ABEEMσπ-GB／SA方法计算6种氨基酸四肽溶剂化自由能

使用ABEEMσπ浮动电荷极化分子力场，在298 K ，NVT 系综下对5种构象的A la四肽水溶液进行了动力学模拟。计算了动力学平衡态下A la四肽中非氢原子的均方根偏差。结合广义玻恩模型（GB）计算了溶剂化自由能的极性部分，使用SA 方法计算了溶剂化自由能的非极性部分。溶剂化自由能的结果表明，A la四肽αR螺旋和β折叠构象容易在水溶液中存在。使用类似方法分别对Gly ，Leu ，Val ，Asn和Asp四肽的αL螺旋构象水溶液进行了动力学研究，计算了这5种四肽的溶剂化自由能。结果表明，A sp和A sn四肽亲水性较强，Leu、Val和Ala四肽疏水性较强，Gly 四肽居中，此结论与实际相符。该类研究为ABEEMσπ浮动电荷力场用于其他生物大分子体系奠定了很好的基础。     

人参多肽最低构象能计算分析

本文采用黄金分割法优化初始构象,运行ECEPP/2程序计算得到人参十四肽最低构象能为467.582KJ/mol;根据计算的原子坐标绘制的分子结构图表明最低构象能下的人参十四肽构象由β—折叠肽段及α—螺旋肽段构成.     

短链蝎毒素BmK38的1H-NMR谱峰归属、二级结构分析及溶液构象

BmK38是最近从东亚钳蝎（Buthus martensi Karsch，BmK）中分离纯化得到的一种短链蝎毒素．应用2D-NMR技术研究BmK38的溶液构象，通过分析其在水溶液中的DQF-COSY、TOCSY和NOESY等1^H—NMR谱，识别了BmK38全部40个氨基酸残基的自旋体系，并通过分析NOESY谱图中dαN、dNN、dβN的联系，完成了序列专一性谱峰归属，标定了全部主链质子和绝大部分侧链质子的化学位移．根据谱峰归属的结果和NMR数据分析了BmK38的二级结构组成并且计算出BmK38的溶液构象．结构计算的结果与前述二级结构的分析是一致的．结果表明，肽段Gln8-Arg17形成α螺旋，而肽段Gly22-Glu29以及Leu32-CYS39构成反平行的口折叠，属于典型的短链蝎毒素的折叠形式．通过与其他OUKTx短链蝎毒素的结构比较，讨论了BmK38的结构特异性以及结构功能的相互关系．     

丙氨酸三肽的稳定构象的探究

探究快速地获得丙氨酸三肽的稳定构象。利用Gaussian09程序包中的 H F/6-31G （d ，p ）方法得到丙氨酸三肽势能面。固定二面角φ2、ψ2的度数，改变二面角φ1、ψ1，计算了丙氨酸三肽不同结构的相对能量，这些结构的相对能量的图像趋势大致相同，可知两组二面角之间影响不大。使用丙氨酸二肽稳定构象所对应的骨架二面角的组合，获得丙氨酸三肽的初始构型，使用B3LYP/6-31G（d ，p）方法优化获得其稳定构象。这种方法可为多肽分子寻找稳定构象提供1种简单而快速的方法。     

丙氨酸甘氨酸混合三、四肽构象稳定性的快速预测

使用特殊氢方法预测丙氨酸甘氨酸混合三肽和四肽分子共111个构象的相对稳定性,并与B3LYP/6-31G^＊方法的相对能量比较,得到了满意的结果.在所有111个构象中,特殊氢方法相对能量与B3LYP/6-31G^＊方法相对能量偏差绝对值大于2.0 kcal/mol的只有3个,偏差在1.0～2.0 kcal/mol之间的有18个,其余均小于1.0 kcal/mol.本文结果表明特殊氢原子在决定多肽构象稳定性方面的内秉重要性.     

芝麻过敏原的生物信息学分析

通过DNAstar和IEDB等生物信息学软件对7种芝麻过敏原的生物学信息进行分析,采用多种方案对芝麻过敏原的抗原指数、亲水性、表面可及性、柔韧性等参数及其二级结构进行预测,并对预测的抗原表位综合分析．利用SWISS-MODEL进行同源建模并用拉氏图评价其结构稳定性．结果表明,7种芝麻过敏原蛋白均存在多个可能的抗原表位,采用同源建模的方式成功构建了芝麻过敏原蛋白的三级结构模型,拉氏图显示该模型的构象稳定．本研究为制备特异性抗体肽段和过敏原检测等提供了依据．     

KGD环七肽的分子设计及性质研究

通过化学合成方法合成线性长度七肽分子CKGDWDC,进而通过在(1,7)位形成二硫键构成共价闭合环状结构,最终形成KGD环七肽.结构计算结果显示,KGD环七肽中的KGD序列表现出功能构象,具有较强的抗血小板聚集活性,能够专一性识别与结合血小板膜上纤原受体,具有较强的抑制血栓形成的能力.KGD环七肽具有较强的实际应用价值和广阔的应用前景.     

丙氨酸-α-五肽构象稳定性的快速预测

定义了丙氨酸-α-多肽中的特殊氢原子,对构象中与特殊氢原子有关的主要非键作用进行分析,提出使用与特殊氢原子有关的主要非键作用预测多肽构象稳定性,并将之称为特殊氢方法.基于丙氨酸-α-二肽和三肽分子共12个构象,我们确定了与特殊氢原子有关的7个非键作用参数.利用特殊氢方法定量预测丙氨酸-α-五肽分子65个低能构象的相对稳定性,与B3LYP/6-31G^＊方法比较,得到了满意的结果.     

土壤湿度方程求解方法的比较

为了定量评估不同差分方案以及这些近似对模拟土壤湿度的影响,以三类代表性陆面模式中Richards方程离散化方法为例,针对四类均匀和非均匀土壤,在三种不同上边界条件下分别比较不同方法在模拟土壤湿度方面的差异,同时与满足土壤水分守恒并具有高精度的迭代方案结果作对比.结果显示:对于均匀土壤,各种离散化方法模拟的土壤湿度廓线基本一致;但对非均匀土壤,除一种方法外,其他两类方法的结果均与迭代差分方案存在差别.     

螺旋结构与旋光方向Ⅳ—联芳烃类分子的螺旋结构与旋光方向

以2,2',6,6'－四取代联苯为例,从理论上了联芳烃类分子的螺旋结构与旋光方向的关系,然后详细地分析了几个有代表性的联芳烃类分子的螺旋结构与旋光方向。结果表明这类分子的构象决定着其旋光方向;掇过来,分子的旋光方向亦指明了它们的构象。     

中国传统发酵食品中溶栓酶活性检测方法比较

通过正交实验设计建立最佳琼脂糖-纤维蛋白平板法,并比较改进的纤维蛋白平板法和四肽底物法测定中国传统发酵食品中溶栓酶的活力的线性和精密度,以找出一个灵敏易操作、经济实惠、快速准确地标示溶栓酶效价的活性检测方法。实验结果显示纤维蛋白平板法和四肽底物法分别在50～800IU.mL-1、0.03～2.60U.mL-1范围内具有良好的线性关系,且日间和日内变异系数均小于6%。因此,纤维蛋白平板法与四肽底物法均能用于溶栓酶的活性检测,前者测定结果比较直观,但四肽底物法操作比较简单,经济成本相对较低,灵敏度高,更适合溶栓菌株的高通量筛选。     

Zr53Cu18.7Ni12Al16.3过冷熔体的原子结构以及动力学性质的研究

本文采用第一性原理分子动力学方法,模拟了Zr53Cu18.7Ni12Al16.3过冷液体的原子结构,以及其对动力学性质的影响.通过对Al原子周围的偏对分布函数的分析,发现该过冷液体的原子结构可用以Al原子为中心的团簇来表征.这种局域结构稳定程度的空间不均匀性,导致了过冷液体的动力学在空间分布上的不均匀性,即出现速度较慢的原子.这种慢原子的出现,使得该过冷液体在过冷相区内发生动力学迟缓,从而抑制了晶化.     

The dead-end elimination theorem and its use in protein side-chain positioning

The prediction of a protein's tertiary structure is still a considerable problem because the huge amount of possible conformational space1 makes it computationally difficult. With regard to side-chain modelling, a solution has been attempted by the grouping of side-chain conformations into representative sets of rotamers2??. Nonetheless, an exhaustive combinatorial search is still limited to carefully indentified packing units?? containing a limited number of residues. For larger systems other strategies had to be developed, such as the Monte Carlo Procedure?? and the genetic algorithm and clustering approach?. Here we present a theorem, referred to as the 'dead-end elimination' theorem, which imposes a suitable condition to identify rotamers that cannot be members of the global minimum energy conformation. Application of this theorem effectively controls the computational explosion of the rotamer combinatorial problem, thereby allowing the determination of the global minimum energy conformation of a large collection of side chains.     

企业无边界、网络组织创新与产业集群治理

作为中间网络组织,产业集群具有独特的竞争优势,但也存在潜在的风险。由于产业集群的组织结构依赖于群内企业的性质及企业之间的联结与互动关系,则考察集群动态演化过程中企业自身的演化至为重要。通过缔造无边界企业以使集群的活动主体更具活力,进而提高集群组织的弹性和对外部环境变化的适应性,这是产业集群迎合新经济背景的组织创新内涵。当企业边界具有足够渗透性时,则利于避免合作中的机会主义并给予行为主体有效的激励,从而解决网络组织共同治理的无效率问题。     

Hedgehog regulates smoothened activity by inducing a conformational switch

Hedgehog (HH) morphogen is essential for metazoan development. The seven-transmembrane protein smoothened (SMO) transduces the HH signal across the plasma membrane, but how SMO is activated remains poorly understood. In Drosophila melanogaster, HH induces phosphorylation at multiple Ser/Thr residues in the SMO carboxy-terminal cytoplasmic tail, leading to its cell surface accumulation and activation. Here we provide evidence that phosphorylation activates SMO by inducing a conformational switch. This occurs by antagonizing multiple Arg clusters in the SMO cytoplasmic tail. The Arg clusters inhibit SMO by blocking its cell surface expression and keeping it in an inactive conformation that is maintained by intramolecular electrostatic interactions. HH-induced phosphorylation disrupts the interaction, and induces a conformational switch and dimerization of SMO cytoplasmic tails, which is essential for pathway activation. Increasing the number of mutations in the Arg clusters progressively activates SMO. Hence, by employing multiple Arg clusters as inhibitory elements counteracted by differential phosphorylation, SMO acts as a rheostat to translate graded HH signals into distinct responses.     

基于阈值的BIRCH算法改进与分析

平衡迭代规约层次聚类(balanced iterative reducing and clustering using hierarchies, BIRCH)算法是一个综合的层次聚类算法。但BIRCH算法为叶子节点中的簇设置统一的空间阈值,根据数据对象与簇之间的距离来决定数据对象的插入位置,从而忽略了簇与簇之间的关系;此外,算法在分裂节点时,选取距离最远的2个聚类特征作为子簇,其他聚类特征会根据与这2个聚类特征之间的距离关系分裂为另外的子簇,造成处于簇与簇之间的样本数据错误分类,这样会忽略聚类特征之间的关系。针对BIRCH算法的这2个问题,提出了基于阈值的自适应算法,用于解决原算法统一空间阈值的问题;并在针对聚类特征关系的问题上,结合朴素贝叶斯算法对原算法进行改进。对改进后BIRCH算法与传统的算法进行仿真实验。结果表明,改进算法在损失效率的情况下,聚类效果得到了明显的改善,并且与其他算法相比,所提算法具有不错的表现性,而且具有跨数据集的鲁棒性。     

金属钨中氦团簇扩散与形核特性的分子动力学研究

本文应用分子动力学方法模拟研究了氦团簇在金属钨中的扩散特性,得到了不同大小团簇的扩散系数,结果表明氦团簇越大,扩散越慢.氦团簇越大越容易激发出自间隙钨原子,且大的氦团簇只需要很低的钨基体温度即可激发.在金属钨中加入125个氦原子（氦浓度低于0.1%）,研究了氦团簇的形核特性.通过比较氦团簇、自间隙团簇和空位团簇3种缺陷的尺寸分布发现,氦团簇的尺寸在800 K达到最大值,其它两种缺陷尺寸随温度的增加而逐渐增大.     

基于EAST改进的任意方向场景文本检测

高效和准确的场景文本(efficient and accuracy scene text,EAST)检测算法速度快且结构简单,但是由于文本结构的特殊性,导致在检测中尺寸较小的文本会被遗漏,而较长的文本则完整性较差.针对EAST算法存在的问题提出一种新的自然场景文本检测模型.该方法利用自动架构搜索的特征金字塔网络(neural architecture search feature pyramid network,NAS-FPN)设计搜索空间,覆盖所有可能的跨尺度连接提取自然场景图像特征.针对输出层进行修改,一方面通过广义交并比(generalized intersection over union,GIOU)作为指标提升边界框的回归效果;另一方面通过对损失函数进行修改解决类别失衡问题.输出场景图像中任意方向的文本区域检测框.该方法在ICDAR2013和ICDAR2015数据集上都取得了较好的检测结果,与其他文本检测方法相比,检测效果也得到了明显提升.     

海藻酸钠溶液溶胶——凝胶相转变的温度效应与流变学研究

本文考察了０．０３ｇ／ｍｌ的海藻酸的溶液中加入ＣＯ２＋后体系的粘度与离子浓度和温度的关系,结果表明,体系在升温过程中存在着分子簇构型的转变,即由分子内交联形成的分子簇型向分子间交联形式的转变过程,这种转变不具有温度的可逆性．不同交联离子浓度下体系的剪切行为表明,在体系的表现粘度（ηα与剪切速率（γ）的幂次公式ηα～γｎ中,幂指数ｎ在－０．３１～－０．５８之间,并从分子链交叠和分子交联的角度对这一结果进行了定性的剖析．