健康人外周血中A20基因3'UTR突变与多态性分析

目的:建立检测NF-κB负调控因子A20基因3'非编码区(3'UTR)单核苷酸多态性(SNP)和突变的方法和rs77191406的检测方法.方法:利用PCR扩增99名健康人外周血单个核细胞(PBMCs)DNA的A20基因3'UTR全长片段,并对PCR产物进行核苷酸序列分析.将所测A20 3'UTR序列与Gen Bank中的序列(NM_006290.3)通过BLAST程序对比,检出可能存在的基因突变.利用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)检测A20基因SNP rs77191406位点多态性.结果:在A20 3'UTR mRNA 3080位点检测出CT突变,该突变在基因库中已有作为SNP登记(rs77191406),该SNP在7例(7.07%)健康人样本中检测到,但并未发现其他突变和多态性.成功建立PCR-RFLP检测A20基因SNP(rs77191406)的方法.结论:首次报道中国健康人群中A20基因3'UTR存在rs77191406,其意义有待进一步明确.     

PCR-SSCP技术在基因多态分析中的应用

聚合酶链式反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)是基因突变分析中的一项重要技术,是现代遗传学研究中用于已知基因突变检测和未知基因突变筛查的一种非常有用的工具。本文简要介绍了PCR-SSCP的原理、影响因素、优缺点及应用。     

含有前列腺癌风险性SNP rs10486567位点潜在增强子座位在前列腺癌细胞中功能的研究

遗传是前列腺癌发展成临床型疾病的重要危险因素.前期采用生物信息学分析发现,7号染色体短臂15区2带(7p 15.2)的SNP rs10486567是前列腺癌的独立风险因子,并发现该SNP位点定位于一个潜在增强子内部.本研究通过CRISPR-Cas9技术在22RV1细胞系中敲除该增强子座位后发现肿瘤细胞迁移能力显著降低;并利用Capture-C技术结合RNA-seq方法,发现该增强子座位与约800 kb外的HOXA基因区段存在远距离染色质相互作用,并调控HOXA基因簇的表达.研究提示含有风险性SNP rs10486567的增强子区段调控HOXA7、HOXA4等基因的表达,进而影响肿瘤细胞的恶性转移进程.     

拟南芥CARK家族响应脱落酸信号的研究

植物激素脱落酸(Abscisic acid,ABA)在植物应对生物和非生物胁迫中起着重要作用.本研究利用以carks单基因突变体为亲本,构建双重突变体来检测CARKs在ABA信号途径中的功能.然后,分析多重突变体在ABA处理下,种子萌发率和子叶变绿的响应.结果显示:单基因突变体和双重变体与野生型相比,萌发率更高,双重突变体的子叶绿芽率高于单基因突变体.以上结果表明,CARKs家族基因在ABA信号途径中起正调控作用,而且它们的功能是冗余的.     

SNP的检测方法及其在农作物遗传育种中的应用

SNP(单核苷酸多态性)在生物基因组中具有数量多、分布广等特点,是目前广泛应用的第3代分子标记,在现代生物研究方面具有重要的应用价值。本研究综述了SNP的检测方法及其在农作物遗传育种中的应用。     

豌豆根瘤菌RND外排转运基因tpaA的功能研究

Rhizobium. leguminosarum 3841 tpa A基因编码RND家族内膜外排转运蛋白,RND外排泵的过量表达是革兰阴性菌细菌抗生素耐药性形成的重要原因之一.采用基因同源重组构建豌豆根瘤菌tpa A基因突变株RLtpa A,并研究了该基因突变对根瘤菌生长、抗生素耐药性以及共生固氮的影响.结果表明,tpa A基因突变会使根瘤菌在AMS基本培养基生长延迟,但不影响其在TY天然培养基中的正常生长. tpa A基因突变可能抑制了根瘤菌中的RND家族外排泵的过量表达,从而使其抗生素耐药性降低.接种了tpa A基因突变株的豌豆植株能形成红色有效根瘤,但其接种根瘤固氮酶活性降低.实时荧光定量RT-PCR分析表明tpa A基因在根瘤类菌体中的表达显著上调.     

前列腺癌风险性SNP rs55958994相关的增强子座位促进lncRNA HOTAIR表达增强肿瘤细胞迁移能力

长链非编码RNA(lncRNA)在恶性肿瘤发生发展中发挥重要的作用,其中lncRNA HOTAIR已经被证实能够促进多重肿瘤的转移.前期研究通过全基因组关联研究(GWAS)发现,12号染色体长臂13区13带(12q13.13)的SNP位点rs55958994是前列腺癌独立风险因子,通过生物信息学分析发现含有该风险性SNP的染色体座位是一个潜在的增强子元件,在22Rv1细胞系中敲除该增强子座位发现肿瘤细胞的转移侵袭能力明显降低;采用Capture-C实验结合基因表达谱分析发现该增强子元件通过染色质长距离相互作用调节lncRNA HOTAIR的表达;进一步采用细胞分子生物学实验证实HOTAIR是该风险性增强子影响肿瘤进展的关键基因之一.     

21例葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症基因突变型分析

G6PD是磷酸戊糖旁路代谢的限速酶 ,也是重要的看家酶 .G6PD缺乏症是人类常见的遗传性疾病 .作者应用突变特异性扩增系统 (ARMS) ,对 2 1例G6PD缺乏症患儿进行基因检测 .结果在2 1例患儿中检出G1388A突变 7例 ,G1376T突变 4例 ,A95G突变 3例 ,未定型 7例 .成都常见的G6PD基因突变型为中国人中常见突变型 ,分析四川人群G6PD基因突变型 ,估计基因突变频率 ,可为四川省G6PD缺乏症的临床防治提供理论依据 .     

舟山带鱼线粒体COI基因SNP位点分析

为探讨舟山带鱼种质状况,本研究利用直接测序法对舟山带鱼线粒体COI基因进行SNP挖掘分析,获得长度一致的985 bp基因片段,检测到22个SNP位点,对SNP位点在样品中分布情况分析,发现部分SNP位点分布情况类似甚至完全相同,推测基于线粒体COI基因片段不同位点突变可能存在关联性。     

单核苷酸多态性及其在作物遗传育种中的应用

单核苷酸多态性（simple nucleotide polym orphism,SNP）是等位基因间序列差异最为普遍的类型,可以作为一种高通量的分子标记.本文主要介绍SNP的定义、几种植物学中常用的检测SNP方法及SNP标记在作物遗传育种中的应用.