东北粗皮蛙线粒体DNA遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性(H)为0.704,核苷酸多样性(π)为0.001,平均核苷酸差异数为1.438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析(AMOVA)结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98.13%,群体间没有遗传分化(FST=0.0187),因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

东北粗皮蛙线粒体 DNA 遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。 PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性（H）为0．704,核苷酸多样性（π）为0．001,平均核苷酸差异数为1．438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析（AMOVA）结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98．13％,群体间没有遗传分化（FST ＝0．0187）,因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

基于MHC-DRB部分序列对不同地区中缅树鼩遗传多样性的研究

基于中缅树鼩的主要组织相容性复合体基因,探讨中缅树鼩的遗传多样性.结果显示:中缅树鼩MHC-DRB内含子4基因扩增出的序列大小为168bp,其中河口种群的核苷酸多样性(π)和平均核苷酸变异数(K)最高,海南种群的单倍型多样性(Hd)最大.核苷酸多样性、平均核苷酸变异数最低的是兴义种群,单倍型多样性最低的是勐腊种群.中缅树鼩MHC-DRB外显子2基因的实验结果表明多态位点数最大值和最小值分别是兴义种群(87)、乐业种群(44);核苷酸多样性最大值和最小值是兴义种群(0.086 68)和乐业种群(0.219 86).非同义突变/同义突变(dN/dS)的结果表明总体样本经历了正选择.说明中缅树鼩MHC-DRB基因具有很高的遗传多样性,中缅树鼩的MHC-DRB基因在历史进程中经历了正选择.     

基于mtDNAcyt b基因变异的中国黄牛品种间遗传关系分析

18个品种136个个体的mtDNA cyt b基因全序列不存在长度差异(1140 bp),均以ATG为起始密码子,中间无插入、缺失或终止密码子,以终止密码子AGA结束;一共检测到了105个替代突变位点,约占核苷酸总数(1140 bp)的9.2％.核苷酸多样性(Pi)为0.00923,一共定义了47个cytb基因单倍型,单倍型多样性为0.848.105个突变位点中有65个转换和39个颠换,参考序列V00654的15615位点为中国黄牛cytb基因变异的转换与颠换共存位点.北方黄牛(0.00550±0.00088)和南方品种(0.00655±0.00128)的平均遗传距离相对较小,但是两者之间的平均遗传距离(0.01271±0.00262)差异较大;中原牛种群和北方种群之间的遗传分化程度(0.01002±0.00193)要大于和南方种群之间的遗传分化程度(0.00891±0.00178),所以中原牛种群受南方瘤牛的遗传影响较大.中原牛种群内的晋南牛和秦川牛受北方普通的影响相对瘤牛要大;而鲁西牛、郏县红牛和南阳牛受南方瘤牛的影响较大.     

基于线粒体基因的杂色山雀中国大陆种群遗传多样性研究

杂色山雀(P arus varius)为东亚特有鸟类、分布呈片段化.为了深入了解杂色山雀中国大陆各地理种群遗传水平现状,分析了杂色山雀8个地方种群49个样本的线粒体Cytb基因全序列(1143bp)和部分ND5基因序列(957 bp),所测样品全长共2.1 kb.结果显示:T、C、A、G碱基的平均含量分别为21.5％、37.4％、28.9％、12.2％,A+T含量(50.4％)略高于G+C含量(49.6％);发现17个变异位点,其中单变异位点为7个,简约信息位点数为10个;检测到14个单倍型,8个地方种群共享一个单倍型(Hap-1),说明这个单倍型是个较古老的单倍型,也反映了这几个群体间的分化是不显著的.5个种群的单倍型多样性为0.822 39,核苷酸多样性为0.000 82,平均核苷酸差异数为4.663 83,总体上看,杂色山雀具有较低的单倍型多样性和核苷酸多样性.五个种群的Nm值为5.282 21～17.33645,Fst值为0.002 07～0.086 47,构建的系统发生树和TCS网络图进一步分析表明杂色山雀遗传多样性较低、基因交流非常频繁、种群间的分化不显著.中性检验显示偏离中性期望值,表明种群在进化的过程中出现过群体急速扩张事件.     

基于CR及Cytb基因序列的大泷六线鱼野生群体遗传多样性分析

为进一步了解山东省内大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)群体遗传背景和分化情况,合理保护与开发利用渔业资源,选取线粒体控制区(CR)和细胞色素b基因(Cytb)对分布于山东省近海沿岸的3个大泷六线鱼野生群体以及北黄海1个离岸大泷六线鱼野生群体的线粒体基因序列进行对比,分析它们的序列特征、遗传多样性和种群历史动态情况。经PCR扩增得到大泷六线鱼野生群体的CR和Cytb基因序列,全长分别为485bp和651bp。基于CR基因序列共检测到40个多态位点,单倍型多样性平均值为0.908,核苷酸多样性平均值为0.006,定义了53种单倍型。基于Cytb基因序列检测到56个多态位点,转换颠换比值为19.04,种内单倍型多样性平均值为0.934,核苷酸多样性平均值为0.005,定义了38种单倍型。对比分析表明,4个大泷六线鱼野生群体均具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性。NJ系统进化树、群体间/内平均遗传距离、Fst值、基因流及AMOVA分析结果显示:山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传差异不显著,群体间存在频繁的基因交流,未形成显著的遗传分化。种群动态结果表明大泷六线鱼于更新世晚期经历了快速扩张,并形成了现有遗传格局。山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传结构之间不存在显著的地理隔离,这可能与人为增殖放流和秋冬季节黄海沿岸流及暖流有关,从而使得群体之间基因交流广泛。     

基于线粒体D-loop基因的珠江翘嘴鲌遗传多样性与遗传分化研究

为探明分布于珠江流域的野生翘嘴鲌种群遗传多样性与遗传分化状况,实验在珠江流域广东省(肇庆和韶关)、广西省(梧州、昭平、平乐、柳城、桂平、平果、田阳、龙州和扶绥)自然河流内采集野生翘嘴鲌种群。研究采用线粒体分子标记技术(D-loop基因)对珠江流域翘嘴鲌种群的遗传多样性做一个多方面的分析。利用PCR技术,得到D-loop全基因序列856 bp,通过分析发现,176个个体中合计41个单倍型;其单倍型多样性指数(Hd=0.875 06)和核苷酸多样性指数(π=0.007 00)显示种群具有较高的遗传多样性。11个野生地理群体翘嘴鲌遗传分化指数(FST)为0.188 28,显示珠江流域翘嘴鲌作为一个大种群已产生了中度分化,种群分化时间经计算推断为5万年前左右。其中,梧州和桂平,梧州和肇庆,昭平和平乐,田阳和平果,扶绥和大部分种群(柳城、桂平、田阳、韶关)的遗传分化程度都较低(FST0.05),基因流Nm5;其他种群两两之间达中度遗传分化(FST0.05),基因流Nm5。分子系统树和单倍型网络关系显示:单倍型Hap1和Hap2可能为单倍型先祖,其余单倍型由其进化而来。但遗传距离与地理距离并没有显著相关性,种群扩散规律需要进一步探索,说明珠江流域野生翘嘴鲌并未地理因素产生种属分化。     

环境因子对大石鸡种群遗传多样性的影响

分别以mtDNA的非编码基因D-loop和编码基因Cytb为分子标记,研究了大石鸡分布区内12个种群遗传多样性与环境因子之间的相关性.173个样本的D-loop部分序列(1127 bp)中共发现了34个多态位点,定义了44种单倍型;230个样本的Cytb部分序列(807 bp)中共发现了13个多态位点,定义了14种单倍型.基于D-loop和Cytb的单倍型多样性和核苷酸多样性与样本量之间均无显著相关性.所有的种群遗传多样性与环境因子相关性检验中,基于D-loop的核苷酸多样性与降水量的负相关、基于Cytb的单倍型多样性与纬度和相对湿度变异系数的负相关以及基于Cytb的核苷酸多样性与相对湿度变异系数的负相关达到了显著水平,说明纬度、降水和相对湿度变异系数是影响大石鸡遗传多样性的主导因子,低纬度、干旱以及气候稳定的环境下,大石鸡的遗传多样性更高.     

灰尖巴蜗牛的遗传多样性研究

以线粒体COI基因为分子遗传标记,通过分子生物学方法分析曲靖地区灰尖巴蜗牛5个种群的COI基因DNA序列,从分子水平探讨该物种群体和种群遗传多样性.研究结果表明,该物种群体COI基因序列有变异位点47个,包括简约信息位点43个(转换与颠换)和单突变位点4个;核苷酸A、C、T、G所占比例分别为32.50%、29.43%、27.54%和10.53%,并确定了14种单倍型.在5个种群中,单倍型多样性(H)最高的是P1和P3,最低的是P4;核苷酸多样性(Pi)最高的是P2,最低的是P4;核苷酸成对差异比较明显的是P1.上述结果表明曲靖灰尖巴蜗牛整个群体的COI遗传多样性偏低,这为针对该物种综合防治措施的制定提供了重要参考依据.     

基于mtDNA COI序列的福建B型烟粉虱田间种群分析

本研究对福建B型烟粉虱10个田间种群的线粒体DNA COI基因(mtDNA COI)进行测序,并通过与NCBI数据库上埃及、湖北、武汉3个B型烟粉虱地理种群的mtDNA COI的序列进行比对分析,结果表明在核苷酸多样性、单倍型数、单倍型多样度上,不同地理种群都不一样,但是福建种群这些遗传特征数据显著高于其它地理种群.结合近年来我省田间烟粉虱种群抗药性水平迅速提高这一结果分析,可以推测,在不同杀虫剂压力选择下,不同抗性基因得以在我省不同地理群体中流动,种群内呈现比较明显的抗性遗传分化趋势,群体遗传多样性也更为丰富,表现出烟粉虱对不利环境较强的适应能力.     

基于线粒体COI基因序列的丽文蛤群体遗传多样性和遗传结构分析

为了评估丽文蛤的遗传多样性,为丽文蛤的保护与开发提供基础遗传信息,本研究利用线粒体COI基因片段序列比较分析了我国沿海丽文蛤4个地理群体(漳州、珠海、海口和北海)的遗传多样性和遗传结构。4个群体共54个样本的线粒体COI基因部分序列经处理得到长度均为623 bp的核苷酸片段,检测到19个单倍型。群体遗传多样性分析显示,4个群体的单倍型多样性为0.464~0.889,核苷酸多样性为0.000 80~0.011 04。单倍型多样性较高的是漳州群体和海口群体,北海群体单倍型多样性相对较低。核苷酸多样性中漳州群体最高,而北海群体同样显示最低,北海群体多样性较低的原因可能是样本量小。分子变异分析(AMOVA)结果显示96.20%的变异来自群体内。群体间遗传分化指数显示漳州与珠海和北海群体之间存在较大的遗传分化(FST值分别为0.162 49和0.117 31),且均达到显著水平;而漳州与海口群体之间遗传分化小且分化不显著。珠海、海口和北海群体之间遗传分化小(FST值0.070 99~0.094 30)且分化不显著。聚类分析和单倍型网络图均显示丽文蛤漳州群体与珠海和北海群体分化明显,而珠海、海口和北海群体之间分化不明显,其结果与FST值相一致。     

河北省黄骅市旧金山卤虫种群遗传多样性研究

旧金山卤虫（Artemia franciscana）于1991年被引入中国渤海湾地区后广泛传播。为探讨旧金山卤虫引入至河北省黄骅市后种群遗传多样性及种群遗传结构状况，本研究通过采集33个旧金山卤虫卵样品进行COⅠ基因扩增与测序，并与美国国立生物技术信息中心（NCBI）储存的两个旧金山卤虫美洲本土种群（大盐湖种群：29个样本；旧金山湾种群：37个样本）进行遗传多样性及种群遗传结构对比分析。结果表明，黄骅种群的核苷酸多样性（0.000 87）明显低于大盐湖种群（0.002 78）和旧金山湾种群（0.003 20），黄骅种群的平均核苷酸差异数（0.523）也明显低于大盐湖种群（1.680）和旧金山湾种群（1.946）。在单倍型分析中共产生9个单倍型类型，黄骅种群的单倍型多样性为0.324，明显低于大盐湖种群（0.475）和旧金山湾种群（0.480），且3个种群的主要单倍型类型并不相同。在3个种群的总遗传变异中，有61.04%的遗传变异来源于3个种群间的遗传变异，而仅有38.96%的遗传变异来源于各种群内个体间的遗传变异。因此本研究认为相对于旧金山卤虫大盐湖种群和旧金山湾种群，黄骅种群的遗传多样性相对较低，黄骅种群与大盐湖种群、旧金山湾种群存在显著的遗传分化，黄骅种群并非直接从大盐湖种群和旧金山湾种群引种、繁衍而成。     

基于线粒体COI基因序列的5个黄河鲤群体遗传多样性研究

为了揭示河南省不同黄河鲤养殖群体之间的遗传差异,本研究通过线粒体COI基因对5个黄河鲤群体的遗传多样性进行了研究.5个群体中荥阳水产良种场群体的单倍型数为4,洛阳水产技术推广站群体的单倍型数为2,其它群体的单倍型数均为3;各个群体的基因多样性从0.200到0.750不等,最高的为河南省水产良种繁育场的群体;各群体的核苷酸多样性范围为0.000 63到0.002 28,最高的为荥阳水产良种场群体,最低的为洛阳市水产技术推广站群体.分子方差分析表明黄河鲤将近90%的变异来自于群体内,说明整体上群体间分化较小.结果表明,虽然各个黄河鲤群体之间的遗传分化较小,但是它们之间的遗传多样性差别较大,研究结果可以为黄河鲤的育种和增殖放流等工作提供一定的参考.     

角倍蚜与其唯一夏寄主植物盐肤木种群遗传多样性比较

基于ISSR分子标记技术对贵州省8个种群共106个盐肤木样本进行遗传多样性和遗传分化分析,并与对应的角倍蚜种群ISSR研究结果进行比较.结果显示8个盐肤木种群11条引物随机扩增检测到171个多态位点,多态位点比率为100%,Shannon多样性指数和Nei基因多样性指数分析反映了与多态位点比率相一致的结果.该结果与角倍蚜多样性指数进行比较,发现角倍蚜和盐肤木种群的遗传多样性具有同样的变异趋势,且盐肤木种群的遗传多样性高于角倍蚜种群遗传多样性,相关性检验(P＜0.01)表明二者之间具有明显的相关性;由Nei指数估计角倍蚜和盐肤木种群的遗传分化系数分别为0.23和0.19,二者具有相似的遗传分化水平,这种相似性表明二者具有明显的协同进化关系.UPGMA聚类结果表明,不同地域角倍蚜与盐肤木种群遗传距离与地理距离不相关,从二者聚类关系来看,也没有对应关系,这可能主要与二者属于明显不同的生物类群,以及本身固有的不同的生存方式和繁殖系统有关.     

9个地方鸡种MHC B-G座位多态性及其分子系统进化分析

以我国9个地方鸡为研究对象,对其MHC B-G座位全基因序列进行测序,以揭示这9个地方鸡种MHC B-G基因的遗传多样性,并构建其系统进化树.结果表明,9个地方鸡种MHC B-G基因序列具有较高的遗传多样性,在9个地方鸡种中共存在666个突变位点,其中单一位点突变554个,简约信息112个,共缺失782 bp.核苷酸多样度(Pi)为0.030 79±0.004 39,平均核苷酸差异(K)为182.639.9个地方鸡品种为9个单倍型,单倍型多样度为1.00±0.052.9个鸡种MHC B-G基因Kiumura双参数遗传距离范围为0.010～0.070,鹿苑鸡与新狼山鸡的遗传距离最小,为0.010;茶花鸡与东乡绿壳蛋鸡遗传距离最大,为0.070.根据9个鸡品种MHC B-G基因全序列构建的NJ树和ME树,茶花鸡单独聚为1类,其他8个品种被聚为2大类.Tajima's D值为-1.554 6,且差异不显著(0.10>P>0.05),说明MHC B-G基因为负向选择,不遵循中性进化理论,MHC B-G基因多态性不是遗传漂变的结果,而是自然选择和人工选择的结果.     

基于线粒体ND2基因的龙头鱼群体遗传多样性分析

以海口、南通、青岛、泉州、湛江5个地理群体98尾龙头鱼为研究对象,通过PCR扩增获得序列长度为1 046bp的线粒体ND2基因全序列,共检测到变异位点19个,其中18个单一变异位点,1个简约信息位点。98条序列共定义了19个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.366±0.063 8,平均核苷酸多样性(Pi)为0.000 427±0.000 424。群体间平均遗传距离在0.000 228～0.000 607之间,遗传分化指数FST值均小于0.05,群体间没有显著的遗传分化。AMOVA结果显示,龙头鱼遗传变异主要来自于种群内(99.68%)。单倍型系统发育树显示,19个单倍型之间不存在明显的亚种分化。整体的中性检验结果均为负值且显著偏离中性,表明5个地理群体龙头鱼历史上曾经历过种群扩张。参考ND2基因2.5%～3.6%每百万年的变异速率,估算出群体分化扩张时间大致为(1.87～1.30)万年前的第四纪更新世晚期。     

基于mtDNA COI基因序列的盐肤木种群遗传变异

基于mtDNA COI基因序列对贵州、湖北和四川的盐肤木(Rhus chinensis Mill.)种群进行遗传变异分析.研究共测得盐肤木9个种群50个个体的mtDNA COI基因长度为1.37kb的序列,在测得的序列中有3个核苷酸位点存在变异(占所测核苷酸序列的0.22%),T、C、A、G 4种核苷酸的组成分别为34.1%、21.8%、22.5%、21.6%,其中A+T含量(56.6%)高于G+C含量(43.4%).共检测到3个单倍型(HapA、HapB和HapC),HapA出现在所有种群中,是出现频率最高的单倍型,占所测序列的90%,该单倍型可能是祖先单倍型;HapB由安县的1个个体和竹山的3个个体共享,而HapC只存在于榕江的1个个体.分析表明盐肤木种群具低水平单倍型多样性(0.000 2)和核苷酸多样性(0.187 0),基于该基因序列的盐肤木种群间遗传多样性和遗传分化均较小.     

灵空山褐马鸡种群遗传多样性研究

山西灵空山国家级自然保护区位于太岳山脉中段,近二百年来没有褐马鸡分布的记载和报道,2005年首次发现褐马鸡在此栖息。灵空山褐马鸡地理种群的来源和遗传背景的研究尚属空白。文章采用线粒体DNA分子标记技术,对灵空山褐马鸡种群的遗传多样性、遗传结构、系统发育进行了分析。结果显示:4只个体均获得长度为1 238 bp的mtDNA D-loop全序列以及1 458 bp Cyt b的全序列,分别定义了3个和2个单倍型。两条序列D-loop和Cyt b单倍型多样性(h)平均值分别为0. 833和0.5,核苷酸多样性平均值(π)分别为0.002 83和0.002 06,平均遗传距离分别为0.003和0.002。反映了灵空山自然保护区褐马鸡种群具有较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性,种群遗传多样性较低。这与该地区褐马鸡的资源现状、分布范围相适应。     

中国南部沿海美蓝拟相手蟹的群体遗传多样性研究

为探明中国南部沿海美蓝拟相手蟹（Parasesarma eumolpe）的群体遗传多样性，本文基于线粒体DNA的细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（Cytochrome Oxidase Ⅰ，COⅠ）基因片段序列，对中国南部沿海8个美蓝拟相手蟹地理群体共95个个体进行群体遗传多样性分析。结果表明，美蓝拟相手蟹所有个体的线粒体COⅠ基因片段序列长度均为631 bp，共有49个单倍型，群体平均单倍型多样度为0.876 8±0.032 5，平均核苷酸多样度为0.042 2±0.026 3，表现为高水平的遗传多样性。单倍型邻接关系树的拓扑结构显示美蓝拟相手蟹群体没有分化出明显的单倍型类群，尚未形成显著的分支谱系；单倍型的网络关系图呈现出明显的星状结构，未表现出显著的地理谱系结构。分子方差分析（Analysis of Molecular Variance，AMOVA）和群体间的遗传分化指数F_st值结果表明，美蓝拟相手蟹群体在分布范围内尚未形成独立的遗传结构，遗传变异主要来自群体内。核苷酸不配对分布和中性检验结果表明，美蓝拟相手蟹在历史上经历了明显的群体扩张，扩张时间大约在14万年前。幼体阶段具较强的潜在扩散能力，群体间能进行频繁的基因交流，再加上群体扩张事件，可能是美蓝拟相手蟹群体间无显著遗传分化的原因。研究结果有助于揭示我国红树林潮间带相手蟹类种群遗传结构和分子系统地理学规律。     

似鮈(Pseudogobio vaillanti)的分子生物地理学分析

似鮈(Pseudogobio vaillanti)是广布于中国淡水水体中的一种小型鲤科鱼类.通过分析线粒体细胞色素b(cyt b)基因序列变异,探讨似鮈不同地理种群的相互关系,研究似鮈的生物地理学过程,并讨论其物种分化的现状.收集了来自辽河、长江(赣江、信江等)、富春江、珠江、万泉河等水系的样品.在获得的似鮈61个样本的线粒体cyt b基因全序列(1140 bp)中,共检测出了45个单倍型.线粒体单倍型的网络分析发现45个单倍型不形成一个网络图,而是分成9个单元群.邻接树的结果显示,这些单倍型形成5个大的分支,基本上与地理分布相对应,分别是长江1、珠江、海南、长江2和辽河等水系.综合分析似鮈单倍型的相互关系和地理分布及分子钟的计算显示这一分布格局形成于5 Ma前-3 Ma前,其后的200多万年中没有地理种群的交流.尽管似鮈不同地理种群的分子差异很大,但从形态上这些隔离的地理种群之间没有明显的差异,我们认为这反映出似鮈进化较保守.与似鮈一样在中国东部广布的种类很多,它们的地理分布格局的形成过程多被解释为第四纪冰期的扩散.与它们相比,似鮈的地理格局的形成时间和物种分化状态是一个特例.