SD序列矩阵表示与保守性

提出用矩阵形式表示一组核酸序列的方法．以大肠杆菌ＳＤ序列（在起始密码子ＡＴＧ前－１～－２５位点的２５个碱基范围内）为例给出了表示各位点单碱基、相邻双碱基、相邻三碱基出现的矩阵形式，并计算了体现序列的保守性、关联性的Ｍ（ｌ）值，发现大肠杆菌ＳＤ序列保守性，相邻双碱基、三碱基关联性与基因表达水平成正相关关系     

A型口蹄病毒VP1免疫活性肽基因串联片段的化学合成及克隆…

Ａ型口蹄疫病毒（ＦＭＤＶ）ＶＰＩ蛋白的１４１－１６０位和２００－２１３位氨基酸序列是决定ＦＭＤＶ免疫原性的抗原决定簇片断，人工合成一个免疫活性肽基因的串连片段（２０ＡＡ－１４ＡＡ－２０ＡＡ），全部选用２大肠杆菌偏爱密码子，在５端带有有ＥｃｏＲ１位点和一个起始密码子ＡＴＧ，在３端带有ＢａｍＨＩ位点和一个终止密码子ＴＧＡ，利用这两个酶切位点把该基因连接到ＰＷＲ５９０质粒上，并筛选高表达的菌株，结果表明     

黑曲霉(Aspergillus niger)三磷酸甘油醛脱氢酶基因(GPD)的序列测定与同源性分析

ｐＡＮＧＰＤ是用构巢曲霉ＧＰＤ基因片段为探针,从黑曲霉基因组文库中筛选到的一个三磷酸甘油醛脱氢酶基因（ＧＰＤ）阳性克隆．作者对该阳性克隆进行了亚克隆和序列测定,结果表明,基因片段总长２４４１个核苷酸（ｎ．ｔ）,其中５’－端非编码区长９８１ｎ．ｔ,编码区（从起始密码子ＡＴＧ到终止密码子ＴＡＧ）长１４４６ｎ．ｔ,３’－端非编码区长２４ｎ．ｔ,基因启动子区含有ｇｐｄ－盒和ＣＴ－盒序列,但无明显的ＣＡＡＴ盒和ＴＡＴＡ盒序列．ＧＰＤ基因由７个外显子和７个内含子构成,外显子全长１００８ｎ．ｔ,编码的蛋白质长３３６个氨基酸残基．通过序列比较分析,发现该基因与构巢曲霉的ＧＰＤ基因有许多相似之处;它们的基因启动子序列都含有ｇｐｄ－盒和ＣＴ－盒,其同源性分别为９６％和６５％;推测的两个ＧＰＤ蛋白的氨基酸同源性高达９０％;两个基因所含内含子数目及位置相同．     

人胰岛素样生长因子—Ⅰ的基因克隆,融合表达及产物纯化

利用聚合酶链式反应（ＰＣＲ）方法,以ＩＧＦ－ＩｃＤＮＡ为模板,扩增ＩＧＦ－Ｉ的基因。在序列测定确证后,将其定向克隆到载体ｐＥｘＳｅｃＩ上,构建了ＩＧＦ－Ｉ融合表达载体ｐＥｘＩＧＦ,经ＩＰＴＧ诱导表达后,ＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析表明：含有重组表达质粒的菌株可表达出约３２．５８％的２６ＫＤ融合蛋白,且主要以可溶性形式存在。经ＩｇＧ－Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ亲和层析一步纯化后,可获得纯度约９０％的融合蛋白,经Ｗｅｓｔｅｒｎ－Ｂｌｏｔ分析,免疫学活性呈阳性反应。     

甘薯储藏蛋白(sporamin)A基因在大肠杆菌中的表达研究

利用基因重组技术,将ＰＣＲ扩增获得的甘薯储藏蛋白Ａ基因的成熟肽编码区序列,插入到高效表达载体ｐＴｒｃＨｉｓＢ中,构建成重组表达质粒ｐＴＨＳＰＯ－Ａ,用限制酶切和ＰＣＲ分析均表明重组质粒与预期结果相符,用ＩＰＴＧ诱导重组质粒转化的大肠杆菌ＴＯＰ１０。菌体总蛋白经１２％ＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析,可观察到一个大小为１０ｋＤ的蛋白质带,其分子量比预期值小。     

黑曲霉（Aspergillus niger）三磷酸甘油醛脱氢酶基因（GPD …

ｐＡＮＧＰＤ是用构巢曲霉ＧＰＤ基因片段为探针,从黑曲霉基因组文库中筛选到的一个三磷酸甘油醛脱氢酶基因阳性克隆。作者对该阳性克隆进行了亚克隆和序列测定,结果表明,基因片面总长２４４１个核苷酸,其中５’－端非编码区９８１ｎ．ｔ,编码区（从起始密码子ＡＴＧ到终止密友子ＴＡＧ０长１４４６ｎ．ｔ．３‘－端非编码区长２４ｎ．ｔ,基因启动子区含有盒和ＣＴ－盒序列,但无明显的ＣＡＡＴ盒和ＴＡＴＡ盒序列。     

研究聚ADP核糖基化作用与细胞恶变关系的双基因真核表达重…

本文将聚ＡＤＰ核糖聚合酶基因１．４ｋｂ部分序列反向插入真核表达载体ｐＭＡＭｎｅｏ和ｐＳＭＧ中，同时１２位密码子突变的活化ｒａｓ癌基因也一同克隆到上述载体中，从而获得具有不同真核基因筛选标记的双基因真核表达重组ｐＭＡＭｎｅｏ－Ｃｌ．４－Ｔ２４，ｐＭＡＭｎｅｏ－Ｃｌ．４－ａｒＴ２４，及ｐＳＭＧ－Ｃｌ．４－Ｔ２４，上述质粒的构建成功为研究聚ＡＤＰ核糖基化作用与细胞恶变的关系提供了一种新的分子模型。     

羊生长激素在大肠杆菌中表达及分泌初探

利用ＰＣＲ方法,将羊生长激素（ｏＧＨ）成熟蛋白编码序列扩增,再将扩增产物接入分泌型表达载体ｐＥＴ１２ａ（ＳａｌＩ位点）中,利用宿主菌自身的ＯｍｐＴ信号肽引导羊生长激素在Ｅ．ｃｏｌｉ ＢＬ２１（ＤＥ３）中分泌,获得正向插入重组质粒ｐＥＴ１２－ｏＧＨ８,对重组子及对照菌进行诱导表达,薄层色谱扫描（ＳＤＳ－ＰＡＧＥ）检测结果发现,ｏＧＨ在ＯｍｐＴ信号肽引导下未见明显分泌,推测ｏＧＨ自身的氨基酸序列可有是     

野蚕DHPBAN基因启动子的克隆及序列分析

为研究昆虫滞育激素性信息素合成激活肽基因在进化过程中的变化以及基因表达调控的异同,用ＰＣＲ方法克隆了野蚕的ＤＨＰＢＡＮ基因的启动子并测序,这是第二个被克隆的昆虫ＤＨＰＢＡＮ基因启动子．与家蚕相比,在核苷酸水平上同源性达９４％．野蚕ＤＨＰＢＡＮ基因启动子的ＴＡＴＡ框的保守序列为ＴＡＴＡＴＡＡＡ,位于－４７—－４０处;ＣＡＡＴ框是ＧＧＣＣＣＡＴＣＴ,位于－８３—－７５处;野蚕与家蚕一样具有ＴＡＡＴ保守序列,这段序列是一类调控蛋白的结合核心位点,家蚕的位于－１８５—－１７６,野蚕的位于－１７６—－１６７．在－６４—－５６部位,核苷酸序列表现出较大的不同．     

GHRP—scu—PA—32K突变体的构建,表达及纯化产物的部分性 …

在ｓｃｕ－ＰＡ３２Ｋ的ｃＤＮＡ分子基础上经定点突变,在Ｎ端紧接Ｌｅｕ＾１以前引入编码ＧＨＲＰ四肽的寡核苷酸序列（ＧＧＴＣＡＴＡＧＧＣＣＴ）,构建了ＧＨＲＰ－ｓｃｕ－ＰＡ－３２Ｋ的突变体ｃＤＮＡ。将它克隆到表达载体ｐＣＭ－β－ｄｈｆｒ共转染ＣＨＯ／ＤＨＦＲ＾－细胞。筛选到的稳定表达株在无 清培养基的表达量为５８０ＩＲ／（１０＾６细胞．２４ｈ）。经锌离子螯合亲和柱纯化的产物,ＳＤＳ－ＰＡＧＥ显示为一蛋     

大肠杆菌编码区5′端碱基的统计分析

统计了大肠杆菌１２８８个编码序列开始的３３个碱基位点（１１个密码子）上各碱基出现的概率,发现第２、第３密码子各位点上的碱基概率分布与其它密码子上的碱基分布概率不一样;碱基Ｇ和Ｔ出现的概率从第４个密码子后呈现明显的３周期分布．我们还研究了这些位点上的碱基概率分布与基因表达水平的关系,发现高表达基因和低表达基因在第２、第３密码子各位点上,其各种碱基的概率分布是有区别的;高表达基因碱基Ｇ和Ｔ的概率分布３周期性更明显．     

大肠杆菌终止密码子前后序列碱基的统计分析

统计了大肠杆菌９８５个基因终止密码子前３１个碱基和终止密码子后３３个碱基在各个位点的碱基概率分布．发现终止密码子前３个碱基和终止密码子后３个碱基的概率分布与其它位点的概率分布有很大的差别．以ＴＡＡ结尾的基因序列和以ＴＡＧ或ＴＧＡ结尾的基因序列的碱基分布在终止密码子附近也有明显不同．我们又统计了高表达基因和低表达基因终止密码子前后序列的碱基分布,发现在紧邻终止密码子前后３个碱基范围内,某些碱基分布有明显的差别．还发现碱基Ｇ和碱基Ｔ的３周期分布贯穿整个编码区,碱基Ａ的３周期分布在编码终止区非常明显．     

拟南芥雄性不育突变体opw(only pollen wall)候选突变基因的克隆

在T-DNA插入突变体Salk_059463株系的群体中,筛选到两株雄性不育突变体,对TDNA序列上的一对引物进行PCR鉴定,结果表明:其基因组中没有T-DNA插入.遗传分析表明这两株雄性不育突变体由同一单个隐性基因控制,引起不育的主要原因是从花药发育的第8期开始,小孢子细胞质内容物逐渐减少直至消失,到花药发育的第12期,药室内的小孢子只剩下一个花粉壁空壳,故该突变体命名为opw(only pollen wall).利用图位克隆的方法对OPW基因进行了定位,结果表明OPW基因位于第二条染色体上分子标记T28M21和T3G21之间的12 kb区间内,该区间内一共有21个基因注释.通过克隆区间内的基因并测序发现opw-1突变体基因组中At2g40140基因编码序列的外显子在第289和第290个碱基之间插入了一个A碱基,而opw-2突变体基因组中At2g40140基因编码序列的外显子在第412和第413个碱基之间插入了一个T碱基,造成的编码序列移码使第424至第426碱基成为终止密码子,故At2g40140是编码OPW的候选基因.     

敏捷气热菌密码子及AUG侧翼序列保守性分析

比较敏捷气热菌和大肠杆菌等9种编码GC含量．以及各异生物的密码子使用情况．结果表明，与敏捷气热菌编码区GC含量比较接近的果蝇．在密码子使用上与之相差最小．它们在分类学上分别属于不同的域，与敏捷气热菌同属古菌．但GC含量相差较大的强烈炽热球菌．则相差较大．说明编码区GC含量对密码子使用偏好．比生物分类学(系统发育)地位更重要．碱基A．C在高、低表达基因中出现的概率差别较大．尤其在-1，-3，-4和7位点；碱基A，C在调控翻译起始效率中的作用．可能大于碱基G，U。因为碱基G，U在高表达和低表达基因中．其出现的概率差别不大．高表达和低表达基因起始密码子侧翼序列中．某些位点保守性存在差异．其中高表达基因-1位和-3全可能与其高表达特性有关．     

杨树部分基因起始密码子AUG侧翼序列特征分析

对297条杨树基因序列的起始密码子AUG侧翼区序列(-20位点- 6位点)的碱基分布特性进行了统计学分析,并对高表达基因和低表达基因翻译起始位点侧翼序列碱基的保守性和关联性进行了对比分析。结果表明:紧邻起始密码子5′端的-1、-2、-3、-4、-5和-6位点均强烈偏好A, 4位点强烈偏好G,同时高表达和低表达基因的-20位到 4位中某些位点的保守性存在较大差异,其中高表达基因的-6,-3和 4位可能与其高表达的特性有关;通过关联性分析可以看出,在起始密码子侧翼序列的某些特定区域碱基之间的关联性可能也与翻译起始效率有关系;相关性分析表明低表达基因的AUGCAI主要受到"AUG"侧翼区序列的GC含量的影响,低表达基因在"AUG"侧翼区富集GC对翻译有一定影响。     

城市胁迫环境下的二球悬铃木叶片气孔数量特征分析

对采自上海市区14个样点的二球悬铃木叶片气孔的研究结果表明,在3个采样时期,叶片气孔数量特征如气孔密度和气孔长径在不同环境胁迫程度下均表现出显著的差异,随着环境胁迫程度的增强,观察到气孔密度(SD)逐渐增加而气孔长径(SL)逐渐降低的趋势,两者之间表现出极显著的线性相关：SL=-0.0375SD 29.275,r=0.7609,p=0.0041(5月初);SL=-0.0255SD 25.116,r=0.7407,p=0.0024(9月底);SL=-0.0335SD 25.678,r=0.7152,P=0.0040(11月初)．而气孔的空间分布型却未受任何影响,气孔密度和气孔长径可作为指示小尺度上环境胁迫的有效指标．     

Biological properties of human c-Ha-ras1 genes mutated at codon 12

Vertebrate genomes contain proto-oncogenes whose enhanced expression or alteration by mutation seems to be involved in the development of naturally occurring tumours. These activated genes, usually assayed by their ability to induce the malignant transformation of NIH 3T3 cells, are frequently related to the ras oncogene of Harvey (Ha-ras) or Kirsten (Ki-ras) murine sarcoma viruses, or a third member of this family (N-ras). Activation involves point mutation which often affect codon 12 (refs 16-26) of the encoded 21,000-molecular weight polypeptide (p21). To provide insight into structural requirements involved in p21 activation, we have now constructed 20 mutant c-Ha-ras1 genes by in vitro mutagenesis, each encoding a different amino acid at codon 12. Analysis of rat fibroblasts transfected with these altered genes demonstrates that all amino acids except glycine (which is encoded by normal cellular ras genes) and proline at position 12 activate p21, suggesting a requirement for an alpha-helical structure in this region of the polypeptide. The morphological phenotype of cells transformed by the activated genes can, however, depend on the particular amino acid at this position.     

基于PWM扫描算法的启动子区域统计分析

为了寻找启动子区域上转录因子结合位点的分布规律,进而研究这种规律与真核基因表达调控机制之间的关系,该文从已有数据出发,运用位置权重矩阵(PWM)扫描算法对启动子区域上4种与肝脏特异表达相关的转录因子结合位点分布情况进行了初步研究,并提出了一种新的序列评分方法。通过该方法提取的统计特征,肝脏特异基因的鉴别准确率可以达93.33%。实验结果表明:肝脏特异基因的启动子区域上结合位点的分布情况与其他基因相比存在显著差异。新的序列评分方法可以更好地反映这种差异性,实现肝脏特异基因的精确鉴别。