基于微卫星标记的西方蜜蜂抗螨蜂种群体遗传多态性分析

为了分析西方蜜蜂抗螨蜂种的群体遗传多态性情况,采用18对微卫星(SSR)引物对抗螨蜂种子一代和子二代,并与同场饲养不抗螨的本地意蜂和浙大蜜浆高产蜂种进行比对,共计22个群体进行遗传多样性检测.结果表明:遗传一致度在0.2时,抗螨蜂种子代发生一定的分化,其他两个品系基本一致.抗螨蜂种子代之间的亲缘关系较近(遗传距离在0.043 9以内),与本地意蜂和浙大蜜浆高产蜂种各自相互分开.从而对抗螨蜂种的选育和保护具有重要的指导意义.     

基于EST-SSR分子标记的广西海伦兜兰遗传多样性研究

海伦兜兰（Paphiopedilum helenae）具有极高的观赏价值,为国家一级重点保护野生植物。本研究利用EST-SSR分子标记技术对广西海伦兜兰的5个居群（71个样品）的遗传多样性和遗传结构进行分析,旨在为该种质资源的有效保护与利用提供参考依据。结果表明：海伦兜兰具有中等遗传多样性,多态位点百分比（PPB）为90%-100%,期望杂合度（H_e）平均值为0.451,香农信息指数（I）平均值为0.801。海伦兜兰绝大多数（93%）遗传变异存在于居群内,仅有7%遗传变异存在于居群间,居群内的遗传变异大于居群间的变异,基因流（N_m）平均值为4.916。非加权组平均法（UPGMA）、主坐标分析（PCoA）和Structure分析结果表明,聚类并未严格按照地理位置划分,广西邦亮长臂猿国家级自然保护区靖西市（JX）和龙州县下冻镇春秀村（LZ）居群的遗传多样性较高,应作为海伦兜兰重点保护单元进行保护。     

长白猪微卫星标记的遗传多样性

采用ESTMS20,SW2570和S0002等3个微卫星标记对长白猪进行了遗传多样性的研究。结果发现,3个卫星标记在长自猪中均具有多态性,遗传杂合度分别为0．69,0．70和0．41,多态信息含量分别为0．64,0．68和0．38。以上结果表明,这3个微卫星标记在长白猪群体中属于高度多态性座位,可以用于长白猪遗传多样性的评估。     

基于锈斑蟳简化基因组数据的微卫星DNA标记开发

锈斑蟳(Charybdis feriata)是我国重要的海洋水产种质资源保护对象,具有较高的经济价值和遗传育种价值,开发微卫星DNA(Microsatellite DNA)标记有助于锈斑蟳种群生态、种质资源等方面研究.本研究基于简化基因组测序技术获得锈斑蟳简化基因组序列信息,开展微卫星相关信息分析,并开发微卫星DNA标记.共检测到2 419 242个微卫星位点,其中二核苷酸和单核苷酸重复基序数量最多,各占总位点的43.95％和28.71％.六核苷酸重复基序的类型最多,达287种;其次是五核苷酸的重复基序的类型,为275种.不同类型SSR位点基序的重复次数也不同.使用Primer3 v2.3.6软件共设计出21 330对锈斑蟳微卫星引物,选取多态性高的192对引物在12个锈斑蟳样本中进行验证,有14对引物具有单一条带且多态性较好,每个引物的等位基因数为4-14,期望杂合度(He)和观测杂合度(Ho)分别为0.503-0.892和0.167-1.000,多态信息含量(PIC)为0.456-0.882.研究表明,本方法在筛选锈斑蟳SSR标记中是可行的,所得引物可以应用于锈斑蟳遗传多样性、种群遗传分析等研究.     

微卫星标记分析籼粳亚种间的遗传多样性

208对引物中具有多态性的引物123对,占所用引物的59．13％,不同染色体的微卫星分析的多态性不同,染色体9,10微卫星的多态性高于其它染色体,染色体12上的微卫星标记的多态性最差,仅为46．15％．聚类分析表明,所有的供试材料可分为两群,即籼稻群和粳稻群,聚类结果与亲本材料亲缘关系基本一致,说明微卫星标记能较好地区分籼稻和粳稻,由于农艺性状是基因表达的结果,易受环境影响,聚类结果不能从整体上充分反应品种间的遗传变异,42份常用杂交水稻亲本材料聚类分析表明,恢复系和不育系遗传基础均较狭窄,但恢复系和不育系之间的遗传距离相对较远,从一定程度上反映了遗传距离与杂种优势正相关。     

利用微卫星标记分析贵州水牛的遗传多样性

通过对贵州水牛的遗传多样性进行分析,为正确评估贵州水牛的资源价值、制定合理可行的保种方案提供理论依据.利用11对多态性较高的微卫星引物对贵州7个水牛群体的有效等位基因数、基因杂合度、多态信息含量和遗传距离进行分析.贵州7个水牛群体的平均有效等位基因数、平均杂合度和平均多态信息含量分别为4.0823～4.8951、0.7450～0.7922和0.7021～0.7605;遗传距离最远的黔南水牛和毕节水牛为0.3084;由UPGMA聚类法将贵州7个水牛群体聚为4类.贵州水牛遗传多样性丰富,具有较好的遗传潜力;对贵州水牛的划分比传统分类法更能反映实际的生态地理环境及其历史形成状况.     

湿地松转录组SSR分析及EST-SSR标记开发

【目的】湿地松是南方地区优先推广的优质产脂树种。但湿地松分子遗传基础薄弱,基因组序列信息匮乏,影响了湿地松基因组学的深入研究。目前,湿地松分子研究所用的SSR标记主要来自其他近缘种或利用公共数据库中有限的基因序列资源开发的SSR标记,其多态性和通用性较差。为解决这一问题, 笔者根据湿地松转录组测序数据开发EST-SSR位点,并揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为湿地松分子标记辅助育种奠定基础。【方法】利用MISA软件对转录组序列进行SSRs查找和分布特征分析。查找标准参数设置为: 单核苷酸重复>10次,二核苷酸重复>6次,三、四、五、六核苷酸重复>5次。根据SSR位点两端的保守区域,利用Primer3.0设计并随机挑选120对SSR引物,通过琼脂糖电泳和毛细管电泳对来自美国和吉安的113份家系个体进行遗传多样性分析,确定引物多态性。【结果】79 574条unigenes序列中搜索到3 818个SSR位点,出现频率为4.80%,平均18.27 kb出现1个SSR位点,3 373个unigenes含有SSR位点,SSR发生频率(含SSR位点的序列数/搜索序列总数)为4.24%,其中2 980条序列含1个SSR位点,含1个以上SSR位点的序列有393条。在检测到的3 818个SSR标记中,单核苷酸分布最多,其次是二核苷酸和三核苷酸,SSR数量分别占总数的63.54%、19.15%和16.27%,而四、五、六核苷酸重复类型所占比例较小,分别为0.52%、0.13%和0.31%。SSR重复单元的重复次数分布在5~22次之间,除单核苷酸重复外的1 391个SSR中,重复5次的数量最多,为498个(35.80%);重复6次和7次的次之,分别为417个(29.98%)和198个(14.23%);重复10次以上的仅有38个(2.73%)。在检测到的731个二核苷酸重复SSR中,最常出现的重复单元为AT/AT,数量为491个(12.86%),AG/CT和AC/GT两种类型的重复单元出现的次数次之,分别为156(4.09%)和81个(2.12%)。在检测到的621个三核苷酸重复中,AAT/ATT是出现频率最高的单元,共139个(3.64%),其次是AAG/CTT,共122个(3.20%)。3 818个SSR中有24.59%的位置未知,其余的SSR则分布在非编码区域(untranslated region,UTR)或者编码区(coding sequence,CDS)上,分布数量表现为3'UTR>5'UTR>CDS。参试的120对SSR引物,有92对扩增成功(76.78%),其中24对呈现多态(20%)。24对引物(13个二核苷酸重复、7个三核苷酸重复和4个四核苷酸重复)共检测出81个等位基因,每个位点的等位基因数为2~9,平均为3.38个。多态性信息含量(polymorphism information content,PIC)为0.103~0.726,平均为0.349。【结论】通过对湿地松转录组数据的挖掘,共获得 3 818个SSR位点,主要重复单元为AT/AT和AAT/ATT,可扩增出多态性位点的引物重复单元以二、三核苷酸重复为主。基于湿地松转录组序列的SSR标记开发是可行的。     

大分舌蜂巢穴病原微生物的鉴定

[目的]明确大分舌蜂(Colletes gigas)巢穴病原微生物的种属及系统发育学特征.[方法]从江西省新余市采集大分舌蜂巢穴样品,采用稀释涂布平板法进行病原微生物分离,通过形态特征观察,结合核糖体内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS)和16S rDNA基因序列分析相结合的方法...     

雌核发育棕点石斑鱼EST-SSR的开发验证

通过人工雌核发育棕点石斑鱼(Epinephelus fuscogutatus)的转录组序列,共获得了24 359个微卫星位点,棕点石斑鱼转录组的微卫星重复基序具有不同的分布特征,其中以单碱基(34.05%)、二碱基(37.58%)和三碱基(22.75%)为主要的EST-SSR基序重复类型.根据微卫星引物设计原则,随机筛选了93个EST-SSR位点来进行引物合成和多态性检测,最终开发了48个具有多态性的微卫星标记,并在不同棕点石斑鱼群体中进行了初步的验证.结果显示:每个位点等位基因数(Na)为2～22,平均等位基因数为9;观测杂合度(H_0)为0.111～1.000,期望杂合度(He)为0.636～0.940;多态信息含量(PIC)为0.538～0.922个,表明48个EST-SSR位点均表现出高多态性(PIC 0.5).结果表明:基于雌核发育棕点石斑鱼转录组数据,开发微卫星标记是可行的.本研究所开发的具有多态性的微卫星标记可应用于棕点石斑鱼及其近缘种的遗传多样性分析和分子标记辅助育种研究.     

利用小麦微卫星引物建立黑麦特异标记及其局限性

用50对小麦SSR引物对13种黑麦基因组DNA进行扩增,只有Xgwm232,Xgwm260,Xgwm644这3对小麦SSR引物能扩增出黑麦特异的片段．这些黑麦特异片段主要集中在500bp,600bp,800bp和1000bp左右,并包含了启动子区域．然而这3对SSR引物都不能从所有13种黑麦中扩增出黑麦特异条带．这一结果表明尽管利用小麦微卫星引物能够开发黑麦特异DNA标记,但这类标记不是对所有黑麦都适用．利用某一物种的微卫星引物开发其近缘种属的特异DNA标记虽然可行,但不一定具有通用性．