基于免疫与神经网络的 RNA 二级结构预测

RNA二级结构预测是生物信息学领域的一个热点问题，通过计算机仿真模拟和数学建模计算来“预测”这些结构信息，具有较好的参考价值以及可信度，并能够节省大量的时间与成本。本文通过改进传统的RNA二级结构预测算法，提出了混沌Hopfield神经网络算法算法。算法以茎区作为神经元，同时采用相似距离函数、对神经元的初始值进行优化，在获得初步结果后，通过使用混沌函数优化结果，使得其跳出局部最优解，提高了全局搜索能力，能简单、快速规范的获得最优解。仿真结果表明，本算法能够有效的对RNA二级结构进行预测，有较好的的预测效果。     

基于进化神经网络的RNA二级结构预测方法

本文提出了一种基于进化神经网络预测RNA二级结构的方法.该方法利用进化算法优化了神经网络结构和权值,改善了传统BP人工神经网络容易陷入局部最优等缺陷.实验结果表明该算法能够获得一个最优结构和权值的神经网络,利用该网络去预测不带伪结的RNA二级结构能获得理想的效果,敏感性和相关系数都有所提升,证明了该改进算法的可行性.     

质心法:受类别驱动的RNA二级结构预测方法

RNA二级结构预测问题是计算分子生物学中的一个重要问题.目前的RNA二级结构预测模型和算法都是把待测结构RNA的一级序列作为输入,仅根据输入的序列预测其二级结构.这样做丢失了待测RNA的类别信息,进而无法利用同类别RNA二级结构的保守性.在实际的生物学研究中,对于关心二级结构的RNA,其类别往往是已知的.本文提出一种新的RNA二级结构预测思路:结合类别信息、根据已知的近似形状细化RNA的二级结构.这种方法尤其适用于长度较短、保守性好的非编码RNA.该方法的一个关键问题是如何将一个序列按照近似的形状进行折叠.为此本文首次提出了茎区的"质心"和"质心距"的概念,并且给出了一个结合了Hopfield网络和类别信息的RNA二级结构预测算法.实验表明本文提出的方法在所测试ncRNA分子上效果好于目前的方法.     

基于改进适应度函数的RNA结构预测

RNA二级结构预测是生物信息学的重要研究内容。本文提出了一个新的启发式算法进行带假节的RNA结构预测。本文首先通过对RNA序列的若干特征和RNA二级结构进行相关性分析,从中选择跟RNA结构有较大相关性的特征,然后依据遗传算法、综合自由能、被选择茎区的条数以及被选择茎区的平均长度等特征来构造打分函数预测RNA的结构。本文对该方法进行了测试,结果表明本文所采用的从特征分析中得出的打分函数以及通过启发式算法来叠加茎的方法是有效的,在对tRNA以及5SrRNA等序列的预测上相比单纯的自由能最小方法有更高的准确性。并且该方法进一步推广到预测含假结的RNA的二级结构时也有较好的结果。     

RNA二级结构预测的神经网络方法

针对利用经典的随机上下文无关文法(SCFG)等模型对RNA(R ibonucle ic ac id)二级结构进行预测时,存在计算复杂性问题,该文给出了RNA二级结构的“新二级结构单元标签”(N SSEL)表示,相应提出了一种新的RNA二级结构预测的神经网络方法。这种二级结构的N SSEL表示格式很容易转换成常用的CT格式。基于tRNA数据集的实验表明,在完全相同的训练与测试数据集下,该方法,较之性能最好的B JK与BK 2等SCFG模型,其预测精度与相关系数都有所提高,证明了所提方法的可行性与有效性。由于神经网络启发式方法不存在计算时间复杂性问题,因此可望将此法用于预测SCFG等算法难以处理的大于1 000个碱基的长RNA序列的折叠问题。     

基于多模集成神经网络的蛋白质二级结构预测

为提高蛋白质二级结构预测的精度,提出了一个由5个子网络集成的多模神经网络模型,预测结果由5个子网络综合得到。对于每个子网络采用神经网络分级思想分为二级网络,一级网络采用含进化信息的profile编码蛋白质序列作为输入,二级结构作为输出。二级网络编码一级网络输出结果作为输入,并将蛋白质序列用改进正交编码方式作为另一输入来提高二级网络的预测精度,输出仍为二级结构。采用子网络差异方式进行单独训练,结果表明该方法最终的预测精度达到71.3%,较大提高了蛋白质二级结构的预测精度。     

一种新的前馈神经网络删剪算法

前馈神经网络中隐层神经元的个数与它的学习和泛化能力密切相关.通过广义逆矩阵算法解决最小二乘问题改进神经网络自构行学习算法,得到一种新的前馈神经网络删剪算法.将新算法用于已经训练好的大型网络,能删剪“冗余”的隐层神经元,得到一个最精简的神经网络.此精简的神经网络不需要重新训练仍能保持原有的性能,并且泛化能力很好.仿真实例说明此算法的有效性和可行性.     

车辆单神经元模型参考自适应控制算法研究

针对智能车辆油门控制系统,提出了一种单神经元模型参考自适应控制算法.首先通过实验研究获得油门控制系统的传递函数,再以该函数获得的数学模型为依据设计了自回归滑动平均模型（NARMAX）神经网络,并对系统输出进行离线辨识和在线预测.采用免疫模糊思想改进二次型单神经元控制算法,构建基于NARMAX神经网络预测的模型参考自适应控制系统,定义了一种评价车辆纵向运动的目标函数,采用浮点遗传算法寻找各控制器的最优值.仿真结果表明,NAR-MAX神经网络可辨识和预测车辆油门系统的动力特性,与免疫模糊和二次型单神经元算法相比,单神经元模型参考自适应算法的阶跃响应速度显著提高.     

基于改进RBF神经网络的美元指数预测

首先介绍了RBF神经网络的原理.然后叙述了RBF神经网络的正交最小二乘算法,针对此算法在选择网络宽度上的不足,在原算法的基础上提出一种改进算法,该算法通过优化网络的宽度,提高了网络对时间序列逼近的准确度.对美元指数进行预测,预测结果表明改进的算法有良好的性能.     

BP算法的改进

针对多层神经网络中由于隐含层神经元饱和而引起的局部极小值问题,提出一种改进的BP算法.每一种训练模式在隐含层的神经元都采用各自的传递函数,该改进算法的思想是当网络输出没有取得期望的结果时,修改传递函数以防止隐含层神经元饱和,这种改进的算法既不用改变网络的拓扑结构,也不会消耗更多的计算时间.     

关于农业区划地图集中的统一协调问题

图集的统一协调,对图集质量有很大影响。本文是作者在编制北京市农业区划地图集的实践基础上,根据地图信息传输论的观点,对农业区划地图集的统一协调的内容及方法进行了探讨。试图总结编制这类图集的统一协调模式,以供读者编图时参考。     

“真空的真空”的存在性问题

许多科学家包括诺贝尔奖获得者李政道教授都预言,真空是未来物理学的一个重要研究对象.十七世纪的伽利略时代人们曾讨论过"真空"是否存在的问题.当时的学术界分成两派,一派以帕斯卡为代表,认为真空存在,另一派以笛卡尔为代表,认为真空不存在,最后实验证明"真空存在派"正确.现代研究表明,真空并非一无所有,这样就产生了一个新的问题"排除了真空物质后的空间",即"真空的真空"是否存在.本文探讨了与"真真空"有关的问题,提出了一些观测实验方法,这些方法可以帮助我们最终解答"真真空"的存在性问题.     

民间法正义观的转型

研究了国家法的抽象正义观与民间法的情理正义观,认为西方国家法的抽象正义观与东方民间法的情理正义观存在实质的不同,原因在于思维方式、超验与经验传统、政治结构的差别。在现代法治理念下,传统民间法所代表的正义观将向混合正义观转型,西方法治所代表的国家法抽象正义观是其骨架。     

人-自观念演进的否定之否定

在人与自然界的关系的演进过程中,形成了与不同文明时期相适应的人-自观念。从＂天人合一＂到＂人定胜天＂再到＂和谐共生＂,这是人-自观念演进的肯定、否定、否定之否定的辩证发展过程,也是一个合乎规律的过程,它们都是时代的产物,都包含着不同程度的合理的因素,我们必须对它们进行具体的辩证的分析。     

行政机关违法设定许可的法律责任探析

对于行政许可违法的法律责任问题，人们往往是从行政许可实施违法的角度进行研究，而对于设定违法及其责任追究的探讨却相对薄弱。然而。行政许可设定一旦违法，其对相对人和社会公共利益的损害将会更大，因此，对许可设定的违法及其责任问题进行研究，以避免违法行政行为的发生，促进政府依法行政，不仅必要而且是非常有意义的。     

曲面"侧"概念的"参照物"理解法

曲面“侧”是一个重要而难以理解的概念,本文对曲面“侧”概念的讲授方法进行了探讨,给出了曲面“侧”概念的“参照物”理解法,通过实践证明,效果良好。     

老年人生活空间移动性影响要素研究进展

 老年人生活空间移动性是老年人在日常生活中能动生活状态的重要表征。在梳理老年人生活空间移动性相关概念、测度方法基础上,分析了物质环境要素和非物质环境要素对老年人生活空间移动性的影响;提炼出有效支持老年人生活空间移动性的中观环境规划、微观环境设计和政策文化扶助层面的策略;指出了老年人生活空间移动性的研究建议和发展方向。     

关于一维非自治时滞系统点态退化一例

给出了一维非自治时滞系统点态退化的一个例子,拓宽了该领域的研究。     

动量守恒定律和动量矩守恒定律的正确表述

现行力学教材和普通物理教材大都把动量守恒定律和动量矩守恒定律视为质点组动量定理和动量矩定理的推论，忽视了守恒星的本质意义，是不正确的．本文绘出正确表述．