系统生物学：走向整体论的生物学

从分子生物学到系统生物学实现了由还原论向整体论的转变。整体论的研究理念与方式开始渗透到生命科学研究的各个领域,并对整个生命科学的发展起着重要的推动作用。但整体论不可能是一种纯粹的整体论,而应该是兼容还原论的整体论。     

试论复杂性科学方法论对还原论的超越

复杂性科学方法论不是对还原论的简单否定,而是在还原论及其应用成果的基础上对还原论的超越和提升,不仅将还原论与整体论相统一,而且坚持整体与部分、多样性与统一性、开放性与封闭性、有序性与无序性、研究主体与研究客体的辩证统一;在科学研究中以复杂性科学方法论为指导,应遵循整体性原则、人本原则、两重性逻辑原则和综合性原则。     

大数据时代的还原论与整体论及其融合

还原论与整体论在历史上是两种对立的科学方法论,但随着大数据时代的来临,它们逐渐从对立走向融合。在大数据时代,还原论更多地从物理还原走向了数据还原,万事万物最终将由可被计算机处理的0和1两个最基本的数据比特所表征。而整体论则表现为海量数据的综合集成,它把数据碎片集成为整体,并从中发现科学规律。大数据将还原论与整体论融会贯通,数据化的过程就是碎片化的还原过程,而数据挖掘的过程就是数据集成的整合过程。数据还原与数据整合通过数据这一中介桥梁贯通在一起,它们相反相成而共同构成大数据时代的科学方法论体系,实现"致广大而尽精微"的人类理想。     

建构人文主义的科学--贝塔朗菲的永恒魅力

奥地利生物学家贝塔朗菲认为，在现代科学（特别是生物学和生命科学）发展中出现的诸多新趋势面前，近代经典科学观和还原论方法论模式受到极大的挑战。从贝氏创立一般系统论入手，分析了他批判还原论、主张整体论的方法论原则，进而分析了他针对经典科学提出的新理论新观点，最后表明贝氏科学观的最终目标是，建立开放的系统、实现人文主义的科学。     

还原论传统的盛行与隐匿

本文从还原论思想的起源及文化背景切入,分析了其自然观基础,进而论述了还原论传统在近代科学中确立的前提及修正式的发展路线,揭示了还原论传统在近代科学中的危机及整体论的出场。最后表明,以整体性和整体论为根本特征的系统科学的出现,事实上预示并践行着又一场深刻的科学革命。     

关于复杂性与简单性的学习、思考片断

关于简单性和复杂性的关系的几点思考，如还原论和反还原论（整体论），简单化和粗粒化，简单的美和复杂的美等。     

整体论视野中的技术生态化

工业革命以来，科学技术得到了迅猛的发展。它在给人类创造了巨大的物质财富的同时，也给人类带来了严重的生态危机。造成生态危机的深层原因是人们头脑中的还原论思想，这种思想使得人们在技术创新的过程中，将人、技术与自然绝对对立。而技术的生态化转向，则意味着人们的思维从还原论向系统整体论的转变。     

论复杂性研究

复杂性研究是21世纪科学关注的中心议题之一。复杂性是动力系统演化的固有属性。层次结构的形成及其转捩既是复杂性的表现，也是系统整体性质的实现形式。非线性非平衡系统是复杂性研究的难点所在。复杂性研究应以整体论为原则，整体论与还原论相结合，以多尺度建模和有效数值计算为手段，努力探求物质世界运动的根本规律。     

论超越还原论

对还原论和整体论两者各自的特点、本质与来源等进行了比较研究后，认为正确可行的态度是把两者有机结合起来，共同发挥作为基本方法论的重要作用。     

论现代科学向后现代科学观的两个转变

17世纪经启蒙运动而产生的现代科学以机构论和还原论为特征，其实质是外在联系观在科学上的表现，但在20世纪，由于对内在联系的强调，以相对论和量子力学为开端的现代科学，历经混沌运动和生物学革命，逐步凸现代科学观的两个转变，即从机械论转向有机论，从还原论转向整体论。以此为契机，后现代科学具有了从观念转变为现实的可能性。     

论中医理论中的系统整体性思想

中医理论中蕴含着丰富的系统整体性思想。它不同于西方分析还原论的研究方法,坚持用整体论去分析研究人体疾病：不仅强调人体各个组成部分之间和人体与自然环境之间的系统整体性,而且对疾病进行综合考察,辨证施治,立方用药,进行全身心调节,力求达到整体最佳的目标。中医是系统整体性科学。     

复杂性科学视角下的中医学研究

从复杂性科学的视角介入中医学研究,是解读中医的一条有效路径。中医学的概念、理论、思维方法、遣方用药、临床实践等在许多方面与复杂性科学不谋而合：人体是一个开放的复杂巨系统,中医的整体现和辨证论治体系就具有复杂性科学中系统论的一般特点。从复杂性科学才能探究出中医的核心价值所在。     

论软动力学的系统辩证思维特征

从哲学内涵上探讨了软动力学的方法论意义 ,并对软动力学理论模型及其核心概念中的辩证思维特征作了延伸性分析     

On Requisitely Holistic Understanding of Sustainable Development from Business Viewpoints

In the new millennium, and in its global economy, everybody will have to be very competitive and hence innovative. For this reason most humans, economies, and businesses must innovate our understanding of economics in all areas and levels of human activity. The new challenges require a thorough innovation of work, including a requisitely³ holistic consideration of sustainable development (SD). In our contribution we would like to shift attention from a principle-based moralizing about relations between the sustainable development and enterprises to a very practical issue: how to support a more requisitely holistic understanding of SD from business viewpoints. The most important or most frequent issues of a new understanding and implementation of SD include the following: SD requires holism, hence professional and political aspects in synergy, hence systems thinking; SD requires linking of different approaches to problem solving; businesses should no longer forget about SD; ISO, etc., standards are not holistic enough concepts to solve all SD problems; A more requisitely holistic methodology is needed for implementation of SD in business. We offer some new suggestions.     

复杂性科学视野中的还原论问题

还原论问题是哲学界及科学界激烈争论的问题,本文尝试沿着科学进路在特定视角下分析该问题.在把“不可还原“理解为“有新特性且此特性不可预知“的意义上,于复杂性科学视野中存在着一个考察还原论问题的标度阶梯:线性、非线性、不可计算性,每一个视角下都有其相应的可还原性和不可还原性.可见,复杂性科学进路中可还原与否是依赖于考察问题的视角的.     

复杂性研究与辩证唯物主义的运用和发展

复杂性研究用还原论与整体论统一的方法即系统方法探索复杂性，以辩证唯物主义为哲学基础。世界范围的复杂性研究的兴起和高涨，是辩证唯物主义运用和发展的大好时机。辩证唯物主义对复杂性研究的指导作用，有两种形式：一是间接的指导作用；二是直接的指导作用。复杂性科学对辩证唯物主义的推进是多方面的。如有，复杂性科学进一步论证了辩证唯物主义的世界观；复杂性科学进一步充实了辩证唯物主义运动观。     

论还原方法与还原论

还原论与还原方法既有联系又存在着质的差别。还原作为一种方法对科学研究来说是必要且有效的，但就对事物的认识而言一般来说并不充分；还原论则是对还原方法的认识功能不加限制地扩大所形成的一种哲学思想，主张运用还原方法我们能够对世界获得完美的认识，相应地各门学科间也能实现完美的统一。在对两者作出区分的基础上，进一步探讨了当前还原论所面临的种种挑战。     

Soft System Dynamics Methodology (SSDM): Combining Soft Systems Methodology (SSM) and System Dynamics (SD)

Soft System Dynamics Methodology (SSDM), a systemic methodology product of the combination of two widely used systems-based methodologies from two different systems thinking paradigms, Systems Dynamics (SD) and Soft Systems Methodology (SSM), is presented. The paper argues that by combining some of SD and SSM stages, within the intellectual framework proposed by SSDM, a methodology developed by one of the authors¹ much can be gained in a systemic intervention to tackle complex social problematic situations. A framework for comparing the ontological, epistemological and methodological principles of SD, SSM and SSDM is proposed and the synthesizing and dialectical role of SSDM is advanced. The 10 stages of SSDM are outlined and illustrated by an application on a small Peruvian company; and a set of conclusions and points for further research are discussed.     

Applications of systems dialectics to integrated development

Systems dialectics is conceived as the integration of two convergent and complementary lines of thinking; one, methodological, the other one, philosophical. The methodological approach attempts to understand the same system, or systems, from static, dynamic, and dialectical perspectives. Systems dynamics considers systems from the viewpoint of homeostasis or dynamic equilibria. Systems dialectics tries to explain mutation-sudden structural and functional change-in nature and society. The modern philosophical trend follows the line of dialectical idealism (Hegel); dialectical materialism (Engels, Marx); and the French scientific dialectics movement, which made a first attempt to synthesize both approaches. Systemic dialectics tries to understand these approaches from a global perspective, as complementary viewpoints. A practical application of systems dialectics would be to test in the real world its global viewpoints in order to transform conflicting situations by applying the new paradigm to the integrated development of individuals and groups.