近十几年来，蛋白质组学的研究技术得到了很大发展。质谱技术，比较蛋白质组方法，研究蛋白质相互作用的酵母双杂交技术等的发展，极大地推进了蛋白质组研究的进程。原虫作为单细胞的真核动物，虽体积微小但能独立完成生命活动的全部生理机能，其中近万种原虫为寄生性原虫，它们常寄生在动物体内或体表使其致病，从而对人类及牲畜造成极大的危害。因此，原虫蛋白质组作为蛋白质组学研究的一个分支也迅速发展起来。到目前为止，世界上已有73种原虫的基因组已完成或正在进行测序工作，并且大部分已经进入了蛋白质组研究的工作。本文综述了一些具有代表性的原虫蛋白质组的研究情况，如：溶组织性阿米巴，布氏锥虫，间日疟原虫等，同时阐述了它们的致病机理、诊断及疫苗等方面的蛋白质组研究。