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相似文献
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1.
目的:基于网络药理学的方法探讨了治疗川崎病的常用药对牡丹皮-赤芍发挥作用的潜在机理。方法:用TCMSP数据库对牡丹皮-赤芍药对的有效成分和相关靶点进行检索筛选,基于GeneCards和OMIM数据库搜索川崎病有关靶点,通过Venny工具分析牡丹皮-赤芍药对治疗川崎病的交集靶点。共有靶点经STRING数据库与Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络图,使用R语言分析GO功能和KEGG富集情况,经分子对接技术评价关键靶点与主要成分的结合力。结果:筛出牡丹皮-赤芍药对36个活性成分,243个潜在靶点,川崎病相关靶点1619个,活性成分-疾病共同靶点100个。PPI网络中核心靶点主要涉及MYC、HIF1A、AKT1、JUN等。GO功能分析获取GOBP条目1883条,GOCC条目40条,GOMF条目147条;KEGG富集得到168条信号通路,靶点集中在AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路和TNF信号通路等。分子对接结果中,槲皮素、山柰酚与JUN、AKT1、CASP3具有较好的结合能力。结论:牡丹皮-赤芍药对通过细胞氧化应激反应和血管内皮生长因子等生物过程,经多成分、多靶标、多通路作...  相似文献   

2.
运用网络药理学及分子对接方法,探讨茵栀黄颗粒治疗肝纤维化的作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台,对茵栀黄颗粒中4味药材进行活性成分筛选,利用SwissTargetPrediction数据库进行靶点预测;在GeneCards数据库中进行检索,获取肝纤维化相关的靶点,构建维恩图;运用DAVID数据库进行GO(gene ontology)功能和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,运用Cytoscape3.9.0软件绘制成分-靶点网络图和靶点-通路网络图,通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,利用AutoDock Tools对关键活性成分和核心靶点进行分子对接,验证网络药理学分析结果。通过口服生物利用度和类药性参数筛选出茵栀黄颗粒中的43个活性成分,肝纤维化相关靶点111个;GO功能富集分析得到生物过程条目346个,细胞组成条目32个,分子功能条目76个;KEGG通路富集分析筛选得到96条(P<0.05)信号通路,主要涉及PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎、丙型肝炎、TN...  相似文献   

3.
通过网络药理学的方法,研究三七-白及药对在疾病治疗过程中潜在的药理作用机制.采用TCMSP数据库筛选三七-白及药对的活性成分和作用靶点,并用Uniprot数据库校正靶点信息得到靶点基因,利用CTD数据库获得靶点基因相关的疾病类型,通过STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络,分析得到核心蛋白,运用DAVID数据库富集分析靶点基因参与的基因本体论(GO)生物学过程及京都基因与基因百科全书(KEGG)通路.共筛选得到17个活性成分,涉及193个作用靶点.结果表明:槲皮素、β-谷甾醇和豆甾醇的作用靶点数目最多;靶点基因与35类疾病相关,主要包括癌症、神经系统疾病、心血管疾病等;蛋白相互作用网络分析得到核心蛋白AKT1,MAPK1,c-Jun,P53,TNF等;靶点基因主要涉及药物反应,RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等91条GO生物学过程,KEGG通路显著富集到癌症通路、乙型肝炎等66条通路,与前述疾病分析结果相符.  相似文献   

4.
董朋峻  蔡彬 《山东科学》2023,(3):18-26+37
利用网络药理学与代谢组学探讨枳实-厚朴药对治疗慢传输型便秘(slow transit constipation, STC)的潜在作用机制。使用中药系统药理数据库与分析平台筛选枳实与厚朴的化学成分及作用靶点,通过GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库搜集STC的疾病预测靶点,运用维恩图获得成分与疾病的交集靶点,采用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,运用Cytoscape 3.8.0软件计算并筛选关键靶点,同时绘制中药-成分-靶点网络图,利用Metascape数据库对交集靶点进行GO(gene ontology)功能富集分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析。采用洛哌丁胺诱导法构建STC小鼠模型,给予枳实+厚朴灌胃给药后,对小鼠盲肠内容物进行基于气相色谱联合飞行时间质谱(GC/TOF-MS)的非靶向代谢组学检测,分析差异性代谢物。结果获得枳实-厚朴药对活性成分共24种,与STC疾病相关的交集靶点共106个,其中度值排名靠前的关键靶点包括AKT1、TNF、TP53、IL6、CASP3、JUN。...  相似文献   

5.
通过网络药理学技术预测葛根芩连汤治疗肺动脉高压的关键活性成分及其可能的作用靶点,探讨其作用机制.通过TCMSP平台收集葛根芩连汤中四味中药的活性成分及相关靶标,借助Genecards数据库获得肺动脉高压疾病基因,使用Cytoscape软件将药物靶点和疾病基因映射,并对交集靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析.运用AutoDock Vina软件将核心靶点与活性成分进行分子对接,并使用PyMol软件绘制图片.经TCMSP平台及相关文献得到146个活性成分,共获得112个葛根芩连汤治疗肺动脉高压的相关靶点,其中,GO富集分析功能结果显示参与的条目共160个(P<0.05),其中有115个条目参与了生物学过程(BP),有21个条目参与了细胞组成(CC),还有24个条目与分子功能(MF)有关.此外,KEGG通路富集分析结果显示有103条信号通路参与其中(P<0.05),主要参与的通路包括了HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3 K-Akt信号通路、Toll样受体信号通路等.通过网络药理学研究揭示了葛根芩连汤可通过多个靶点、多个信号通路来治疗肺动脉高压,且关键药效分子与核心靶点均能稳定结合,此研究为进一步探究其作用机制提供了理论基础.  相似文献   

6.
利用网络药理学和分子对接方法探究麻黄加术汤治疗类风湿关节炎的潜在作用机制。通过数据库检索、筛选得到麻黄加术汤主要活性成分及其作用靶点,通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选得到类风湿关节炎疾病靶点,使用STRING数据库和Cytoscape软件构建PPI(protein-protein interaction)网络;使用Metascape数据库对麻黄加术汤治疗类风湿关节炎的作用靶点进行GO(gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析;Cytoscape软件构建药物成分-靶点-通路网络;使用AutoDock软件对关键成分和靶点进行分子对接。结果筛选得到麻黄加术汤的潜在活性成分共131个,治疗类风湿关节炎的关键靶点133个,主要成分包括槲皮素、木犀草素、山奈酚等,关键靶点包括IL-6、TNF、TP53、STAT3等。GO和KEGG分析显示生物过程2 250条,细胞成分89条,分子功能152条,富集通路主要涉及AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路和TNF信号通路等。分子对接结果显示Phaseol和甘草酚与AKT1、PTGS2、MAPK1、MAPK8等关键靶点具有较好的结合活性。研究发现麻黄加术汤是通过多成分、多靶点、多通路的作用方式发挥治疗类风湿关节炎的作用,为类风湿关节炎的治疗提供了重要的科学信息。  相似文献   

7.
通过TCMSP数据库检索麻黄、桂枝中的活性成分以及对应的靶点蛋白,在GeneCards数据库中以“rheumatoid arthritis”为关键词检索类风湿性关节炎(RA)的相关靶点,将收集的2类靶点相互映射取交集后通过STRING平台构建PPI网络,利用Cytoscape软件进行可视化分析;借助David 6.8数据库,对交集靶点进行GO与KEGG富集分析;最后利用Schrodinger软件对核心靶点与关键活性成分进行分子对接验证。2类靶点映射得到交集靶点共134个,PPI分析得到核心靶点为AKT1、IL6、TP53、RELA和CCND1。GO与KEGG富集分析得到关键信号通路为TNF信号通路、Toll样受体信号通路和PI3K-Akt信号通路。分子对接结果显示槲皮素、木犀草素、二氢槲皮素与AKT1、IL6、TP53有较好的结合效果。研究推测麻黄-桂枝药对中的活性成分可能通过抑制炎性介质表达、抑制关节滑膜中树突细胞以及巨噬细胞过量增殖等途径来阻止RA病理发展进程。  相似文献   

8.
将网络药理学和分子对接技术相结合,旨在探析麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)邪热壅肺证的潜在药效物质,并预测其作用机制.首先利用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选麻杏石甘汤的主要活性成分及作用靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建"活性成分-靶点"网络并进行分析.借助Uniprot数据库和Genecards数据库分别获取靶蛋白基因名和疾病相关靶点,将二者的共同靶点上传STRING数据库构建蛋白质相互作用核心网络,筛选出核心靶标.通过DAVID 6.8数据库进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集分析和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析.最后利用分子对接软件将关键活性成分与潜在治疗COVID-19的作用靶点进行对接筛选.结果表明,麻杏石甘汤采用多种活性成分作用于多个靶点,通过炎症通路、抑制细胞因子风暴、免疫调节等多条途径,从而对新型冠状病毒肺炎发挥治疗作用.  相似文献   

9.
目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨槐花止血的作用靶点及信号通路,明确其疗效机制。方法:从TCMSP中检索出槐花的有效活性成分,收集其靶点;通过GeneCards数据库收集止血相关的疾病靶点,取与药物靶点重复的靶点作为关键靶点,使用Cytoscape软件构建“药物-有效成分-靶点”网络,利用String数据库构建蛋白互作网络,应用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析,最后利用分子对接技术初步验证。结果:最终获得6个槐花活性成分,68个交集基因。蛋白互作分析发现JUN、TNF和MAPK1止血的作用,GO功能富集得到407个条目,KEGG通路富集分析得到151条信号通路,且发现槐花止血主要通过TNF signaling pathway、Hepatitis B等信号通路进行调控。分子对接显示isorhamnetin、beta-sitosterol等成分与MAPK1、TNF和JUN等靶点有较强亲和能力。结论:槐花可能通过isorhamnetin、quercetin-3’-methyl ether等化学成分调控TNF signaling pathway等信号通路上的MA...  相似文献   

10.
通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选香连片的主要活性成分;通过TCMSP及Swiss Target Prediction数据库查找筛选其活性成分的对应靶点.收集有关细菌性痢疾相关疾病的靶点,映射至香连片活性成分靶点基因,构建活性成分-靶点网络及共同靶点蛋白相互作用网络(PPI).将共同靶基因进行GO功能富集与KEGG通路富集分析.从香连片中筛选出42个活性成分,19个与细菌性痢疾相关疾病的作用靶点;GO功能富集筛选得到生物学过程相关条目12条、分子功能相关条目5条及细胞组分相关条目6条;KEGG通路富集筛选得到8条相关通路,涉及钙信号通路、癌症通路、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路等.这表明香连片可能通过钙信号通路、癌症通路、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号等,对细胞增殖、凋亡、炎症反应等过程产生影响从而拥有抗细菌性痢疾相关疾病功能,此外预测中表明其作用还涉及多条癌症通路,可为其预防癌症研究提供一定依据.  相似文献   

11.
采用网络药理学与分子对接技术筛选乌梅清润茶防治咽喉疾病的主要活性成分并研究其作用机制.利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)及文献挖掘的方式筛选乌梅清润茶活性成分及作用靶点,与OMIM和GeneCards数据库筛选咽喉疾病靶基因取交集获取潜在作用靶点.采用Cytoscape(3.7.1)软件建立"化合物-靶点网络"并进行分析,使用String数据库构建蛋白互作网络(PPI)并分析,采用AutoDock Vina进行分子对接筛选关键活性成分,采用DAVID(6.8)数据库进行GO和KEGG富集分析作用机制.筛选得到94种活性成分,潜在靶点339个,结果提示乌梅清润茶防治咽喉疾病主要活性成分包括quercetin、ursolic acid、beta-sitosterol、fortunellin、aloe-emodin, naringenin、luteolin、ellagic acid等,作用于INS、AKT1、IL6、VEGFA、MAPK3、CASP3、EGFR、CXCL8等关键靶基因.GO功能富集分析得到GO条目720个(p0.05),KEGG通路富集筛选得到131条信号通路(p0.05),涉及TNF、HIF-1、Toll-like receptor、T cell receptor、NF-κB、FoxO、PI3K-Akt、NOD-like receptor、VEGF等信号通路.分子对接结果显示quercetin、luteolin、ursolic acid、beta-sitosterol、fortunellin、aloe-emodin等关键化合物与靶蛋白有较好的结合力.本研究采用网络药理学与分子对接技术分析了乌梅清润茶防治咽喉疾病的活性成分和作用机制,为后续实验研究提供了参考.  相似文献   

12.
目的:通过网络药理学方法分析鸦胆子作用于卵巢癌的潜在基因靶点及信号通路,探讨其治疗卵巢癌潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索出鸦胆子的有效成分并预测其潜在基因靶点,利用DRUGBANK、DisGeNET、OMIM等数据库检索出与卵巢癌相关的基因靶点,Cytoscape软件构建出成分-基因靶点-信号通路的网络关系图,应用DAVID及KEGG分析出鸦胆子治疗卵巢癌的潜在作用机制.结果:最终检索出鸦胆子有效成分12个,预测相关的基因靶点有124个;与卵巢癌作用机制有关的基因靶点有622个,其中二者有交集的关键基因靶点有33个;主要富集在mTOR、VEGF等14个信号通路,涉及细胞信号转导、基因表达调控及转录、翻译的调节等多个生物学过程.结论:应用生物信息学技术初步预测出鸦胆子治疗卵巢癌的潜在作用机制,为进一步深入研究提供了参考和依据.  相似文献   

13.
应用网络药理学与分子对接揭示“萆薢-菟丝子”药对治疗慢性前列腺炎的分子机制,为其临床应用提供新的理论依据及研究思路.从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获得“萆薢-菟丝子”药对主要活性成分,利用PubChem数据库以及SwissTargetPrediction平台数据库获取主要活性成分的药物靶点,由GeneCards数据库、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DisGeNET数据库中获得慢性前列腺炎疾病相关靶点,与先前获得的药物靶点进行交集,获得共有靶点.利用DAVID 2021在线数据库对共有靶点进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;应用STRING11.5在线数据库构建共有靶点蛋白互作网络(PPI)分析;最后通过Discovery Studio2019对靶点蛋白与关键化合物进行分子对接评价.共筛选出13个“萆薢-菟丝子”主要活性成分,包括Diosgenin薯蓣皂素、Sesamin芝麻素、NSC63551柱头甾醇、Isorhamnetin异鼠李素、beta-sitosterol β-谷甾醇等;药物靶点312个,与疾病...  相似文献   

14.
通过网络药理学的方法探究百合抗抑郁的作用机制.利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)等数据库,以生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为条件筛选百合活性成分及抗抑郁的靶点,构建成分-靶点、关键靶点蛋白网互作图、靶点基因GO富集及KEGG通路分析.结果表明,通过筛选获得7个符合标准的活性成分、85个与抑郁相关的靶点,GO富集分析得到17个生物学功能,KEGG通路分析得到11条显著富集的通路.百合通过多靶点、多通路、多成分发挥抗抑郁的作用,可能是通过胆碱能突触、神经活性配体-受体、p53信号通路、钙信号通路等信号通路发挥复杂的调节作用.  相似文献   

15.
本研究采用网络药理学方法分析厚朴-杏仁配伍治疗哮喘的潜在作用机制。通过BATMAN-TCM数据库检索厚朴、杏仁的中药化学成分及靶标信息,PALM-IST数据库搜索疾病靶标信息,string数据库构建靶标的蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape v3.5.1对药物靶标相互作用进行可视化分析,DAVID数据库和Cytoscape v3.5.1的ClueGO+CluePedia插件对药物关键靶标进行GO生物功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。共检索到厚朴-杏仁化合物51个,靶标435个,哮喘疾病相关靶标415个,进而分析得到药物治疗疾病关键靶标14个,包括肿瘤坏死因子、过氧化氢酶、白介素13、β2肾上腺素能受体等;GO基因功能分析主要涉及应激反应调控、先天性免疫反应调控、防御反应、急性炎症反应、刺激反应、凝血止血调节、自我内稳定、活性氧代谢过程等生物过程;KEGG分析主要参与NF-κB、IL-17、FcεRI、Toll受体及FoxO等信号通路。厚朴-杏仁能通过多个靶点、多种途径、多条通路对哮喘的气道慢性炎症、气道重塑和气道高反应起潜在治疗作用。  相似文献   

16.
借助网络药理学和分子对接技术,探讨智脑胶囊改善阿尔茨海默病的干预机制。通过TCMSP、TCMID等多个数据库寻找与智脑胶囊相关的化学成分及其作用靶点;利用GeneCard等数据库获取阿尔茨海默病的作用靶点;运用Venny2.1网站筛选出药物与疾病的交集靶点;使用STRING平台和Cytoscape软件进行拓扑分析得到智脑胶囊治疗阿尔茨海默病的核心作用靶点;采用Metaspace数据库对潜在核心作用靶点进行GO(gene ontology)及KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析;利用AutoDock软件使用分子对接验证活性化合物与核心靶点的结合能力。结果表明:在智脑胶囊中共筛选出44个活性成分和292个有效靶点,智脑胶囊与阿尔茨海默病共同靶点58个;蛋白质-蛋白质相互作用得出关键靶点包括AKT1、IL-6、TNF等;GO分析共包含1 419条,KEGG得到175条代谢通路,主要包括脂质与动脉硬化、TNF信号通路;分子对接显示关键成分与靶点具有良好的结合能力。研究表示智脑胶囊可能通过脂质与动脉硬化和TNF信号通路等途径来减轻...  相似文献   

17.
目的:探讨青蒿素治疗胰岛素抵抗(IR)和2型糖尿病(T2D)的潜在分子机制。方法:运用Swiss Target Prediction平台数据库、Pubchem数据库、UniProt数据库筛选出青蒿素的药物作用靶点基因,然后用GenCards、STRING、DAVID数据库和Cytoscape3.7.1软件对青蒿素进行网络药理学分析,然后将青蒿素与核心靶点用AutoDock4.5.6和AutoDock vina进行分子对接验证。结果:青蒿素-IR和青蒿素-T2D的共同靶点分别为2207个和3245个。青蒿素-IR共同靶点的PPI网络共包含节点46个、边140条。青蒿素-T2D共同靶点的PPI网络共包含节点47个、边143条。青蒿素-IR共同靶点共富集到GO功能条目185条,KEGG信号通路120条(P<0.05)。青蒿素-T2D共同靶点富集到GO功能条目178条,KEGG信号通路127条(P<0.05)。青蒿素治疗胰岛素抵抗可能是通过EGFR、HSP90AA1等核心靶点基因,作用于MAPK信号通路、癌症途径等多条关键信号通路来实现的;青蒿素治疗2型糖尿病可能是通过EGFR、C...  相似文献   

18.
运用网络药理学方法分析续断-桑寄生药对改善多囊卵巢综合征的主要活性成分、靶点和通路。通过中药系统药理学数据库与分析平台,获取续断、桑寄生的主要活性成分及潜在靶点,并利用Cytoscape软件构建中药-成分-靶点网络;依托Disgenet、OMIM数据库获得多囊卵巢综合征疾病靶点并进行合并,借助Venn在线工具获得药物和疾病的共同靶点;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;利用Metascape数据库对交集靶点进行京都基因和基因组百科全书通路(KEGG)富集分析及基因本体(GO)富集分析;采用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路网络;用分子对接技术验证靶点间结合的可靠性。结果表明,从续断-桑寄生药对中筛选得到174个靶点,其中交集于多囊卵巢综合征的80个共有靶点主要涉及癌症通路、丙型肝炎信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等多条信号通路。续断-桑寄生药对通过槲皮素、β-谷甾醇等活性物质形成多靶点、多通路调控网络,调节激素代谢,降低炎症细胞因子水平,从而达到系统改善多囊卵巢综合征的目的。  相似文献   

19.
本研究采用网络药理学方法分析厚朴-杏仁配伍治疗哮喘的潜在作用机制。通过BATMAN-TCM数据库检索厚朴、杏仁的中药化学成分及靶标信息,PALM-IST数据库搜索疾病靶标信息,string数据库构建靶标的蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape v3.5.1对药物靶标相互作用进行可视化分析,DAVID数据库和Cytoscape v3.5.1的ClueGO+CluePedia插件对药物关键靶标进行GO生物功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。共检索到厚朴-杏仁化合物51个,靶标435个,哮喘疾病相关靶标415个,进而分析得到药物治疗疾病关键靶标14个,包括肿瘤坏死因子、过氧化氢酶、白介素13、β2肾上腺素能受体等;GO基因功能分析主要涉及应激反应调控、先天性免疫反应调控、防御反应、急性炎症反应、刺激反应、凝血止血调节、自我内稳定、活性氧代谢过程等生物过程;KEGG分析主要参与NF-κB、IL-17、FcεRI、Toll受体及FoxO等信号通路。厚朴-杏仁能通过多个靶点、多种途径、多条通路对哮喘的气道慢性炎症、气道重塑和气道高反应起潜在治疗作用。  相似文献   

20.
通过网络药理学和分子对接方法探讨桑白皮治疗2型糖尿病的作用机制。运用中药系统药理学数据库与分析平台筛选桑白皮的活性成分及相应作用靶点,借助DrugBank、GeneCards和TTD数据库检索疾病靶点。活性成分靶点与疾病靶点取交集得到桑白皮作用于2型糖尿病的预测靶点,构建活性成分-潜在靶点网络图和关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)网络。将交集基因进行基因本体(gene ontology, GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析;最后应用AutoDock软件进行活性成分及关键靶点之间的分子对接验证。预测得到桑白皮活性成分25个,桑白皮与疾病的交集靶点126个。PPI网络发现AKT1、IL-6、TNF、VEGFA、TP53、CASP3等可能是桑白皮治疗2型糖尿病的关键靶点。GO富集分析涉及细胞因子信号转导通路、对脂质的反应和凋亡信号通路等生物过程。KEGG通路分析涉及糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、T...  相似文献   

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