GCK2软件在p53基因克隆过程中的应用

p53基因是迄今发现与人类肿瘤相关性最高的押癌基因，通过克隆p53基因对其表达调控进行研究。利用分子生物学软件GCK2．0对整个克隆过程进行分析，制定克隆策略，通过测序鉴定结果，得到了舍目的基因p53cDNA全序列的pTRE—p53重组质粒。通过GCK2．0分析，减少了基因克隆的盲目性，提高了工作效率。     

p53基因调控网络研究进展

肿瘤抑制基因p53表达的p53蛋白是一个通用转录因子,与其上、下游功能相关基因组成了一个复杂的基因调控网络,在这个基因网络中p53基因起着关键作用;DNA损伤、缺氧、原癌基因的激活等均能刺激p53基因表达;p53表达升高后,可通过p53-MDM2反馈环路与泛素系统等对p53表达水平进行精确调节;p53通过调控多种下游/靶基因表达完成多种生物学功能,主要包括阻滞细胞周期、促进细胞凋亡、维持基因组稳定性等;认识p53基因调控网络的功能有助于理解p53及其下游/靶基因间的具体作用机制。     

携带p53和p21基因腺病毒转移载体的构建

构建携带p53和p21基因的重组腺病毒转移载体以研究p53和p21联合基因治疗效果.将p53cDNA克隆到转移载体pCMV5GFP替代gfp,得到pCMVp53,使其受到CMV启动子的调控;同时将p21基因克隆到pCMVp53,得到重组腺病毒转移载体pCMVp53/p21.得到携带p53和p21基因的重组腺病毒转移载体.     

转染野生型p53基因对人白血病细胞系生长的影响

目的研究转染野生型p53基因对人白血病细胞的生长影响作用．方法将克隆有野生型p53基因的pUHD10-3质粒,通过Lipofectin转染人白血病细胞株U937、K562、HL60,用四甲基偶氮唑（Mlvr）法观察细胞的生长情况．结果转染野生型p53基因,可使人白血病细胞U937、K562、HL60的生长明显受到抑制,第4天生长抑制率分别是28．6％、44．9％及49．0％．结论转染野生型p53基因能有效抑制人白血病细胞U937、K562、HL60的生长．     

人类P53下游基因一致性序列研究

人类P53蛋白是一种通用转录因子,通过调控一系列下游基因的转录来影响许多细胞功能。p53下游基因含有P53蛋白结合序列,收集已报道的63条人类P53蛋白结合序列并与ElDeiry等定义的一致性序列进行比较,发现这些P53蛋白结合序列与一致性序列特征并不严格一致,对这些偏差规律的分析有利于建立p53下游基因预测模型,进而利用计算机方法预测p53下游基因,研究其基因互作网络。     

人类P53下游基因一致性序列研究

人类P53蛋白是一种通用转录因子，通过调控一系列下游基因的转录来影响许多细胞功能。p53下游基因含有P53蛋白结合序列，收集已报道的63条人类P53蛋白结合序列并与E1-Deiry等定义的一致性序列进行比较，发现这些P53蛋白结合序列与一致性序列特征并不严格一致，对这些偏差规律的分析有利于建立p53下游基因预测模型，进而利用计算机方法预测p53下游基因，研究其基因互作网络。     

携带p53基因重组腺病毒载体的构建

将pCMVp53重组转移载体经BamHI和NheI酶切,得到p53基因cDNA,然后将cDNA片段克隆到转移载体pCMV5GFP,使其受CMV5启动子的调控,获得pCMV5p53重组转移载体.用该线状重组转移载体与腺病毒右臂DNA经磷酸钙共转染293细胞获得重组腺病毒,经酶联免疫吸附法(ELISA)测定p53蛋白含量,证明外源p53基因在含重组腺病毒的293细胞中得到表达.     

一种新HDM2剪接变异体的cDNA克隆与序列分析

利用逆转录多聚酶链式反应(RT-PCR)分析癌基因HDM2在人宫颈癌Hela细胞中的表达.对克隆到的HDM2基因片段进行测序分析,从中筛选到一种新的HDM2剪接变异体.该剪接变异体阅读框由1 401 bp组成,预测编码466个氨基酸.与野生型HDM2相比,该变异体氨基酸序列的29-53位缺失,395住丝氨酸突变为苯丙氨酸,407位丝氨酸突变为半胱氨酸,其中缺失段29-53位于HDM2与p53相结合区域的上游部分.这可能影响HDM2与p53的相互作用,与p53的失活及癌细胞的转移相关.     

猪蛔虫抗菌肽Cecropin p基因的克隆及其原核表达载体的构建

从猪蛔虫提取总RNA,反转录成cDNA后分别设计引物对Cecropin 2、Cecropin 3和Cecropin 4基因进行 PCR 扩增,分别得到带有双酶切位点的目的基因片段.将目的基因片段与 PMD18 T 载体连接,转化Top10克隆菌,测序正确后克隆入 pET28a 表达载体,进行双酶切和测序鉴定.研究结果表明,克隆得到的Cecropin p2、 Cecropin p3和Cecropin p4基因均由225个碱基组成,一个编码由74个氨基酸残基组成的开放阅读框,其蛋白相对分子质量约为8 kD,等电点分别为9.86、10.16和9.16.同源性分析结果显示:克隆所得猪蛔虫Cecropin p2、 Cecropin p3和Cecropin p4与数据库NCBI中的猪蛔虫Cecropin p2、Cecropin p3和Cecropin p4基因同源性均为100;,与其它Cecropin p基因同源性也较高(>42;).分子进化树显示, Cecropin p4的分化出现最早,其次为Cecropin p2, Cecropin p1和Cecropin p3分化得最晚.成功克隆了猪蛔虫Cecropin 2、Cecropin 3和Cecropin 4基因,构建了它们的原核表达载体并进行了生物信息学分析,为其重组表达和抑菌活性鉴定等研究奠定了理论基础.     

利用文本数据挖掘研究p53基因表达调控网络

为了研究p53基因与其下游/靶基因的关联性,以了解p53基因表达调控网络,采用文本数据挖取方法,利用自编的Perl 5.10程序,对PubMed文献数据库中p53基因相关文献及人类基因本体数据库进行数据挖掘,并利用连锁聚类法构建p53基因表达调控网络图.结果发现,目标基因的频率分布同文本中所有基因本体的频率分布存在一定的关联性,低频基因的文本挖掘比例明显低于高频基因的文本挖掘比例.从而说明,p53基因表达调控网络中各基因的分布情况与基因频率有较大关系,而文本数据量对文本数据挖掘的准确率也有重要影响.     

用计算机对人类TSPYl基因P53结合位点的鉴定

根据p53下游基因在其调节区域（启动子或内含子）含有与P53蛋白特异性结合的一致性序列5’-RRRCWWGYYYN（0-13）RRRCWWGYYY-3’，R—G或A，W—T或A，Y—C或T，N—A，C，T，G。用计算机对人类基因组中P53结合位点进行了研究，发现Y染色体上的TSPY1基因内含子中含有这样的一致性序列5’-GGGCTAGTTTtgGAGCTAGCCT-3’，意味着TSPY1基因有可能是一个p53下游基因。     

胃癌中p53基因失活及其蛋白产物的免疫组化分析

应用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ银染，Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂我及免疫组化等方法同步研究２５例胃癌标本的ｐ５３基因突变，杂合性丢失及蛋白持表达，在２２例胃癌中同时获得有关ｐ５３基因突变和杂合性丢失的检测结果，被检出ｐ５３基因突变的５例胃癌中，２例伴有杂合性丢失，３例仅有ｐ５３基因突变。     

High frequency of p53 intronic point mutations in laryngeal squamous cell carcinoma

Intronic point mutations are rare and totally unknown for human laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC). To explore the relationship of p53 gene intronic mutation to the development of human LSCC, DNA was extracted from both tumor tissues and matched normal tissues of 55 patients with LSCC in northeast of China. Polymerase chain reaction amplification-single strand conformational polymorphism (PCR-SSCP) combined with silver staining and DNA direct sequencing were used to detect mutations in exons 7～8 (p53E7 and p53E8) and introns 7～8 (p53I7 and p53I8) of p53 gene. The p53E7 mutation was detected in 17 out of 55 patients, and the p53I7 mutation in 21 patients. No mutation was found at p53E8 or p53I8 site. The difference between tumor group and paired normal group on the rates of both p53E7 and p53I7 mutations was statistically significant. The rate of p53I7 mutations in tumor tissue was higher than that of normal tissue, and so was that of p53E7. Sequence analysis revealed that most p53I7 mutations were at the nucleotides in the branch point sequence or the polypyrimidine tract in the 3′-splice acceptor site of the intron 7. The high incidence of p53 gene intronic mutation in LSCC indicates that genetic changes within the noncoding region of the p53 gene may serve as an alternative mechanism of activating the pathogenesis of human laryngeal squamous cell carcinoma. Mutations in the noncoding region of this gene should be further studied.     

32例肿瘤组织中p53基因突变的PCR-SSCP、银染色检测

目的　检测肿瘤组织中 p5 3基因的突变率 ,探索其在肿瘤发展过程中的作用 .建立PCR SSCP检测 p5 3突变的常规方法 .方法　检测 32例癌组织和癌旁组织 .用盐沉淀制备样品DNA ,以p5 3基因exon7设计引物 ,用PCR SSCP结合银染色显示结果 .结果　 32例肿瘤标本检出阳性 9例 ,阳性率 2 8.1% .4例癌组织和癌旁组织均为阳性 .其中 2 2例胃癌 ,检出 4例阳性 (占 18.2 % ) ,双阳性者 2例 .结论　p5 3基因突变在肿瘤中具有普遍性 ,癌组织和癌旁组织双阳性者 ,与肿瘤的扩散有关 .该检测方法简便易行 ,有助于对 p5 3基因突变的扫描检测 .     

肿瘤抑制基因p53的研究进展

综述了p53基因的特性、认识阶段、作用机理主其在癌症研究中的进展。     

头颈部鳞癌中p53-mdm2基因异常的研究

目的:检测头颈部鳞癌患者p53基因突变、mdm2基因扩增的状况,了解其与头颈部鳞癌患者的性别、鳞癌分级、淋巴结转移等的相关性及两异常基因的相关性。方法:收集50例行手术切除的头颈部鳞癌患者的新鲜肿瘤组织及其相应的癌旁正常组织,提取标本DNA;用PCR-SS-CP-银染法检测p53基因第5~8外显子的突变状况;用dPCR法检测mdm2基因扩增情况;采用SPSS 10.0统计软件包行2检验分析实验结果。结果:在50例头颈部鳞癌患者标本中,检测出17例存在p53基因突变,突变率为34%,所有的癌旁正常组织未发现p53基因突变;在50例鳞癌标本中检测出6例标本存在mdm2基因扩增,扩增率为12%,其中有一例同时存在p53基因突变;p53基因突变、mdm2基因扩增与患者的鳞癌分级、淋巴结转移、性别等相关性分析结果均无统计学意义(P>0.05)。结论:p53基因突变与mdm2基因扩增在头颈部鳞癌中较常见,可能是头颈部鳞癌发生发展的主要分子机制。