基于网络药理学和分子对接技术探讨槐花止血的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨槐花止血的作用靶点及信号通路，明确其疗效机制。方法:从TCMSP中检索出槐花的有效活性成分，收集其靶点；通过GeneCards数据库收集止血相关的疾病靶点，取与药物靶点重复的靶点作为关键靶点，使用Cytoscape软件构建“药物-有效成分-靶点”网络，利用String数据库构建蛋白互作网络，应用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析，最后利用分子对接技术初步验证。结果:最终获得6个槐花活性成分，68个交集基因。蛋白互作分析发现JUN、TNF和MAPK1止血的作用，GO功能富集得到407个条目，KEGG通路富集分析得到151条信号通路，且发现槐花止血主要通过TNF signaling pathway、Hepatitis B等信号通路进行调控。分子对接显示isorhamnetin、beta-sitosterol等成分与MAPK1、TNF和JUN等靶点有较强亲和能力。结论:槐花可能通过isorhamnetin、quercetin-3’-methyl ether等化学成分调控TNF signaling pathway等信号通路上的MA...     

牡丹皮-赤芍药对治疗川崎病作用机制的网络药理学研究

目的:基于网络药理学的方法探讨了治疗川崎病的常用药对牡丹皮-赤芍发挥作用的潜在机理。方法:用TCMSP数据库对牡丹皮-赤芍药对的有效成分和相关靶点进行检索筛选,基于GeneCards和OMIM数据库搜索川崎病有关靶点,通过Venny工具分析牡丹皮-赤芍药对治疗川崎病的交集靶点。共有靶点经STRING数据库与Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络图,使用R语言分析GO功能和KEGG富集情况,经分子对接技术评价关键靶点与主要成分的结合力。结果:筛出牡丹皮-赤芍药对36个活性成分,243个潜在靶点,川崎病相关靶点1619个,活性成分-疾病共同靶点100个。PPI网络中核心靶点主要涉及MYC、HIF1A、AKT1、JUN等。GO功能分析获取GOBP条目1883条,GOCC条目40条,GOMF条目147条;KEGG富集得到168条信号通路,靶点集中在AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路和TNF信号通路等。分子对接结果中,槲皮素、山柰酚与JUN、AKT1、CASP3具有较好的结合能力。结论:牡丹皮-赤芍药对通过细胞氧化应激反应和血管内皮生长因子等生物过程,经多成分、多靶标、多通路作...     

降糖甲治疗2型糖尿病的机制研究

基于生物信息学、网络药理学和分子对接技术探讨降糖甲颗粒(JTJ)治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。通过TCMSP、Uniprot数据库、swisstarget和SEA数据库筛选降糖甲颗粒的活性化合物和作用靶点,从GEO数据库获取T2DM患者组胰岛样本和非T2DM患者组胰岛样本数据,利用R语言limma包筛选差异表达基因,二者取交集得到JTJ-T2DM共有靶点。通过Cytoscape3.9.1绘制JTJ-T2DM-靶点网络图,利用STRING数据库、Cytoscape3.9.1的cytoHubb插件制作JTJ-T2DM共有靶点的PPI网络图并获取关键靶点(Hubs)。利用DAVID平台对JTJ-T2DM共有靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,对共有靶点有差异表达并进行ROC分析,最后通过DS BIOVIA软件进行分子对接验证。结果显示,最终获得41个JTJ活性化合物,909个药物作用靶点,2952个T2DM靶点,JTJ-T2DM交集靶点160个,Hubs 12个;GO及KEGG富集分析结果显示,JTJ主要参与细胞凋亡等过程,调控MAPK及AGE-RAGE等信号通路而治疗T...     

基于网络药理学和分子对接探讨虎杖调控铁死亡治疗动脉粥样硬化作用机制

目的:以网络药理学和分子对接分析的方法,系统研究虎杖调控铁死亡抗动脉粥样硬化(AS)的机制,为开发治疗AS的新药提供理论依据。方法:采用TCMSP数据库对虎杖的活性成分和治疗靶点进行预测和筛选。通过GeneCards数据库和Drugbank数据库获取AS的疾病靶点。利用Venny在线工具获得虎杖活性成分和AS的共同作用靶点。在Cytoscape3.9.1软件绘制活性组分和靶点网络图,STRING数据库分析了蛋白-蛋白相互作用(PPI),利用Metascape数据库对交叉靶点进行了GO生物富集及KEGG富集分析。运用GeneCards数据库和FerrDb数据库获得调控铁死亡基因,综合分析虎杖活性成分、AS、铁死亡3者关系并进行分子对接。分子对接研究由SYBYL-X 2.0软件进行验证完成。结果:得到的虎杖的活性成分有10个,对应靶点252个,AS靶点1328个,铁死亡对应靶点887个,3者取交集基因得到44个,蛋白互作分析发现TP53、JUN和IL-6为调控铁死亡治疗AS主要靶点,KEGG富集结果发现,虎杖调控铁死亡治疗AS通过介导MAPK信号通路。分子对接结果表明,虎杖药物主要活性成分...     

基于网络药理学和分子对接探究三棱-莪术抗乳腺癌的作用机制

运用网络药理学和分子对接探究三棱-莪术药对抗乳腺癌的有效活性成分及分子机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台检索并筛选出三棱、莪术的有效活性成分和对应作用靶点,运用OMIM数据库、GeneCards数据库检索乳腺癌的疾病靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件绘制药物-成分-疾病-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein- protein interaction,PPI)网络,使用Cytoscape中MCODE插件进行分析并筛选出前10个核心靶点。借助DAVID数据库对作用靶点进行基因本体及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析,并绘制成分-靶点-通路网络图。最后通过AutoDock Vina等软件进行分子对接,验证核心成分与核心靶点的相互作用。结果表明,通过筛选得出7种活性成分、73个作用靶点,三棱-莪术与乳腺癌共同靶点43个。核心成分为常春藤皂苷元、β-谷甾醇、芒柄花黄素、豆甾醇、反式软骨酸,PPI网络显示其核心靶点为JUN、CASP3、PTGS2、ESR1、MPK14、PPARG、SIRT1、NOS3、TGFB1、NOS2。KEGG富集分析得到72条通路,根据P值筛选出与乳腺癌相关的前20条,主要涉及PI3K-Akt通路、VEGF通路、p53通路、MAPK通路等。分子对接显示活性成分与核心靶点之间有较好的结合力。研究表明三棱-莪术药对抗乳腺癌具有多成分、多靶点、多通路的特点,为该药对在临床中的应用提供了理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术分析赤芍对黑色素瘤的作用机制

基于网络药理学和分子对接技术探讨中药赤芍治疗黑色素瘤的作用机制.通过中药系统药理学数据库和分析平台筛选出赤芍的有效成分,通过GeneCards,OMIM,PharmGkb和TTD数据库查找与黑色素瘤相关的靶点.采用Cytoscape3.7.1软件,构建"药物-成分-靶点-疾病"网络图,借助STRING数据库平台构建蛋白质相互作用网络（protein-to-protein interaction,PPI）,应用Bioconductor平台对关键靶点进行GO分析和KEGG通路富集分析.采用分子对接技术将赤芍主要活性成分黄芪素与RELA,VEGFA,FOS,CASP3和HIF1A进行分子对接.最后,利用皮肤黑素瘤A375细胞模型进行体外实验验证,结果表明赤芍可能主要是通过其活性成分黄芩素实现其抗黑色素瘤的作用.     

黄芪-白茅根治疗慢性肾小球肾炎作用机制的可视化分析

运用数据库及可视化软件分析黄芪-白茅根治疗慢性肾小球肾炎(chronic glomerulonephritis,CGN)的有效活性成分并探讨其潜在作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台及BATMAN-TCM数据库收集黄芪-白茅根活性成分,SwissTargetPrediction和Uniprot数据库进行靶点标准化处理;通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、Drugbank、DiGSeE数据库筛选CGN相关靶点;应用 Cytoscape软件构建相关网络图;利用Omicshare平台进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分析;采用AutoDock Vina及LigPlot进行核心成分与核心靶点的对接。黄芪-白茅根中共筛选出27个活性成分和271个活性成分靶点。对143个药物和疾病的交集靶点进行分析,获得7 084个GO相关过程,230个KEGG信号通路,其中差异的有4 663个GO相关过程,159个KEGG信号通路。分子对接发现本研究筛选的核心成分与靶点拥有较好的结合能。研究表明黄芪-白茅根是通过多成分、多靶点、多通路的作用方式发挥治疗CGN的作用,为CGN的治疗提供了重要的科学依据。     

基于网络药理学的桑白皮治疗2型糖尿病的作用机制

通过网络药理学和分子对接方法探讨桑白皮治疗2型糖尿病的作用机制。运用中药系统药理学数据库与分析平台筛选桑白皮的活性成分及相应作用靶点,借助DrugBank、GeneCards和TTD数据库检索疾病靶点。活性成分靶点与疾病靶点取交集得到桑白皮作用于2型糖尿病的预测靶点,构建活性成分-潜在靶点网络图和关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)网络。将交集基因进行基因本体(gene ontology, GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析;最后应用AutoDock软件进行活性成分及关键靶点之间的分子对接验证。预测得到桑白皮活性成分25个,桑白皮与疾病的交集靶点126个。PPI网络发现AKT1、IL-6、TNF、VEGFA、TP53、CASP3等可能是桑白皮治疗2型糖尿病的关键靶点。GO富集分析涉及细胞因子信号转导通路、对脂质的反应和凋亡信号通路等生物过程。KEGG通路分析涉及糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、T...     

基于网络药理学和分子对接探究麻黄加术汤治疗类风湿关节炎的潜在作用机制

利用网络药理学和分子对接方法探究麻黄加术汤治疗类风湿关节炎的潜在作用机制。通过数据库检索、筛选得到麻黄加术汤主要活性成分及其作用靶点,通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选得到类风湿关节炎疾病靶点,使用STRING数据库和Cytoscape软件构建PPI(protein-protein interaction)网络;使用Metascape数据库对麻黄加术汤治疗类风湿关节炎的作用靶点进行GO(gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析;Cytoscape软件构建药物成分-靶点-通路网络;使用AutoDock软件对关键成分和靶点进行分子对接。结果筛选得到麻黄加术汤的潜在活性成分共131个,治疗类风湿关节炎的关键靶点133个,主要成分包括槲皮素、木犀草素、山奈酚等,关键靶点包括IL-6、TNF、TP53、STAT3等。GO和KEGG分析显示生物过程2 250条,细胞成分89条,分子功能152条,富集通路主要涉及AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路和TNF信号通路等。分子对接结果显示Phaseol和甘草酚与AKT1、PTGS2、MAPK1、MAPK8等关键靶点具有较好的结合活性。研究发现麻黄加术汤是通过多成分、多靶点、多通路的作用方式发挥治疗类风湿关节炎的作用,为类风湿关节炎的治疗提供了重要的科学信息。     

葛根芩连汤治疗肺动脉高压的作用机制研究

通过网络药理学技术预测葛根芩连汤治疗肺动脉高压的关键活性成分及其可能的作用靶点,探讨其作用机制.通过TCMSP平台收集葛根芩连汤中四味中药的活性成分及相关靶标,借助Genecards数据库获得肺动脉高压疾病基因,使用Cytoscape软件将药物靶点和疾病基因映射,并对交集靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析.运用AutoDock Vina软件将核心靶点与活性成分进行分子对接,并使用PyMol软件绘制图片.经TCMSP平台及相关文献得到146个活性成分,共获得112个葛根芩连汤治疗肺动脉高压的相关靶点,其中,GO富集分析功能结果显示参与的条目共160个(P<0.05),其中有115个条目参与了生物学过程(BP),有21个条目参与了细胞组成(CC),还有24个条目与分子功能(MF)有关.此外,KEGG通路富集分析结果显示有103条信号通路参与其中(P<0.05),主要参与的通路包括了HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3 K-Akt信号通路、Toll样受体信号通路等.通过网络药理学研究揭示了葛根芩连汤可通过多个靶点、多个信号通路来治疗肺动脉高压,且关键药效分子与核心靶点均能稳定结合,此研究为进一步探究其作用机制提供了理论基础.     

基于网络药理学与分子对接探索人参-五味子配伍治疗特发性肺间质纤维化的分子机制

基于网络药理学与分子对接方法,探讨中药人参-五味子配伍治疗特发性肺间质纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)的潜在分子机制.通过GeneCards、CTD、GEO等数据库预测IPF疾病靶标基因,从TCMSP平台筛选人参-五味子有效活性成分及其治疗靶标,构建中药-活性成分-靶标基因调...     

基于网络药理学和分子对接研究三七抗类风湿关节炎的分子机制

通过中药系统药理学数据库与分析平台获取三七的主要活性成分及其相关靶点;通过GeneCards数据库预测类风湿关节炎相关靶点,并运用Uniprot数据库标准化蛋白名称,取三七-类风湿关节炎的交集靶点;通过STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用分析;采用Metascape平台进行GO(gene ontology)功能分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集分析;采用Cytoscape3.7.2构建活性成分-靶点-信号通路相互作用网络;利用AutoDock Vina 1.1.2软件对关键靶点和成分进行分子对接。结果表明:通过筛选获得三七核心活性成分7种,三七-类风湿关节炎共同作用靶点100个,其中核心靶点包括AKT1、IL6、VEGFA、TNF、TP53、JUN、CASP3、PTGS2等;GO分析获得1 064条信号通路,KEGG分析得到102条信号通路,其中与类风湿关节炎相关的信号通路包括AGE-RAGE、MAPK、TNF、IL-17以及HIF-1等;分子对接结果显示关键靶点与成分具有较好的结合活性。研究认为三七抗类风湿关节炎可能是通过对物质代谢、信号转导、炎症反应等多靶点及多通路的调节从而发挥作用。     

基于网络药理学和分子对接分析续断-桑寄生改善多囊卵巢综合征的作用机制

运用网络药理学方法分析续断-桑寄生药对改善多囊卵巢综合征的主要活性成分、靶点和通路。通过中药系统药理学数据库与分析平台,获取续断、桑寄生的主要活性成分及潜在靶点,并利用Cytoscape软件构建中药-成分-靶点网络;依托Disgenet、OMIM数据库获得多囊卵巢综合征疾病靶点并进行合并,借助Venn在线工具获得药物和疾病的共同靶点;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;利用Metascape数据库对交集靶点进行京都基因和基因组百科全书通路(KEGG)富集分析及基因本体(GO)富集分析;采用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路网络;用分子对接技术验证靶点间结合的可靠性。结果表明,从续断-桑寄生药对中筛选得到174个靶点,其中交集于多囊卵巢综合征的80个共有靶点主要涉及癌症通路、丙型肝炎信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等多条信号通路。续断-桑寄生药对通过槲皮素、β-谷甾醇等活性物质形成多靶点、多通路调控网络,调节激素代谢,降低炎症细胞因子水平,从而达到系统改善多囊卵巢综合征的目的。     

基于BATMAN-TCM在线分析平台的浙贝母-瓜蒌配伍治疗慢性阻塞性肺病的网络药理学研究

基于中药分子机理的生物信息学分析工具（bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional Chinese medicine,BATMAN-TCM）挖掘浙贝母-瓜蒌治疗慢性阻塞性肺病的分子作用机制。应用BATMAN-TCM预测浙贝母-瓜蒌的潜在靶点,GeneCards数据库检索慢性阻塞性肺病的靶点;应用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-疾病-靶点相互作用网络、蛋白质-蛋白质相互作用( protein-protein interaction,PPI) 网络,进行基因本体( gene ontology,GO) 功能富集分析和京都基因与基因组百科全书( Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG) 的生物通路富集分析。结果筛选得到浙贝母-瓜蒌中21种活性成分,基于STRING构建的浙贝母-瓜蒌靶点PPI网络包含131个节点和236条相互作用关系,关键节点包括ANXA1、EDN1、HDAC1、RXRA、ADRA2A、OXT、RXRB等。GO富集分析途径主要涉及离子门控通道活性、底物特异性通道活性、被动跨膜转运活性、细胞外配体门控离子通道活性、神经递质受体活性、配体门控离子通道活性等。KEGG通道分析主要涉及神经活动配体-受体相互作用、cAMP信号通路、钙离子信使通路、类胆碱能突触、逆行内源性大麻素信号传导、5-羟色胺能突触、多巴胺能突触等途径。研究结果提示浙贝母-瓜蒌关键的作用靶点包括ANXA1、HDAC1等,信号通路方面涉及类胆碱能、5-羟色胺、多巴胺等神经受体相关通路,体现了中药复方的整体性特点,为进一步研究浙贝母-瓜蒌的分子作用机制提供了新思路。     

基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎恢复期的作用机制

基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎的作用机制。利用TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction数据库挖掘黄芪六君子汤中的中药所含化学成分及作用靶点,并经Uniprot数据库标准化,通过GeneCards数据库获得新冠肺炎相关基因,将疾病与药物的靶点进行映射取交集,从STRING数据库下载蛋白-蛋白相互作用（PPI）数据,借助Cytoscape软件构建活性成分-靶点的可视化网络图、蛋白互作网络,筛选出核心靶点,利用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,并通过Cytoscape软件构建靶点-通路网络。结果表明,筛选得到145个化合物及相应靶点1618个,关键成分包括木犀草素、山柰酚、川皮苷、柚皮素、黄芩素、金合欢素等,关键靶点包括丝裂原活化蛋白激酶1/3/8/14、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3/8、白介素6/1β、白蛋白,细胞凋亡调节蛋白、人前列腺素内过氧化物合酶2、原癌基因、RELA原癌基因等。GO功能富集分析显示生物学过程1421条,分子功能63条,细胞组成36条;KEGG通路富集分析显示41条通路,主要涉及PI3K-Akt信号通路、细胞凋亡、内分泌阻力、MAPK 信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等。研究认为黄芪六君子汤可能通过抗病毒、抗炎、免疫调节等作用机制对新冠肺炎发挥治疗作用。     

基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎恢复期的作用机制

基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎的作用机制。利用TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction数据库挖掘黄芪六君子汤中的中药所含化学成分及作用靶点,并经Uniprot数据库标准化,通过GeneCards数据库获得新冠肺炎相关基因,将疾病与药物的靶点进行映射取交集,从STRING数据库下载蛋白-蛋白相互作用（PPI）数据,借助Cytoscape软件构建活性成分-靶点的可视化网络图、蛋白互作网络,筛选出核心靶点,利用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,并通过Cytoscape软件构建靶点-通路网络。结果表明,筛选得到145个化合物及相应靶点1618个,关键成分包括木犀草素、山柰酚、川皮苷、柚皮素、黄芩素、金合欢素等,关键靶点包括丝裂原活化蛋白激酶1/3/8/14、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3/8、白介素6/1β、白蛋白,细胞凋亡调节蛋白、人前列腺素内过氧化物合酶2、原癌基因、RELA原癌基因等。GO功能富集分析显示生物学过程1421条,分子功能63条,细胞组成36条;KEGG通路富集分析显示41条通路,主要涉及PI3K-Akt信号通路、细胞凋亡、内分泌阻力、MAPK 信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等。研究认为黄芪六君子汤可能通过抗病毒、抗炎、免疫调节等作用机制对新冠肺炎发挥治疗作用。