α螺旋、β折叠、转角和随机蜷曲分别为0,46,30和22个氨基酸.同源模建显示鸡BF2和β2m蛋白与人HLA-A2和小鼠H2的3D结构类似.结果显示了BF2和β2m蛋白在二维和三维上的分子特征及其与抗原多肽结合氨基酸的空间分布,为以后进一步构建鸡BF2-β2m复合物体外鉴定病毒抗原肽系统奠定了基础.     

不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析

在传统的Chou-Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息,计算了200个蛋白(49种全α结构蛋白,69种全β结构蛋白,38种仅α β结构蛋白,44种α/β结构蛋白)中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构(α：螺旋,β：折叠,C：卷曲)的偏向性参数．通过对这些密码子对应氨基酸二级结构偏向性的分析,得到了氨基酸二级结构偏向性分析中所忽略的同义密码子的蛋白结构信息．这些新的信息量对于指导蛋白质设计以及提高蛋白质二级结构预测的准确率有着一定的作用．     

虎纹捕鸟蛛神经毒素Huwentoxin—I的二级结构研究

Ｈｕｗｅｎｔｏｘｉｎ－Ｉ是一种小分子量的多肽类毒素，它能阻断脊椎动物的神经肌肉接头接头传递。该毒素分子内含３３个氨基酸残基，有三对二硫键。本文报道用圆二色性光谱分析法对该毒素二级结构的测定和分析，并用Ｃｒｅｅｎｆｉｅｌｄ等介绍了方法计算其二级结构中各种成分的含量。结果表明，此多肽分子中，α螺旋约占２２－２８％，β折叠约占２２－３５％，而β转角和无规卷曲约占４１－４９％。实验还表明，此毒素砂同ｐＨ条     

pH值对鲑鱼降钙素溶液构象的影响

采用傅里叶变换红外光谱和圆二色谱,测定鲑鱼降钙素在不同pH值水溶液中的构象,并对各种二级结构的含量进行计算.结果表明pH值对鲑鱼降钙素溶液构象有较大影响,pH值从2.0升高到8.0时鲑鱼降钙素溶液中存在β-折叠、β-转角和无序结构,无α-螺旋结构,且各种二级结构的含量随pH值增加而发生变化.当pH值增加到9.0时鲑鱼降钙素溶液中出现α-螺旋结构,且β-折叠和无序结构含量降低到最小值,β-转角含量增加到最大值.以上研究结果提示较低的pH值有助于鲑鱼降钙素的稳定,为进一步阐明pH值对鲑鱼降钙素稳定性的影响提供了依据.     

冻融对面筋蛋白结构及面粉粉质特性的影响

探讨冻融（以10 d作为一个冻融周期,在每个冻融周期的第5天,将冷冻在-18 ℃的样品升温至0 ℃,并在此温度下保持12 h后降温至-18 ℃继续冻融）对小麦面筋蛋白分子结构、自由氨基、自由巯基及粉质特性的影响.研究发现,随着冻融时间的延长,〖WTBX〗I〖WTBZ〗(0)值（散射角度为0时散射强度）呈现下降趋势,尤其是冻融前60 d,〖WTBX〗I〖WTBZ〗(0)由原样品的2.75105下降到1.75105,说明面筋蛋白的相对分子质量随着冻融时间的延长而降低.在冻融过程中自由氨基含量没有变化,而自由巯基含量上升,表明面筋蛋白相对分子质量下降的原因是由于二硫键断裂使得高聚物发生了解聚现象.添加冻融后面筋蛋白的粉质特性高于未添加的样品,而相对分子质量的下降对面粉粉质特性的影响表现在稳定时间和衰减时间上,而随着冻融时间延长其粉质特性呈现下降趋势,且与面筋蛋白的平均相对分子质量呈正相关.     

Relationships of mRNA-protein secondary structures in the human β-globin gene HBB and four variants

Single nucleotide polymorphism is an interesting problem that can alter gene expression,recode amino acids and affect protein function.Protein structural changes have generally been attributed to amino acid replacements,and only a few research efforts have examined the effects of mRNA structural changes to the conformation of the corresponding protein coded by the mRNA.In the present study,the human β-globin HBB gene and four variants were examined.The mRNA secondary structures were constructed using the dynamic extended folding method and the encoded protein secondary structures were obtained from related databases.Comparisons were performed between these structures before and after mutations were introduced into the mature mRNAs and the proteins.We focused on the structural changes from mRNA to protein and found that regular protein conformations tend to match stable mRNA regions,whereas irregular protein conformations,such as β/γ turns and random coils,often match unstable mRNA regions.Mutations within unstable regions can alter the mRNA secondary structure and leave footprints in the protein structure.Comparison of the mRNA-protein secondary structure relationships represents a potential strategy to explore protein functional changes.     

星形胶质细胞低温去分化条件

体外纯化培养的成熟星形胶质细胞经冷冻复苏方法处理后,诱导转化为放射状胶质细胞的类似细胞(RGLCs细胞).星形胶质细胞的诱导转化率与其冷冻过程的温度、时间有关.冷冻保护液中的DMSO对星形胶质细胞的诱导转化过程无关.这些结果显示冷冻复苏方法诱导星形胶质细胞的转化是由物理刺激诱导的.     

盐类对双液系混溶性的影响(Ⅱ)

本文就盐对苯—甲醇及环已烷—甲醇两个体系混溶性的影响,进一步分析了早年作者等所提出的“分层函数”R 和“溶剂化参数”α及β的物理意义、数量变化及其与溫度的依赖关系.分层函数(X_A、X_B 及 X_S 分别为体系开始分层时醇、苯或环已烷、盐三者的摩尔分数)与双液比 X_A/X_B 对划,在三元系韵拆点(Plait point)处发生急转弯,成为估算折点的一个简易方法.这个转弯在低温时是曲线的极大点;随着温度的升高,逐渐变为平坦,而后又成为极小点。溶剂化参数α及β是利用 Basinski的方法求得的,如把 X_A 分成 X_(AS)+X_(AB)两部分,则 X_(AS)/X_S即为α,X_(AB)/X_B即为β。当盐固定时,利用它们的大小可以区分不同双液系混溶性的大小;而当双液比固定时,利用它们又可以区分不同盐的分层能力的强弱。最后,还利用分子间的相互作用及分子热运动急剧程度的变化说明了α和β随温度的变化。     

基于位点特异性打分矩阵的卷积神经网络预测SARS-CoV-2核衣壳蛋白的蛋白质二级结构

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)有4种关键的结构蛋白,而核衣壳蛋白就是其中的1种.本实验从公开数据库NCBI上选取的SARS-CoV-2核衣壳蛋白质序列数据,分析SARS-CoV-2核衣壳蛋白与SARS-CoV核衣壳蛋白的序列相似性,对SARS-CoV-2核衣壳蛋白的理化性质和疏水性进行分析;在此基础上提出基于位点特异性打分矩阵的卷积神经网络,预测SARS-CoV-2核衣壳蛋白的8类蛋白质二级结构.研究结果表明,核衣壳蛋白的二级结构主要为无规卷曲,此结果可为抗病毒药物的研发与新型冠状病毒肺炎的诊断提供参考.     

冻融时间对早期混凝土抗压性能的影响试验

为研究冻融前养护时间和冻融时间对早期混凝土抗压性能的影响,采用混凝土冻融试验机冻融循环和冬季室内外自然冻融循环,对不同冻融前养护时间和冷冻时间的混凝土立方体试块进行抗压性能试验．冻融循环后混凝土表面不再光滑,表面剥落情况越严重,混凝土疏松、起皮,甚至脱皮,空洞现象也随之增多．龄期越早、冻融时间越长表面破坏越严重．混凝土冻融试验机和室内外自然冻融受冻试块的冻融时间与质量损失率的关系曲线大致相同,受冻时间为6h的试块均比受冻时间为12h的质量损失大,且冻融前养护3d和7d的质量损失较大,7d后质量损失较小,斜率趋于平缓．混凝土冻融试验机和冬季室内外自然冻融受冻12h的试块比受冻6h的抗压强度低,抗压强度损失率要大．     

冻融循环对加筋土结构性能影响的研究进展

加筋土结构因其具有因地制宜、性能优越和节能减碳等优点而在全球广泛应用。但在季节性冻土地区建造的加筋土结构在全生命周期内会经历多次冻融循环，而冻融循环对加筋土结构性能影响的研究尚不充分。基于已有研究，总结了冻融循环对加筋材料、回填土及加筋土单元体的影响，从室内试验、现场监测以及数值模拟三个方面并结合实际案例总结了加筋土结构在冻融循环作用下性能变化规律，指出了现有研究在冻融循环对加筋土结构的作用机理和评价指标等方面的不足，并展望了在冻融循环影响加筋土结构研究领域未来的发展方向，为加筋土结构的设计及长期稳定性分析提供支撑。     

洋葱染色体螺旋与放射环结构的电镜观察

染色体经DNA特异染色后,观察到其最高层次结构是螺旋的,而次级结构存在着放射环结构,即由直径为25～30nm的DNA纤丝放射状折叠排列成约250nm左右的染色单体丝;染色单体丝进一步螺旋形成中期染色体结构。这些观察结果和染色体的螺旋与放射环共存模型非常相似。这个模型应更接近于洋葱染色体真实结构。     

Prediction of nonregular secondary structures of proteins based on wavelet analysis

The secondary structures of proteins fall into two classes: regular structure and nonregular structure. Helices and sheets are termed "regular" structures because their residues have repeating main-chain torsion angles, and their backbone N-H and C-O groups are arranged in a periodic pattern of hydrogen bonding. In contrast, the remaining structures with nonrepeating backbone torsion angles are called nonregular secondary structures. In this note, we performed an extensive sequence analysis of nonregular secondary structures and showed that these nonregular parts could be effectively predicted by continuous wavelet transform.