摄食全豆粕蛋白饲料的牛蛙肠道微生物组成

以豆粕为主要蛋白源制作牛蛙饲料,饲喂56 d后,采集牛蛙肠粘膜(DC)及肠腔内容物(DN)样品,利用16S rDNA测序技术,对其肠道微生物组成进行分析。结果如下:1)摄食全豆粕蛋白饲料的牛蛙肠道优势菌群为变形菌(Proteobacteria)、梭杆菌(Fusobacteria)和厚壁菌(Firmicutes)。2)DN组微生物丰度指数和多样性指数大于DC组,但未具显著差异性(P0.05),而DC组内样品微生物组成的重复性好于DN组。3)DN组在门分类水平优势菌群为变形菌(75%)、厚壁菌(15%)和梭杆菌(5%),在属分类水平上不具规律性;DC组在门分类水平上优势菌群为具有分解纤维能力梭杆菌(78%)和变形菌(20%),在属分类水平上为具发酵利用碳水化合物的鲸杆菌属(Cetobacterium)75%。4)牛蛙肠粘膜上定植一定比例的埃希氏菌-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)和爱德华氏菌属(Edwardsiella)。以上结果表明,牛蛙肠粘膜更适合作为评价饲料对肠道菌群影响的组织,而牛蛙肠粘膜上高比例的梭杆菌门菌可能是牛蛙能够高效利用植物蛋白原料的原因之一。     

不同摄入量小米对小鼠肠道菌群和短链脂肪酸的影响

摄入一定量杂粮可降低一些慢性代谢疾病的发病率,但目前杂粮摄入量没有统一的标准,尚不清楚杂粮摄入过多是否会对健康产生不良影响。以小米添加量为20%、40%、60%、80%的饲料喂养3周龄C57BL/6J小鼠,持续12周,采用自动血生化分析仪、16S rRNA高通量基因测序、气相色谱-质谱联用仪分析了不同摄入量小米对小鼠血脂水平、肠道菌群和粪便短链脂肪酸的影响。结果发现,80%摄入量的小米显著增加了小鼠血清的总胆固醇、高密度脂蛋白胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇的水平,同时增加了肠道丙酸、丁酸、异丁酸和戊酸的含量。肠道菌群分析结果表明,所有小米干预组的拟杆菌门(Bacteroidota)、Muribaculaceae的丰度上升,厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteriota)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)、双歧杆菌属 (Bifidobacterium)的丰度下降。摄入不同添加量小米的小鼠肠道菌群组成具有较大差异,其中20%小米摄入量组的小鼠菌群中显著富集了另枝菌属(Alistipes)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、肠杆菌属(Enterorhabdus),而80%摄入量小米显著降低了小鼠菌群中的粪杆菌属(Faecalibaculum)、布劳特氏菌属(Blautia)和罗氏菌属(Roseburia)的丰度。研究结果表明,20%摄入量的小米就能有效调节小鼠肠道菌群,而过高摄入量(80%)的小米使小鼠血脂水平升高,降低了肠道菌群的多样性和均匀度以及有益菌的丰度,所以要理性看待杂粮的营养价值,避免过量摄入。     

沟眶象成虫肠道好氧及兼性厌氧菌群的研究

对沟眶象(Eucryptorrhynchus chinenis)成虫的肠道菌群进行了分离和鉴定.结果表明,葡萄球菌属(Sta phylococcus)是优势菌群.同时,还分离出了芽孢杆菌属(Bacillus)、假单胞菌属(Pseidp,pmas)、邻单胞菌属(Plesiomonas)、芽孢八叠球菌属(Sporasarcina)、奈瑟氏球菌属(Neisseria)、耶尔森氏菌属(Yersinia)、埃希氏菌属(Escherichia)、孤菌属(Vibirio)等共9个属.利用纤维素碳源培养基分离到了纤维素降解菌,它们与沟眶象营养及消化生理可能有极为密切的关系.     

乳汁菌群对6月龄婴儿肠道菌群的影响初探

目的:基于16S rRNA测序技术初步探讨有菌乳汁对产后6月龄婴儿肠道菌群的影响。方法:本研究共纳入12例产妇及其婴儿,收集产妇产后6月乳汁及其6月龄婴儿粪便标本,根据产后6月乳汁有无菌群,将乳汁分为乳汁无菌组和乳汁有菌组,比较无菌乳汁和有菌乳汁喂养6月龄婴儿肠道菌群多样性与物种差异。结果:收集的12例产后6月乳汁样本中,7例乳汁样本中检测出菌群,乳汁样本中菌群检出率58.33%。有菌乳汁喂养的6月龄婴儿肠道菌群与无菌乳汁喂养6月龄婴儿肠道菌群α多样性和β多样性无显著性差异。有菌乳汁喂养的6月龄婴儿肠道中无害芽孢梭菌、未分类丹毒丝菌科、丹毒丝菌纲、丹毒丝菌目、丹毒丝菌科的相对丰度显著高于无菌乳汁喂养6月龄婴儿(P<0.05),无菌乳汁喂养婴儿肠道中乳酸菌科、乳酸菌属的相对丰度显著高于有菌乳汁喂养的婴儿(P<0.05)。结论:产后6月乳汁中可无菌群的存在,乳汁菌群的有无虽不能改变6月龄婴儿肠道菌群的多样性,但可改变6月龄婴儿肠道菌群的菌群结构。     

肠癌患者肠道菌群分析及携带β-葡萄糖醛酸酶基因特征

目的探讨肠道菌群紊乱及β-葡萄糖醛酸酶(β-Glucuronidase,GUS)与结直肠恶性肿瘤的相关性.方法收集肠癌、肠癌前病变患者及其同期健康人员粪便样本,进行细菌培养并计数.水煮法提取大肠埃希菌DNA后行PCR扩增,采用分子克隆技术构建重组质粒,进行DNA测序比对.结果细菌培养结果显示:大肠埃希菌、酵母菌、肠球菌、双歧杆菌、乳酸杆菌在肠癌、肠癌前病变患者及健康对照3组间比较差异具有统计学意义(P 0.05).测序结果显示:肠癌前病变患者大肠埃希菌uidA基因序列第1497位置G突变成A.结论肠癌前病变患者肠道菌群失调在癌变早期已发生改变,大肠埃希菌uidA基因存在突变,肠癌的发生风险增加.     

苦荞饮食对自发性高血压大鼠肠道菌群的影响

[目的]研究苦荞饮食对自发性高血压大鼠肠道菌群的影响。[方法]将10只自发性高血压大鼠(Spontaneously Hypertensive Rats,SHR)随机分成常规饮食对照组和苦荞饮食组,对照SHR(SHR-C)正常饮食,苦荞饮食组SHR(SHR-TBW)全荞麦饮食,第3、6和12周无菌收集SHR粪便样本,16S rDNA V3-V4区扩增,Hiseq高通量测序后进行比对和分类。[结果]SHR-C和SHR-TBW大鼠肠道菌群结构及组成多样性有显著性的差异。随时间厚壁菌门/拟杆菌门(Firmicutes/Bacteriodetes,F/B)值从0.22增加到1.89;未知不可分类的菌群从16.52%增加到50.65%;Allobaculum、丁酸弧菌属、毛螺菌属和变形菌菌属是SHR-TBW饮食的优势菌群。[结论]苦荞饮食能重构高血压肠道菌群,饮食干预可有效改善血压。     

4种鲍肠道菌群多样性比较

利用16S rRNA高通量测序技术比较皱纹盘鲍、黑足鲍、黑唇鲍和杂交鲍(皱纹盘鲍♀×黑足鲍♂)菌群结构特征、多样性.结果表明,OTU数量、Shannon指数和Chao1指数均为黑足鲍最大,黑唇鲍最小;4种鲍肠道中优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)和软壁菌门(Tenericutes),占比达到61.93％～95.78％.其中,皱纹盘鲍、黑足鲍和杂交鲍中绝对优势菌门为变形菌门,而黑唇鲍为软壁菌门;冷泥杆属(Psychrilyobacter)、弧菌属(Vibrio)和支原体属(Mycoplasma)为4种鲍肠道的优势菌属,占比达到39.70％～53.65％;4种鲍核心菌群共有175个OTU,相对丰度超过1％的共有11个OTU;Anosim和Adonis分析均发现杂交鲍与黑唇鲍、杂交鲍与黑足鲍、皱纹盘鲍与黑唇鲍肠道菌群存在显著性差异(P<0.05);经LefSe分析鉴定出4种鲍肠道菌群具有显著性差异的Biomarker共有7个,包括黑足鲍的6个和杂交鲍的1个.     

不同养殖环境下罗非鱼肠道微生物的比较分析

为了比较不同养殖环境下罗非鱼肠道菌群结构和相对丰度变化规律,选取稻田和池塘两种养殖环境下的罗非鱼为研究对象,定期测定实验期间的水质指标(溶氧、水温、pH值和氨氮),取养殖202d的罗非鱼,通过16SrRNA高通量测序检测其肠道微生物,并分析不同养殖环境下罗非鱼肠道菌群的变化规律。实验结果表明,养殖水质参数均在正常范围内,但不同养殖环境的水质参数存在差异,可能会导致罗非鱼肠道微生物的结构组成和多样性发生变化。在两种不同养殖环境下,梭杆菌门(Fusobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)3个菌群相对丰度均较高。蓝菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)物种丰富度存在显著性差异,其中蓝菌门在稻田组的罗非鱼肠道菌群中所占比例高于池塘组,而拟杆菌门和放线菌门在池塘组的罗非鱼肠道菌群中所占比例高于稻田组;在属水平下,Cetobacterium,Paeniclostrdium和Romboutsia等菌属在稻田组罗非鱼肠道菌群相对丰度较高,池塘组罗非鱼肠道菌群相对丰度较高的菌属为Cetobacterium,Enterovibrio和Plesiomonas等。不同养殖环境下,罗非鱼肠道微生物菌群分布及丰度有显著差异,该变化可为罗非鱼肠道微生物的研究提供基础数据。     

不同模式金刚虾养殖水体和肠道微生物菌群变化分析

为了探究不同养殖模式对金刚虾（Penaeus monodon）养殖水体菌群和虾体肠道菌群的组成及其差异,以低盐土池养殖（盐度：8.3‰,简称低盐土池组）、低盐高位池养殖（盐度：7.8‰,简称低盐高位池组）和高盐高位池（盐度：23.4‰,简称高盐组）3种养殖模式下的金刚虾为试验对象,利用高通量测序技术,对其在40 、80和120 d时养殖水体菌群和虾体肠道菌群结构及其多样性进行了研究。结果显示,不同养殖模式养殖水体和虾体肠道菌群在对虾不同阶段中的变化差异有统计学意义（P<0.05）。低盐土池、低盐高位池、高盐高位池水体中分别检测出微生物1 005、1 443、1 282种,分别隶属于26、29、29个门;肠道中分别检测出微生物1 521、877、451种,分别隶属于38、23、21个门。不同模式金刚虾养殖水体菌群的优势门分别为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、蓝藻门（Cyanobacteria）和脱硫杆菌门（Desulfobacterota）,如虾体肠道中的优势门分别为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门、放线菌门、拟杆菌门和蓝藻门。分属变形菌门的红杆菌科（Rhodobacteraceae）均为水体和肠道中的优势菌,分属厚壁菌门的乳杆菌科（Lactobacillaceae）仅在金刚虾肠道中表现为优势;在金刚虾肠道中,红杆菌科是养殖前期主要的优势菌,乳杆菌属（Lactobacillus）和魏斯氏菌属（Weissella）在养殖后期肠道中表现出绝对优势。结论 不同养殖模式金刚虾养殖水体和肠道菌群存在明显差异,高盐高位池中红杆菌科和乳杆菌科的相对丰度显著优于低盐土池和低盐高位池。     

高F值寡肽对小鼠肠道菌群影响探究

为探究高F值寡肽对改善肠道吸收状况的影响。选用昆明种小鼠为实验对象,将其分为高F值寡肽酶解液组、超滤组和对照组,分别每天灌胃,10 d后收集小鼠肠道内容物,通过试剂盒提取DNA并利用16S rRNA技术获得各组小鼠肠道的优势菌群并采用Anosim、OTU Venn、OTU PCA、PCoA和LDA EffectSize (LEfSe)等进行分析。结果表明,酶解液组优势菌群为蛭弧菌科与毛螺菌科,超滤组为肠球菌科与嗜冷杆菌属,而对照组为拟杆菌门的黄杆菌目和拟杆菌科、β-变形菌纲的黄杆菌科与产碱杆菌科。高F值寡肽酶解液可以改变肠道菌群的整体结构,并能增加肠道内的有益菌种,从而维持肠道菌群的结构和稳定。     

基于高通量测序的液态奶中微生物多样性研究

目的 为探究不同液态奶样品中微生物的菌群组成和其多样性。方法 采用高通量测序技术对液态奶中细菌16S rRNA的 V3-V4 区进行测序，研究了四组液态奶样品在门水平和属水平的菌群结构。结果 四组样品中共有分类操作单元（Operational Taxonomic Unit，OTU）数目为119个，独有的OTU数分别占15.0％、6.85％、8.86％和12.35％。在门水平，厚壁菌门和变形菌门是四组液态奶的共有菌门，其中4组样品中厚壁菌门的相对丰度分别为38.9％、73.8％、20.9％、29.6％，变形菌门的相对丰度分别为46.9％、10.0％、28.0％、17.2％；在属水平，4组液态奶中的优势菌属分别是芽孢杆菌属、短波单胞菌属；芽孢杆菌属；Cloacibacterium和寡养单胞菌属；芽孢杆菌属、微杆菌属和异常球菌属。结论 四组样品在门水平的菌群组成基本相似。属水平上，液态奶中含有的不动杆菌属、芽孢杆菌属和克雷伯氏菌属属于嗜冷菌，这些菌属可以导致液态奶发生腐败变质等现象。这为今后探索液态奶中腐败菌防治措施提供重要依据。     

3种转化人参皂苷CK菌群的结构与多样性

目的 探讨人参栽培地3种土壤中获得的高效转化人参皂苷CK菌群的群落结构与多样性.方法 采用高通量测序技术分析高效转化人参皂苷CK的微生物群落组成.结果 3种能够高效转化人参皂苷CK的菌群中以子囊菌门(Ascomycota)为主,其相对丰度为14.7％～38.1％.同时在3种菌群中还含有少量的接合菌门(Zygomycota)、担子菌门(Basidiomycota).结论 3种高效转化人参皂苷CK的菌群主要由子囊菌门(Asco-mycota)、接合菌门(Zygomycota)和担子菌门(basidiomycota)组成,属水平主要分布于Penidiella、纤孔菌属(Inonotus)、赤霉菌属(Gibberella)、马拉色氏霉菌属(Malassezia)和Ophiosphaerella等菌属.     

16S rRNA基因测序技术分析胃窦糜烂患者的胃黏膜菌群特征

提取胃窦糜烂患者的胃黏膜菌群基因组总DNA,进行高通量测序,结合数据分析其胃黏膜菌群特征.所有样品胃黏膜菌群在门分类水平上,其结构主要由变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门等组成;在属分类水平上,则由螺杆菌属、Gilliamella属、链球菌属和Snodgrassella属等优势菌属组成;其中YHP14、YHP15和YHP16样品的螺杆菌属极显著高于YHP11、YHP12和YHP13(P0.001).此外,YHP14、YHP15和YHP16样品的菌群丰度和多样性均低于YHP11、YHP12和YHP13.幽门螺杆菌感染可改变胃窦糜烂患者的胃黏膜菌群结构,其诱导的慢性炎症是慢性胃窦糜烂发生、发展的机制之一.     

降血压活性卡拉胶钾的肠道菌群调节作用研究

为了研究κ-卡拉胶与钾元素结合产物的降血压作用机制,采用高通量测序和生物信息学分析了低分子质量卡拉胶钾(LCP)对肠道微生物群的调节作用。研究发现,LCP对原发性高血压大鼠有稳定且持续的降压作用,与对照组相比,最终降压幅度约为18mmHg(2.3kPa)。以盲肠内容物为研究对象,通过研究其短链脂肪酸的种类和含量变化,发现LCP组肠道内乙酸、异丁酸、丁酸的含量与空白组相比显著升高,其中异丁酸产量变化差异性尤为明显。盲肠内容物的16S rRNA测序结果显示,与空白组相比,LCP组的厚壁菌门与拟杆菌门的比值降低,菌群丰度升高,且产丁酸的瘤胃球菌的数量占明显优势。实验结果表明,LCP可能通过肠道菌群调节作用,实现促进肠道生态失调的健康恢复和治疗高血压的作用。     

鲫鱼养殖池塘底泥菌群结构及常见可培养菌分析

为了研究江苏地区鲫鱼养殖池塘底泥细菌菌群结构与多样性,通过高通量测序技术对2017年8-10月间采集的江苏省不同区域养殖池塘底泥中所有细菌的16S rRNA V3-V4基因进行扩增测定,分析了底泥菌群结构特征;并通过平板计数法和选择培养基法检测池塘底泥中细菌总数和主要常见菌。结果表明,49个样品高通量测序共获得有效序列2152956条,可归为17735个分类操作单元(OTUs);物种注释结果显示,鲫鱼养殖池塘底泥中具有较高的菌群多样性,检测到的细菌归属于29个门类,所有池塘底泥都具有主要门类为变形菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、水生古细菌门、酸杆菌门、放线菌门、硝化螺旋菌门、螺旋菌门、芽单胞菌门、蓝细菌门、浮霉菌门、疣微菌门等。在属的水平上主要以硫杆菌属,乳酸球菌属,硫氧化菌,甲烷菌,地杆菌属,假单胞菌属,厌氧粘杆菌属,甲烷绳菌属,芽孢杆菌属等为主;所有池塘底泥共有菌主要有乳酸球菌属,甲烷菌,盐单胞菌,芽孢杆菌,红杆菌属,链球菌属,肉杆菌属,微小杆菌属,土芽孢杆菌属等。通过细菌培养发现,池塘底泥中常见益生菌如乳酸菌、芽孢菌具有较高的比例。可见鲫鱼养殖池塘底泥菌群结构及组成具有多样性,不同养殖池塘中共有的细菌可作为益生菌开发的参考菌株。     

肠癌患者肠道菌群中大肠埃希菌携带β-葡萄糖醛酸酶基因的鉴定与特征

目的探讨肠癌患者肠道菌群中大肠埃希菌携带β-葡萄糖醛酸酶(β-Glucuronidase,GUS)基因序列变化特征,为肠癌的防治与诊断提供新的思路.方法采集肠癌患者晨起粪便,常规方法分离大肠埃希菌,提取细菌基因组DNA,设计GUS基因特异性引物,进行PCR扩增及测序分析.结果 10例肠癌患者肠道菌群中大肠埃希菌均携带GUS基因,与Gen Bank(Acession No.S69414.1)uid A基因序列同源性为99%,分别在第1141和1148位A缺失,第1149位A突变成T,第1158位A突变成G.结论肠癌患者大肠埃希菌GUS基因同时出现基因突变和缺失,可成为肠癌诊断的新标记物.     

南非斑节对虾肠道组织结构及菌群特征、代谢活性研究

为阐述南非斑节对虾(Penaeus monodon)在工厂化养殖模式中肠道微生物的作用,本研究基于HE染色组织切片、高通量测序、Biolog ECO技术,探讨工厂化养殖模式中南非斑节对虾肠道组织结构形态、菌群特征及肠道微生物代谢活性。结果显示,南非斑节对虾肠道组织结构类似于凡纳滨对虾,肠壁结构薄且清晰,肠上皮细胞紧密连接,微绒毛排列整齐、致密,外层结缔组织厚,可见血窦分布。通过Operational Taxonomy Unit(OTU)数量、Chao 1、Simpson、Shannon指数呈现了南非斑节对虾肠道菌群丰富度和多样性变化,测序数据合理;肠道菌群结构中门类主要包括变形菌门Proteobacteria、浮霉菌门Planctomycetes、放线菌门Actinobacteria、疣微菌门Verrucomicrobia;目水平中含量最高的是红杆菌目Rhodobacterales,其次是浮霉菌目Planctomycetales;属水平上含量表现为unclassified鲁杰氏菌属Ruegeria玫瑰变色菌属Roseovarius等,物种热图分析呈现相同结果。通过平均吸光值(Average Well Color Development,AWCD)显示肠道微生物代谢活性总体变化趋势,24h微生物代谢活性较弱,随时间的延长,代谢活性逐渐增加,直至144h后趋于平稳。本研究分析了南非斑节对虾肠道特征,为后续研究及健康养殖提供理论依据。     

基于高通量测序的玉米秸秆自然发酵过程中细菌菌群结构特征

采用DNS、苯酚硫酸法每隔2 d检测自然发酵秸秆发酵液中的还原糖与总糖质量浓度,运用高通量测序方法,对秸秆自然发酵初期、中期、末期样品细菌16SrRNA基因的V4~V5区测序,分析不同时期的玉米秸秆腐烂样品中细菌群落组成和多样性.研究发现:随发酵时间的延长,发酵液中的还原糖与总糖质量浓度均呈现下降-上升-下降的趋势,测序共获得80575条有效序列,3307个操作分类单元序列,共涉及细菌18门,194属.自然发酵过程中,样品中细菌群落多样性和微生物丰度显著提高.微生物群落组成分析发现,在发酵中后期,拟杆菌门的菌群明显增加,变形菌门菌群持续减少,厚壁菌门呈现先下降后上升的趋势,末期菌属的数目相对于发酵初期,增加了69.3%.参与秸秆发酵的细菌多样性极为丰富,且在不同时间段出现不同的优势菌群.     

织锦巴非蛤育苗期水体菌群结构特征

为探究织锦巴非蛤(Paphia textile)幼体发育各阶段水体菌群的组成和结构特征,为其苗种规模化人工繁育提供理论依据,本研究采用高通量测序技术对幼体在D形幼虫期(HD)、壳顶期(HK)、变态前期(HB)、变态后期(HA)、稚贝期(HZ)的水体菌群进行测序分析。Alpha多样性指数结果表明,HD菌群丰度和菌群多样性均最高,而HZ菌群丰度最低,HB菌群多样性最低。在门分类水平上,幼体发育所有阶段中占优势的细菌门类主要有变形菌门(Proteobacteria)[包括α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)和γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)]、拟杆菌门(Bacteroidota)和放线菌门(Actinobacteriota)。在科分类水平上,红杆菌科(Rhodobacteraceae)和黄杆菌科(Flavobacteriaceae)是整个育苗周期的主导类群;微杆菌科(Microbacteriaceae)相对丰度在HB低于1%,在HA和HZ逐渐增长,分别为9.95%和12.82%;冷形菌科(Cryomorphaceae)相对丰度在HD不足1%,在HK、H...     

不同海拔区域内牦牛肠道菌群结构组成多样性研究

探索不同海拔牦牛肠道菌群结构组成,为不同海拔区域间牦牛的饲养交流提供帮助. 本研究随机采集海拔2 897~4 717 m的12头牦牛的新鲜粪便样本,用16s rDNA技术对样本宏基因组测定,比较分析高低海拔牦牛肠道菌群的OTU丰度差异,研究高低海拔区域的牦牛肠道微生物菌群结构组成. 结果显示,高海拔与低海拔地区牦牛肠道菌群在门、纲、目、科、属、种层面菌群结构组成不同. 高低海拔区域的牦牛肠道菌群有8个菌在属水平差异显著（P＜005）. 结果表明,高海拔与低海拔牦牛肠道菌群结构组成存在一定差异,低海拔地区牦牛肠道菌群OTU丰度比高海拔的更为丰富.