同义密码子用语与蛋白质二级结构信息

对人体117个蛋白质和大肠杆菌的185个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的同义密码子与氨基酸上下文关联熵、蛋白质序列中氨基酸与氨基酸上下文关联熵作了统计分析,发现密码子关联确实比氨基酸关联对蛋白质二级结构提供的信息量大,而且人蛋白质中同义密码子提供的二级结构信息比大肠杆菌中多．同时,证明了在相对信息剩余大于等于30％的情况下,Adzhubei给出的九种氨基酸中的八种其同义密码子在某些二级结构中明显的携带结构信息;此外A,N,D,R,H,C,Y这几种氨基酸的同义密码子在某些二级结构中也明显地携带结构信息．     

Coevolution of codon usage and transfer RNA abundance

The use of synonymous codons is strongly biased in the bacterium Escherichia coli and yeast, comprising both bias between codons recognized by the same transfer RNA and bias between groups of codons recognized by different synonymous tRNAs. A major determinant of the second sort of bias is tRNA content, codons recognized by abundant tRNAs being used more often than those recognised by rare tRNAs, particularly in highly expressed genes, probably owing to selection at the level of translation against codons recognized by rare tRNAs. Conversely, codon usage is likely to exert selection pressure on tRNA abundance. Here I develop a model for the coevolution of codon usage and tRNA abundance which explains why there are unequal abundances of synonymous tRNAs leading to biased usage between groups of codons recognized by them in unicellular organisms.     

基于密码子使用模式的冠状病毒亲缘关系分析

重症急性呼吸综合症(severe acute respiratorysyndrome,SARS),临床表现为非典型肺炎.由于SARS具有很高的传染性和一种新型的冠状病毒(SARS-CoV)被认为是引起SARS的病原体.SARS冠状病毒(SARS-CoV)属于巢状病毒目(OrderN idovirales),冠状病毒科(Fam ily Coronaviri-dae),冠状病     

分析伯氏疏螺旋体密码子使用的倾向性

本文采用非线性映射的方法分析伯氏疏螺旋体前导链和后随链上的基因结构，发现基因分布存在明显的差异，同义密码子的使用亦具有明显的倾向性．此外，高表达基因分布具有不对称性，其同义密码子使用与其它基因亦有不同，这表明原核生物基因组复制起始点两侧的碱基分布及翻译机制均影响基因的密码子使用．     

一种基于密码子使用偏性的检测型基因芯片设计方法

首先预测特定蛋白密码子使用概率表,以确定序列中各氨基酸的编码密码子,这样可以将芯片表面探针的数量减少为原来的4．47％,然后进一步考虑密码子在编码时的C－G选择性分离原则,G－T配对原则,以进一步将芯片表面探针的数量减少至4．25％,在对探针特异性要求不高的情况下,可以采用最优密码子使用概率表,以求最大限度的降低探针的数目,这样芯片表面探针的数量可减少到原来的0．20％,通过上述方法,可以显著提高单位芯片面积的信息检测量。     

Predicting disease genes for familial dilated cardiomyopathy based on the codon usage bias

Familial dilated cardiomyopathy （FDC） is a common monogenic disease mostly with autosomal dominant inheritance. Fifteen different loci for autosomal dominant FDC have been mapped; however, only eight FDC genes have been found, and it is still a big challenge to identify additional seven FDC genes in their chromosomal regions. We found that the codon usage frequencies in most of known FDC gene sequences are consistently biased, and significantly different from the average codon usage frequencies of human genes. This unique feature of codon usage was used to develop a novel approach to predicting FDC genes. Leave-oneout cross-validation results demonstrate that this approach can effectively detect FDC genes from numbers of genes in their chromosomal regions. Another advantage of this approach is that it is solely based on DNA sequences and therefore has the ability to identify potential FDC genes whose functions are completely unknown. Further, this approach has been used to analyze the seven FDC loci in which the FDC genes are still unknown. Both the detailed prediction results and the prediction program are available at http：// infosci.hust.edu.cn, which might provide help for relevant experimental researches to find new FDC genes.     

毕赤酵母密码子用法对人骨形成蛋白6表达的影响分析

对已筛选出的毕赤酵母阳性转化子菌株（His＋Mut＋）和（His＋Muts）进行PCR验证,用SDS-PAGE和Western blot方法检测重组骨形成蛋白6的表达情况,为了解释无表达的结果,对酵母的密码子与重组骨形成蛋白6的密码子兼容性进行了理论上的初步分析。     

现代汉语合成词中逆序同义语素的位次分析

从古今语音和意义两方面，分析了现代汉语中由同义语素构成的并列式合成词的逆序问题。在词语意义基本不变的情况下，现代汉语词汇中由同义语素构成的并列式合成词有可逆序和不可逆序两种，同素可逆序词语产生的主要原因是语言在发展过程中汉字语音的变化。     

渤南凹陷构造演化与超压形成及演化过程的关系分析

盆地的构造演化通过构造活动、沉积体系控制了异常压力的发育,同时异常压力的存在对后期形成的断层有影响.本文通过双元孔隙度演化函数建模对渤南凹陷的古压力进行了恢复,研究表明,渤南凹陷的异常压力主要在裂陷期末开始发育,在坳陷期达到最大.同时由于异常压力的存在引起了流体压裂,对南部缓坡带盆倾断层的形成具有诱导作用.     

数据仓库的管理与使用

给出了一个数据仓库管理机构的框架,分析了各部门的职能,研究了数据仓库运行中将遇到的技术问题和应用策略。     

PLD技术及其应用

本阐述了可编程逻辑件－PLD(Progrannable Logic Device)技术及应用。     

《世说新语》中“看”的用法分析

“看”字是汉末以后兴起的常用词，在《世说新语》中用例较多，含义也较丰富。本文内容：(1)分析“看”在文中的含义及含义的使用频率，对其自身义项分布进行说明。(2)分析常用义项与近义词的异同点，更明确显示“看”的确切用法及它的词义渗透现象。(3)对非常用词做简要说明。     

《世说新语》中“看”的用法分析

“看”字是汉末以后兴起的常用词,在《世说新语》中用例较多,含义也较丰富。本文内容:(1)分析“看”在文中的含义及含义的使用频率,对其自身义项分布进行说明。(2)分析常用义项与近义词的异同点,更明确显示“看”的确切用法及它的词义渗透现象。(3)对非常用词做简要说明。     

电网无功电压控制模式的演化分析

为了分析不同电压控制模式之间的联系,从一个理想化的最优控制模式出发,通过在时间、空间和目标3个方面所进行的合理简化,逐步将其演化为各种实用的电压控制模式,并利用时间-空间-目标三维分类的方法对各种电压控制模式进行了对比.得出了理想化最优控制模式、 2层电压控制模式、保优电压控制模式、 3层电压控制模式的数学模型.指出各种控制模式之间存在着内在的演化关系,不同的电压控制模式有不同的适用条件,其中3层电压控制模式更加适合现阶段中国电网的特点和需求.     

双毛细管静电雾化模式演化过程分析

基于高速摄像技术对不锈钢双毛细管产生的静电雾化进行了可视化研究,探讨了液滴分离周期与电压以及雾化模式的关系.结果表明:随着电压的增加,乙醇双毛细管静电雾化过程中依次出现了滴状(倾斜滴状)、纺锤、脉动锥射流、鞭式射流与多股射流等多种雾化模式;雾化射流中心线与毛细管轴线之间的夹角与雾化模式紧密相关,滴状模式下夹角随着电压的增大而增大,纺锤模式下夹角变化较小,射流模式下夹角变化较为剧烈;液滴分离周期与雾化模式相关,在滴状与纺锤模式下,液滴分离周期随电压的增加而线性下降;在脉动与鞭式射流模式下,雾滴分离周期极短;雾化液滴粒径变化较大,在滴状与纺锤模式下雾滴粒径较大,而在连续射流模式下雾滴粒径较小.     

网络用法挖掘及其应用

介绍了数据挖掘、网络挖掘和网络用法挖掘技术的理论发展及其它们在实际中的应用情况,并在挖掘算法的改善提高过程中进行了探索性的研究.为了有效地帮助Web站点管理员管理Web站点,帮助商家调整整个市场策略,提出了一种在给定的Web日志中利用事务数据库中的挖掘序列模式的方法来发现所有的大访问路径的算法.结果证明该算法是行之有效的.     

拓扑指数M及其应用

对饱和直链烷烃分子间相互作用影响因素进行了分析,认为烷烃分子之间和分子内的氢原子之间的相互作用更强,由此提出了一个新的拓扑指数--拓扑指数M,并给出了M的计算方法.用此拓扑指数对C2～C8的39种饱和烷烃的结构选择性进行了讨论,对其常压沸点、常沸点汽化热进行了关联,关联结果非常良好,具有很好的预测能力.     

呈味核苷酸及其生产应用的研究

以5‘-肌苷酸和5‘-鸟苷酸为代表的5’-核苷酸作为一种新型的添加剂，已逐渐应用于食品的调味中，本文讨论了5’-核苷酸的结构、性质和呈味特点，介绍了四种呈味核苷酸的生产方法，并就呈味核苷酸的应用和发展进行了阐述。     

国内外特殊医学用途婴儿配方食品标准分析

概述了中国、国际食品法典委员会（CAC）、澳大利亚新西兰（简称澳新）、欧盟的婴幼儿食品标准框架,重点分析了各国（组织）特殊医学用途婴儿配方食品的营养指标。分析发现,中国特殊医学用途婴儿配方食品的标准与其他各国（组织）标准基本一致,这将有助于中国研究开发的特殊医学用途婴儿配方食品更快地进入国际市场。