基因组中的简单重复序列

简单重复序列广泛分布于原核和真核基因组.目前认为SSR主要由DNA复制时聚合酶滑 动导致链错配而形成.SSR在基因组中有其特定作用.某些细菌利用SSR获得"应急基因",以适应 环境变化.而在真核基因组中,SSR被发现可作为功能性的编码和调控元件.启动子区域的SSR在 其基因表达中起增强子作用.由于SSR具有高度多态性,所以可作为一种良好的分子标记应用于 各个领域.目前已对果蝇、线虫、酵母等模式生物做了全基因组范围的SSR探查.这些工作提供了 大量的SSR分子标记,为其更细致广泛的应用奠定了基础.该文就SSR的特征、组成、进化机制以 及功能和应用做了介绍和探讨.     

基因组装配中存在重复序列叠加时重叠群计数的推广的Lander-Waterman定理

针对基因组组装算法理论进行了改进,该研究对于经典的Lander-Waterman定理在repeatcollapse存在的情况下进行了推广,对于判断基因组组装的contig的个数是否合理,组装质量是否可靠有重要的参考价值。     

不同基因组中同义密码子重复序列的分析与比较

以闪烁古生球菌、枯草杆菌、大肠杆菌、酵母、线虫和拟南芥基因组中所有ORF序列为样本,对编码序列中同义密码子重复序列和对应氨基酸重复序列的有关性质进行了分析.结果显示同义密码子重复序列中密码子的使用与全部编码序列的密码子使用有明显的差别,部分密码子的使用随着重复长度的增加,偏置增大.相同密码子2联体在同义密码子4和5联体中的位置明显偏好两端.同时给出了各密码子的联体能力,讨论了联体能力的大小与密码子碱基构成的关系.对于氨基酸重复序列,氨基酸重复片段数的对数随重复长度分布呈对数下降.重复序列中氨基酸的含量与全序列氨基酸的含量有显著差别,有些氨基酸随着重复长度的增加其含量偏置增大.亲水、小体积和非极性氨基酸容易形成长的联体,疏水、极性和大体积氨基酸形成的最大联体长度较短.最后,对6种模式生物进行了比较,讨论了上述结果与生物进化的关系.     

大肠杆菌基因组的组构

以１９９３年４月为止的ＤＮＡ序列资料为依据，讨论了一年来大肠杆菌基因的研究进展，并以日本和美国科学家分别完成的两大片段的序列资料为中心，评述了大肠杆菌基因组的组成特点及其生物学意义．     

青钱柳全基因组SSR位点分析及多态性引物开发

【目的】通过对青钱柳全基因组序列分析,开发基因组SSR分子标记;尝试构建19个青钱柳优良药用无性系的DNA分子身份证,为后续种质资源评价、遗传多样性和种质鉴定提供技术支撑。【方法】利用MISA(microsatellite identification tool)软件对青钱柳全基因组进行SSR位点搜寻、筛选、识别及富集分析,采用Primer 3.0进行SSR引物设计;用重复性和稳定性高的SSR标记构建青钱柳无性系的识别系统。【结果】①从全基因组中共检测出89 741个SSR位点,SSR位点的发生频率为62.07%。②基因组SSR位点中单核苷酸重复单元比例最高,占总SSR位点的62.67%;六核苷酸重复单元比例最低,占0.15%;SSR位点的重复基序大多以(A/T)n为主。③单核苷酸和二核苷酸重复类型的SSR位点基序重复次数集中在6~16次;随重复次数增加,各SSR位点重复类型出现频率均呈下降趋势。④基因组SSR序列长度介于10~476 bp,不同类型重复单元的SSR序列长度存在变异性;随着重复次数的增加,SSR序列出现的频率整体呈下降趋势。⑤利用Primer 3.0成功设计出78 285对SSR引物;合成的377对中有75对引物可扩增出多态性条带;用5对单碱基重复的多态性SSR引物分析19个药用无性系,构建出无性系的二维码DNA分子身份证。【结论】青钱柳基因组SSR位点出现频率高,位点种类丰富,可为种质资源评价及指纹图谱的构建提供丰富的候选分子标记。     

公共核酸数据库乙肝病毒全基因组序列概况和中国HBV参照序列的建立

截至2007年1月,世界三大核酸数据库（GenBank,EMBL,DDBJ）库中已经登录来自46个国家和地区的HBV全基因组的8种基因型近900条序列．文中对公共核酸数据库中现有的HBV全部基因组序列进行了统计分析并从基因型的地理分布及其临床特征等方面进行了评述,为进一步研究病毒与宿主的关系,以及HBV的人群分布和进化历史提供帮助．同时,通过系统进化分析对所有登录的229条中国地区HBV全基因组序列及其课题组新近完成的59条全基因组序列进行了基因分型,并根据这些序列建立了中国地区B基因型和C基因型的参照序列,为中国地区HBV的突变研究提供了DNA序列参照体系．此外,对于目前不同数据库信息内容和登录情况进行了分析,提出全面结合宿主临床信息和HBV基因组信息研究的建议。     

基于叶绿体基因组全序列分析真叶植物叶绿体基因的适应性进化

 真叶植物包括蕨类、裸子植物和被子植物。迄今已积累有较为丰富的真叶植物叶绿体基因组全序列数据。选取了29种真叶植物的叶绿体基因组全序列,采用PAML 软件基于位点间可变ω模型,分别分析了蕨类、裸子植物和被子植物叶绿体基因的适应性进化。结果显示：① 蕨类、裸子植物和被子植物各有6.5%、7.5%和19.2%的叶绿体基因受正选择作用;被子植物经历正选择的叶绿体基因明显比蕨类和裸子植物为多;② 被正选择作用的叶绿体基因主要是遗传系统和光合系统基因,它们的编码产物涉及叶绿体蛋白质合成、基因转录、能量转化与调节及光合作用等过程。推测叶绿体功能基因可能在真叶植物对陆生生态环境的适应过程中起着重要作用。     

内蒙古农业大学完成益生乳酸菌全基因组序列测定

由内蒙古农业大学“乳品生物技术与工程”教育部重点实验室主持进行的益生乳酸菌L．casei Zhang的全基因组序列测定分析历时15个月,近日全部完成。这是我国第一个独立完成、具有完全自主知识产权的乳酸菌基因全序列测定,标志着我国在乳酸菌基因组学方面的研究达到国际水平。     

动物线粒体基因组全序列测定的研究策略

动物线粒体基因组全序列测定是近年来生物学研究中的一个热点。科学技术的发展,对动物线粒体基因组全序列测定的研究策略也产生了深远的影响。在此对几种在动物线粒体基因组全序列测定中常用的几种策略进行了综述,并对其优缺点进行了比较分析。     

预测酵母基因组中基因数目的一种方法

分析了酵母（Sacclznromyces cerevisiae，Scer）、大肠杆菌（Escherichia，Ecoli）和枯草杆菌（Bacillus subfilis，Bsub）基因组中基因和开阅读框架（open reading frame，ORF）的数目随长度的分布，发现不同生物的分布相似且有明显的规律性，并依照此规律估计了酵母基因组中基因数目约为5752个．本文的方法对于评估理论预测基因的可靠性具有建设性意义．     

Improved taboo search algorithm for designing DNA sequences

The design of DNA sequences is one of the most practical and important research topics in DNA computing. We adopt taboo search algorithm and improve the method for the systematic design of equal-length DNA sequences, which can satisfy certain combinatorial and thermodynamic constraints. Using taboo search algorithm, our method can avoid trapping into local optimization and can find a set of good DNA sequences satisfying required constraints.     

恩施悬棺人骨mtDNA初步分析

本文以恩施宋代悬棺的骨骼或牙齿样品为对象,经过一系列的处理,获得并扩增了mtDNA的HVSI区的部分序列,通过几个实验初步认定是古DNA.同时通过与部分现代人mtDNA数据的比较参照,对所研究样品单倍群归属进行了初步确定,发现他们主要属于南方类型,但也可能有北方成分.     

吉林省主推中晚熟期玉米品种DNA指纹库的构建

以吉林省中晚熟期的43个玉米品种为材料, 从玉米胚中提取基因组DNA并利用10对简单重复序列(SSR)引物进行扩增, 扩增产物经质量分数为8%的聚丙烯凝胶电泳检测, 获得了清晰稳定的图谱, 初步建立了吉林省中晚熟期玉米43个品种的DNA指纹库.     

The complete mitochondrial DNA sequence and the phylogenetic position of Achalinus meiguensis (Reptilia: Squamata)

The mitochondrial genome complete sequence of Achalinus meiguensis was reported for the first time in the present study. The complete mitochondrial genome of A. meiguensis is 17239 bp in length and contains 13 protein-coding genes, 22 tRNA, 2 rRNA, and 2 non-coding regions (Control regions). On the basis of comparison with the other complete mitochondrial sequences reported, we explored the characteristic of structure and evolution. For example, duplication control regions independently occurred in the evol...     

DNA计算的应用与展望

DNA 计算机是当前研究的热点问题，我国的研究刚刚起步，本文详细论述了DNA序列的概念及性质，DNA计算的原理，同时介绍了DNA计算的研究进展概况。     

四川资阳及邻区震旦系灯影组储层段沉积及层序地层学特征

资阳地区灯影组储层段为一套受波浪作用为主的浅水台坪白云岩沉积,由17种岩石微相和5种相序组成的地层中米级—亚米级沉积旋回明显。其储层段由三个不完整的层序构成,高水位体系域沉积构成了层序的主体,层序界面为I型和Ⅱ型。沉积和层序特征受到海平面变化、构造沉降和碳酸盐沉积速度的共同控制。     

次线性期望下ND序列的完全收敛与完全积分收敛

利用Markov不等式, 在指数矩条件下给出次线性期望空间下的同分布负相依(ND)随机变量序列的完全收敛与完全积分收敛, 从而将概率空间中的完全收敛与完全矩收敛推广到次线性期望空间中, 并得到与之类似的结果.     

正相伴序列的矩完全收敛性

设 Xn;n≥1是一均值为0、方差有限的正相伴平稳序列.记Sn= Xk,Mn= |Sk|,n≥1.证明了在一定条件下,由E|X1|p(|X1|(1/α))∞可推出对任意的ε0,有 npα-2-αh(n)EMn-εn(1/p)+∞,其中h(n)为一在无穷处的缓变函数,x+=maxx,0.       

Fibonacci数,Lucas数的若干性质（Ⅵ）

本文用组合分析方法及数学归纳法证得数列｛Ｆｎ｝，｛Ｌｎ｝，｛ｖ（ｎ）｝的若干性质。