基于序列拼接的基因组长插入变异集成检测方法研究

针对目前基于测序的结构变异检测方法检测效果较差的问题,提出了基于序列拼接的长插入变异（ISALins）检测方法。首先融合3种不同检测工具初始的检测结果,然后在初始的预测可疑断点附近分析和提取最可能包含插入信息的高质量软切片段,并比对失败的片段;将这些候选片段利用基于De Bruijn图的方法进行拼接后完成长插入变异的检测。仿真数据和真实数据的实验结果表明：与直接融合多个单一工具检测结果相比,本文方法可以在确保检测敏感度的前提下大幅提高长插入变异的检测精度。     

DNA序列拼接中重复序列屏蔽的一种新方法

针对序列拼接中的重复序列问题,提出了一种基于快速沃尔什变换的重复序列屏蔽方法．根据快速沃尔什变换的特点,快速给出重复序列所在的可能位置信息,从而快速识别重复序列且加以屏蔽．该方法不仅识别重复序列的错误率低而且大大降低了cPu运行时间,计算也简单易行,最后给出了模拟分析．     

弗朗西斯菌DNA序列破译

近期，包括英国国防部科学家在内的一个国际科研小组宣称：他们已经破译出了世界上最具传染性的细菌之一——弗朗西斯菌的完整DNA序列．基因测序工作的完成加速了对抗这种致命细菌疫苗的研究速度。     

地芽孢杆菌(Geobacillus)YHL的全基因组测序及序列分析

该文采用Illumina 高通量测序技术对地芽孢杆菌(Geobacillus sp. YHL)进行全基因组测序,使用Velet软件进行组装,利用Glimmer软件对菌株进行基因预测,得到的蛋白质通过与COG、KEGG等数据库进行比对来获得相应的注释信息.利用多种绘图工具对注释信息进行汇总及分析,获得了COG、KEGG等多种基础注释信息,对这些信息进行挖掘分析,研究结果发现:该菌株具有多种编码酶基因,包括糖苷水解酶、葡糖苷酶、木聚糖酶、淀粉酶、新普鲁兰酶、支链淀粉酶和脂肪酶,是一种嗜热的多酶编码菌,有一定的应用潜力.重点关注了在基因组中编码热应激蛋白基因,这些基因信息最终可以提供关于细菌的热适应机制的初步解释.     

基于序列图像的全景图像拼接

基于图像建模和绘制的虚拟环境构造是近年来虚拟现实技术研究的热点。其中基于序列图像的全景图像拼接技术研究是虚拟环境临场感的一个关键因素,文章以普通照相机拍摄的序列图像为基础,通过相邻两幅序列图像差值图像极值点的搜寻,可以快速提取两幅序列图像之间的重叠部分,并采用线性加权法使得缝合后的图像自然、逼真。最后给出了本算法在PC机拼接的效果图。     

麂属动物小麂线粒体DNA文库的建立和序列分析

通过建立麂属动物小麂线粒体DNA文库,鸟枪法测序,我们获得了小麂线粒体基因组全序列的初步信息,这也是国内有关哺乳动物线粒体基因组全序列的首次报道,与其他哺乳动物线粒体基因组全库列的比较研究发现：全长为16354bp的小麂线粒体基因组同样编码13种蛋白、2种rRNA和22种tRNA,除了用于调控线粒体DNA复制和转录的D-Loop区以外,小麂线粒体基因组各基因长度,位置与其他哺乳动物相似,其编码蛋白质区域的rRNA基因与基因他哺乳动物具有很高的同源性,D－Loop区长度和序列的差异是导致各种哺乳动物线粒体差异的主要原因。     

苏芸金芽孢杆菌与蜡状芽孢杆菌基因组DNA同源性及？…

用ＲＡＰＤ－ＰＣＲ扩增到６１个标准株,生产用菌株及２４个蜡状芽孢杆菌参比菌株的全ＤＮＡ的指纹图,通过计算多态性扩增片段的大小,利用ＮＴＳＹＳ软件进行聚类分析,蜡状芽孢杆菌菌株并未形成独立于苏芸金芽孢杆菌的聚群,这是近近缘种ＤＮＡ分子水平高度同源的新证据,６１个苏芸金牙孢杆菌的聚类结果表明,其ＤＮＡ指纹图与Ｈ－血清型有一定相关性,与引物０９５５－０３相比,引物０９４０－１２对苏芸金芽孢杆菌不同亚种及     

环状芽孢杆菌中具有强启动活性DNA片段的结构与功能分析

作者曾用启动子探针型载体ｐＳＵＰＶ１从环状芽孢杆菌Ｃ－２菌株（ＢａｃｉｌｌｕｓｃｉｒｃｕｌａｎｓＣ－２）中克隆到一个具有强启动功能的２．４ｋｂ片段ＢＣ６．对该片段作作的进一步缺夫分析表明,其３’端约０．７ｋｂ片段具有单独的基因启动子功能,序列分析表明ＢＣ６片段３′端有典型的原核生物的基因启动子结构,现有ＢＣ６的５’端的１．２ｋｂＸｈｉＩ片段的重组于ｐＢＲ３２２的ＥｃｏＲＩ位点,观察其对两侧具有不同     

基于可变长音素序列拼接单元的维吾尔语语音合成技术研究

文章采用了一种以可变长音素序列为拼接单元的维吾尔语语音合成系统的技术方案,阐述了维吾尔语的语言特点及语音合成中必须考虑的语音协同发音等现象,给出了语音库的设计思路及其句子、短语、词语、音节以及音素等多级语音库结构,以便直接从语音库中找到拼接单元,还考虑了怎样合成语音库中没有拼接单元的情况。该方法能更好地利用自然语流的原始信息,提升了系统合成语音效果的自然度。     

基于混合策略的de novo序列拼接算法构造

在对3种de novo(从头)序列拼接的基本策略进行分析的基础上,该文研究了混合策略序列拼接算法的构造过程,从而整合多个单一策略优点; 再利用形式化方法和形式化平台方面的优势,结合领域分析建模和产生式编程的方法,构造了2个基于OLC策略的算法(OLC_assembly_1,OLC_assembly_2)及1个基于DBG策略的算法(DBG_assembly),进一步组装出在(OLC+DBG)→OLC混合模式下的算法(简称ODO算法); 最后,从GenBank中选取了3个实验样本,从N50、Contigs number、Coverage等角度,比较了在3个单一策略下的算法和ODO构造算法的拼接结果,分析了coverage depth和k值的变化对拼接结果的影响.实验结果表明:该文实现的ODO算法比单一策略在序列拼接时所产生的结果在N50和Coverage等参数上均有一定的优势.     

基因组装配中存在重复序列叠加时重叠群计数的推广的Lander-Waterman定理

针对基因组组装算法理论进行了改进,该研究对于经典的Lander-Waterman定理在repeatcollapse存在的情况下进行了推广,对于判断基因组组装的contig的个数是否合理,组装质量是否可靠有重要的参考价值。     

De Novo Assembly Methods for Next Generation Sequencing Data

The recent breakthroughs in next-generation sequencing technologies, such as those of Roche 454,Illumina/Solexa, and ABI SOLID, have dramatically reduced the cost of producing short reads of the genome of new species. The huge volume of reads, along with short read length, high coverage, and sequencing errors, poses a great challenge to de novo genome assembly. However, the paired-end information provides a new solution to these problems. In this paper, we review and compare some current assembly tools, including Newbler, CAP3, Velvet,SOAPdenovo, AllPaths, Abyss, IDBA, PE-Assembly, and Telescoper. In general, we compare the seed extension and graph-based methods that use the overlap/lapout/consensus approach and the de Bruijn graph approach for assembly. At the end of the paper, we summarize these methods and discuss the future directions of genome assembly.     

数据+人工智能是材料基因工程的核心

 材料基因工程的工作模式,可大致总结为实验驱动、计算驱动和数据驱动3种。以\"数据+人工智能\"为标志的数据驱动模式围绕数据产生与数据处理展开,代表了材料基因工程的核心理念与发展方向。材料研究由\"试错法\"向科学第四范式的根本转变,将更快、更准、更省地获得成分-结构-工艺-性能间的关系。在数据密集型科学时代,快速获取大量材料数据的能力成为关键,而基于高通量实验与高通量计算的\"数据工厂\"是满足材料基因工程数据需求的重要平台。     

串行装配环境下最优装配序列的求解

为了使得基于装配与或图的装配序列寻优方法支持串行装配环境下的最优装配序列的求解,设计了从装配树列举装配序列的递归算法,并讨论了装配序列的评价问题.首先给出了串行装配环境下最优装配序列的求解思路,接着将装配树转换成表示装配任务优先关系的有向图,进而从有向图列举出所有可行的装配序列,最后讨论串行装配环境下装配序列的评价问题.文中给出的实例说明本文方法的可行性,本文的实验结果说明本文方法的可接受性.     

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Ａｓｅｍｂｌｙｓｅｑｕｅｎｃｅｐｌａｎｎｉｎｇｉｓｏｎｅｏｆｔｈｅｋｅｙｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓｆｏｒｐｒｏｄｕｃｔａｓｅｍｂｌｙａｕｔｏｍａｔｉｏｎ．Ｉｎｒｅｃｅｎｔｙｅａｒｓ,ｍｏｒｅａｎｄｍｏｒｅｒｅｓｅａｒｃｈｅｒｓｈａｖｅｐａｉｄｔｈｅｉｒ...     

硝氮对狐尾藻附着生物膜细菌群落的影响

为探讨关于沉水植物表面附着微生物群落对硝态氮的响应机制,以沉水植物狐尾藻为研究对象,利用扫描电镜、16S rRNA高通量测序以及PCR扩增技术,探究4种硝氮浓度(2 mg/L、8 mg/L、20 mg/L和40 mg/L)和对照条件下狐尾藻表面细菌群落特征及相关反硝化基因的变化规律。结果表明:硝氮对生物膜的生长具有促进作用,但降低了生物膜细菌α多样性;β_SOR多样性指数表明硝酸盐胁迫下细菌群落构建由物种更替主导;Proteobacteria、Planctomycetes、Cyanobacteria和Bacteroidetes是生物膜的优势门;与对照相比,硝氮刺激了反硝化细菌(Rhodobacter、Acinetobacter和Bacillu)的生长及反硝化基因(napG、nirS、cnorB、qnorB和nosZ)丰度的增加;网络分析表明生物膜微生物间存在复杂的相互作用。这些结果表明微生物反硝化作用在湿地硝酸盐去除中发挥着重要作用。     

古籍纸张表面微生物群落组成的初步研究

纸张表面的微生物直接或间接地影响古籍的保存和使用年限,全面认识纸表微生物的组成有助于古籍保护.本研究对手抄本《周本纪摘要》中的纸张表面菌斑处(stain组)和洁净处(clean组)共9处,以及环境空气进行了样品采集,并对样品进行了高通量测序,对测序结果进行了生物信息学分析.10个样品共得到高质量的细菌16S序列和真菌ITS序列共485 989条.序列数据分析表明,纸表真菌可以划分为650个OTU,分属6个门,细菌可以划分3 465个OTU,分属15个门,其中丰度最高的分别是细菌的糖多孢菌属(Saccharopolyspora)和真菌的曲霉属(Aspergillus).相比于clean组,stain组有显著多的糖多孢菌属和假诺卡氏菌属(Pseudonocardiaceae)细菌,以及显著多的牛肝菌目(Boletales)和爪甲团囊菌目(Onygenales)真菌.在聚类分析上,无论是细菌还是真菌部分,stain组和clean组的样品都能很好的分开,但在Alpha多样性指数上,组间差异趋势不显著.这些结果说明无论是否有菌斑,纸表微生物群落多样性程度是稳定的,但群落组成和结构有很大差异.