梅花鹿FGF10基因的生物信息学分析

应用生物信息学的方法对梅花鹿FGF10基因的核苷酸和氨基酸序列进行了初步的生物信息学分析,包括理化性质分析、信号肽和跨膜结构域分析、磷酸化位点和疏水性分析、蛋白质二级结构分析、功能结构域分析以及系统进化分析.结果表明:梅花鹿FGF10基因编码213个氨基酸,蛋白相对分子量为23.84kD,为碱性不稳定蛋白;存在信号肽和跨膜结构域;共有26个磷酸化位点;二级结构主要由α螺旋、β转角、延伸链和随机卷曲组成.具有FGF典型的FGF结构域.系统进化分析显示,梅花鹿FGF10与哺乳动物FGF10相似性较高,并且与牛、羊在亲缘关系上最相近.为梅花鹿FGF10基因的结构和功能的进一步研究打下了坚实的理论基础.     

梅花鹿抗病毒蛋白的生物信息学分析

通过在线生物软件分析梅花鹿四种抗病毒蛋白A3Z2、BST-2A、BST-2B和SAMHD1蛋白的生物信息学特性。从转录组中获得四种蛋白的基因序列,应用Prot Param、Protscale、SOPMA、TMHMM、Target P、Signal P、Motif Scan、Interproscan以及BLAST等在线软件分析蛋白的理化性质、二级结构、穿膜域、结构域等等。首次获得了四种抗病毒因子的基因和蛋白序列,梅花鹿A3Z2基因编码393个氨基酸,相对分子质量为47.59 k Da,碱性,不稳定性亲水蛋白,无信号肽和跨膜结构域,胞内定位,具有糖基化和磷酸化位点,两个胞嘧啶脱氨酶结构域。梅花鹿BST-2A和2B基因编码159个氨基酸,相对分子质量为17.69 k Da和18.12 k Da,酸性,不稳定性亲水蛋白,无信号肽,BST-2A有两个跨膜结构域,BST-2B有一个跨膜结构域,膜定位,具有糖基化和磷酸化位点。梅花鹿SAMHD1基因编码613个氨基酸,相对分子质量为70.51 k Da,碱性,不稳定性亲水蛋白,无信号肽和跨膜结构域,胞内定位,具有磷酸化位点,d NTP磷酸水解酶活性结构域。梅花鹿A3Z2、BST-2A、BST-2B和SAMHD1蛋白具有潜在的抗病毒能力。     

骨形态发生蛋白7在兔卵巢中的表达分析

为探讨BMP7蛋白在卵泡发育、黄体化和排卵过程中的作用,本研究采用免疫组织化学方法检测了BMP7在兔卵巢中的表达定位情况.结果显示, BMP7蛋白在兔卵巢原始卵泡和初级卵泡中未检测到表达;在次级卵泡卵母细胞及有腔卵泡的各种细胞中都有表达,但只在部分内膜细胞中表达;在间质细胞、黄体及表面上皮中也有表达.由此表明,BMP7没有参与兔原始卵泡的激活,而在初级/次级卵泡转化以及其后的卵泡成熟过程中发挥了作用;BMP7不仅是卵泡内膜细胞分泌因子,而且也是卵母细胞和颗粒细胞分泌因子.对BMP7的表达来说卵泡内膜细胞存在功能性差异.BMP7可能参与了兔黄体、排卵等活动的调节.     

猪骨形态发生蛋白15基因的分子克隆及分析

骨形态发生蛋白15(Bone Morphogenetic Portein-15,BMP15)由卵母细胞特异表达,在卵母细胞发育与成熟过程中起重要调控作用.本文以长白猪为研究模型,克隆BMP15基因cDNA全长并探究该基因组织表达图谱.研究显示,家猪BMP15基因cDNA全长1298bp,编码具402个氨基酸的前体蛋白.依赖RT-PCR技术,家猪Bmp15基因被发现特征性表达于家猪卵巢中.在本研究中,还分离到家猪BMP15基因潜在启动子区(3279bp),针对该启动子区,部分转录因子结合位点获得预测.这些研究结果为探究BMP15基因的表达调控机制及其对家猪卵泡发育影响奠定基础.     

BMP4重组蛋白在毕赤酵母中表达载体构建与纯化分析

以骨形态发生蛋白(BMP4)为研究对象,将BMP4基因与IgG-Fc基因结合,改造成为BM P4-Fc融合蛋白,经巴斯德毕赤酵母诱导表达和DEA E阴离子纯化获得目的蛋白,并利用间充质干细胞验证了其生理活性.结果表明:使用巴斯德毕赤酵母能够很好表达B M P4-Fc融合蛋白,通过提纯条件,成功分离纯化BM P4-Fc融...     

中国美利奴羊BMP4基因的克隆、序列分析与真核表达

本实验利用RT-PCR技术获得妊娠105 d胎羊皮肤组织c DNA,PCR扩增获得中国美利奴羊BMP4基因全长编码区序列(CDS),将其克隆到zero PCR@TM-Blunt载体进行测序验证。获得的BMP4基因亚克隆至pc DNA3.1载体,构建绵羊BMP4真核表达载体,经脂质体2000转染293T细胞进行BMP4重组蛋白表达,Western blot鉴定表达产物。结果表明:中国美利奴羊BMP4基因编码区包含1227 bp,编码409个氨基酸,与其它哺乳动物氨基酸相似性达到92%,其成熟肽羧基末端区域具有TGFβ家族保守区结构。Western blot结果显示,重组蛋白分子量约为47KD,与预期一致,并证实人源BMP4单克隆抗体能够应用于羊BMP4研究。这为进一步的研究奠定了必要基础。     

基于PC/Linux蛋白序列分析系统的构建及应用

介绍利用常见的x86 PC,Linux操作系统配合BLAST、PHYLIB和EMBOSS等常见的生物分析软件构建可以完成多种蛋白数据分析的大规模自动分析系统.该系统可自动完成从DNA序列中获取读码框、核酸序列向蛋白序列的转化、在蛋白序列数据库中查找同源序列、序列录入数据库以及蛋白序列的等电点、亲/疏水位点、二级结构等性质的分析、多个序列之间相似度和进化地位的分析,并对输出的结果数据利用Web服务器进行发布.与传统的序列分析模式相比,此分析系统大大加速了对大规模数据信息的分析和利用.     

希金斯炭疽菌GPCR蛋白生物信息学分析

希金斯炭疽菌可以侵染诸多十字花科植物引起炭疽病,给各国农业生产造成了巨大经济损失.GPCR作为生物体内G蛋白信号转导途径中的重要感知蛋白,在信号传递过程中发挥着重要作用.本研究基于酿酒酵母中已经报道的3个典型GPCR序列,利用Blastp以及关键词对炭疽菌蛋白质数据库进行比对、搜索,以及通过TMHMM、HMMTOP跨膜结构域分析,明确该菌存在4个典型的GPCR;同时,通过对上述氨基酸序列进行细胞信号肽、亚细胞定位以及二级结构等生物信息学分析,明确上述GPCR均具有较高比例的α螺旋结构以及均不含有明显的信号肽序列;在定位方面,4个GPCR均定位在质膜上.此外,通过对希金斯炭疽菌中的4个GPCR与其他物种中的23个同源序列进行遗传关系比较分析,发现该菌中的GPCR与C.graminicola、C.fioriniae等炭疽菌属中的病菌具有较高的同源序列以及较近的亲缘关系.该研究为深入开展希金斯炭疽菌GPCR功能研究打下坚实的理论基础,同时,也为进一步开展其他炭疽菌的研究提供重要的理论指导.     

药用植物黄花蒿ATP合成酶电子克隆及生物信息学分析

本文通过电子克隆的方法获得黄花蒿ATP合成酶的基因完整序列并对该蛋白特性进行相应分析.以Accession number KJ434435.1为探针,对黄花蒿的EST数据库进行搜索,获得同源较高的序列,用相关生物软件DNAMAN、MEGA进行拼接组装,并对获得核苷酸和氨基酸进行生物信息学分析.结果发现获得黄花蒿ATP合成酶基因拼接群1963bp,含有一个完整的开放阅读框(ORF)序列(1479bp),编码492个氨基酸,该蛋白质含15个α螺旋,23个β折叠及27个无规则卷曲.黄花蒿ATP合成酶蛋白的分子质量为52830.4,分子式为C_(2342)H_(3778)N_(636)O_(721)S_(14),理论等电点为5.18,该蛋白的GRAVY值为-0.048,具有亲水性的水溶性蛋白.该蛋白质序列有丝氨酸磷酸化位点(Ser)9个、苏氨酸磷酸化位点(Thr)6个、酪氨酸磷酸化位点(Tyr)4个.通过分析获得黄花蒿ATP合成酶完整的c DNA序列,该氨基酸序列不存在信号肽,无跨膜现象、非分泌型蛋白,为黄花蒿ATP合成酶实验室研究提供一定的理论基础.     

基于CODEHOP的欧李钙调蛋白基因片段的克隆

为克隆欧李钙调蛋白基因序列,本研究采用CODEHOP方法设计了一对简并引物,F1:5'-GGCTGACCAACTGACCga(c/t)ga(c/t)ca(a/g)at-3';F2:5'-CACGTCAGCCTCTCTGatcat(c/t)tc(a/g)tc-3';并采用传统简并引物设计方法设计了简并引物N1:5’-AAATGGC(A/C/G)GATCAGCT(A/C/T)AC-3’;N2:5:’-CACTT(A/G)GCCATCATGAC(C/T)TT-3’.从欧李的幼苗组织中成功克隆出了钙调蛋白基因片段,并第一次完成了对该序列的测序.通过利用NCBI的Blast进行分析等方法证实了该序列与其他植物的钙调蛋白序列具有高度的同源性,该序列与梅花、桃、甜樱桃的钙调蛋白序列同源性都在90%以上.研究证明CODEHOP软件相比传统的设计简并引物的方法具有可信性和高效性,并且钙调蛋白目的基因的成功克隆对钙调蛋白以及欧李高钙特性的研究提供了基础数据.     

内蒙古鹿科动物分布现状和资源研究

鹿科动物中马鹿Cervus elaphus xanthopygus、东北梅花鹿Cervus nippon hortulorum、驼鹿Alcs alces(cameloides）、狍Capreolus capreolus bedfordi和驯鹿Rangifer yarandus fennicus在内蒙古均有分布,兴安岭、阴山山脉、贺兰山是鹿科动物在内蒙古分布较集中的区域。马鹿分布于这睦山体和内蒙古中部中蒙边境的一个较小地区;驼鹿仅见于大兴安岭;狍在内蒙古内广泛分布于除贺兰山以外的山体、森林和摹;东北梅花鹿只在兴安岭有分布记录,但现在已无野生个体存活的直接证据。1987～1997年,在对内蒙古境内鹿科动物已有记录的分布区所作的多次调查中,于内蒙古中部的中蒙边境地区,新发现一处现存马鹿数量较多的分布区域。结合1963～1990年商业部门对内蒙古境内鹿角、鹿茸、鹿筋、鹿尾和狍角、狍筋收购量的统计数据,对鹿科动物在内蒙古的分布和资源状况进行了阐述。     

鹿鞭及其伪品随机扩增DNA多态性鉴定方法研究

目的建立鹿鞭及其伪品随机扩增DNA多态性(RAPD)鉴定方法,为鹿鞭的鉴别提供可靠依据.方法采用柱层析法从鹿鞭及其伪品中提取线粒体DNA并进行随机DNA多态性扩增.结果正品鹿鞭(梅花鹿鞭和马鹿鞭)与其常见伪品(牛鞭)线粒体DNA随机扩增产物的电泳图谱有明显区别,条带数量和位置均不同,说明本方法可以有效区分正品鹿鞭与其常见伪品.结论 RAPD技术可为鹿鞭及其伪品的鉴别提供一种简单、有效、可信度高的方法.     

东北梅花鹿肠道纤维素降解微生物的分离筛选

食草动物依赖胃肠道微生物分解利用天然木质纤维素物质。为获得高效纤维素降解菌，本文将东北梅花鹿粪便样品，经过研磨，重悬于羧甲基纤维素钠（CMC-Na）作为唯一碳源的富集培养基中，进行富集培养和筛选，用革兰氏碘液染色显示纤维素水解圈，通过纤维素水解圈直径（D）和菌落直径（d）比值，初步判断纤维素降解菌降解纤维素能力．筛选出106株纤维素降解微生物，包括72株细菌、22株真菌和12株放线菌．细菌16S rDNA和真菌ITS序列测序结果显示，这些纤维素降解菌主要集中分布于变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和子囊菌门（Ascomycota）．本文提供了一种快速有效的反刍动物肠道纤维素降解微生物的筛选方法，为东北梅花鹿肠道微生物高通量测序结果提供实验数据支持．      

家猪BMP-2、BMP-3基因克隆及其组织表达探究

本研究以长白猪(Landrace)肺cDNA为模板,扩增获得猪骨形态发生蛋白BMP-2和BMP-3基因的cDNA全长.BMP-2基因cDNA全长为1742bp,编码395个氨基酸的前体蛋白,与人、牛、绵羊、大鼠、小鼠等的BMP-2基因的氨基酸序列一致性分别94.18%,95.4%,95.2%,90.3%,90.60%;BMP-3基因cDNA全长为1639bp,编码475个氨基酸的前体蛋白,猪与人、牛、绵羊、大鼠、小鼠等的BMP-3氨基酸序列的一致性分别是84.7%、87.7%、82.3%、80.4%、79.5%.采用RT-PCR方法,对BMP-2、3基因在家猪主要组织的表达进行探究.结果显示:BMP-2在所有组织中均有表达;而BMP-3在脑、肺、小肠中表达量较高,其他组织中表达量弱.     

GENETIC DIVERSITY AMONG CHINESE SIKA DEER (CERVUS NIPPON) POPULATIONS AND RELATIONSHIPS BETWEEN CHINESE AND JAPANESE SIKA DEER

SIKA DEER,CERVUS NIPPON,WAS HISTORICALLY WIDE-SPREAD THROUGHOUT NORTHEASTERN ASIA,FROM THE USSURI REGION TO VIETNAM,INCLUDING THE KOREAN PENINSULA,MAINLAND CHINA AND TAIWAN,AND THE JAPANESE ARCHI-PELAGO,AND UP TO13SUBSPECIES HAVE BEEN DESCRIBED[1].THE FOS…     

东北梅花鹿种群活动节律和集群行为研究?

活动节律和集群行为是评价野生动物种群状态的重要参数.本研究自2012年11月至2013年12月在吉林珲春国家级自然保护区利用红外相机陷阱法对东北梅花鹿(Cervus nippon mantchuricus)种群的活动节律和集群行为进行了研究.结果表明东北梅花鹿全年日活动节律具有明显的双峰趋势,主要在晨昏前后活动,且日活动节律存在明显的季节性变化,春夏两季的活动强度较大,秋季次之,冬季的活动强度最小且持续时间最短;监测期内梅花鹿的平均集群大小为(1.42±0.03)只,集群大小和集群类型出现的频次在全年及各个季节间存在极显著差异,其中,1~2个个体出现的频次最高,主要集群类型为雌性单个个体和雄性单个个体,其次为雌性群和母子群.梅花鹿的行为表现差异受生活史特征、气温、日照长度和人类活动的季节性变化等环境条件的综合影响.     

甘肃省陇南市药用动物资源调查与评价

陇南市位于甘肃南部,属北亚热带、暖温带和中温带重叠的季风区,雨量充沛,温暖湿润,境内自然环境优越,生态系统类型多样,生物资源种类繁多。通过对全市药用动物的调查,有野生药用动物有野生药用动物50目101科141属184种,其中无脊椎动物25目52科60属82种,脊椎动物25目49科81属102种。药用动物养殖业发展不平衡,主要以大鲵、林麝、梅花鹿、毛驴和野猪为主,本研究通过对甘肃省陇南市药用动物资源进行调查与评价,旨在为陇南市药用动物物种多样性保护和药用动物养殖利用与研究提供参考。     

BMP7基因真核表达载体的构建及荷瘤小鼠制备

目的克隆BMP7基因及构建BMP7基因真核表达载体,稳定转染于H22细胞系,制备荷瘤小鼠。方法应用RT-PCR技术从人胚肾细胞系293T细胞总RNA中成功扩增出1 293 bp包含BMP7基因编码区的cDNA序列,在上下游加上BamHI及HindⅢ双酶切位点后形成带酶切位点的BMP7基因,然后连入含BaraH I及HindⅢ双酶切位点的pEGFP-C1表达质粒上,构建BMP7基因的重组真核表达质粒pEGFP-C1-BMP7。脂质体介导方法转染细胞,RT-PCR、western-blot方法检测其mRNA及蛋白表达,皮下注射制备荷瘤小鼠。结果扩增的cDNA经测序比较与基因文库完全一致;BamHI及HindⅢ双酶切后,质粒形成约4.7 kb和约1.3 kb两条带,与理论计算值完全一致。注射转染BMP7基因后H22细胞小鼠瘤体明显增大。结论成功克隆BMP7基因及构建BMP7基因的真核表达载体。BMP7基因高表达可能是细胞癌变的原因之一。     

Silencing of TGF-beta signalling by the pseudoreceptor BAMBI.

Members of the transforming growth factor-beta (TGF-beta) superfamily, including TGF-beta, bone morphogenetic proteins (BMPs), activins and nodals, are vital for regulating growth and differentiation. These growth factors transduce their signals through pairs of transmembrane type I and type II receptor kinases. Here, we have cloned a transmembrane protein, BAMBI, which is related to TGF-beta-family type I receptors but lacks an intracellular kinase domain. We show that BAMBI is co-expressed with the ventralizing morphogen BMP4 (refs 5, 6) during Xenopus embryogenesis and that it requires BMP signalling for its expression. The protein stably associates with TGF-beta-family receptors and inhibits BMP and activin as well as TGF-beta signalling. Finally, we provide evidence that BAMBI's inhibitory effects are mediated by its intracellular domain, which resembles the homodimerization interface of a type I receptor and prevents the formation of receptor complexes. The results indicate that BAMBI negatively regulates TGF-beta-family signalling by a regulatory mechanism involving the interaction of signalling receptors with a pseudoreceptor.