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1.
为了研究黄芪中活性成分治疗阿尔兹海默病的作用机制,采用网络药理学与分子对接模拟方法,利用相关数据库确定疾病靶点,构建靶点相互作用和药物-成分-靶蛋白-疾病网络,在DAVID数据库进行基因本体富集分析和京都基因与基因组百科全书数据库通路富集分析,并对靶点进行分子对接模拟验证。结果表明:筛选到20种黄芪抗阿尔兹海默病的活性成分,其中槲皮素、山奈酚、异鼠李素、刺芒柄花素、 7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇为关键成分;筛选出118个交集靶点,含6个关键靶点,各靶点富集于炎症反应细胞凋亡等生物过程;分析得到180条信号通路,作用机制主要与TNF、 PI3K-Akt、 IL-17等通路相关。  相似文献   

2.
基于生物信息学、网络药理学和分子对接技术探讨降糖甲颗粒(JTJ)治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。通过TCMSP、Uniprot数据库、swisstarget和SEA数据库筛选降糖甲颗粒的活性化合物和作用靶点,从GEO数据库获取T2DM患者组胰岛样本和非T2DM患者组胰岛样本数据,利用R语言limma包筛选差异表达基因,二者取交集得到JTJ-T2DM共有靶点。通过Cytoscape3.9.1绘制JTJ-T2DM-靶点网络图,利用STRING数据库、Cytoscape3.9.1的cytoHubb插件制作JTJ-T2DM共有靶点的PPI网络图并获取关键靶点(Hubs)。利用DAVID平台对JTJ-T2DM共有靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,对共有靶点有差异表达并进行ROC分析,最后通过DS BIOVIA软件进行分子对接验证。结果显示,最终获得41个JTJ活性化合物,909个药物作用靶点,2952个T2DM靶点,JTJ-T2DM交集靶点160个,Hubs 12个;GO及KEGG富集分析结果显示,JTJ主要参与细胞凋亡等过程,调控MAPK及AGE-RAGE等信号通路而治疗T...  相似文献   

3.
目的 通过网络药理学方法探究黄芩治疗主动脉夹层(AD)的作用机制及其调控的mRNA-miRNA-lncRNA网络构建.方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)挖掘黄芩活性成分及预测靶点,通过挖掘GEO数据库,使用GEO2R分析筛选AD差异表达的mRNAs,运用StarBase v2.0、miRTarBase、Mircode在线分析软件进行mRNA-miRNA-lncRNA调控网络整合分析.借助Cytoscape 3.8.0软件与STRING数据库构建活性成分-靶点网络、三元转录网络及蛋白互作网络,并行GO功能及KEGG通路富集分析,最后予以分子对接评估.结果 筛选出黄芩活性成分32个,其中23个靶点与AD相关.得到由11个关键mRNAs、27个关键miRNAs及340个关键lncRNAs构成的三元转录网络.富集分析结果显示,这些靶点主要通过IL-17、p53、TNF、FoxO和NOD样受体等信号通路发挥细胞增殖凋亡调控、转录调节、炎症反应和抗氧化活性作用.分子对接结果显示,汉黄芩素、β-谷甾醇、黄芩素和豆甾醇等主要活性成分均能与核心靶点IL6、MAPK14较好地结合.结论...  相似文献   

4.
目的网络药理学联合分子对接技术探析固肠止泻丸治疗溃疡性结肠炎(UC)的药效物质基础及其潜在作用机制。方法在TCMSP数据库收集固肠止泻丸各中药成分及对应靶点,并于疾病靶点取交集,获取潜在有效成分及治疗靶点。利用String数据库构建治疗靶点间蛋白互作网络,计算相关拓扑学参数,获得关键基因。将治疗靶点导入David数据库进性GO富集与KEGG富集分析。通过Auto Dock1.1.2软件对核心成分与关键基因进性分子对接验证。结果筛选出50个有效成分,其中槲皮素、山奈酚与小檗碱可能是参与治疗作用的关键成分;涉及16个治疗靶点,其中包括5个关键基因PTGS2、IL-1β、MMP9、CXCL8和ICAM1。GO生物过程30个,细胞成分6个,分子功能7个。涉及对炎症的反应等生物进程;细胞外域空间等细胞成分以及趋化因子活性等分子功能。与溃疡性结肠炎相关的KEGG通路共5条,包括Toll-样受体信号通路、TNF信号通路等。分子对接结果表明固肠止泻丸核心成分可以对上述核心靶点发挥调节作用。结论固肠止泻丸通过多成分、多靶点调控肠道免疫功能,发挥抗炎、抗氧化应激等作用,是其治疗UC的重要机制。  相似文献   

5.
运用网络药理学和分子对接方法探究威灵仙治疗类风湿性关节炎的作用机制。中药系统药理学数据库与分析平台、PubChem、SwissTargetPrediction数据库筛选威灵仙的活性成分及其作用靶点;OMIM、GeneCards数据库预测类风湿性关节炎的靶点;Venn图获取威灵仙-类风湿性关节炎的交集靶点;STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.1获取核心靶点;DAVID数据库进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析; AutoDock Vina1.5.6对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。威灵仙中的关键活性成分齐墩果酸、β-谷甾醇、豆甾醇、3-表齐墩果酸作用于MAPK3、PTGS2、CYP19A1等核心靶点,通过调控花生四烯酸代谢通路、卵巢类固醇生成等发挥治疗类风湿性关节炎的作用,分子对接结果显示关键活性成分与核心靶点具有较好的结合活性。该研究初步探讨了威灵仙治疗类风湿性关节炎的关键活性成分、核心作用靶点及其相关通路,为威灵仙的临床应用提供参考。  相似文献   

6.
运用网络药理学和分子对接探究三棱-莪术药对抗乳腺癌的有效活性成分及分子机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台检索并筛选出三棱、莪术的有效活性成分和对应作用靶点,运用OMIM数据库、GeneCards数据库检索乳腺癌的疾病靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件绘制药物-成分-疾病-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein- protein interaction,PPI)网络,使用Cytoscape中MCODE插件进行分析并筛选出前10个核心靶点。借助DAVID数据库对作用靶点进行基因本体及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析,并绘制成分-靶点-通路网络图。最后通过AutoDock Vina等软件进行分子对接,验证核心成分与核心靶点的相互作用。结果表明,通过筛选得出7种活性成分、73个作用靶点,三棱-莪术与乳腺癌共同靶点43个。核心成分为常春藤皂苷元、β-谷甾醇、芒柄花黄素、豆甾醇、反式软骨酸,PPI网络显示其核心靶点为JUN、CASP3、PTGS2、ESR1、MPK14、PPARG、SIRT1、NOS3、TGFB1、NOS2。KEGG富集分析得到72条通路,根据P值筛选出与乳腺癌相关的前20条,主要涉及PI3K-Akt通路、VEGF通路、p53通路、MAPK通路等。分子对接显示活性成分与核心靶点之间有较好的结合力。研究表明三棱-莪术药对抗乳腺癌具有多成分、多靶点、多通路的特点,为该药对在临床中的应用提供了理论依据。  相似文献   

7.
目的:基于网络药理学及分子对接探讨二至丸对非小细胞肺癌的作用机制,为新型抗癌中医药物的研发提供科学依据。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)收集墨旱莲、女贞子的主要化学成分,根据药物分布、吸收、代谢、排泄(ADME)筛选药物活性成分,并获取对应靶点;通过Drugbank、Genecards、OMIM数据库获得非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)的重要靶点并去除重复值,利用String数据库进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络;使用Cytoscape3.7.1构建“二至丸成分-非小细胞肺癌靶点”网络,最后通过进行分子对接验证。并利用Cytoscape3.7.1软件筛选出排名靠前的核心靶点;使用R语言对PPI中的靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因和基因组(KEGG)信号通路富集分析。结果:二至丸检索获得21个活性成分,去重之后获得205个药物靶点,NSCLC检索取得1935个疾病靶点,两者取交集,共获得132个共同交集靶点。PPI分析得到TP53、AKT1、MAPK1、RELA为核心的基因靶点,经过分子对接,发现二至丸中的...  相似文献   

8.
通过网络药理学和分子对接方法探讨桑白皮治疗2型糖尿病的作用机制。运用中药系统药理学数据库与分析平台筛选桑白皮的活性成分及相应作用靶点,借助DrugBank、GeneCards和TTD数据库检索疾病靶点。活性成分靶点与疾病靶点取交集得到桑白皮作用于2型糖尿病的预测靶点,构建活性成分-潜在靶点网络图和关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)网络。将交集基因进行基因本体(gene ontology, GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析;最后应用AutoDock软件进行活性成分及关键靶点之间的分子对接验证。预测得到桑白皮活性成分25个,桑白皮与疾病的交集靶点126个。PPI网络发现AKT1、IL-6、TNF、VEGFA、TP53、CASP3等可能是桑白皮治疗2型糖尿病的关键靶点。GO富集分析涉及细胞因子信号转导通路、对脂质的反应和凋亡信号通路等生物过程。KEGG通路分析涉及糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、T...  相似文献   

9.
借助网络药理学和分子对接技术,探讨智脑胶囊改善阿尔茨海默病的干预机制。通过TCMSP、TCMID等多个数据库寻找与智脑胶囊相关的化学成分及其作用靶点;利用GeneCard等数据库获取阿尔茨海默病的作用靶点;运用Venny2.1网站筛选出药物与疾病的交集靶点;使用STRING平台和Cytoscape软件进行拓扑分析得到智脑胶囊治疗阿尔茨海默病的核心作用靶点;采用Metaspace数据库对潜在核心作用靶点进行GO(gene ontology)及KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析;利用AutoDock软件使用分子对接验证活性化合物与核心靶点的结合能力。结果表明:在智脑胶囊中共筛选出44个活性成分和292个有效靶点,智脑胶囊与阿尔茨海默病共同靶点58个;蛋白质-蛋白质相互作用得出关键靶点包括AKT1、IL-6、TNF等;GO分析共包含1 419条,KEGG得到175条代谢通路,主要包括脂质与动脉硬化、TNF信号通路;分子对接显示关键成分与靶点具有良好的结合能力。研究表示智脑胶囊可能通过脂质与动脉硬化和TNF信号通路等途径来减轻...  相似文献   

10.
黄花柳(Salix caprea)具有较强的抗氧化作用,但目前关于黄花柳抗氧化作用机制的研究尚未详尽报道。文章通过网络药理学和分子对接技术筛选得到黄花柳活性成分21种,预测到靶点320个,抗氧化相关靶点1056个,取交集得到的黄花柳与抗氧化相关靶点118个,GO富集分析得到基因功能354条,KEGG通路富集分析得到通路146条。分子对接结果显示,核心成分柚皮素、二氢杨梅素、香叶木素等可与核心靶点AKT1、MAPK3、PIK3CA等均具有良好的结合活性。初步验证了黄花柳可通过多成分、多靶点、多途径发挥抗氧化作用,为下一步实验研究提供验证依据和方向。  相似文献   

11.
通过网络药理学方法探讨猫爪草治疗结核病的作用机制。运用中药系统药理学数据库与分析平台筛选猫爪草的活性成分和相关作用靶点;借助GeneCards数据库检索疾病靶点,活性成分靶点与疾病靶点作交集得到猫爪草作用于结核病的预测靶点;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图;将交集基因进行基因本体分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析;最后应用AutoDock软件进行活性成分及潜在靶点之间的分子对接验证。筛选得到猫爪草的活性化合物12个,其有效活性成分主要作用于结核病的关键靶点有CASP3CASP8CASP9BCL2BAX。KEGG结果表明,猫爪草可能通过调节细胞凋亡信号通路从而对结核病进行干预。分子对接得到猫爪草的主要成分是豆甾-4,6,8、维太菊苷、豆甾醇、豆甾醇葡萄糖苷、谷甾醇乙酸酯和β-谷甾醇,对BAXCASP3CASP9作用明显。本研究从分子水平探讨了猫爪草治疗结核病的活性成分与潜在靶点,初步验证了其作用机制。  相似文献   

12.
目的:以网络药理学和分子对接分析的方法,系统研究虎杖调控铁死亡抗动脉粥样硬化(AS)的机制,为开发治疗AS的新药提供理论依据。方法:采用TCMSP数据库对虎杖的活性成分和治疗靶点进行预测和筛选。通过GeneCards数据库和Drugbank数据库获取AS的疾病靶点。利用Venny在线工具获得虎杖活性成分和AS的共同作用靶点。在Cytoscape3.9.1软件绘制活性组分和靶点网络图,STRING数据库分析了蛋白-蛋白相互作用(PPI),利用Metascape数据库对交叉靶点进行了GO生物富集及KEGG富集分析。运用GeneCards数据库和FerrDb数据库获得调控铁死亡基因,综合分析虎杖活性成分、AS、铁死亡3者关系并进行分子对接。分子对接研究由SYBYL-X 2.0软件进行验证完成。结果:得到的虎杖的活性成分有10个,对应靶点252个,AS靶点1328个,铁死亡对应靶点887个,3者取交集基因得到44个,蛋白互作分析发现TP53、JUN和IL-6为调控铁死亡治疗AS主要靶点,KEGG富集结果发现,虎杖调控铁死亡治疗AS通过介导MAPK信号通路。分子对接结果表明,虎杖药物主要活性成分...  相似文献   

13.
目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨槐花止血的作用靶点及信号通路,明确其疗效机制。方法:从TCMSP中检索出槐花的有效活性成分,收集其靶点;通过GeneCards数据库收集止血相关的疾病靶点,取与药物靶点重复的靶点作为关键靶点,使用Cytoscape软件构建“药物-有效成分-靶点”网络,利用String数据库构建蛋白互作网络,应用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析,最后利用分子对接技术初步验证。结果:最终获得6个槐花活性成分,68个交集基因。蛋白互作分析发现JUN、TNF和MAPK1止血的作用,GO功能富集得到407个条目,KEGG通路富集分析得到151条信号通路,且发现槐花止血主要通过TNF signaling pathway、Hepatitis B等信号通路进行调控。分子对接显示isorhamnetin、beta-sitosterol等成分与MAPK1、TNF和JUN等靶点有较强亲和能力。结论:槐花可能通过isorhamnetin、quercetin-3’-methyl ether等化学成分调控TNF signaling pathway等信号通路上的MA...  相似文献   

14.
利用网络药理和分子对接技术,探讨复方紫银软膏治疗糖尿病足溃疡的活性成分和潜在分子机制.采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库获取方中七味药的化学成分及其相关靶点.在GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank数据库中搜集糖尿病足溃疡相关靶点,提炼出二者的交集靶点.运用Cytoscape 3.9.1软件和String数据库绘制“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络,并筛选出核心成分和关键靶点.借助Metascape数据库对靶点进行GO和KEGG分析,运用Autodock软件以及Pymol软件进行分子对接验证和展示.结果发现,复方紫银软膏治疗糖尿病足溃疡的关键活性成分为槲皮素、绿原酸、芹菜素、山柰酚、木犀草素.从靶蛋白的角度,排名前5位的是PTGS2、HSP90AB1、PTGS1、AR、DPP4;GO富集分析提示主要包括炎症反应、细胞因子和蛋白酶受体结合等生物过程. KEGG通路主要涉及AGE-RAGE、MAPK信号通路和PI3KAkt等信号通路.分子对接结果表明复方紫银软膏中主要活性成分与关键靶点PTGS2、HSP90AB1、PTGS1、AR和DPP4具有较稳定的结合活性...  相似文献   

15.
利用网络药理学和分子对接技术研究五味子甲素、五味子乙素的抗癌机制.利用TCMSP、Swiss TargetPrediction及CTD数据库收集五味子甲素、五味子乙素的潜在靶点;应用GeneCards、OpenTargets数据库获取癌症相关靶点;将五味子甲素、五味子乙素靶点与癌症靶点输入Venny2.1.0,取二者交集作为五味子甲素、五味子乙素抗癌相关靶点.通过STRING平台及Cytoscape3.6.1软件构建蛋白互作网络,选取五味子甲素、五味子乙素抗癌关键靶点;利用OmicShare平台和DAVID数据库进行基因本体(Gene Ontology, GO)生物过程富集分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)信号通路分析;应用AutoDuck Vina对关键靶点进行分子对接验证.结果显示,五味子甲素、五味子乙素通过调控EGFR、EGF、CCND1、PIK3CA、MAPK1、MAPK3、SRC、ESR1等癌症靶点和PI3K-Akt、MAPK、Rap1、ErbB、FoxO等信号通路,细胞生长、迁移、血管生成等生物过程起到抗癌作用.本研究揭示了五味子甲素、五味子乙素多靶点、多途径的抗癌机制,为进一步研发新的抗癌药物提供了思路.  相似文献   

16.
通过TCMSP数据库检索麻黄、桂枝中的活性成分以及对应的靶点蛋白,在GeneCards数据库中以“rheumatoid arthritis”为关键词检索类风湿性关节炎(RA)的相关靶点,将收集的2类靶点相互映射取交集后通过STRING平台构建PPI网络,利用Cytoscape软件进行可视化分析;借助David 6.8数据库,对交集靶点进行GO与KEGG富集分析;最后利用Schrodinger软件对核心靶点与关键活性成分进行分子对接验证。2类靶点映射得到交集靶点共134个,PPI分析得到核心靶点为AKT1、IL6、TP53、RELA和CCND1。GO与KEGG富集分析得到关键信号通路为TNF信号通路、Toll样受体信号通路和PI3K-Akt信号通路。分子对接结果显示槲皮素、木犀草素、二氢槲皮素与AKT1、IL6、TP53有较好的结合效果。研究推测麻黄-桂枝药对中的活性成分可能通过抑制炎性介质表达、抑制关节滑膜中树突细胞以及巨噬细胞过量增殖等途径来阻止RA病理发展进程。  相似文献   

17.
通过TCMSP和BATMAN-TCM数据库筛选经验方中的中药化合物及作用靶点;通过GeneCards、DRUGBANK、TTD数据库查找骨髓炎疾病相关靶点,取疾病与中药化合物靶点的交集靶点预测清髓消炎汤治疗骨髓炎的潜在靶点.运用Cytoscape软件构建分析“中药-成分-成分作用靶点-疾病靶点”网络图;利用STRING数据库平台分析作用靶点PPI网络;通过DAVID、微生信数据库对作用靶点进行GO功能和KEGG通路的富集分析.利用AutoDockTools及PYMOL软件对清髓消炎汤中核心靶点与疾病的核心靶点进行分子对接与体外实验验证清髓消炎汤对骨髓炎常见耐药菌MRSA的抑制,探索清髓消炎汤治疗骨髓炎的作用机制.筛选得到清髓消炎汤中289个成分靶点,骨髓炎有944疾病靶点,得到交集靶点83个.通过网络拓扑学分析得到主要有效成分quercetin、luteolin、fisetin、kaempferol、baicalein、naringenin,主要作用靶点TNF、IL-6、IL-10、STAT3、IL-1β、MAPK14等.主要成分与靶点分子对接结果均为负数,均有很好的自由结合能力.清髓...  相似文献   

18.
基于网络药理学方法和分子对接技术,初步探索了黄连治疗新冠肺炎(COVID-19)的作用机理.使用中草药系统药理学平台筛选黄连的有效活性成分与作用靶点,GeneCards和OMIM数据库筛选COVID-19的疾病靶点,R软件筛选药物与疾病的共同靶点,并利用Cytoscape软件构建“药物—活性成分—靶点—疾病”互作网络,STRING数据库构建共同靶点蛋白互作网络,ClueGo软件对共同靶点进行基因功能分析,R软件对共同靶点进行KEGG通路富集分析,然后将黄连有效成分中的核心成分与其治疗COVID-19的主要靶点进行分子对接.结果表明,黄连的有效活性成分共14种,靶点共235个;COVID-19的相关基因共341个;黄连治疗COVID-19的关键靶点包括VEGFA,IL6,POR,PLAT.分子对接结果显示,黄连中核心化合物榭皮素与PLAT,VEGFA,IL6对接效果良好.  相似文献   

19.
王海坤  张蕾  吴娜  苏丹 《科学技术与工程》2023,23(16):6825-6833
为挖掘复方中苍耳类药材抗肿瘤的用药规律,并探讨核心药物抗肿瘤的分子机制,通过检索《肿瘤方剂大辞典》等资料,筛选治疗肿瘤的含苍耳类药材的复方制剂,基于关联规则和系统聚类,分析用药规律并获取核心药物组。基于中药系统药理学分析平台筛选核心药物组的化学成分及对应靶点;检索GeneCards等数据库获取肿瘤疾病靶点;二者取交集后获得药物、疾病交集靶点。构建核心药物组抗肿瘤的“中药-成分-靶点”网络及交集靶点的蛋白互作网络。基于R语言行GO功能与KEGG通路富集分析,基于AutoDock Vina软件行分子对接验证。结果表明:共筛选出相关复方118首。基于数据挖掘结果综合分析,将苍耳子等10味中药作为核心药物组。网络药理学分析共获得交集靶点144个,筛选出β-谷甾醇等5种核心成分,TP53等5个关键靶点,涉及通路174条,主要包括PI3K-Akt、p53、肿瘤坏死因子等信号通路。分子对接提示核心成分与关键靶点结合活性强烈。可见,数据挖掘初步揭示了含苍耳类药材复方抗肿瘤的用药规律,获取了核心药物组;其核心成分β-谷甾醇等可通过作用于TP53等靶点,调控PI3K-Akt等信号通路,发挥抗肿瘤作用。  相似文献   

20.
采用网络药理学与分子对接技术筛选乌梅清润茶防治咽喉疾病的主要活性成分并研究其作用机制.利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)及文献挖掘的方式筛选乌梅清润茶活性成分及作用靶点,与OMIM和GeneCards数据库筛选咽喉疾病靶基因取交集获取潜在作用靶点.采用Cytoscape(3.7.1)软件建立"化合物-靶点网络"并进行分析,使用String数据库构建蛋白互作网络(PPI)并分析,采用AutoDock Vina进行分子对接筛选关键活性成分,采用DAVID(6.8)数据库进行GO和KEGG富集分析作用机制.筛选得到94种活性成分,潜在靶点339个,结果提示乌梅清润茶防治咽喉疾病主要活性成分包括quercetin、ursolic acid、beta-sitosterol、fortunellin、aloe-emodin, naringenin、luteolin、ellagic acid等,作用于INS、AKT1、IL6、VEGFA、MAPK3、CASP3、EGFR、CXCL8等关键靶基因.GO功能富集分析得到GO条目720个(p0.05),KEGG通路富集筛选得到131条信号通路(p0.05),涉及TNF、HIF-1、Toll-like receptor、T cell receptor、NF-κB、FoxO、PI3K-Akt、NOD-like receptor、VEGF等信号通路.分子对接结果显示quercetin、luteolin、ursolic acid、beta-sitosterol、fortunellin、aloe-emodin等关键化合物与靶蛋白有较好的结合力.本研究采用网络药理学与分子对接技术分析了乌梅清润茶防治咽喉疾病的活性成分和作用机制,为后续实验研究提供了参考.  相似文献   

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