双歧杆菌对慢性腹泻猕猴肠道微生物组的影响

本研究旨在结合高通量测序和平板计数实验探索含活性双歧杆菌(Bifidobacterium spp)的饲料对慢性腹泻猕猴(Macaca mulatta)肠道微生物多样性及其腹泻症状的影响.通过16S rRNA高通量测序对比分析添加双歧杆菌前后饲料的菌群组成，发现添加组双歧杆菌的相对丰度显著高于未添加组(P<0.05).向慢性腹泻猕猴投喂该饲料，一个月后收集粪便进行宏基因组测序，并与前期研究获得的未添加组慢性腹泻猕猴和健康猕猴的肠道宏基因组数据对比分析，发现添加组的肠道菌群中乳杆菌(Lactobacillus spp)相对丰度较未添加组显著上调(P<0.05)，与健康组无显著差异(P>0.05).最后对饲喂双歧杆菌后好转及持续腹泻猕猴的粪便进行乳杆菌平板计数实验.发现经饲喂，猕猴肠道中乳杆菌数量增加，验证了宏基因组测序分析的结果.     

高脂高糖饮食对巴马小型猪肠道菌群的影响

目的 探讨高脂高糖饮食8个月对巴马小型猪血脂和粪便中肠道菌群的影响。方法 将10头巴马小型猪随机分为对照组(n=3)和实验组(n=7),对照组小型猪正常喂养，实验组给予高脂高糖饮食。各组动物分别于实验前及实验8个月后进行空腹采血，检测三酰甘油、总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇、高密度脂蛋白胆固醇等血脂指标。实验8个月后无菌采集各动物粪便，采用16S rRNA测序技术检测肠道菌群组成。结果 高脂高糖饮食8个月后，实验组粪便中肠道菌群物种数量未见明显改变，厚壁菌门相对丰度增加，拟杆菌门和变形菌门丰度降低(P<0.05)。实验组小型猪体质量、三酰甘油、总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇水平均显著高于对照组(P<0.05)。结论 高脂高糖饮食可以增加巴马小型猪粪便中厚壁菌门相对丰度，降低拟杆菌门和变形菌门相对丰度，提示这些肠道菌群的失调可能参与调节了宿主高脂血症的发生。     

不同养殖环境下罗非鱼肠道微生物的比较分析

为了比较不同养殖环境下罗非鱼肠道菌群结构和相对丰度变化规律,选取稻田和池塘两种养殖环境下的罗非鱼为研究对象,定期测定实验期间的水质指标(溶氧、水温、pH值和氨氮),取养殖202d的罗非鱼,通过16SrRNA高通量测序检测其肠道微生物,并分析不同养殖环境下罗非鱼肠道菌群的变化规律。实验结果表明,养殖水质参数均在正常范围内,但不同养殖环境的水质参数存在差异,可能会导致罗非鱼肠道微生物的结构组成和多样性发生变化。在两种不同养殖环境下,梭杆菌门(Fusobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)3个菌群相对丰度均较高。蓝菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)物种丰富度存在显著性差异,其中蓝菌门在稻田组的罗非鱼肠道菌群中所占比例高于池塘组,而拟杆菌门和放线菌门在池塘组的罗非鱼肠道菌群中所占比例高于稻田组;在属水平下,Cetobacterium,Paeniclostrdium和Romboutsia等菌属在稻田组罗非鱼肠道菌群相对丰度较高,池塘组罗非鱼肠道菌群相对丰度较高的菌属为Cetobacterium,Enterovibrio和Plesiomonas等。不同养殖环境下,罗非鱼肠道微生物菌群分布及丰度有显著差异,该变化可为罗非鱼肠道微生物的研究提供基础数据。     

内源激活剂驱油藏内微生物菌群结构变化分析

油藏内源功能微生物的激活能有效提高采油效率。其中激活后功能微生物的群落变化分析及相关代谢基因丰度的变化对内源激活剂的筛选及激活机理研究具有重要的指导意义。本实验利用高通量测序技术准确分析了内源激活剂注入井（WJW199.1）和对照井（WJW202）中内源微生物（包括古菌和细菌）基于门、纲、属水平的种群多样性和群落结构。结果表明采出水中Thaumarchaeota门的古菌占主导,而丰度最高的细菌属于Proteobacteria门和 Firmicutes门。不管对于古菌还是细菌,注入井中的微生物多样性都远高于对照井,说明激活剂的添加有效激活了其中的内源微生物,提高了群落结构多样性。尤其是Pseudomonas,Arcobacter等具有产表活剂能力的功能微生物。同时,硫酸盐还原菌脱硫弧菌属等有害菌被抑制,丰度降低。表明从微生物种群变化的程度来看内源激活剂的注入降低了有害菌的丰度,激活了功能微生物,增强了整体微生物的驱油能力。     

我国西北某陆地油田采出水微生物群落结构

油藏中普遍栖息着多种微生物,其生长代谢可在多个层面影响油田开发过程,但有关微生物多样性及群落组成的认知仍十分有限.采用基于16S r RNA基因的高通量测序技术解析了我国西北地区某油田10口油井采出水中微生物多样性与群落结构.采出水中变形菌门为优势类群,其下属的γ-变形菌纲、α-变形菌纲、ε-变形菌纲在多数样品中的相对丰度较高,而β-变形菌纲相对丰度较低(≤3.2%).假单胞菌属(Pseudomonas)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和不动杆菌属(Acinetobacter)是相对优势的属,各采出井间微生物多样性与群落结构差别明显.共检出10个属的潜在硫化氢产生菌,硫酸盐还原菌的相对丰度低;硫磺单胞菌属(Sulfurospirillum)在所有样品中均存在,其相对丰度在0.02%～0.89%间波动,该类群在油田酸败中的作用有待研究.     

高通量测序分析小清河济南段微生物群落结构

利用高通量测序技术,对小清河济南段上、中、下游的水体和沉积物中微生物群落进行监测,分析不同河段微生物群落的特征以及环境因子相关性,筛选与氨氮降解相关的微生物群.结果表明:变形菌门、放线菌门、蓝藻门是丰度相对较高的三大类微生物群,睦里庄、辛丰庄断面的微生物群落与水体酸碱度及溶解氧呈正相关,与氨氮、总氮、生化需氧量及化学需...     

菌群感应AHLs分子对小鼠肠道菌群多样性影响的分析

目的 探讨菌群感应信号分子N-酰基高丝氨酸内酯(N-acyl homoserine lactones,AHLs)对小鼠肠道微生物菌群构成的影响,为感染状态下肠道微生态的紊乱补充理论依据。方法 3-oxo-C10-HSL分子经腹腔注射小鼠后,于24 h分别在小鼠十二指肠及空回肠部位用拭子涂抹法取样,并通过Illumina Hiseq 2500高通量测序平台对样品16S rDNA测序,并进行微生物菌群分类构成及多样性分析。结果 在实验小鼠肠道内共检出22个细菌门,109个细菌属;对照组和3-oxo-C10-HSL处理组小鼠肠道不同部位菌群均以厚壁菌门(>50%)和变形菌门(>20%)为主,但两组在属水平菌群构成有明显差异,对照组优势菌属依次为葡萄球菌、埃希氏-志贺菌、乳球菌、假单胞菌、肠球菌,3-oxo-C10-HSL处理组优势菌属主要为肠球菌、埃希氏-志贺菌、葡萄球菌;多样性和丰度分析提示3-oxo-C10-HSL处理组肠道菌群多样性均有提高,大肠埃希菌属等主要优势菌丰度显著上升,而且空回肠部位的菌落丰度最高。结论 AHLs对小鼠肠道菌群构成影响较小,而对菌群内部某些特定类群结构变化影响较明显。     

戊糖片球菌改善高脂饮食小鼠肠道菌群机制研究

为了探究具有降胆固醇能力的肠道微生物对高脂饮食引起的高胆固醇血症的作用,本研究从人体粪便中分离出具有高效降胆固醇能力且耐胃蛋白酶、胰蛋白酶、胆盐的肠道微生物．选取优势肠道微生物进行菌种鉴定后进行小鼠实验,测定小鼠的体质量、脏器系数、肝脏及粪便的胆固醇含量,研究其降胆固醇作用．实验筛选获得具有较强降胆固醇能力的肠道微生物P4,经鉴定为戊糖片球菌(Pediococcuspentosaceus),其能够抑制高脂饮食诱导的小鼠血清中胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)的升高,降低肝脏和粪便中的胆固醇及血清中的高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C),从而达到降血脂的目的．通过高通量测序实验分析了小鼠肠道的菌群组成,发现戊糖片球菌P4能够通过改善肠道微生物的组成和丰度降低小鼠肠道中厚壁菌门(Firmicutes)与拟杆菌门(Bacteroidetes)的比值,改善由小鼠高脂饮食引起的高胆固醇血症．因此,筛选出的戊糖片球菌P4对降胆固醇功能产品的研究开发具有重要意义.     

不同浓度茶多酚服用对小鼠肠道菌群的影响研究

目的 研究不同浓度的茶多酚对小鼠肠道菌群的影响。方法 选取24只C57BL/6小鼠,随机分为4组,对照组(CK,不添加茶多酚)、低剂量茶多酚组(LTP,饮水中添加0.4 g/L GTP)、中剂量茶多酚组(MTP,饮水中添加0.8 g/L GTP)、高剂量茶多酚组(TP,饮水中添加1.6 g/L GTP),4组均给予常规饲料,茶多酚饮水每天更换一次,连续14 d。经MiSeq 测序和生物信息学分析小鼠肠道微生物多样性。结果 高浓度茶多酚摄入可增加肠道菌群的多样性,中剂量组和高剂量组中乳酸杆菌的含量明显高于低剂量和对照组(p值=0.038),茶多酚对乳杆菌的增殖效果最为明显并且呈剂量依赖性。结论 茶多酚具有可以增加肠道微生物的多样性,增加益生菌的比例及改变菌群组成的功能。     

土壤熏蒸对三七连作土壤微生物群落的影响

用氯化苦熏蒸三七连作土壤,分析土壤微生物群落,并与林下健康三七种植土壤相比较,探究氯化苦熏蒸消减三七连作障碍的微生物学机理.结果表明：三七种植18个月后,试验组三七存活率为63.0%,而对照组三七存活率仅为2.0%.高通量测序与生信分析表明：与林下健康三七种植土壤相比,田间三七连作导致土壤微生物多样性降低(P<0.05),镰刀菌属(Fusarium)、癣囊腔菌属(Plectosphaerella)和链格孢属(Alternaria)等潜在病原菌群的相对丰度升高(P<0.05),伯克霍尔德菌属(Burkholderia)和慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)等潜在有益菌群的相对丰度降低(P<0.05).氯化苦熏蒸可有效降低三七连作土壤中病原菌群的相对丰度(P<0.05),调节微生物群落,显著提高连作三七存活率,是消减三七连作障碍,促进三七可持续栽培的有效措施.     

纳米氧化锌颗粒对滨海湿地微生物群落的影响

利用滨海湿地模拟系统研究纳米氧化锌颗粒(ZnO NPs)对滨海湿地周期淹水区和长期淹水区微生物群落组成和多样性的影响，采用16S rRNA扩增子测序查明发生显著性变化的微生物。结果表明：ZnO NPs暴露下微生物群落的相对丰度和多样性均受到不同程度的影响；ZnO NPs质量浓度的大小是驱动滨海湿地环境中微生物群落相对丰度、β多样性变化的重要原因。随着ZnO NPs质量浓度的增大，ZnO NPs团聚后增大的纳米材料颗粒粒径减弱了对微生物群落的影响；β多样性在ZnO NPs质量浓度为80 mg/L时最低；周期淹水区的微生物群落受到的影响比长期淹水区微生物群落受到的影响小，不同淹水条件导致出现不同分类水平的显著差异细菌；周期淹水区和长期淹水区不同的环境条件(如溶解氧、有机质)导致微生物群落丰度、多样性受ZnO NPs的影响表现不同。     

右旋柠檬烯对双酚A环境下荷MCF-7乳腺癌裸鼠粪便中生物多样性的影响

目的 观察右旋柠檬烯对荷MCF-7乳腺癌的裸鼠肠道微生物的影响。方法 30只裸鼠接种MCF-7后，随机分为5组，模型组(每天给予蒸馏水),双酚A+右旋柠檬烯低、中、高剂量组(80、160、320 mg/kg),双酚A组(1 mL/kg),每组6只；每天灌胃给药1次，连续6周，接取新鲜粪便，提取粪便基因组DNA,并进行PCR扩增，构建文库后上机测序，下机数据中拆分出各样本数据，经过严格的过滤处理得到高质量的Clean Tags,删除嵌合体序列后得到有效数据(effective tags)用于微生物多样性的分析。结果 接种肿瘤后细菌种类和丰度下降，右旋柠檬烯治疗后肠道菌群种类和丰度增加，肿瘤组在门水平上厚壁菌门与拟杆菌门比例接近，双酚A组和右旋柠檬烯组的拟杆菌门菌数量增加。在属水平上，与肿瘤对照组(H组)相比，双酚A及右旋柠檬烯组的乳杆菌显著下降，异戊酸杆菌属显著增加，狄氏副拟杆菌在肿瘤组和双酚A组显著下降，而喂食右旋柠檬烯后该菌增加。结论 右旋柠檬烯显著影响了乳腺癌裸鼠肠道菌群的数量和丰度，拟杆菌门和异戊酸杆菌是优势菌群。     

间歇性断食对小鼠肠道微生物组成的影响

以昆明小鼠为研究对象,对其进行14周的间歇性断食后,取小鼠盲肠容物进行肠道微生物组成分析,探究小鼠肠道微生物的变化.结果显示：经过14周间歇性断食,小鼠体重明显下降,结肠长度显著增加,同时小鼠肠道中微生物的物种多样性和丰富度降低,厚壁菌相对丰度增加,拟杆菌相对丰度减少. KEGG通路分析表明,间歇性断食可影响衰老的速度,改善循环系统功能,使代谢功能加强.该研究从肠道微生态的角度,为揭示间歇性断食对机体的影响机制提供了新的方向.     

不同摄入量小米对小鼠肠道菌群和短链脂肪酸的影响

摄入一定量杂粮可降低一些慢性代谢疾病的发病率,但目前杂粮摄入量没有统一的标准,尚不清楚杂粮摄入过多是否会对健康产生不良影响。以小米添加量为20%、40%、60%、80%的饲料喂养3周龄C57BL/6J小鼠,持续12周,采用自动血生化分析仪、16S rRNA高通量基因测序、气相色谱-质谱联用仪分析了不同摄入量小米对小鼠血脂水平、肠道菌群和粪便短链脂肪酸的影响。结果发现,80%摄入量的小米显著增加了小鼠血清的总胆固醇、高密度脂蛋白胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇的水平,同时增加了肠道丙酸、丁酸、异丁酸和戊酸的含量。肠道菌群分析结果表明,所有小米干预组的拟杆菌门(Bacteroidota)、Muribaculaceae的丰度上升,厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteriota)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)、双歧杆菌属 (Bifidobacterium)的丰度下降。摄入不同添加量小米的小鼠肠道菌群组成具有较大差异,其中20%小米摄入量组的小鼠菌群中显著富集了另枝菌属(Alistipes)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、肠杆菌属(Enterorhabdus),而80%摄入量小米显著降低了小鼠菌群中的粪杆菌属(Faecalibaculum)、布劳特氏菌属(Blautia)和罗氏菌属(Roseburia)的丰度。研究结果表明,20%摄入量的小米就能有效调节小鼠肠道菌群,而过高摄入量(80%)的小米使小鼠血脂水平升高,降低了肠道菌群的多样性和均匀度以及有益菌的丰度,所以要理性看待杂粮的营养价值,避免过量摄入。     

乳汁菌群对6月龄婴儿肠道菌群的影响初探

目的:基于16S rRNA测序技术初步探讨有菌乳汁对产后6月龄婴儿肠道菌群的影响。方法:本研究共纳入12例产妇及其婴儿,收集产妇产后6月乳汁及其6月龄婴儿粪便标本,根据产后6月乳汁有无菌群,将乳汁分为乳汁无菌组和乳汁有菌组,比较无菌乳汁和有菌乳汁喂养6月龄婴儿肠道菌群多样性与物种差异。结果:收集的12例产后6月乳汁样本中,7例乳汁样本中检测出菌群,乳汁样本中菌群检出率58.33%。有菌乳汁喂养的6月龄婴儿肠道菌群与无菌乳汁喂养6月龄婴儿肠道菌群α多样性和β多样性无显著性差异。有菌乳汁喂养的6月龄婴儿肠道中无害芽孢梭菌、未分类丹毒丝菌科、丹毒丝菌纲、丹毒丝菌目、丹毒丝菌科的相对丰度显著高于无菌乳汁喂养6月龄婴儿(P<0.05),无菌乳汁喂养婴儿肠道中乳酸菌科、乳酸菌属的相对丰度显著高于有菌乳汁喂养的婴儿(P<0.05)。结论:产后6月乳汁中可无菌群的存在,乳汁菌群的有无虽不能改变6月龄婴儿肠道菌群的多样性,但可改变6月龄婴儿肠道菌群的菌群结构。     

不同海拔区域内牦牛肠道菌群结构组成多样性研究

探索不同海拔牦牛肠道菌群结构组成,为不同海拔区域间牦牛的饲养交流提供帮助. 本研究随机采集海拔2 897~4 717 m的12头牦牛的新鲜粪便样本,用16s rDNA技术对样本宏基因组测定,比较分析高低海拔牦牛肠道菌群的OTU丰度差异,研究高低海拔区域的牦牛肠道微生物菌群结构组成. 结果显示,高海拔与低海拔地区牦牛肠道菌群在门、纲、目、科、属、种层面菌群结构组成不同. 高低海拔区域的牦牛肠道菌群有8个菌在属水平差异显著（P＜005）. 结果表明,高海拔与低海拔牦牛肠道菌群结构组成存在一定差异,低海拔地区牦牛肠道菌群OTU丰度比高海拔的更为丰富.     

骆驼肠道内3种含氮杂环化合物富集培养的微生物多样性

为研究骆驼(Camelus bactrianus)体内是否存在潜在的杂环化合物降解菌,采集3头骆驼肠道内容物,分别以吡啶、喹啉和吲哚3种含氮杂环化合物作为唯一碳源和氮源进行5代富集培养.通过高通量测序技术对肠道内容物和5代富集培养微生物进行了测序分析.结果显示:骆驼肠道中经过杂环化合物(吡啶、喹啉、吲哚)富集后,变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)5个门类在富集的微生物中丰度最高;骆驼肠道内吡啶富集的优势菌属于芽孢杆菌属(Bacillus)、鞘氨醇杆菌属(Sphingo-bacterium)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)和假单胞菌属(Pseudomonas),吲哚富集的优势菌属于芽孢杆菌属、棒状杆菌属(Corynebacterium)和赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus),而喹啉富集的优势菌以鞘氨醇杆菌属为主.骆驼肠道内容物原始样品经过吡啶、喹啉、吲哚富集5代后,优势菌群发生了较大的改变,这暗示骆驼肠道内存在具有降解吡啶、吲哚和喹啉潜能的微生物,且涉及这3种杂环化合物的降解菌群不同.     

雉科鸟类肠道微生物的多样性与功能及其对食性的适应

肠道菌群对动物的生命活动有着极其重要的影响.本研究利用高通量测序手段,对雉科(Phasianidae)鸟类粪便进行16S r RNA基因测序,并结合其自身的杂食性饮食结构,探究了雉科鸟类肠道菌群的情况,共得到189 860条有效序列并定义4 305个OTU(Operational Taxonomic Unit).结果发现雉科鸟类肠道菌群中变形菌门的相对丰度高于许多已知的其他鸟类.尽管食性相同,但雉科鸟类肠道菌群依然存在部分分化的现象,说明宿主系统发生地位对肠道菌群结构起到了重要的作用.不仅如此,更深入的宏基因组研究显示,雉科肠道菌群功能中,分解雉科摄入的有害物质的通路被富集,以此来确保雉科鸟类的正常生命活动.     

斑点福寿螺肠道菌群结构及功能研究

肠道微生物被认为是动物机体的共生体,在营养物质代谢、免疫调控等方面发挥重要作用.入侵生物斑点福寿螺(Pomacea maculata)严重威胁农业生产和生态系统功能.本研究利用高通量测序技术对11只雌、雄斑点福寿螺的肠道微生物多样性、结构和功能进行研究.结果表明,在门水平上,斑点福寿螺肠道内容物主要优势菌为变形菌门(P...     

氮添加与凋落物管理对华北落叶松人工林土壤真菌群落的短期影响

以阴山山地华北落叶松人工林为研究对象,开展氮添加和凋落物管理试验,利用高通量测序技术,研究不同措施对表层土壤(0～10 cm)真菌群落组成、多样性和功能的短期影响,并对二者交互作用进行探讨。结果表明:氮添加和凋落物管理显著增加子囊菌门相对丰度,降低担子菌门相对丰度。氮添加显著增加糙缘腺革菌属相对丰度,高氮最大,为10.15%;凋落物管理显著增加猪块菌属、马鞍菌属和被孢霉菌属相对丰度,均堆积最大,分别为11.03%、13.57%和6.36%。两种处理方式均显著提高土壤真菌Shannon指数和Simpson指数,分别高氮、搅拌最大,结果为6.41、5.77和0.96、0.94。氮添加和凋落物管理显著降低共生营养型真菌相对丰度。土壤pH和硝态氮含量是影响土壤真菌群落的主要因子。高氮搅拌土壤有效磷、速效钾、硝态氮含量以及真菌OTU(operational taxonomic units)数目、Alpha多样性指数、腐生营养型真菌相对丰度均最大,对促进凋落物分解,维持地力平衡具有重要作用。