正交设计优化山茱萸ISSR-PCR反应体系研究

利用正交试验设计法,从引物浓度、TaqDNA聚合酶浓度、Mg2 浓度和dNTP浓度4种因素3个水平,对山茱萸ISSR-PCR反应体系进行优化分析,并在此基础上对模板DNA浓度、PCR反应过程中的退火温度进行梯度检测.结果表明,20 μL ISSR-PCR反应体系中各因素的最佳浓度分别为:1×PCR buffer、150 μmol/L dNTP、1.0 μmol/L引物、2.5 mmol/L Mg2 和2.0 U TaqDNA聚合酶,最佳模板DNA浓度为20～80 ng,引物UBC835的最佳退火温度为57.2℃.     

新疆杏品种自交不亲和S-RNase基因PCR扩增体系的优化

以3个新疆杏品种的叶片为试材,以其叶片基因组DNA为模板,分别对PCR扩增体系中的10×Buffer(含Mg2+)、dNTP、上下游引物、TaqDNA聚合酶和退火温度5个因素设计6个梯度,研究了新疆杏品种自交不亲和S-RNase基因PCR扩增条件,建立其优化的PCR扩增体系。研究结果表明:其扩增程序为94℃预变性5min,94℃变性45s,52℃退火45s,72℃延伸2min,35个循环后72℃延伸10min,25μL反应体系10×Buffer(含Mg2+)2.5μL,dNTP0.08mmol/L,上下引物0.16μmol/L,DNA80ng,DNA聚合酶1μL,此为最优的反应体系。     

海桐ISSR-PCR反应体系的建立与优化

利用ISSR技术对海桐的遗传多样性进行研究,对影响PCR扩增效果的一些因素诸如退火温度、Mg2 浓度、4×dNTP浓度、牛血清白蛋白浓度、模板DNA用量、引物用量以及Taq DNA聚合酶用量等指标进行优化,建立了可用于海桐ISSR分析最适宜的反应体系:10μL PCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(10mmol/L Tris.HCl,pH值9.0,50 mmol/L KCl,0.1%Triton X-100),2.5 mmol/L MgCl2,0.2 mmol/L 4×dNTP,2.0 mg/mL牛血清白蛋白,10 ng模板DNA,6 pmol引物,0.3 U Taq DNA聚合酶.引物UBC807的最适退火温度为50.7℃.     

地毯草ISSR反应体系的建立与优化

在利用ISSR技术对地毯Axonopus compessus(Sw.)Beauv.种质资源的遗传多样性进行研究的实验过程中,对影响PCR扩增效果的一些因素诸如DNA的提取、模板DNA质量浓度、Taq酶的选择及其用量、Mg2 浓度、dNTP的用量以及退火温度等指标进行筛选和优化,筛选优化出可用于地毯草ISSR-PCR分析最适宜的PCR反应条件:10μL PCR反应体积中,10×Taq酶配套缓冲液(10 mmol/L Tris-HCl,ph9.0,50mmol/L KCl,0.1%Triton X-100),0.75 U Taq DNA聚合酶(上海申能博彩),0.375 μmol/L引物,180μmol/L dNTP,1.5～2.0 mmol/LMgCl2,10ng模板DNA.     

三角梅SRAP-PCR反应体系的建立及引物筛选

利用L9(34)正交试验设计,对影响PCR反应的TaqDNA聚合酶量、dNTP浓度、Mg2+浓度和引物浓度4个因素以及模板DNA浓度进行了三角梅SRAP-PCR扩增反应条件优化研究,并对引物进行了全面筛选.三角梅SRAP-PCR优化反应体系结果为:2.5μL 10×PCR buffer、60ng模板DNA、TaqDNA聚合酶1.0U、dNTP 0.25mmol/L、Mg2+2.5mmol/L、引物0.3μmol/L,总体积25μL.运用该结果从208对引物组合中共筛选出扩增条带清晰,多态性丰富的SRAP引物27对.优化体系的建立及其引物的筛选为今后利用SRAP标记技术进行三角梅遗传分析、图谱构建、基因定位与种质资源鉴定奠定了技术基础.     

荒漠草原土壤微生物16SrDNA扩增反应条件的优化

以荒漠草原土壤微生物总DNA为材料,分析模板DNA量、Mg2+、引物和dNTP的浓度对16SrDNA-PCR扩增结果的影响,经系统的优化实验建立了土壤微生物PCR反应体系: 25μL体系中含0.1mmol/L dNTP、2.5mmol/L MgCl2、1U Taq酶、0.4μmol/L引物和4ng的DNA模板.     

中国鲎微卫星引物扩增圆尾鲎DNA的PCR反应体系优化

采用正交设计法,从dNTPs浓度、引物浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量4个因素3个水平出发,优化设计圆尾鲎DNA的PCR反应体系(引物为中国鲎微卫星引物).并采用直观分析方法分析正交试验结果,最终建立了圆尾鲎SSR-PCR最佳反应体系:总体积20μL,Taq DNA聚合酶1.5 U、dNTPs 0.16 mmol/L、引物0.2μmol/L、Mg2+2.0 mmol/L;并通过PCR梯度实验进一步优化模板DNA质量浓度、退火温度及退火时间,获得最佳反应条件:模板DNA质量浓度为30 ng/μL,退火温度为48℃,退火时间为20～25 s.对最佳反应体系和反应条件进行了检验,结果显示该反应体系稳定性高、重复性好.     

均匀设计在樟树RAPD反应体系优化中的应用

以樟树[Cinnamomun camphora(L.)Presl]为材料,运用均匀试验设计,对影响RAPD标记的多个因素,包括Mg2 、dNTP、引物、模板DNA和Taq DNA聚合酶浓度等,优化得到适合于樟树RAPD标记的反应体系为:20μL反应体系中,含1. 5 mmol/L MgCl2,0.2 mmol/L dNTP,0.2 μmol/L 引物,8 ng/μL模板DNA,1 U Taq DNA聚合酶.研究结果表明:均匀试验设计可以应用于RAPD反应体系的优化.     

五条蚋ISSR-PCR反应体系的建立与优化

通过正交试验及单因素试验对五条蝻S.quinquestriatum ISSR-PCR反应体系中的引物、DNA模板、dNTP、Mg2+、BSA、Taq DNA聚合酶浓度6个关键因素进行优化,建立五条蚋ISSR最适反应体系:20μl反应体系中引物1.0 μmol/L、DNA模板50.0 ng/μl、dNTP 0.15 mmol/L、Mg2+ 1.50 mmol/L、BSA 2.00 mg/ml、Taq DNA聚合酶0.155U/μl.通过对24条备选引物进行温度梯度筛选,获得8条能够稳定扩增且多态性较好的引物.为今后利用ISSR技术进行五条蚋种群遗传多样性研究奠定了良好的技术基础.     

真藓(Bryum argenteum)ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选

为了确定真藓最佳ISSR-PCR反应体系,采用PCR正交实验设计方法,对影响ISSR-PCR试验的模板DNA、引物、d NTPs、Mg2+、和Taq DNA聚合酶5个因素在4个水平上进行优化,并对100条引物逐一进行温度梯度PCR,筛选合适的引物并确定每个引物的最佳退火温度.结果显示优化的20μL ISSR-PCR反应体系中包括20 ng/20μL DNA模板、0.45μmol/L引物、2.65 mmol/L Mg~(2+)、0.4 U/20μL Taq DNA聚合酶、0.45 mmol/Ld NTPs.利用该体系最终筛选出50条扩增条带清晰,重复性好,多态性高的引物并确定其退火温度.这一体系的建立、引物的筛选及退火温度的确立为进一步利用ISSR分子标记技术对苔藓遗传多样性的研究提供理论基础.     

喀斯特地貌高海拔自然保护区土壤放线菌多样性研究

为了揭示贵州喀斯特地貌高海拔读取土壤放线菌多样性,通过在贵州喀斯特地貌高海拔自然保护区采集土壤,对放线菌进行分离、提纯和培养;并对已获得的放线菌菌株的16Sr DNA、18Sr DNA、ITS以及26S通过引物进型PCR扩增,扩增后行进DNA序列测定以及菌株鉴定。结果表明:该区域土壤中包含了1株为疑似新型放线菌、1株为链孢囊菌属,为较稀有菌属。4株为拟诺卡氏菌属,11株为链霉菌属、为常见菌属。此次研究初步揭示了贵州喀斯特地貌高海拔地区土壤中放线菌多样性。     

豌豆豆球蛋白（leguminA）基因的PCR扩增与鉴定

豆类的贮存蛋白是人类的植物蛋白主要来源之一,稻米平均蛋白质含量只有8％,而且人类必需的赖氨酸含量较少。如果将较富赖氨酸的豆类贮存蛋白基因转移到水稻中,提高稻米的蛋白质和赖氨酸等氨基酸的含量,是改善米质的重要途径之一。 Sun首先从法国菜豆中分离出菜豆贮存蛋白基因(Gl),随后,Lycett分析了豌豆主要     

Mechanism of the interaction between Au nanoparticles and polymerase in nanoparticle PCR

Nanoparticle PCR is a novel method to optimize DNA amplification. It performs well in improving specificity, enhancing sensitivity and speed. Several mechanisms were proposed in previous studies: one was based on the interaction between gold nanoparticles (AuNPs) and DNA while the other was attributed to the heat transfer property of AuNPs. In this paper, we propose that the interaction between AuNPs and DNA polymerase can significantly influence PCR. First, the addition of DNA polymerase can eliminate the inhibitory effects of excess AuNPs. Second, the addition of AuNPs will increase yield of the desired PCR product and make the optimum concentration of DNA polymerase move to higher value. Third, while excess polymerase might inhibit amplification efficiency, AuNPs can reverse this process and the yield of PCR amplification. Based on these results we propose a possible mechanism that AuNPs might modulate the activity of polymerase and improve PCR amplification.     

高粱BTx623幼苗多酚氧化酶Real-time PCR引物扩增效率的检测

介绍了一种检测实时荧光定量PCR技术引物扩增效率的方法,以期为进一步应用实时荧光定量PCR奠定基础。同时通过实时荧光定量PCR技术,研究高粱BTx623幼苗中的多酚氧化酶基因SbPPO的表达情况,结果发现SbPPO2,SbPPO5,SbPPO6的相对表达量较高,这3个SbPPO可能在高粱BTx623幼苗中起到重要功能。     

半随机单引物PCR扩增产物的特异性研究

以Ｍ１３ｍｐ１９为模板,寡核苷酸“１２２４”为引物,进行半随机单引物ＰＣＲ扩增;分析其扩增产物的限制性内切酶酶切图谱,推定它们分别在Ｍ１３ｍｐ１９序列中的确切位置;证实引物“１２２４”的３端与模板Ｍ１３ｍｐ１９负链的互补结合,至少需有连续的４上个核苷酸,才能产生单引物ＰＣＲ扩增的模板分子,进行有效的ＰＣＲ扩增,并由此决定了扩增产物中各ＤＮＡ片段的大小及其在模板ＤＮＡ序列中的特定位置。     

一种新型PCR扩增仪的温控系统

聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction）又称为PCR．PCR自20世纪80年代初发明以来,已迅速发展成为生物科学研究和基因诊断领域的最重要的新技术．PCR技术依赖设定的温度循环,以控制酶促进反应的自动进行。从而达到基因扩增的目的．目前实验室广泛使用的PCR基因扩增仪,主要采用国际上通用的时间控制半导体温控系统,成本较高且不易实现．利用毛细管流体在不同管道部分的流体分部,通过控制不同管道部分的温度,可以巧妙地实现流体在不同温度条件下的循环,且与毛细管电泳技术相结合,还可以实现在线检测,从而以更简化的方式,实现PCR的自动化控制与分析．该文介绍这种适合PCR扩增仪的恒温系统,包括系统的立体螺旋结构设计、单片机温控系统的设计等．     

家蚕质多角体病毒基因部分序列克隆及分析

根据BmCPV(Bombyx mori cytoplasmic polyedrosis virus)核酸片段4的末端序列设计一对引物，通过RT－PCR扩增获得多条DNA片段，对其中占优势的约740bp的片段进行切胶回收，克隆到pGEM-Teasy载体上并进行序列测定。与GenBank中的database比较分析表明，该序列与已登录的序列同源性很低，并与呼肠弧病毒科其它种的对应核酸序列有较大差异。本实验证明所测序列为一新序列。     

六种蝗虫基因组DNA多态性的RAPD标记研究

运用随机扩增多态 DNA技术对斑翅蝗科 Oedipodidae中三属六种蝗虫基因组DNA进行了多态性比较 ,共扩增出 2 2条特异性片断 ,分子量大小为 650～ 1 990 bp之间 ,并根据各种间片段共享度构建了 UPG聚类关系图 .研究结果表明 ,大垫尖翅蝗和甘蒙尖翅蝗的片段共享度为 0 .375;红翅皱膝蝗和鼓翅皱膝蝗的片段共享度为 0 .2 86;亚洲小车蝗和黄胫小车蝗的片段共享度也为 0 .2 86     

HMW glutenin subunits in multiploidAegilops species: composition analysis and molecular cloning of coding sequences

The Aegilops genus contains species closely related to wheat. In common with wheat, Aegilops species accumulate high molecular weight (HMW) glutenin subunits in their endospermic tissue. In this study, we investigated the composition of HMW glutenin subunits in four multiploid Aegilops species using SDS-PAGE analysis. Furthermore, by working with Ae. ventricosa, we established an efficient genomic PCR condition for simultaneous amplification of DNA sequences coding for either x- or y-type HMW glutenin subunits from polyploid Aegilops species. Using the genomic PCR condition, we amplified and subsequently cloned two DNA fragments that may code for HMW glutenin subunits in Ae. ventricosa. Based on an analysis of the deduced amino acid sequences, we concluded that the two cloned sequences encode one x- and one y-type of HMW glutenin subunit, respectively.     

一种冰川微生物总DNA的提取方法

利用SDS高盐法对冰川微生物总DNA进行了提取,实验结果表明这种方法对不同区域的冰川都可以提取到长度大于15kb的DNA片段,所得DNA应用细菌16S rRNA基因的引物进行PCR扩增,均能获得目的片段。因此,SDS高盐法是一种高效、简单的从小量冰川样品中直接提取DNA的理想方法。