一种分子溶液构象搜寻方法

大多数化学和生物化学反应或过程是在溶液中进行的,分子溶液构象的研究具有重要意义[1,2].测定分子溶液构象的实验手段主要是核磁共振(ＮＭＲ),但ＮＭＲ方法受实验因素的限制,所测定的分子比较有限;即使由ＮＭＲ得到ＮＯＥ等实验数据,最后也必须借助分子模拟的方法才能将分子溶液构象的三维结构模建出来,因此分子模拟和理论计算方法在分子溶液构象研究中起重要作用.分子溶液构象模拟方法主要有分子动力学(ＭＤ)和ＭｏｎｔｅＣａｒｌｏ(ＭＣ)等方法,但这些方法均较为费时[3].为了克服这一缺点,结合系统构象搜寻和ＳＹＢＹＬ/ＳＯＬＶＥＮＴ溶…     

环化鸟苷酸构象的计算

环化鸟苷酸(Cyclic GMP)和环化腺苷酸(Cyclic AMP)在生物上具有同样的重要性。它们能影响着某些酶的活性,在代谢控制和调节功能上是重要的,所以,引起人们的很大注意,但应用分子轨道方法,对Cyclic GMP分子构象的研究,至今还未见到,为了了解它的结构和功能的关系和预言它在溶液中的构象,对它进行分子轨道的研究是值得的。本文应用改进的EHMO法(推广的休克尔方法)对Cyclic GMP分子的构象进行了计算。     

关于DNA中螺旋——卷曲构象转变动力学研究

本文以多参数指数组合模型,加以扩充,来描述DNA螺旋卷曲构象转变过程的唯象规律,得到了温度与DNA构象转变关系的通用方程,及动力学表达式和瞬时速率参数K(t)。 1.DNA构象转变率与温度的关系式如     

轴向扭转引起的DNA分子构象的屈曲

细胞中的DNA通常存在着超螺旋现象。这与这些高分子的结构受到的约束有关,例如环合、与蛋白体结合等。当一定的超螺旋数存在时,DNA的构象可能表现出两种反应:一种是超螺旋数转化为双螺旋扭转率的变化,但分子的空间构象不变;另一种则是DNA的空间构象发生显著变化。这些现象对于理解DNA在细胞中的组织及功能具有重大意义。     

聚合物链构象熵的蒙特卡罗模拟计算

本工作提出了一种聚合物链构象熵的蒙特卡罗模拟计算方法。在三维简单立方格子内计算了链长302以下的无规自避行走链的熵。在链长5～12时本方法得到的熵数值和直接计数构象数目得到的准确熵值完全符合。对星形链和支化链也进行了研究,并且和线型链作了比较。     

高分子尾形链构象分布的两种理论方法

当分子链的一端附着于某一固体壁时,就形成了尾形高分子构象,显然,它可以看成是高分子吸附的最简单的形式,除高分子吸附与解吸外,许多涉及表面和界面的高分子问题都与尾形链的构象有关,例如固体表面上的接枝聚合、嵌段共聚体的液晶层状结构、高分子表面活性剂在两相的分配、高分子对于胶体的稳定性、橡胶单点粘结力学等.然而,尾形链分子构象理论的研究相当薄弱,众所周知,高分子构象问题与随机行走问题有明显对应关系,由简单随机行走导出的理想高分子链构象的Gauss分布,已经是整个高分     

DNA空间构象的转換规律

通过DNA X光衍射的纤维与单晶研究,NMR的溶液研究,CD溶液中构象转变研究,以及各种半经典和量子力学的计算,已经确定了DNA的右旋、左旋及DNA双螺旋的多样性,并证实了左右旋之间的转变,使生物学获得突飞猛进的发展。但是所得到的DNA构象都是孤立静止的,对于DNA在活细胞中真实状态几乎一无所知,我们将已得到的     

构象固定的U>P衍生物的合成及其RNase A底物性质

在酶催化反应中,不仅存在底物诱导的酶构象变化,也存在酶诱导的底物构象变化,以达到二者最佳的结合,这称为“诱导吻合”(“induced fit”).Meadows等用2′-,3′-和5′-CMP为抑制剂,通过NMR研究了它们在和RNase A结合时碱基相对于核糖的取向,他们的结论是,2′-CMP采取syn构象,3′-和5′-CMP采取anti构象,2′-CMP和3′-CMP(5′-CMP)取向的不同,和磷酸结合的位置有关系,但作为RNase A的底物的C>P(或U>P),它们在和RNaseA结合时以何种构象为有利构象的问题还没有得到直接的说明.     

再生丝素蛋白在水溶液中构象转变的Cu(Ⅱ)离子效应

蚕丝由于其出色的材料性能, 引起人们对蚕丝基础及应用研究的广泛关注, 其中丝蛋白与金属离子的相互作用一直是人们研究的热点. 利用远紫外圆二色谱(circular dichroism, CD)方法研究了水溶液中金属离子Cu(Ⅱ)对蚕丝素蛋白构象的影响. 结果表明, 一定量Cu(Ⅱ)离子的引入有利于丝素蛋白分子链从无规卷曲向b-折叠构象的转变, 然而Cu(Ⅱ)离子的进一步增加反而会抑制β-折叠构象的形成. 同时研究结果还表明, Cu(Ⅱ)离子对丝素蛋白构象的影响遵循“成核依赖性”机理. 这一机理与存在于中枢神经系统中的朊蛋白在Cu(Ⅱ)离子诱导下的病变过程非常类似. 因此, 深入研究金属离子对丝素蛋白构象的影响不仅可以使我们对蚕吐丝过程能有更进一步的认识, 而且还可以将易于获得的稳定丝素蛋白作为模型蛋白, 为中枢神经系统疾病的研究提供帮助.     

翻译过程中mRNA的拓扑形态及其链构象分析

对mRNA发夹结构和单链结构的理论模型构建，以及基于对X射线晶体衍射和NMR实验数据的模拟研究显示，在翻译过程中，核糖体上mRNA解析叠后的单链拓扑形态，与mRNA本身的发夹结构密切相关，均呈现为不同程度的螺旋与卷曲相间的构象。通过包括翻译速度在内的调节作用，这种构象可能会影响到新生肽链的折叠。