应用微卫星标记对三个昆明小鼠封闭群的遗传学研究

目的检测和分析我国主要昆明小鼠群体的遗传背景、遗传多样性及其遗传分离情况,为建立标准化昆明小鼠种群及其遗传背景建立和监测提供基础资料。方法应用筛选获得的15个微卫星标记及其荧光标记-半自动基因分型技术,对我国国家啮齿类实验动物种子中心(北京种群)、国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心(上海种群)、国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心与上海第一生化制药厂的融合F1代(融合种群)昆明小鼠种群进行遗传检测和分析,评估各群体的遗传背景、遗传多样性、群体间的遗传关系及进行品系融合后的遗传学变化。结果3个昆明小鼠种群在15个微卫星位点共检测到92个等位基因,每位点2～13个,平均6.13个;平均期望杂合度为0.5721,表明昆明小鼠具有较好的遗传多样性。北京种群、上海种群、融合种群分别检测到61、63、51个等位基因,其在15个微卫星位点的平均期望杂合度分别为0.4923、0.5177、0.4550,表明上海种群的遗传多样性略大于北京种群,融合种群的遗传多样性低于北京和上海种群。从等位基因组成上看,上海种群与融合种群共有基因数最多(43个),表明其较小的遗传差异;而北京种群和上海种群(37个)、北京种群和融合种群(32个)的共有基因数均明显少于上海种群和融合种群间的共有基因,表明北京种群和上海种群及融合种群间较大的遗传差异。群体间遗传变异分析表明,上海种群和融合种群间的遗传分化程度很弱,其Fst值为0.0222,遗传距离为0.0279;北京种群和上海种群遗传分化为中等,其Fst值为0.1433,遗传距离为0.3881;北京种群与融合种群间有较大遗传分化程度,其Fst值为0.1667,遗传距离为0.4162;根据Nei遗传距离进行UPGMA系统聚类表明上海种群和融合种群先聚为一类,再与北京种群聚为一类。结论利用15个微卫星标记,初步确定了3个昆明小鼠群体的遗传背景,从分子水平表明不同生产单位的昆明小鼠种群间具有中等或较大的遗传分化程度,种群融合过程中应采取适当措施避免封闭群遗传基因的丢失从而造成遗传多样性减少,研究结果为建立标准化昆明小鼠种群及其遗传背景建立和监测提供了基础资料。     

Hartley 豚鼠生物净化群体建立及微卫星遗传质量分析

摘要:目的 对现有 Hartley 豚鼠种群进行剖腹产净化,通过遗传检测,确认净化后的种群符合封闭群遗传特征。方法 生产群中不同繁殖单元广泛选择雌、雄个体,按 1 ∶ 1 比例合笼交配,于合笼后 70 d 实施剖腹产手术,仔鼠人工乳饲喂。 用循环交配法繁殖一代,从 F1 代中选取 30 个个体采集耳部组织样本,提取 DNA,应用 18 个豚鼠基因组微卫星位点进行 遗 传 检 测。 结 果 剖 腹 产 共 获 得 85 只 仔 鼠,成 活 56 只,离 乳 47 只 ( 23 雄、24 雌) ,成 活 率65. 9% ,离乳率 83. 9 % ;18 个豚鼠微卫星位点共检测到 81 个等位基因,平均杂合度 0. 5747,平均多态信息含量( PIC)0. 5216。 Hardy-Weinberg 遗传平衡检测,14 个位点符合 H-W 遗传平衡,3 个位点显著偏离 H-W 遗传平衡,1个位点呈现纯合状态。 结论 通过剖腹产对豚鼠种群进行了净化,净化后的群体具备较理想杂合度,属高度多态性群体,符合封闭群实验动物遗传特征。     

五个昆明小鼠封闭群遗传生化位点比较研究

目的为了进行昆明小鼠标准化研究,探讨了不同种群遗传生化位点的差异.方法随机选取北京生物制品研究所、长春生物制品研究所、华北药厂、中国医学科学院实验动物研究所和中国药品生物制品检定所昆明小鼠各40只(雌雄各半),测定Es3等十三个生化位点的基因型分布.结果各群在AKP1、Es1和Trf位点均为一个表现型,即b型;北京生物制品研究所、长春生物制品研究所和华北药厂的Ce2为单一的a型;Es3位点除北京生物制品研究所和长春生物制品研究所外,均无a型、ac和ab型;中国医学科学院实验动物研究所种群还在Hbb(s)和Idh1(a)位点只有一种表现型.各封闭群的基因频率在多数位点上处于平衡状态,遗传距离计算的结果表明,基因分布与种群的来源有密切关系.结论不同昆明小鼠种群之间存在差异,需要进一步标准化.     

应用微卫星DNA标记对广西食蟹猴的遗传学研究

目的 对广西食蟹猴不同生产繁殖群进行遗传检测,分析广西不同繁殖群食蟹猴的遗传背景,为建立广西食蟹猴遗传质量检测方法和种群资源库提供基础资料。方法 应用20个微卫星基因位点和毛细管电泳技术对广西3个不同生产群食蟹猴进行遗传检测,并计算群体内和群体间的遗传变异参数。结果 共检测到等位基因237个,其观察等位基因数(Na)为5～19个,平均11.85个;平均期望杂合度(He)为0.85;平均多态信息含量(PIC)为0.817。3个不同生产群(F、N和W)分别检测到等位基因158、158和173个,平均期望杂合度(He)分别为0.8371、0.8318和0.8642;平均多态信息含量(PIC)分别为0.7692、0.7653和0.8001,3个不同生产群存在较高的遗传多态性。3个生产群Hardy-Weinberg平衡检验多数位点处于H-W平衡。群内近交系数Fis均值为0.0235,总群体近交系数Fit均值为0.0628,遗传分化系数Fst均值为0.0402,基因流Nm均值为5.9616,表明3个生产群基本处于随机交配状态,群体间遗传分化很小。3个生产群遗传距离为0.2556～0.3223,遗传相似度为0.7245～0.7745,聚类分析显示F群体和N群体先聚为一类,再和W群体聚为一类,符合3个繁殖猴场各自关联引种历史特征。结论 本研究有效分析了广西食蟹猴的遗传多态性和群体间的遗传关系,所选的20个微卫星基因位点可用于食蟹猴遗传质量检测。     

封闭群长爪沙鼠遗传标准的建立

目的 建立封闭群长爪沙鼠遗传质量标准和遗传质量检测方法。方法根据群体遗传学理论,参照实验动物哺乳类实验动物的遗传质量控制（GBl4923—2001）,在查阅大量文献资料的基础上,建立封闭群长爪沙鼠遗传标准。检测方法采用微卫星标记分析技术。从GeneBank中挑选出的536个小鼠微卫星位点对长爪沙鼠基因组DNA进行PCR扩增得到135个长爪沙鼠微卫星,并优化PCR扩增条件,通过琼脂糖电泳和STR扫描二级筛选,根据位点在染色体分布情况、等位基因数目和多态性等优化出适于封闭群长爪沙鼠遗传检测的微卫星位点组合,建立检测方法。结果初步建立了封闭群长爪沙鼠遗传质量标准和检测方法。     

2017—2019 年 CD ( SD)大鼠 240 个 SNP 位点遗传检测结果分析

摘要:目的 2017—2019 年北京维通利华实验动物技术有限公司(以下简称,维通利华) 连续三年参与美国 CharlesRiver Laboratories( CRL)对全球各地设施 CD( SD)大鼠生产群的遗传检测,以评估种群的遗传稳定性、杂交系数及各设施间种群的差异。 方法 从大鼠耳部样品中提取 DNA,使用荧光标记法检测 240 个单核苷酸多态性( SNP ) 基因位点,通过 GenA1Ex6. 5 软件统计分析得到位点多态性( P) 、观测杂合度( Ho ) 、期望杂合度( HE ) 、近交系数( F)和遗传分化系数( FST )等。 结果 位点多态性比例分别为 73. 6% ,76. 9% 和 74. 2% ,遗传具有多样性且保持稳定;杂交系数分别为-0. 02、-0. 06 和-0. 07,符合随机交配特性;遗传分化系数( FST ) 在 0. 05 上下波动。 结论 维通利华的 CD( SD)大鼠种群保持稳定的遗传多样性,符合随机交配方式繁殖,与 CRL 美国基础种群呈低至中等程度的遗传分化,定期的引种措施为保持种群的杂交性和稳定性发挥重要作用。     

封闭群实验用小型猪遗传标准的建立

目的建立封闭群实验用小型猪遗传质量标准和遗传质量检测方法。方法根据群体遗传学理论。参照实 验动物哺乳类实验动物的遗传质量控制(GB 14923-2001),在查阅大量文献资料的基础上,建立封闭群实验用小型 猪遗传标准。检测方法采用微卫星标记分析技术。从GeneBank中挑选出的100个猪微卫星位点进行PCR扩增和 条件优化,通过琼脂糖电泳、聚丙烯酰胺电泳和STR扫描三级筛选．根据位点在染色体分布情况和等位基因数目、 多态性等优化出适于封闭群实验用小型猪遗传检测的微卫星位点组合,建立检测方法。结果初步建立了封闭群 实验用小型猪遗传质量标准和检测方法。     

舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用8个微卫星多态标记分析舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体共90个体的遗传多样性。结果显示,8个微卫星位点共检测到等位基因64个,各位点等位基因数(A)范围为5~10个,观测杂合度(Ho)的平均值为0.9111,期望杂合度(He)的平均值为0.8108,多态信息含量(PIC)平均值为0.7800,表明所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性。群体的遗传多样性分析结果显示,3个群体的平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.891 7、0.900 0、0.941 7和0.738 4、0.743 2、0.821 3,Shannon多样性指数分别为1.467 0、1.449 0、1.800 9,表明3个群体的遗传多样性处于较高水平。HardyWeinberg平衡检验发现只有LYC0015和LYC0009位点处于平衡状态(PHW0.05),其余6个位点都不同程度地偏离了平衡。3个群体的聚类分析表明,岱山和朱家尖西岙网箱2个养殖群体亲缘关系较近,而与舟山市水产所耐低温F2代群体亲缘关系较远。     

黑龙江省实验小鼠、大鼠遗传学质量调查

目的根据最新颁布的国家标准,对黑龙江省的实验小鼠、大鼠的遗传学质量进行调查。方法参照国家标准《实验动物近交系小鼠、大鼠生化标记检测方法》GB/T 14927.1-2008,应用乙酸纤维素板,对来自4个单位的BALB/c和C57BL/6实验小鼠及3个单位的SD和Wistar实验大鼠进行生化标记位点的检测。结果被检的BALB/c小鼠和大鼠中均存在杂合。结论大鼠符合封闭群遗传概貌,但近交系小鼠出现了遗传漂变。     

近交系小鼠8个遗传生化标记杂合位点的研究

目的为了更加准确有效地监测近交系小鼠的遗传质量,对近交系小鼠的8个遗传生化标记杂合位点进行 研究。方法将近交系小鼠CBA／Ca与BALB／c交配得到杂交Fl代动物CCBFI,同时将近交系小鼠CBA／Ca与 C57BL／6交配得到杂交Fl代动物B6CBFI,对CCBFI和BbCBFI进行遗传生化标记检测。结果找到近交系小鼠 8个遗传生化标记的杂合位点。结论近交系小鼠的8个遗传生化标记位点相对应的等位基因均为共显性。杂合 位点的图谱可以作为监测近交系小鼠质量的判定标准。     

封闭群比格犬微卫星的筛选及初步应用

摘要:目的 筛选可用于比格犬遗传检测的微卫星位点,并对小型比格犬群体进行了遗传结构分析。 方法 选取来自文献的微卫星位点 120 个,包括比格犬位点 23 个和其他犬类遗传检测的位点 97 个。 用 DNA 池对这些位点进行 PCR 条件优化后,挑选扩增效果优良的位点对常用比格犬群体进行荧光标记 STR 扫描和群体遗传结构分析,依据期望杂合度( He)和香农指数挑选符合要求微卫星位点计算群体遗传参数。 结果 在候选的 120 个位点中共有73 个位点扩增效果优良,STR 扫描后选用 49 个位点进行遗传分析,结果显示该群体有效等位基因数、期望杂合度、平均杂合度、香农指数、多态性信息含量分别为 4. 9230、0. 7574、0. 7375、1. 6625、0. 7038,证明该群体遗传多态信息丰富,群体遗传多样性高。 结论 所选 49 个微卫星位点可用于比格犬遗传检测,这些位点还需用更多群体进行验证和优化。     

辽宁汉族人群6个短串联重复序列基因座的遗传多态性

利用多重PCR和4色荧光(5-FAM,JOE,NED和ROX)自动化检测技术调查辽宁地区汉族人群CSF1PO,THO1,D16S539,2S1338,D19S433和TPOX等6个STR基因座多态性分布并计算该6个基因座的基因频率(Pi)、个体识别率(DP)、无偏倚期望杂合度(H)、多态性信息含量(PIC)和非父排除率(PE)．结果显示,6个STR基因座的基因型分布符合Hardy—Weinberg定律．6个STR基因座累积个体识别率(CDP)为0．99999948,累积非父排除率(CPE)为0．98927．6个STR基因座适合作为中国人群的遗传标记,用于人类学、遗传疾病基因连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等研究领域．     

东北三省汉族人群的遗传特征及族源推断研究

为研究东北三省汉族人群17个常染色体STR基因座的遗传多态性,在获得书面知情同意的基础上,研究抽取了东北三省汉族人群中无直接亲缘关系的326份血样卡,其中,辽宁省63份,吉林省107份,黑龙江省156份。使用PowerPlex@21 System荧光扩增试剂盒对17个STR基因座进行基因分型,再利用Modified-Powerstates软件计算其法医学参数。经分析得出,在17个基因座中,13个基因座的个体识别能力及遗传多态性较高,其中D18S51、FGA和PENTA_E 3个基因座尤为突出;剩余4个基因座中,D3S1358和CSF1PO中等,TH01和TPOX较低。同时对东北三省汉族人群和其他14个人群进行族源推断,通过对等位基因频率进行主成分分析、遗传距离计算、多维尺度分析,研究发现14个人群中的所有汉族、云南白族、云南彝族、云南纳西族和韩国均与东北三省汉族的人群之间具有较近的遗传距离,而剩余人群则与目标人群距离较远。     

MHC单倍体型无特定病原体鸭的培育

目的 培育MHC单倍型无特定病原体单倍型鸭。方法 以国家禽类实验动物种子中心培育并保存的无特定病原体(SPF)麻鸭为基础,根据位于主要组织相容性复合体(MHC)核心区域的鸭抗原处理相关转运体分子(TAP)双拷贝基因(Tap1和Tap2)的多态性,分别利用Tap1基因组短串联重复序列(STR)、TAP2的肽结合区序列以及Tap2全基因组序列的基因型分型,连续选育主要组织相容性复合体(MHC)单倍型SPF鸭。结果 F0代和F1代鸭的STR结果完全一致;F2和F3代鸭的Tap1和Tap2基因组序列完全纯合。连续6个世代的Tap2基因组序列分析,B3群鸭有2个位点发生突变,B1、B2和B4遗传学稳定。结论 成功建立了4个MHC单倍体型SPF鸭群B1、B2、B3和B4,为深入开展鸭的免疫遗传学研究提供了实验动物支撑条件。     

玫瑰冠鸡资源群的微卫星多态性分析

利用8个微卫星DNA标记分析了玫瑰冠鸡(50只)及其杂交鸡(40只)的群体遗传变异。计算了各群体在各位点上的等位基因频率,并据此计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和有效等位基因数。结果表明:2个鸡群在8个微卫星座位上的基因频率存在明显的差异。所选的8个微卫星座位均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡群体遗传多样性的分析。     

应用微卫星标记对海南和广西恒河猴遗传多样性的研究

目的研究微卫星DNA多态性在海南和广西恒河猴遗传多样性中的应用。方法利用11个微卫星位点,对来自这两个地区的恒河猴进行了遗传检测,并通过POPGEN32软件计算各个微卫星座位的等位基因频率、有效等位基因数目(Ne)、多态信息含量(PIC)和遗传杂合度(H)。结果所选择的11个微卫星位点均存在高度的遗传多态性,H为0.6848~0.8785;PIC为0.5826~0.8345;Ne为3.0000~7.1553。以11个微卫星标记为测度,广西恒河猴的Ne、PIC和H的平均值均高于海南猴,分别为4.2583、0.7090、0.7706(广西恒河猴)和4.2054、0.7025、0.7656(海南恒河猴)。结论这种差别可能与地域来源有关。这些研究为微卫星标记分析恒河猴遗传多样性提供理论基础。     

中国江苏地区汉人群五个高多态性短串联重复序列(STR)基因座基因频率分布调查

为选择有较好基因频率分布的短串联重复序列遗传标记,对中国江苏地区随机汉族人群的D5S818、D19S253、D12S391、D2S1338和D22S684 5个微卫星基因座进行了基因频率分布调查,并评估它们作为法医遗传标记在中国江苏地区汉族群体中的效能.采用Chelex-100法从中国江苏地区无血缘关系汉族个体的血样本105份中提取DNA,特异引物聚合酶链反应,产物经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,银染检测.这5个STR基因座在中国江苏地区汉人群均显具有高度遗传多态性并符合Hardy-Weinberg定律,它们的个人识别率(DP)范围从D5S818的0.892 8到D2S1338的0.952 7,非父排除率(PE)范围从D5S818的0.538 5到D2S1338的0.690 7不等.5个基因座的联合DP值和联合PE分别为0.999 997和0.991 8.在D22S684基因座,首次在汉人群报道的等位基因频率分布与英国Caucasian,Afro-Caribbean和Asian from the Indian 3个人群相比较,卡方检验有显著差异(P《0.005).为常规应用这8个STR遗传标记在中国江苏地区汉人群中进行亲子鉴定和个人识别提供了概率计算依据和群体遗传学数据.     

用基因扫描技术对新疆维吾尔族4个STR位点遗传多态性的分析

研究了新疆维吾尔族群体4个STR基因位点D5S18、D13S317、D7S820和D16S539的基因及基因型分布,获得4个基因库的群体贵传学数据。采用PCR扩增技术和基因扫描技术进行群体样本STR遗传结构分析,并与其他种族、人群的等位基因频率进行比较。结果表明,4个基因位点在新疆维吾尔族人群中均具有遗传多态性,4个基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律（P＞0．05）,不同人群基因频率分布存在一定的差异。